View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8659_low_1 (Length: 855)
Name: NF8659_low_1
Description: NF8659
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8659_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 804; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 804; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 846
Target Start/End: Original strand, 7761893 - 7762720
Alignment:
| Q |
19 |
atcatgcttatgcttatttagaacatcgatatctcttgttgttacaatgacaatgctaccagaaccaaaccaatcttgtcctccagctaatgattccaat |
118 |
Q |
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| T |
7761893 |
atcatgcttatgcttatgtagaacatcgatatctcttgttgttacaatgacaatgctaccagaaccaaaccaatcttgtcctccagctaatgattccaat |
7761992 |
T |
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| Q |
119 |
tgttttaccgaatcaacatcatcgagtatcagaagaacttttctgttagcaagcttgcattttattacagagcttcctgtagatgtgcttccaatcatgg |
218 |
Q |
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| T |
7761993 |
tgttttaccgaatcaacatcatcgagtatcagaagaactcttctgttagaaagcttgcattttattacagagcttcctgtagatgtgcttccaatcatgg |
7762092 |
T |
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| Q |
219 |
tttgtgtctccacacccatctcagacagaagtgtcctttggagatcttccagtcccctagtgctttcattagatttttctctaacattagcaagaaaact |
318 |
Q |
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| T |
7762093 |
tttgtgtctccacacccatctcagacagaagtgtcctttggagatcttccagtcccctagtgctttcattagatttttctctaacattagcaagaaaact |
7762192 |
T |
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| Q |
319 |
agtagcttcaaatcgatgactgatcttgctatatatattccaagcaaacgttgtttttcctattccaccacctccatagatttccaacatgcaaacagca |
418 |
Q |
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| T |
7762193 |
agtagcttcaaatcgatgactgatcttgctatatatattccaagcaaacgttgtttttcctattccaccacctccatagatttccaacatgcaaacagca |
7762292 |
T |
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| Q |
419 |
tcatcagaattggtatcaataagagacttcacctgttcgaaacgagaatcgagtccgactaggtgtttaatttgtaaaggtatgggaggtagtttagctg |
518 |
Q |
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| T |
7762293 |
tcatcagaattggtatcaataagagacttcacctgttcgaaacgagaatcgagtccgactaggtgtttaatttgtaaaggtatgggaggtagtttagctg |
7762392 |
T |
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| Q |
519 |
agatctctttgacaatcttctcaataaactcatattcatagctgtacagaaatacaataagaatgataaatcaaaagaaagtggggataaaatgattatg |
618 |
Q |
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| T |
7762393 |
agatctctttgacaatcttctcaataaactcatattcatagctgtacagaaatacaataagaatgataaatcaaaagaaagtggggataaaatgattatg |
7762492 |
T |
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| Q |
619 |
tgcaatattgctaaactcagaaaaaaggttattttattaatgatatcattaaagagagtataattaagtaaaatatataacaatcatattgacaaagatc |
718 |
Q |
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| T |
7762493 |
tgcaatattgctaaactcagaaaaaaggttattttattaatgatatcattaaagagagtataattaagtaaaatatataacaatcatattgacaaagatc |
7762592 |
T |
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| Q |
719 |
ataatttggaactattgatcctatatatatgtacaacatttgttctattgttgtagacttcggtgtcctaaaacattgaactcagggaaggatcttccat |
818 |
Q |
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| T |
7762593 |
ataatttggaactattgatcctatatatatgtacaacatttgttctattgttgtatacttcggtgtcctgaaacattgaactcagggaaggatcttccat |
7762692 |
T |
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| Q |
819 |
agtcttttctgccactgaagtataatct |
846 |
Q |
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| T |
7762693 |
agtcttttctgccactgaagtaaaatct |
7762720 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 28 - 577
Target Start/End: Original strand, 7838313 - 7838859
Alignment:
| Q |
28 |
atgcttatttagaacatcgatatctcttgttgttacaatgacaatgctaccagaaccaaaccaatcttgtcctccagctaatgattccaattgttttacc |
127 |
Q |
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| T |
7838313 |
atgcttatgtagaacatctatatctcttgttgttacaatgattctgctaccagaaccaaaccaatcatgtcctccagctaatgatttcaattgttttact |
7838412 |
T |
|
| Q |
128 |
gaatcaacatcatcgagtatcagaagaacttttctgttagcaagcttgcattttattacagagcttcctgtagatgtgcttccaatcatggtttgtgtct |
227 |
Q |
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| T |
7838413 |
gaatcaacatcatccagtatgagaagaactcttttgcgggcaagtctgcgttttatttcagagcttcctctatacgtgcttcccatcatggtttgtgtct |
7838512 |
T |
|
| Q |
228 |
ccacacccatctcagacagaagtgtcctttggagatcttccagtcccctagtgctttcattagatttttctctaacattagcaagaaaactagtagcttc |
327 |
Q |
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| T |
7838513 |
cctcacccatctcagacagaagtgtcctttggagatcttccagtcccctagtgttttcatttgatttttctctaacattaccaagaaaacaagcagcttc |
7838612 |
T |
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| Q |
328 |
aaatcgatgactgatcttgctatatatattccaagcaaacgttgtttttcctattccaccacctccatagatttccaacatgcaaacagcatcatcagaa |
427 |
Q |
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| T |
7838613 |
aaatcgacgcctgatcttgttatatatatccaaggcaaatgtggttttgcctattccaccagctccataaattcccaacatgcaaacaacatca---gaa |
7838709 |
T |
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| Q |
428 |
ttggtatcaataagagacttcacctgttcgaaacgagaatcgagtccgactaggtgtttaatttgtaaaggtatgggaggtagtttagctgagatctctt |
527 |
Q |
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| T |
7838710 |
tcaatattaataagagatttcacctgttcgaaacgagaatcgagtccaactaggtgtttaatttgtaaaggcgtgggaggtagtttagctgagatgtctc |
7838809 |
T |
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| Q |
528 |
tgacaatcttctcaataaactcatattcatagctgtacagaaatacaata |
577 |
Q |
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| T |
7838810 |
tcacaatcttctcaataaactcagattcatagctgcatagaaatacaata |
7838859 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 28 - 562
Target Start/End: Original strand, 7754797 - 7755328
Alignment:
| Q |
28 |
atgcttatttagaacatcgatatctcttgttgttacaatgacaatgctaccagaaccaaaccaatcttgtcctccagctaatgattccaattgttttacc |
127 |
Q |
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| T |
7754797 |
atgcttatgtagaatatctatatctcttgtagttataatgataatgctaccagaattaaaccaatcatgtcctccagcaagtgattccaattgttttaca |
7754896 |
T |
|
| Q |
128 |
gaatcaacatcatcgagtatcagaagaacttttctgttagcaagcttgcattttattacagagcttcctgtagatgtgcttccaatcatggtttgtgtct |
227 |
Q |
| |
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| T |
7754897 |
gaatcaacatcatccagtatcagaagaactcttttgtgagaaagcctgtgttttatttcagagcttcctctaaatgagcttccgaacac---ttgtgtcg |
7754993 |
T |
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| Q |
228 |
ccacacccatctcagacagaagtgtcctttggagatcttccagtcccctagtgctttcattagatttttctctaacattagcaagaaaactagtagcttc |
327 |
Q |
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| T |
7754994 |
cctcacctatctcattcaaaagtgtcctttggagattttccagaccaccaatgctttcatttgatttttctctaacattagcaagaaaactcgcagcttc |
7755093 |
T |
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| Q |
328 |
aaatcgatgactgatcttgctatatatattccaagcaaacgttgtttttcctattccaccacctccatagatttccaacatgcaaacagcatcatcagaa |
427 |
Q |
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| T |
7755094 |
aaattgatgtctgatcttgttatatatatgcaaggcaaactgggttttgcctattccgccagctccgtaaattcccaacatgcaaatacgttcactagag |
7755193 |
T |
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| Q |
428 |
ttggtatcaataagagacttcacctgttcgaaacgagaatcgagtccgactaggtgtttaatttgtaaaggtatgggaggtagtttagctgagatctctt |
527 |
Q |
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| T |
7755194 |
ttgatatcaataatagatttcacctgtttgaaacgagtattgaggccgactaggtgtttgatttgtaaaggcacggtcggtagtttagtagagatatctc |
7755293 |
T |
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| Q |
528 |
tgacaatcttctcaataaactcatattcatagctg |
562 |
Q |
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| T |
7755294 |
tgacaatcttttcaataaactcagattcatagctg |
7755328 |
T |
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