View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8694_low_1 (Length: 814)

Name: NF8694_low_1
Description: NF8694
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8694_low_1
NF8694_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-814)||(11342813-11343618)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 736; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 736; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 814
Target Start/End: Original strand, 11342813 - 11343618
Alignment:
Q  9 tagattatactcaatgattttacaaatggtagatgaattttatttttcatttcagtgatttgtatctggaatggttattagccattgcatttgttggagg 108  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11342813 tagatcatactcaatgattttacaaatggtagatgaattttatttttcatttcagtgatttgtatctggaatggttattagccattgcatttgttggagg 11342912  T
Q  109 aattgctgctcctctgaattatcgttgggtaagcaaatggtacatacatgcataacaaagctcatcacacaccacttagtacttttacctcaaaaagaac 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11342913 aattgctgctcctctgaattatcgttgggtaagcaaatggtacatacatgcataacaaagctcatcacacaccacttagtacttttacctcaaaaagaac 11343012  T
Q  209 aaaatgatttgaaacataatctatttaattattatgtgatttgaaacatttttcttctcctaaagagttttgaagaggcaaagttagcaatgaaagcagt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11343013 aaaatgatttgaaacataatctatttaattatgttgtgatttgaaacatttttcttctcctaaagagttttgaggaggcaaagttagcaatgaaagcagt 11343112  T
Q  309 gaagccagtgatgttggtgattgatgagagctgctattcatggtacttcaaattccaacaaaatgatgttccgtttttgaagtggcatgttttgttggat 408  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11343113 gaagccagtgatgttagtgattgatgagagctgctattcatggtacttcaaattccaacaaaatgatgttccatttttgaagtggcatgttttgttggat 11343212  T
Q  409 tccccttcttcagattttacaaacaagtggaatggtaggaatatttatgagtatctatttgtataccaaagtaaaaaactatccataaaatccttttata 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11343213 tccccttcttcagattttacaaacaagtggaatggtaggaatatttatgagtatctatttgtataccaaagtaaaaaactatccataaaatccttttata 11343312  T
Q  509 agcttgnnnnnnntctatatcttattactcttattgttcttcagtgttgactccaggaatacttaagaggcatcatgtaaaacctctagaatttaactac 608  Q
    ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11343313 agcttgaaaaaaatctatatcttattactcttattgttcttcagtgttgactccaggaatacttaagaggcatcatgtaaaacctctagaatttaactac 11343412  T
Q  609 tcatgggcacctgaaggagctgtcataatatgcttcacttcaggttaagcattctcacttgactacctcnnnnnnncatggatatcagacatgaaactaa 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
T  11343413 tcatgggcacctgaaggagctgtcataatatgcttcacttcaggttaagcattctcacttgactacctcaaaaaaacatggatatcagacatgaaactaa 11343512  T
Q  709 cactgatacgtcgataatgtgaatagcataacttagaaacataaaagactcgataacataagcttgatagattattatctaaagtcaacaccgataataa 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11343513 cactgatacgtcgataatgtgaatagcataacttagaaacataaaagactcgataacataagcttgatagattattatctaaagtcgacaccgataataa 11343612  T
Q  809 tttgag 814  Q
    ||||||    
T  11343613 tttgag 11343618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University