View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8688_high_1 (Length: 1015)

Name: NF8688_high_1
Description: NF8688
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8688_high_1
NF8688_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-997)||(34387283-34388279)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (734-787)||(41697403-41697456)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 969; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 969; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 997
Target Start/End: Complemental strand, 34388279 - 34387283
Alignment:
Q  1 tgttagggtatggaggctagggatgccaatatgtcccgattgtgacagcggctttctggaagatgtcgaacaatcaacacattccgccaatactgttggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34388279 tgttagggtatggaggctagggatgccaatatgtcccgattgtgacagcggctttctggaagatgtcgaacaatcaacacattccgccaatactgttggt 34388180  T
Q  101 ggccgtcgaatgaggttccctatggcggcggctatgtacatgataggccatcgcaataacaattataatcaaaatacttttcgacgccgccgtagaaaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34388179 ggccgtcgaatgaggttccctatggcggcggctatgtacatgataggccatcgcaataataattataatcaaaatacttttcgacgccaccgtagaaaca 34388080  T
Q  201 atgttaacggtggaggcatttctccgtttaacccgattatcatgattcgtggtggtggcggttcctctgaggggacgagccgtgagcgtgaagagaataa 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34388079 atgttaacggtggagacatttctccgtttaacccgattatcatgattcgtggtggtggtggttcctctgaggggacgagccgtgagcgtgaagagaataa 34387980  T
Q  301 cgagtttgagcttttctacgaagatggtgccggttctggtcttagagcattacctccaaggatgtcagagtttattctagggtctggatttgaaagggtg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34387979 cgagtttgagcttttctacgaagatggtgccggttctggtcttagagcattacctccaaggatgtcagagcttattctagggtctggatttgaaagggtg 34387880  T
Q  401 atggaacaactttctcatgttgaagctaatcgtagtggaaacgagggacataatcaacaacatttaccggcattaaaatccgcggtggaattgttaccga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34387879 atggaacaactttctcatgttgaagctaatcgtagtggaaacgagggacataatcaacaacatttaccggcattaaaatccgcggtggaattgttaccga 34387780  T
Q  501 cgattgaaatcaacgagagtcatatgaatgtagaatcacattgtgccgtttgtaaagagccttttgaacttggaatttcagctagtgaaatgccatgcaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34387779 cgattgaaatcaacgagagtcatatgaatgtagaatcacattgtgccgtttgtaaagagccttttgaacttggaatttcagctagggaaatgccatgcaa 34387680  T
Q  601 acacatataccataatgaatgcatacttccatggcttgcaattcaaaattcttgtcccgtttgtcgacatgaattgccttgtgaatcaccacaaattaac 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34387679 acacatataccataatgaatgcatacttccatggcttgcaattcaaaattcttgtcccgtttgtcgacatgaattgccttgtgaatcaccacaaattaac 34387580  T
Q  701 aatgaaatttccaattcgaatgaagacgagaatgttgggttgacaatttggaggttaccgggtggagggtttgccgttggaagattttctggtgatggag 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34387579 aatgaaatttccaattcgaatgaagacgagaatgttgggttgacaatttggaggttaccgggtggagggtttgccgttggaagattttctggtgacggag 34387480  T
Q  801 gtgggggtgagaatagaatggagcatcctattgtttacacagaagtggatggtgcatttaacaatgttggagaaccaagaaggatttcatggtcattgac 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34387479 gtgggggtgagaatagaatggagcatcctattgtttacacagaagtggatggtgcatttaacaatgttggagaaccaagaaggatttcatggtcattgac 34387380  T
Q  901 atcatctagaggagggataggaagaagtagagggggtgcatttcgtagaatgttgagcaatttgtttggatgtttgagaggaggtggagttaggaat 997  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34387379 atcatctagaggagggataggaagaagtagagggggtgcatttcgtagaatgttgagcaatttgtttggatgtttgagaggaggtggagttaggaat 34387283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 734 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 41697456 - 41697403
Alignment:
Q  734 gttgggttgacaatttggaggttaccgggtggagggtttgccgttggaagattt 787  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  41697456 gttggattgacaatatggaggttaccgggaggtggatttgctgttggaagattt 41697403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University