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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8686_low_6 (Length: 438)
Name: NF8686_low_6
Description: NF8686
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8686_low_6 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 29321459 - 29321071
Alignment:
| Q |
30 |
acatggtagaagttaactttcatccatctttctattaaaaaataaataatcattttgggattgtttgtgttattttgttgactgaagtttgagtttccat |
129 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
29321459 |
acatggtagaagttaactttcatccatctttctattaaaaaataaataatcattttgggattgtttgtgttattttgttgactgaagtttgagtttccat |
29321360 |
T |
|
| Q |
130 |
gaccacacataacgctaattcatggaagagataagagagtattatctggtactgacaatacatcacaagatctataagctacttaatctaatggttctca |
229 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
29321359 |
gaccacacataacgctaattcatggaagagataagagagtattatctggtactgacaatacatcacaagatctataagctacttaatctaatggttctca |
29321260 |
T |
|
| Q |
230 |
aatatttggtctaagttggatcactaaattcatgggtccaaattatacaaacacaaaaaccatatattgatgtatgttccacaacaggaggcaccaatca |
329 |
Q |
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|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
29321259 |
aata-ttggtctaagttggatcactaaattcatgggtccaaattatacaaacagaaaaaccatatattgatgtatgttccacaacaggaggcaccaatca |
29321161 |
T |
|
| Q |
330 |
tttgctaaaattagtacaagtttaaatgtttacaatgacaaacagaccaaatatataccacaatacatatcatttccaatttgaacattg |
419 |
Q |
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| T |
29321160 |
tttgctaaaattagtacaagtttaaacgtttacaatgacaaacagaccaaatatataccacaatacatatcatttccaatttgaacattg |
29321071 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 40031636 - 40031253
Alignment:
| Q |
27 |
tcaacatggtagaagttaactttcatccatctttctattaaaaaataaataatcattttgggattgtttgtgttattttgttgactgaagtttgagtttc |
126 |
Q |
| |
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| T |
40031636 |
tcaacatggtagaaattaactttcatccatctttctattaaaaaataaataatcattttaggattgtttgtgttattttgttgactgaagtttgagtttc |
40031537 |
T |
|
| Q |
127 |
catgaccacacataacgctaattcatggaagagataagagagtattatctggtactgacaatacatcacaagatctataagctacttaatctaatggttc |
226 |
Q |
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| T |
40031536 |
catgaccacacataacgctaattcatgaaagagataagagagtattatctggtactgacaatacatcacaagatctataagctacttaatctaatggttc |
40031437 |
T |
|
| Q |
227 |
tcaaatatttggtctaagttggatcactaaattcatgggtccaaattatacaaacacaaaaaccatatattgatgtatgttccacaacaggaggcaccaa |
326 |
Q |
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| T |
40031436 |
tcaaata-ttggtctaagttggatcactaaattcatgggtccaaattatacaaacacaaaaaccatatattgatgtatgttccacaacaggaggcaccaa |
40031338 |
T |
|
| Q |
327 |
tcatttgctaaaattagtacaagtttaaatgtttacaatgacaaacagaccaaatatataccacaatacatatcatttccaatttgaacattg |
419 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
40031337 |
tcatttgctaaaattagtacaa--------gtttacaatgacaaacagaccaaatatataccacaatacatatcatttccaatttgaacattg |
40031253 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 84 - 419
Target Start/End: Original strand, 40023539 - 40023865
Alignment:
| Q |
84 |
ttgggattgtttgtgttattttgttgactgaagtttgagtttccatgaccacacataacgctaattcatggaagagataagagagtattatctggtactg |
183 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |
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| T |
40023539 |
ttgggattgtttgtgttattttgttggctgaagtttgagtttccatgaccacacataacgctaattcatggaagagataagagagtattatctgataccg |
40023638 |
T |
|
| Q |
184 |
acaatacatcacaagatctataagctacttaatctaatggttctcaaatatttggtctaagttggatcactaaattcatgggtccaaattatacaaacac |
283 |
Q |
| |
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|
| T |
40023639 |
acaatacatcacaagatctataagctacttaatctaatggttctcaaata-ttggtctaagttggatcactaaattcatgggtccaaattatacaaacac |
40023737 |
T |
|
| Q |
284 |
aaaaaccatatattgatgtatgttccacaacaggaggcaccaatcatttgctaaaattagtacaagtttaaatgtttacaatgacaaacagaccaaatat |
383 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40023738 |
aaaaaccatatattgatgtatgttccacaacaggaggcaccaatcatttgctaaaattagtacaa--------gtttacaatgacaaacagaccaaatat |
40023829 |
T |
|
| Q |
384 |
ataccacaatacatatcatttccaatttgaacattg |
419 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
40023830 |
ataccacaatacatatcatttccaatttgaacattg |
40023865 |
T |
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