View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8687_low_5 (Length: 282)

Name: NF8687_low_5
Description: NF8687
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8687_low_5
NF8687_low_5
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (14-266)||(33860283-33860535)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (42-264)||(45984300-45984522)
chr1 (35-266)||(43044449-43044680)
chr1 (35-266)||(43067311-43067542)
chr1 (35-266)||(43083293-43083524)
chr1 (66-266)||(38138491-38138691)
chr1 (54-266)||(3300183-3300395)
chr1 (66-216)||(7891583-7891733)
chr1 (66-238)||(43077219-43077391)
chr1 (168-210)||(40035429-40035471)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (66-246)||(16348616-16348796)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (54-240)||(4296915-4297101)
chr8 (99-239)||(4788124-4788264)
chr8 (55-265)||(4619139-4619349)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-209)||(19965134-19965329)
chr4 (54-266)||(4230914-4231126)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 14 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 33860535 - 33860283
Alignment:
Q  14 tgactttgtgggattagattgcaagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgct 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33860535 tgactttgtgggattagattgcaagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaagccgct 33860436  T
Q  114 cactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860435 cactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggctttacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgt 33860336  T
Q  214 ttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaag 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33860335 ttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaag 33860283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 87; Significance: 9e-42; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 42 - 264
Target Start/End: Original strand, 45984300 - 45984522
Alignment:
Q  42 gttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaa 141  Q
    ||||||||| | ||||||||||  || |||||||||||| |||||   | | |||||||    ||||||||||||||||||||||  |||||||| || |    
T  45984300 gttgctgctagggatctcaagcaaggttatgttgcctcaaactccgagggtgacccagcggtagaggccgctcactttacatctcttgttatcattacga 45984399  T
Q  142 atgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactg 241  Q
    || ||||||||| |||| |||| || || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  45984400 atcaccctggccagattcgaaatggctacacacctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttatttccaaggttgacag 45984499  T
Q  242 gttttatggtaaggaaattgaga 264  Q
    || || |||| ||||||||||||    
T  45984500 gtgttctggtgaggaaattgaga 45984522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 35 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 43044680 - 43044449
Alignment:
Q  35 caagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatc 134  Q
    |||||||||||||| |   ||||||||||  || |||||||||||| ||||||  ||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||    
T  43044680 caagaatgttgctgttaaggatctcaagcgtgggtatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaggctgctaactttacatctcaagtgatc 43044581  T
Q  135 atcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaagg 234  Q
    || |  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || | |||     
T  43044580 ataatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttgttactaaga 43044481  T
Q  235 ttgactggttttatggtaaggaaattgagaag 266  Q
    ||||  ||  || ||||||||| |||||||||    
T  43044480 ttgataggcgttctggtaaggagattgagaag 43044449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 35 - 266
Target Start/End: Original strand, 43067311 - 43067542
Alignment:
Q  35 caagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatc 134  Q
    |||||||||||||| |   ||||||||||  || |||||||||||| ||||||  ||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||    
T  43067311 caagaatgttgctgttaaggatctcaagcgtgggtatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaggctgctaactttacatctcaagtgatc 43067410  T
Q  135 atcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaagg 234  Q
    || |  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || | |||     
T  43067411 ataatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttgttactaaga 43067510  T
Q  235 ttgactggttttatggtaaggaaattgagaag 266  Q
    ||||  ||  || ||||||||| |||||||||    
T  43067511 ttgataggcgttctggtaaggagattgagaag 43067542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 35 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 43083524 - 43083293
Alignment:
Q  35 caagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatc 134  Q
    |||||||||||||| |   ||||||||||  || |||||||||||| ||||||  ||| ||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||| |||    
T  43083524 caagaatgttgctgttaaggatctcaagcgtgggtatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaagctgctaactttacatctcaagtgatc 43083425  T
Q  135 atcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaagg 234  Q
    ||||  ||| ||||||||| |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || | |||     
T  43083424 atcatgaatcaccctggccagattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgctgagcttgttactaaga 43083325  T
Q  235 ttgactggttttatggtaaggaaattgagaag 266  Q
    ||||  ||  || ||||||||| |||||||||    
T  43083324 ttgataggcgttctggtaaggagattgagaag 43083293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 66 - 266
Target Start/End: Original strand, 38138491 - 38138691
Alignment:
Q  66 ggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaag 165  Q
    ||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||| ||| | |||||||| |  ||||||||||| ||| |  |||||| ||||  ||| |    
T  38138491 ggctatgttgcctcagactccaagcatgacccagccacggaggctgctaaatttacatcccgtgttatcatcacgaatcaaactggccggattcaaaatg 38138590  T
Q  166 gttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaaggaaattgagaa 265  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||  |||||| |||||    
T  38138591 gctatacacctattctggactgccacacctcccacgttcctgtcaagtttgctaagcttgttaccaagtttgacaggttttctggtttggaaatcgagaa 38138690  T
Q  266 g 266  Q
    |    
T  38138691 g 38138691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 54 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 3300395 - 3300183
Alignment:
Q  54 gatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcc 153  Q
    ||||||||||  || |||||||||||| ||||||  ||| |||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |  ||| |||||||||    
T  3300395 gatctcaagcgtggttatgttgcctcaaactccaaggatgaccctgccaaggaggctgctaactttacatctcaagtgatcattatgaatcaccctggcc 3300296  T
Q  154 tgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaa 253  Q
     |||| |||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||| || | ||| ||||| ||  || ||| ||    
T  3300295 agattggaaatggctatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtcaaatttgctgagcttgttactaagattgacaggcgttctggaaa 3300196  T
Q  254 ggaaattgagaag 266  Q
    ||| |||||||||    
T  3300195 ggagattgagaag 3300183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 66 - 216
Target Start/End: Original strand, 7891583 - 7891733
Alignment:
Q  66 ggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaag 165  Q
    ||||||||||||||| ||||||    |  |||||| | |||||| ||| | ||||||||||| |||||||||   ||| | ||||||| ||||||||| |    
T  7891583 ggctatgttgcctcaaactccaagcgtggcccagctatggaggctgctgaatttacatctcatgttatcatcttgaatcatcctggccagattagaaatg 7891682  T
Q  166 gttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttg 216  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  7891683 gctatacacctattctcgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttg 7891733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 238
Target Start/End: Original strand, 43077219 - 43077391
Alignment:
Q  66 ggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaag 165  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  || |||  ||| ||||||||  ||||  ||| |    
T  43077219 ggctatgttgcctctaactccatggatgacccagccaaggaggccgctaactttacatctcaagtcgtcgtcatgaatcaccctggcaagattgaaaatg 43077318  T
Q  166 gttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttga 238  Q
    | ||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||  ||||| ||||| ||||||| || ||||| ||||    
T  43077319 gctatgcacctgttcttcactgccacaccttccacattcttgtcaagtttgatgagcttgttaccaagattga 43077391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 168 - 210
Target Start/End: Original strand, 40035429 - 40035471
Alignment:
Q  168 tatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtca 210  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  40035429 tatacacctattgttgactgccacacctcccacattcctgtca 40035471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 66 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 16348796 - 16348616
Alignment:
Q  66 ggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaag 165  Q
    ||||||||||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||  ||| |    
T  16348796 ggctatgttgcctcaaactccaagcatcacccagccaaggaggccattaactttacatctcaagttatcatcacgaatcaccctggccaaattgaaaagg 16348697  T
Q  166 gttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggtttt 246  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  16348696 gttatacacctgttcttaactgccacacctcctacattgctgtcaagtttgctaagcttcttgccaaggtagacaggtttt 16348616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 54 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 4297101 - 4296915
Alignment:
Q  54 gatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcc 153  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| || ||   ||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||    
T  4297101 gatctcaagcaaggctatgttgcctcaaaccccgaggatgacccagccaaggaggtcactcactttacatctcatgttatcatcacaaatcaccctagcc 4297002  T
Q  154 tgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgact 240  Q
     ||||  | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||  |||| ||||||||||  |||||||||||    
T  4297001 agattgaagaaggctatacacctattcttcactgccacacctcccacattcctgtcaaatttgctgagcttatttacaaggttgact 4296915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 99 - 239
Target Start/End: Original strand, 4788124 - 4788264
Alignment:
Q  99 gccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctccc 198  Q
    |||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||  |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  4788124 gccaaggaggccgattactttacatctcatgttatcatcacaaatcaccctggacagattgaaaaaggctatacgcctattcttcactgccacacctccc 4788223  T
Q  199 acgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgac 239  Q
    |  ||||||||   |||| ||||||||||  ||||||||||    
T  4788224 aaattgctgtcgaatttgatgagcttatttgcaaggttgac 4788264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 55 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 4619349 - 4619139
Alignment:
Q  55 atctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagt--tatcatcacaaatgaccctggc 152  Q
    |||||||||  |||||||||| |||| ||||||   || ||||||||| |||||| | | ||||  ||||||| ||  ||||||||  ||| ||||||||    
T  4619349 atctcaagcgaggctatgttgtctcaaactccaagcatgacccagccaaggaggcagataactt--catctcatgtgttatcatcaggaatcaccctggc 4619252  T
Q  153 ctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggta 252  Q
    | |||| |||| || ||||||||| ||||| | |||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||| | |||||| ||||| ||| || |||||    
T  4619251 cagattggaaatggctatacacctgttcttcattgccacacctcccacactgctgtcaagtttgataagcttctagccaagattgacaggtgttctggta 4619152  T
Q  253 aggaaattgagaa 265  Q
    ||| |||||||||    
T  4619151 aggtaattgagaa 4619139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 209
Target Start/End: Original strand, 19965134 - 19965329
Alignment:
Q  14 tgactttgtgggattagattgcaagaatgttgctgctggtgatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgct 113  Q
    |||||||||||||||||||  | || |||||||||||   |||||| |||| || |||||||||||| |||||| | || ||||||||| || |||||||    
T  19965134 tgactttgtgggattagatgtcgaggatgttgctgctaaggatctccagccaggttatgttgcctcaaactccaacaatgacccagccatgggggccgct 19965233  T
Q  114 cactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcctgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtc 209  Q
     ||||||||||| |  ||||||| ||||| ||||||||| |||||  ||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19965234 gactttacatcttatcttatcattacaaaggaccctggcatgattcaaactggctatacacctgttcttgactgccacacctcccacattgctgtc 19965329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 54 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 4231126 - 4230914
Alignment:
Q  54 gatctcaagccgggctatgttgcctcagactccatcgatcacccagccacggaggccgctcactttacatctcaagttatcatcacaaatgaccctggcc 153  Q
    ||||||||||  || |||||||||||| || |||  ||| ||||||||| |||||| ||| |||| |||||||| || || ||||  ||| |||||||||    
T  4231126 gatctcaagcgtggttatgttgcctcaaacaccaaggatgacccagccaaggaggctgctaacttcacatctcaggtgattatcatgaatcaccctggcc 4231027  T
Q  154 tgattagaaaaggttatacacctattcttgactgccacacctcccacgttgctgtcatgtttgttgagcttattgccaaggttgactggttttatggtaa 253  Q
     |||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||| || | ||| ||||| ||  || ||||||    
T  4231026 agattggaaatggttatgcccctgttcttgactgccacacctcccacattgcagtcaagtttgctgagcttgttactaagattgacaggcgttctggtaa 4230927  T
Q  254 ggaaattgagaag 266  Q
    ||| || ||||||    
T  4230926 ggagatcgagaag 4230914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University