View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8673_low_3 (Length: 466)

Name: NF8673_low_3
Description: NF8673
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8673_low_3
NF8673_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-454)||(827244-827678)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (20-452)||(34353777-34354209)
chr5 (20-452)||(41720177-41720609)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (20-452)||(30948301-30948733)
chr4 (20-452)||(42267670-42268102)
chr4 (20-452)||(48699939-48700371)
chr4 (49-444)||(2000660-2001055)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (20-452)||(9442210-9442642)
chr8 (24-444)||(24596610-24597030)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-452)||(27876827-27877259)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (20-452)||(5821393-5821825)
chr3 (20-452)||(2815381-2815813)
chr3 (24-444)||(42586726-42587146)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (257-409)||(8136818-8136971)
chr7 (62-262)||(8134716-8134907)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 827678 - 827244
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827678 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 827579  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827578 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 827479  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  827478 acgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 827379  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  827378 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccacaaggactttcaa 827279  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatgtc 454  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  827278 gccacgttcagacatatggcctagtctttgatgtc 827244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 34354209 - 34353777
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354209 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 34354110  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354109 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 34354010  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34354009 acgaagtatcttgctcctcccagagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttttagtagttactctagcaa 34353910  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  34353909 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacaaaatggtaaatttactgccttgagcccgtgaaggagattgcgttcagcaaggactttcaa 34353810  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34353809 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 34353777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 41720609 - 41720177
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41720609 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctatatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcctagtttcaag 41720510  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720509 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 41720410  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    || || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720409 acaaaatatcttgctcctcctagagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 41720310  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41720309 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacaaaatggtaaatttactgccttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggactttcaa 41720210  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41720209 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 41720177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Original strand, 30948301 - 30948733
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948301 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 30948400  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30948401 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctagaatagtcatcaatgaatgac 30948500  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948501 acgaagtatcttgctcctcccagagataattttggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 30948600  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  30948601 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccacaaggactttcaa 30948700  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30948701 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 30948733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 42268102 - 42267670
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268102 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 42268003  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268002 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 42267903  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42267902 acgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 42267803  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  42267802 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccacaaggactttcaa 42267703  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 452  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42267702 gccacgttcagacatatggcctagtctttgatg 42267670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Original strand, 48699939 - 48700371
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699939 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 48700038  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700039 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 48700138  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48700139 acgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 48700238  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  48700239 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccacaaggactttcaa 48700338  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 452  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48700339 gccacgttcagacatatggcctagtctttgatg 48700371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 49 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 2001055 - 2000660
Alignment:
Q  49 agaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaata 148  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||| ||| | || | ||||||||| || |  |||||||||||| |||||||||    
T  2001055 agaaagtcaccatctacatattctgctccattgtttgttcttaagcactttattcttttactagtttcaagttccacgtgtgctttgaattccttgaata 2000956  T
Q  149 ctggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctccctgagatat 248  Q
    ||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || || | ||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||   |||||    
T  2000955 ctgtaaacacatttgacttcttcttgattgggtacacccataatctcctagagtggtcatcaataaatgacacaaaatattttgctcctcccatggatat 2000856  T
Q  249 ttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcaca 348  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2000855 ttgtggcgactcccacacatcagaatgtattaagtcaagtatgtatttgcttctagtagttactatagaaaacttcaatctatgttgcttgcttgtcaca 2000756  T
Q  349 cagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaagccacgttctgacatatggcctagt 444  Q
    |||||||||||||| |  ||||| | ||||||||||||  | || |||||  ||||||||||  |||| || ||| |||| |||||||||||||||    
T  2000755 cagtgctcacagaaagacaaattcattgtcttgagcccaggtagaagattttgttccgcaagagctttcaaaccatgttccgacatatggcctagt 2000660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Original strand, 9442210 - 9442642
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442210 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 9442309  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442310 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 9442409  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9442410 acgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 9442509  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  9442510 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccacaaggactttcaa 9442609  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 452  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9442610 gccacgttcagacatatggcctagtctttgatg 9442642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 24 - 444
Target Start/End: Original strand, 24596610 - 24597030
Alignment:
Q  24 aataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctct 123  Q
    ||||||||| ||||| || ||||  | ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | || ||||||||||| ||     
T  24596610 aataccctcatgtttgcagaatgtcaaaaaatcaccatctacatattctcctccattgtctgttcttaagcactttattcttttaccagtttcaagttcc 24596709  T
Q  124 atttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacga 223  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |  |||||||| |||||||| |    
T  24596710 acttgtgctttgaattccttgaatactgtaaacacatttgacttcttcttgattgggtacacccataatctcctagagtgatcatcaataaatgacacaa 24596809  T
Q  224 agtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaactt 323  Q
    | | | |||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  24596810 aatgttttgctcctcccatggatatttgtggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtcaagtatgtatttgcttctagtagttactctggaaaactt 24596909  T
Q  324 caatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaagcca 423  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||  | || |||||  ||||| ||||  |||| || |||    
T  24596910 caatctatgttgcttgcttgtcacacagtgctcacagaaagacaaattcactgtcttgagcccaggtagaagattttgttcctcaagagctttcaaacca 24597009  T
Q  424 cgttctgacatatggcctagt 444  Q
    ||||| || ||||||||||||    
T  24597010 cgttccgatatatggcctagt 24597030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Original strand, 27876827 - 27877259
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876827 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 27876926  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876927 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 27877026  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27877027 acgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 27877126  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  27877127 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccacaaggactttcaa 27877226  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 452  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27877227 gccacgttcagacatatggcctagtctttgatg 27877259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Original strand, 5821393 - 5821825
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821393 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 5821492  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821493 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatctgacttcttcttgattgggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 5821592  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5821593 acgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 5821692  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  5821693 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccacaaggactttcaa 5821792  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 452  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5821793 gccacgttcagacatatggcctagtctttgatg 5821825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Original strand, 2815381 - 2815813
Alignment:
Q  20 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaag 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  2815381 ttacaataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgtcatctacatattatcctccattatctatcctcaagcacttaatctttttcccagtttcaag 2815480  T
Q  120 ctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2815481 ctctatttgtgcttttaatgccttgaatactggaaacacaactgacttcttcttgattggttacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgac 2815580  T
Q  220 acgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2815581 acgaagtatcttgctcctcccagagataattctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaa 2815680  T
Q  320 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2815681 acttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacaaaatggtaaatttactgaattgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggactttcaa 2815780  T
Q  420 gccacgttctgacatatggcctagtctttgatg 452  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2815781 gccacgttatgacatatggcctagtctttgatg 2815813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 24 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 42587146 - 42586726
Alignment:
Q  24 aataccctcttgtttacaaaatgctagaaactcgccatctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctct 123  Q
    ||||||||| ||||| || ||||  | ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| | || ||||||||||| ||     
T  42587146 aataccctcatgtttgcagaatgtcaaaaaatcaccatctacatattctcctccattgtctgttcttaagcactttattcttttaccagtttcaagttcc 42587047  T
Q  124 atttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatccgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacga 223  Q
    | ||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |  |||||||| |||||||| |    
T  42587046 acttgtggtttgaattccttgaatacggtaaacacatttgacttcttcttgattgggtacacccataatctcctagagtgatcatcaataaatgacacaa 42586947  T
Q  224 agtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaactt 323  Q
    | ||| |||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  42586946 aatattttgctcctcccatggatatttgtggtgactcccacacatcagaatgtatcaagtcaagtatgtatttgcttctagtagttactctggaaaactt 42586847  T
Q  324 caatctatgttgcttgcttatcacacagtgctcacagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtgaaggagattgcgttccgcaaggacttttaagcca 423  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||| | ||||||||||||  | || |||||  ||||||||||  |||| || |||    
T  42586846 caatctatgttgcttgcttgtcacacagtgctcacagaaagacaaattcattgtcttgagcccaggtagaagattttgttccgcaagagctttcaaacca 42586747  T
Q  424 cgttctgacatatggcctagt 444  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  42586746 cgttccgacatatggcctagt 42586726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 257 - 409
Target Start/End: Original strand, 8136818 - 8136971
Alignment:
Q  257 actcccacacatcagaatgtatcaagtctagtatgtgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctc 356  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8136818 actcccacacatcataatggatcaagtctagtatatgtttgcttctagtagttactctagcaaacttcaatctatgttgcttgcttatcacacagtgctc 8136917  T
Q  357 acagaatggtaaatttactgtcttgagcccgtg-aaggagattgcgttccgcaa 409  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  8136918 acagaatggtaagtttaccgtcttcagcctgtgaaaggagattgcgttccgcaa 8136971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 62 - 262
Target Start/End: Original strand, 8134716 - 8134907
Alignment:
Q  62 ctacatattctcctccattgtctgtcctcaagcacttaattttcttcccagtttcaagctctatttgtgctttgaatgccttgaatactggaaacacatc 161  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||||||         |||| |||||||||    
T  8134716 ctacatattctcctccattatctgtcctcaagcacttaattttcttctcaatttcacgctttatttgtgctttgaat---------actgaaaacacatc 8134806  T
Q  162 cgacttcttcttgattaggtacacccataatcttctggaatagtcatcaatgaatgacacgaagtatcttgctcctccctgagatatttctggtgactcc 261  Q
     ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  8134807 tgacttcttcttaattgggtacacccataatcttctggaatagtaatcaatgaatgagacgaaatatcttgcccctcccagagatatttctggtgactcc 8134906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University