View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8638_high_1 (Length: 798)

Name: NF8638_high_1
Description: NF8638
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8638_high_1
NF8638_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-780)||(39783093-39783872)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 710; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 710; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 39783872 - 39783093
Alignment:
Q  1 aaggaagtagatgccatcattttgtgccaatgtttcaagaatcaattagaccataaatatttatgtgctttcctagaatcaatcctattttctacataaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39783872 aaggaagtagatgccatcattttgtgccaatgtttcaagaatcaattagaccataaatatttatgtgctttcctagaatcaatcctattttctatataaa 39783773  T
Q  101 taactctattctcttagaattttcctcatttaagcttaacctgtgtatgaaggtaaacttgggacaaagaaggttcaaaactagttagcctctatagaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783772 taactctattctcttagaattttcctcatttaagcttaacctgtgtatgaaggtaaacttgggacaaagaaggttcaaaactagttagcctctatagaaa 39783673  T
Q  201 ctaaattgatcattcatggagaagcttgttaggtcacgtgacaaagaatacatgaggatggccatgttaaagcatgaagaaactttcaaacaacaggtac 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783672 ctaaattgatcattgatggagaagcttgttaggtcatgtgacaaagaatacatgaggatggccatgttaaagcatgaagaaactttcaaacaacaggtac 39783573  T
Q  301 ttctatatctattcctccacgttattctttctataagtattagtagttcaaggtatttgatgtctccgttactgatattgaagttgcatatgtctttgct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783572 ttctatatctattcctccacgttattctttctataagtattagtagttcaaggtatttgatgtctccattactgatattgaagttgcatatgtctttgct 39783473  T
Q  401 ataacttatactgaccaatgcagcttcaatcatagtcaaaaactcatagacatcnnnnnnnttgatgtcacgaccaatattgaagctgcatcggccattt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783472 ataacttatactgaccaatgcagcttcaatcatagtcaaaaactcatagacatcaaaaaaattgatgtcacgaccaatattgaagctgcatcggccattt 39783373  T
Q  501 gatgtctatgcgagtttgtgactatgattgaagttgcatcagtcgttcttgaatgcacactggcaaacatagaacnnnnnnnaaaaccatacgtcaattg 600  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  39783372 gatgtctatgcgagtctgtgactatgattgaagttgcatcagtcgttcttgaatgcacactggcaaacatagaactttttttaaaaccatacgtcaattg 39783273  T
Q  601 agtgttgcgagaattttctttcaggtatacgagcttcatcgtttgtatcgaatacaaaagatactgatgcaaaatatggaggcaagaagaggagttgaag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39783272 agtgttgcgagaattttctttcaggtatacgagcttcatcggttgtatcgaatacaaaagatactgatgcaaaatatggaggcaagaagaggagttgaag 39783173  T
Q  701 taaaagaacaagaatggtacttcaagaatgcaattagtttaactcaaaatgctaatcatcattataaaggtggacaagaa 780  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39783172 taaaagaacaagaatggtacttcaagaatgcaattagtttaactcaaaatgctaatcatcatcataaaggtggacaagaa 39783093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University