View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8637_low_2 (Length: 761)

Name: NF8637_low_2
Description: NF8637
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8637_low_2
NF8637_low_2
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (20-710)||(13536063-13536753)
chr2 (184-515)||(13529672-13530000)
chr2 (175-523)||(13541082-13541430)
chr2 (175-515)||(13553552-13553887)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 710
Target Start/End: Original strand, 13536063 - 13536753
Alignment:
Q  20 gactatttcatattgattttcgtaacccaattcaagataacacaaagagggttgacccaatcactatcaccaataaataaatgagcttttgtcnnnnnnn 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||           
T  13536063 gactatttcatattgattttcgtaacccaattcaagataacacaaagagggttgacccaatcacaatcaccaataaataaatgagcttttgtcaaaaaaa 13536162  T
Q  120 gacgacctaa---atgagctatttttcaacaaaataaagtgagatttacgaacaagccacaaggtatgtcctaccaaagttctataaataccattcctca 216  Q
    |||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13536163 gacgacctgatcaatgagctatttttcaacaaaataaagtgagatttacgaacaagccacaaggtatgtcctaccaaagttctataaataccattcctca 13536262  T
Q  217 ccatgtcataaacccacatcacaagctaaattagttgtattcatattatacatttctctcttcattttcttcttgcatatttatcctttttagttatctt 316  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||    
T  13536263 ccatctcataaacccacatcacaagcgaaattagttgtattcatattatacatttctcttttcattttcttcttgtatattgatcctttttaactatctt 13536362  T
Q  317 gatctatatatcatgggtgtttttactttcaatgatgaacatgtctcagctgtggctccagctaaactatacaaagctcttgcaaaagatgctgatgaaa 416  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13536363 gat--atatatcatgggtgtttttactttcaacgatgaacatgtctcaaccgtggctccagctaaactctacaaagctcttgcaaaagatgctgatgaaa 13536460  T
Q  417 tcatcccaaaggtgattccagctgcccagaatgttgaaattgttgaaggaaatggaggacctggcaccatcaaaaagttatccatgtctgaaggtaattg 516  Q
    |  |||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13536461 tagtcccaaaggtgatttctgctgcccaaagtgttgaaattgttgaaggaaatggtggacctggcaccatcaaaaagttatccatgtctgaaggtaattc 13536560  T
Q  517 attaagagcatttactatatccctgtcaaaaaatatacaactttattaattagtaattcaatagacatgttaagaaatcatatactcacttttatttttg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13536561 attaagagcatttactatatccctgtcaaaaaa-atacaactttattaattagtaattcaatagacatgttaagaaatcatatactcacttttatttttg 13536659  T
Q  617 aattagattttgagtgttcaaggagaccaatgataatacataaactgagtctatatacaaatactaagcttcaagaaacaactaatttccatgg 710  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13536660 aattagattttgagtgttgaaggagaccaatgataatacataaactgagtctatatataaataataagcttcaagaaacaactaatttccatgg 13536753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 184 - 515
Target Start/End: Original strand, 13529672 - 13530000
Alignment:
Q  184 gtcctaccaaagttctataaataccattcctcaccatgtcataaacccacatcacaagctaaattagttgtattcatattatacatttctctcttcattt 283  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||   |||||||    
T  13529672 gtcctaccaaagttctataaatatcatccctcactatgtcataaaccg-catcacaaactaaattagttgtattcatattatataccacttctttcattt 13529770  T
Q  284 tcttcttgcatatttatcctttttagttatcttgatctatatatcatgggtgtttttactttcaatgatgaacatgtctcagctgtggctccagctaaac 383  Q
     ||||||| || || |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  13529771 acttcttgaattttgatcctttttaattatcttgat--atatatcatgggtgtttttactttcaatgatgaacatgtctcaaccgtggctccagctaaac 13529868  T
Q  384 tatacaaagctcttgcaaaagatgctgatgaaatcatcccaaaggtgattccagctgcccagaatgttgaaattgttgaaggaaatggaggacctggcac 483  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  13529869 tctacaaagctcttgcaaaagatgctgatgaaattgtcccaaaggtgatttctgctgcccaaagtgttgaaattgttgaaggaaatggaggaccaggaac 13529968  T
Q  484 catcaaaaagttatccatgtctgaaggtaatt 515  Q
    ||| || |||||||||||   |||||||||||    
T  13529969 cattaagaagttatccattgttgaaggtaatt 13530000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 175 - 523
Target Start/End: Original strand, 13541082 - 13541430
Alignment:
Q  175 acaaggtatgtcctaccaaagttctataaataccattcctcaccatgtcataaacccacatcacaagctaaattagttg---tattcatattatacatt- 270  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||  |  |||||   ||| |||||||  |||||||| ||||| |||| |   |||||||||||||||||     
T  13541082 acaaggtaggtcctaccaaagttctataaatagtaaccctcaatgtgttataaaccg-catcacaaactaaaatagtagcattattcatattatacatta 13541180  T
Q  271 ---tctctcttcattttcttcttgcatatttatcctttttagttatcttgatctatatatcatgggtgtttttactttcaatgatgaacatgtctcagct 367  Q
       ||||  ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||    |||||||  |||||||||||||  ||||  ||||| |||||||||||||||| ||    
T  13541181 atttctcctttcatttacttattgcatattgatccttttta----tcttgat--atatatcatgggttcttttgttttcattgatgaacatgtctcaact 13541274  T
Q  368 gtggctccagctaaactatacaaagctcttgcaaaagatgctgatgaaatcatcccaaaggtgattccagctgcccagaatgttgaaattgttgaaggaa 467  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  13541275 gtggctccagctaaactttacaaagcacttgcaaaagatgctgatgaaatcatcccaaaggtgattccagctgctcagagtgttgaaattgttgaaggaa 13541374  T
Q  468 atggaggacctggcaccatcaaaaagttatccatgtctgaaggtaattgattaaga 523  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13541375 atggaggacctggcaccattaagaagttatccatgtctgaaggtaattgattaaga 13541430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 175 - 515
Target Start/End: Original strand, 13553552 - 13553887
Alignment:
Q  175 acaaggtatgtcctaccaaagttctataaataccattcctcaccatgtcataaacccacatcacaagctaaat--tagttgtattcatattatacatttc 272  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||| || ||  ||||||||||  ||||||| | |||    
T  13553552 acaaggtaggtcctactcaagttctataaatagcatccctcaccatgtcataaaccg-catcacaagttatatactagttgtatttttattatatacttc 13553650  T
Q  273 tctcttcattttcttcttgcatatttatcctttttagttatcttgatctatatatcatgggtgtttttactttcaatgatgaacatgtctcagctgtggc 372  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| ||| | ||||    |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  13553651 tcctttcattttcttcttgcatattaatcttcttta----tcttaat--atatatcatgggtgtttttactttcaatgatgaacatgtctcaaccgtggc 13553744  T
Q  373 tccagctaaactatacaaagctcttgcaaaagatgctgatgaaatcatcccaaaggtgattccagctgcccagaatgttgaaattgttgaaggaaatgga 472  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  13553745 tccagctaaactatacaaagctcttgcaaaagatgctgatgaaatcgtcccaaaggtgatttctgctgcccaaagtgttgaaattgttgaaggaaatgga 13553844  T
Q  473 ggacctggcaccatcaaaaagttatccatgtctgaaggtaatt 515  Q
    ||||| || ||||| || |||||||||||   |||||||||||    
T  13553845 ggaccaggaaccattaagaagttatccattgttgaaggtaatt 13553887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University