View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8705_low_3 (Length: 458)
Name: NF8705_low_3
Description: NF8705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8705_low_3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 50803439 - 50803879
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagcatggtatagattcttttttnnnnnnnn--gaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccaca |
98 |
Q |
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| T |
50803439 |
aagaagcatggtatagattcttttttaaaaaaaaaagaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccaca |
50803538 |
T |
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| Q |
99 |
taaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaatgaaatgatgatatgagc |
198 |
Q |
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| T |
50803539 |
taaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaatgaaatgatgatatgagc |
50803638 |
T |
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| Q |
199 |
acaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagaccattaagattaatatgca |
298 |
Q |
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| T |
50803639 |
acaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagaccattaagattaatatgca |
50803738 |
T |
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| Q |
299 |
gtggtggccaagaaaggnnnnnnntcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataac |
398 |
Q |
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| T |
50803739 |
gtggtggccaagaaaggaaaaaaatcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataac |
50803838 |
T |
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| Q |
399 |
tcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtcaacaacat |
439 |
Q |
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| T |
50803839 |
tcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtcaacaacat |
50803879 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 50872438 - 50871998
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagcatggtatagattcttttttnnnnnnnn--gaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccaca |
98 |
Q |
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| T |
50872438 |
aagaagcatggtatagattcttttttaaaaaaaaaagaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccaca |
50872339 |
T |
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| Q |
99 |
taaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaatgaaatgatgatatgagc |
198 |
Q |
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| T |
50872338 |
taaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaatgaaatgatgatatgagc |
50872239 |
T |
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| Q |
199 |
acaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagaccattaagattaatatgca |
298 |
Q |
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| T |
50872238 |
acaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagaccattaagattaatatgca |
50872139 |
T |
|
| Q |
299 |
gtggtggccaagaaaggnnnnnnntcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataac |
398 |
Q |
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| T |
50872138 |
gtggtggccaagaaaggaaaaaaatcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataac |
50872039 |
T |
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| Q |
399 |
tcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtcaacaacat |
439 |
Q |
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| T |
50872038 |
tcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtcaacaacat |
50871998 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 19058470 - 19058054
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagcatggtatagattcttttttnnnnnnnngaatagtgcatattgcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccacata |
100 |
Q |
| |
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|
| T |
19058470 |
aagaagcatggtgtagattctttttttaaaaaaagaatagtgcatattgcaacattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccacata |
19058371 |
T |
|
| Q |
101 |
aatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaatgaaatgatgatatgagcac |
200 |
Q |
| |
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|
| T |
19058370 |
aatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaatcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttgcattcaaatgaaatgatggtatgagcac |
19058271 |
T |
|
| Q |
201 |
aactaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagaccattaagattaatatgcagt |
300 |
Q |
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| T |
19058270 |
agttaggccccattgtaatcatcaattgtgaacattaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgggaccattaagattaatatgcagt |
19058171 |
T |
|
| Q |
301 |
ggtggccaagaaaggnnnnnnntcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataactc |
400 |
Q |
| |
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| T |
19058170 |
ggtggccaagaaaggaaaaaaatcatgaaaccaaatatgaccaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataactc |
19058071 |
T |
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| Q |
401 |
aacgttacacaagtgat |
417 |
Q |
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| T |
19058070 |
aacgttacacaagtgat |
19058054 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 35 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 5286927 - 5286522
Alignment:
| Q |
35 |
gaatagtgcatatt-gcaatattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccacataaatgtcttcaatagcacacaagtctccatctaa |
133 |
Q |
| |
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|
| T |
5286927 |
gaatagtgcatatttgcaacattgtttatgaatttgtggtaaatgtaataataacatgacccgcataaatgtctccaatagcacacaagtctccatctaa |
5286828 |
T |
|
| Q |
134 |
tcaatgcaagaaaataaaaaatgcaagcagaatgatttacattcaaatgaaatgatgatatgagcacaactaggccccattgtaatcatcaattgtgaac |
233 |
Q |
| |
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|
| T |
5286827 |
tcaatgcaggaaaataaaaaatgcaagcagaatggtttacattcaaatgaaatgatggcatgagcacagttaggccccattgtaatcatcaattgtgaac |
5286728 |
T |
|
| Q |
234 |
attaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgagaccattaagattaatatgcagtggtggccaagaaaggnnnnnnntcatgaaacca |
333 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |
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|
| T |
5286727 |
attaagtgggattttactactctagggaaaaccctttcaattgggaccattaaaattaatatgcagtggtagccaagaaaggaaaaaaatcataaaacca |
5286628 |
T |
|
| Q |
334 |
aatatgac-caagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataactcaacgttacacaagtgatgaacctaacttgtca |
432 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
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|
| T |
5286627 |
aatatgacacaagaaatggtctaaaactcttttgtagagcattctcttttctgtctttgatataactcaacgttacacatgtgatgaa-ctaacttgtca |
5286529 |
T |
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| Q |
433 |
acaacat |
439 |
Q |
| |
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| T |
5286528 |
acaacat |
5286522 |
T |
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