View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8696_low_2 (Length: 307)

Name: NF8696_low_2
Description: NF8696
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8696_low_2
NF8696_low_2
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (19-300)||(1680156-1680437)
chr5 (19-300)||(1668620-1668901)
chr5 (159-300)||(1661358-1661499)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 1680437 - 1680156
Alignment:
Q  19 ggaactccaccaataaaaatatcaggtaccgtagacacgggaagtgacctgatatgggtccaatgtgtaccttgtttagggtgctacaaccaaataaacc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1680437 ggaactccaccaataaaaatatcaggtaccgtagacacgggaagtgacctgatatgggtccaatgtgtaccttgtttagggtgctacaaccaaataaacc 1680338  T
Q  119 ctatgtttgatcctctaaaatcttcaacatacactaatatctcatgtgattctccactgtgctacaaaccttacataggtgagtgttctcctgagaagcg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1680337 ctatgtttgatcctctaaaatcttcaacatacactaatatctcatgtgattctccattgtgctacaaaccttacataggtgagtgttctcctgagaaacg 1680238  T
Q  219 gtgcgattacacctatggctatgcagatggttctctaaccaagggtgttcttgcacaagaaacagttaccttaacaccaaac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1680237 gtgcgattacacctatggctatgcagatagttctctaaccaagggtgttcttgcacaagaaacagttaccttaacatcaaac 1680156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 1668901 - 1668620
Alignment:
Q  19 ggaactccaccaataaaaatatcaggtaccgtagacacgggaagtgacctgatatgggtccaatgtgtaccttgtttagggtgctacaaccaaataaacc 118  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||    |||||||| |||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  1668901 ggaactccaccaataaaaataacaggccttgtagacacaggaagtgatcttatatggatccaatgtgcaccttgtttaggttgctacaaacaaataaaac 1668802  T
Q  119 ctatgtttgatcctctaaaatcttcaacatacactaatatctcatgtgattctccactgtgctacaaaccttacataggtgagtgttctcctgagaagcg 218  Q
    | |||||||||||||||||||| || || |||| ||| |||||||||||||||||  ||||  |||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  1668801 ccatgtttgatcctctaaaatcatccacttacaataacatctcatgtgattctcctttgtgtcacaaacttgacacaggtgtgtgttctcctgagaagcg 1668702  T
Q  219 gtgcgattacacctatggctatgcagatggttctctaaccaagggtgttcttgcacaagaaacagttaccttaacaccaaac 300  Q
     ||| |||| ||||||||||| | ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| ||| |||||    
T  1668701 ttgcaattatacctatggctacggagataattctctaacaaagggtgttcttgcacaagacacggctacctttacatcaaac 1668620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 159 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 1661499 - 1661358
Alignment:
Q  159 ctcatgtgattctccactgtgctacaaaccttacataggtgagtgttctcctgagaagcggtgcgattacacctatggctatgcagatggttctctaacc 258  Q
    |||||||||||||||  ||||  |||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| | ||||  |||||||||     
T  1661499 ctcatgtgattctcctttgtgtcacaaacttgacacaggtgtgtgttctcctgagaagcgttgcaattatacctatggctacggagataattctctaaca 1661400  T
Q  259 aagggtgttcttgcacaagaaacagttaccttaacaccaaac 300  Q
    |||||||||||||||||||| || | |||||| ||| |||||    
T  1661399 aagggtgttcttgcacaagacacggctacctttacatcaaac 1661358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University