View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8633_low_8 (Length: 419)

Name: NF8633_low_8
Description: NF8633
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8633_low_8
NF8633_low_8
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (12-402)||(4697875-4698265)
chr7 (12-396)||(4862930-4863314)
chr7 (13-398)||(4846710-4847095)
chr7 (16-399)||(4784523-4784906)
chr7 (16-399)||(4816952-4817335)
chr7 (12-369)||(4712784-4713141)
chr7 (16-370)||(4642749-4643103)
chr7 (16-350)||(4671685-4672019)
chr7 (16-365)||(4652565-4652914)
chr7 (16-398)||(4629954-4630336)
chr7 (16-365)||(4665980-4666329)
chr7 (16-370)||(4660849-4661203)
chr7 (16-370)||(4635902-4636256)
chr7 (37-107)||(27539502-27539572)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-398)||(18926428-18926813)
chr4 (37-107)||(46271740-46271810)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (270-389)||(5479308-5479427)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 4698265 - 4697875
Alignment:
Q  12 tgttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698265 tgttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattg 4698166  T
Q  112 tgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccataga 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698165 tgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgctgcccccaatagaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccataga 4698066  T
Q  212 gatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4698065 gatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacg 4697966  T
Q  312 aagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtacct 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4697965 aagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccttgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgtacct 4697875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 12 - 396
Target Start/End: Original strand, 4862930 - 4863314
Alignment:
Q  12 tgttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4862930 tgttggtcccacttttgataacccgaaatcagacaccttagccacccatttttcatccaacaatatgttggtactcttcacgtcacggtgtatgatattg 4863029  T
Q  112 tgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccataga 211  Q
    |||||  |||| ||||||||||||||||  || ||||| || ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  4863030 tgctttacaccagcatgaagataatgtaacccccttgctgcccccaacagaatctcaagtctcttcttccaagtaagaggttcattatccgaaccataaa 4863129  T
Q  212 gatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacg 311  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4863130 gatattcacggagagtgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctcctcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatatgacg 4863229  T
Q  312 aagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggt 396  Q
    ||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| || ||||||    
T  4863230 aagctgagagagtaattcgatctcattcatgaactcatttataccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaacaggt 4863314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4847095 - 4846710
Alignment:
Q  13 gttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  4847095 gttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttaacgtcacgatgtatgatattgt 4846996  T
Q  113 gcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagag 212  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  |  || ||||| ||||| |||| |||||||||||| |  |||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  4846995 gcttcgcaccttcatgaagataattcaacccccttgctgcacctaatagaatctcgagtctttgattccacctaagaggttcattatccgaaccatagag 4846896  T
Q  213 atattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacga 312  Q
    || |||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4846895 atgttcactgagagtaccacgttgcatgaagtcataaactagaatcatctctgcatcttcgttgcaatatccaatgagggaaaccaagtgaatatgacga 4846796  T
Q  313 agttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgt 398  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||| | | |||||||||||||   ||||||||| || ||||||||    
T  4846795 agctgagagagcatctcgatttcattcatgaattcatttagaccttatcgagaacccggtttacgacgttttatcgcaacaggtgt 4846710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4784906 - 4784523
Alignment:
Q  16 ggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4784906 ggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttcacgtcacggtgtatgatattgtgct 4784807  T
Q  116 tcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagata 215  Q
    ||||||||||||| |||||||| |  || |  || ||||| |||| |||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||| || ||||| |||||    
T  4784806 tcgcacctgcatgcagataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagata 4784707  T
Q  216 ttcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagt 315  Q
    |||||  ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||     
T  4784706 ttcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagc 4784607  T
Q  316 tgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgta 399  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||    
T  4784606 tgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttcacaccttgttgagaacctggtttaagacgttttatcgcaactggtgta 4784523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4817335 - 4816952
Alignment:
Q  16 ggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817335 ggtcccacttttgataacccaaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatgtttgtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 4817236  T
Q  116 tcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagata 215  Q
    ||||||||||||| | |||||| |  || |  || ||||| |||| |||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||| || ||||| |||||    
T  4817235 tcgcacctgcatgcaaataatgcaacccccgcgcggcacctaatagaatctcaagcctctgcttccaggtaagaggtttgttatctgatccataaagata 4817136  T
Q  216 ttcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagt 315  Q
    |||||  ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||     
T  4817135 ttcacatagactgccacgttgcatgaagtcataaacgagaatcatctctacaccttcattgcaatatccaataagtgaaaccaagtgaatatgacgaagc 4817036  T
Q  316 tgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgta 399  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||| || || ||||||    
T  4817035 tgagagagcaactcaatctcattcaagaactcgttaacaccttgttgagaaccaggtttaagacgttttatcgcaactggtgta 4816952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 12 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 4713141 - 4712784
Alignment:
Q  12 tgttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattg 111  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||     
T  4713141 tgttggtcccacttttgataaaccgaaatcagaaaccttagccacccatttttcatccaacaatatatttgtactcttaacgtcacggtgtatgatatta 4713042  T
Q  112 tgcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccataga 211  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |  || ||||| ||||  |||| ||| |  ||||| |  |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  4713041 tgcttcgcaccttcatgaagataatgcaatccccttgctgcacataatagaatattaagtctttgattccacctaagaggttcgttatccgaaccataga 4712942  T
Q  212 gatattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacg 311  Q
    ||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  4712941 gatgttcacggagagtgccatgttccataaagtcataaacaagaatcatctctgcatcttcattgcaatatccaatgagggaaactaagtgaatatgacg 4712842  T
Q  312 aagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaaccc 369  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||||||    
T  4712841 aagctgagagagcaactcgatttcattcatgaattcatttagaccttgtcgagaaccc 4712784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 370
Target Start/End: Original strand, 4642749 - 4643103
Alignment:
Q  16 ggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 115  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||    
T  4642749 ggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatttttcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgct 4642848  T
Q  116 tcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagata 215  Q
    || |  | |||||||||||||  || |||||||| ||||| |||| ||| || || |||| | ||||||  || || |||||||  |||||||| |||||    
T  4642849 tcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacctaatagaatttcaagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagata 4642948  T
Q  216 ttcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagt 315  Q
     |||| |||||| ||  | | |||||| || ||||| | |||||||||||   | |||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||     
T  4642949 ctcacaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccaaaatcatctctgtgtcatcgttgcaatatcccacgagggacaccaagtgaatgtggcgaagc 4643048  T
Q  316 tgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccg 370  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||    
T  4643049 tgggagagcaactcgatttcattcatgaactcgttggcaccttgttgagagcccg 4643103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 350
Target Start/End: Original strand, 4671685 - 4672019
Alignment:
Q  16 ggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 115  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||    
T  4671685 ggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctatccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacgatgtattattttgtgct 4671784  T
Q  116 tcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagata 215  Q
    || |  | ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||| || |||| | ||||||  || || |||||||  |||||||| |||||    
T  4671785 tcacctcagcatgaagataatttagccctctcgcagcacccaatagaatctcaagcctctgcctccaaggtagtggctcgttattagaaccataaagata 4671884  T
Q  216 ttcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagt 315  Q
     || | |||||| ||  | | ||| || |||||||| | |||||||| ||   | |||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||    
T  4671885 ctcgcaaagagtaccgtgctgcataaactcgtaaaccaaaatcatctatgtgtcatcgtcgcaatatccaacgagggataccaagtgaatgtggcgaagt 4671984  T
Q  316 tgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtt 350  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  4671985 tgagagagtaactcgatttcgttcatgaactcgtt 4672019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 365
Target Start/End: Original strand, 4652565 - 4652914
Alignment:
Q  16 ggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 115  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |    
T  4652565 ggtcccactttcgataatccaaaatcagaaaccttagccacccatttctcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttgtgtt 4652664  T
Q  116 tcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttcca-agtaagaggttcgttatccgaaccatagagat 214  Q
    || |  |||||||||||||||  || ||||| || | |||||||| |||||| || |||||||||||  ||||| || | |||||  |||||||| ||||    
T  4652665 tcacctctgcatgaagataattcagccctctcgcggaacccaatagaatctcaagcctcttcttccacggtaag-ggctggttattagaaccataaagat 4652763  T
Q  215 attcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaag 314  Q
    | ||||  ||||| ||  ||| |||||| || ||||| | |||||| ||||   | || ||||||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||    
T  4652764 actcacacagagtaccgtgttgcatgaactcataaaccaaaatcatttctgtgtcatcattgcaatatcccacgagggataccaagtgaatgtggcgaag 4652863  T
Q  315 ttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgaga 365  Q
     || ||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  4652864 ctgggagagtaactcgatctcattcatgaactcgttggcaccttgttgaga 4652914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Original strand, 4629954 - 4630336
Alignment:
Q  16 ggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 115  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||    
T  4629954 ggtcccaccttggataacccgaaatcagaaaccttagctacccatttctcatccaacagtatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtgct 4630053  T
Q  116 tcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagata 215  Q
    || |  | | |||||||||||  || ||||| || ||||||||||  ||||| || |||| |||||| |  || || |  ||||  |||||||| |||||    
T  4630054 tcacctcagaatgaagataattcagccctctcgctgcacccaataggatctcaagcctctgcttccatggtaggggctgattattggaaccatacagata 4630153  T
Q  216 ttcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagt 315  Q
     || |  ||||| ||  | | |||||| || ||||| |||||||||||||     || ||||||||||| |  || || |||||||||||||| |||||     
T  4630154 ctcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgttgtcattgcaatatcctacaagggacaccaagtgaatgtggcgaagc 4630253  T
Q  316 tgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgt 398  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || | ||| |  |||||||| || ||||||||    
T  4630254 tgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgagagcctgatttgaggcgttttatcgcaacaggtgt 4630336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 16 - 365
Target Start/End: Original strand, 4665980 - 4666329
Alignment:
Q  16 ggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 115  Q
    |||||||| || |||||||| || || |||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || |    
T  4665980 ggtcccaccttggataacccaaagtcggaaacctttgccatccatttttcatccaacaatatgttggtgctcttcacgtcacggtgtattatcttctgtt 4666079  T
Q  116 tcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagata 215  Q
    || |  | | |||||||||||  || ||||| || |||||||| | |||||| || |||| |||||| |  || || | |||||  |||||||| |||||    
T  4666080 tcacctcagtatgaagataattcagccctctcgctgcacccaaaagaatctcaagcctctgcttccatgataggggctggttattagaaccataaagata 4666179  T
Q  216 ttcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagt 315  Q
     || | |||||| ||  | | |||||| || ||||| |||||||||||||   | || ||||||||||| |  || || |||||||||||||| |||||     
T  4666180 ctcgcaaagagtaccgtgctgcatgaactcataaaccagaatcatctctgtgtcgtcattgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagc 4666279  T
Q  316 tgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgaga 365  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||    
T  4666280 tgagagagcaattcgatttcgttcatgaactcgttggcaccttgttgaga 4666329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 370
Target Start/End: Original strand, 4660849 - 4661203
Alignment:
Q  16 ggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 115  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| || ||||| |    
T  4660849 ggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagctacccatttgtgatccaacaatatgttggtgctctttacgtcgcggtgtattattttgtgtt 4660948  T
Q  116 tcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagata 215  Q
    || |  | |||||||||||||| |  |||||||| | ||||||||  ||||| || || | | ||||||  || || | |||||  |||||||| ||||     
T  4660949 tcacctcagcatgaagataatgcaaccctcttgctgaacccaataggatctcaagcctttgcctccaaggtaggggctggttattagaaccataaagatg 4661048  T
Q  216 ttcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagt 315  Q
     || |  ||||| || || | |||||| || ||||| |||||||||| ||     || || |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||     
T  4661049 ctcgcagagagtaccgcgctgcatgaattcataaaccagaatcatctatgtgttgtcattacaatatcccatgagggacaccaaatgaatgtggcgaagc 4661148  T
Q  316 tgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccg 370  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  4661149 tgggagagcaactcgatttcgttcatgaactcgttgacaccttgttgagagcccg 4661203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 370
Target Start/End: Original strand, 4635902 - 4636256
Alignment:
Q  16 ggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgtgct 115  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||  |    
T  4635902 ggtcccacctttgataacccaaaatcagaaaccttagctatccatttctcatccaacaatatgttggtgctctttacgtcacgatgtattatcttgtttt 4636001  T
Q  116 tcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagagata 215  Q
    |  |  | | |||||||||||  || ||||| || |||||||| | ||| || || |||| |||||| |  || |||| |||||  |||||||| |||||    
T  4636002 taacctcagtatgaagataattcagccctctagctgcacccaaaagaatttcaagcctctgcttccatggtaggggttggttattagaaccataaagata 4636101  T
Q  216 ttcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagt 315  Q
     || |  ||||| ||  | | |||||| || || || |||||||||||||     |||||||||||||| |  || || |||||||||||||| |||||     
T  4636102 ctcgcagagagtaccgtgctgcatgaactcatagaccagaatcatctctgtcttgtcgttgcaatatcccacaagggataccaagtgaatgtggcgaagc 4636201  T
Q  316 tgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccg 370  Q
    || |||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||    
T  4636202 tgggagagcaactcgatctcgttcatgaactcatttgcaccttgttgagagcccg 4636256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 27539572 - 27539502
Alignment:
Q  37 aaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgat 107  Q
    |||||||||||||| |||||||| || |||||||  || ||||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  27539572 aaatcagaaaccttggccacccacttctcatctagtaaaatgtttgtagtcttcacatcacggtggatgat 27539502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 18926813 - 18926428
Alignment:
Q  13 gttggtcccacttttgataacccgaaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgatattgt 112  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||    
T  18926813 gttggtcccaccttggataacccgaagtcggaaaccttagccacccatttctcatccaataatatgttggtgcttttcacatcacgatgtattatcttgt 18926714  T
Q  113 gcttcgcacctgcatgaagataatgtaggcctcttgcagcacccaataaaatctcgagtctcttcttccaagtaagaggttcgttatccgaaccatagag 212  Q
    | ||| |  | |||||||||||||  || |||||||| |||||||||| |||||| || || | |||||||   || |||| |||||  |||||||| ||    
T  18926713 gtttcacctcagcatgaagataattcagccctcttgcggcacccaatacaatctcaagcctttgcttccaaagtaggggttggttattggaaccatatag 18926614  T
Q  213 atattcacgaagagtgccacgttccatgaagtcgtaaacgagaatcatctctgcaccttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacga 312  Q
    ||| |||| |||||| ||||||| |||||| || ||||  ||||||||||||       ||||||| || || | ||| || ||||  |||||||| |||    
T  18926613 atactcacaaagagtaccacgttgcatgaactcataaatcagaatcatctctttgttgccgttgcagtacccgacgagggataccagatgaatgtggcga 18926514  T
Q  313 agttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaacccggtttcaaacgttttattgctacaggtgt 398  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||| || ||||| | |||||||||||| || |||||    
T  18926513 agttgagagagcaactcgatctcattcatgaactcgttggccccttgttgagagcctggtttgagacgttttattgcaacgggtgt 18926428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 46271810 - 46271740
Alignment:
Q  37 aaatcagaaaccttagccacccatttatcatctaacaatatgttggtactcttcacatcacggtgtatgat 107  Q
    |||||||||||||| |||||||| || |||||||  || ||||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  46271810 aaatcagaaaccttggccacccacttctcatctagtaaaatgtttgtagtcttcacatcacggtggatgat 46271740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 270 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 5479427 - 5479308
Alignment:
Q  270 ttcgttgcaatatccaatgagagaaaccaagtgaatgtgacgaagttgagagagcaactcgatttcattcatgaactcgtttacaccctgttgagaaccc 369  Q
    ||||||||| || ||||| | |||||| |  ||||| |||||||| |  |||||||  ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||    
T  5479427 ttcgttgcagtaaccaatcaaagaaacaagatgaatatgacgaagcttcgagagcatgtcgatttcattgatgaactcattttcaccttgttgtgaaccc 5479328  T
Q  370 ggtttcaaacgttttattgc 389  Q
    ||||| |  |||||||||||    
T  5479327 ggtttaagccgttttattgc 5479308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University