View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8724_high_4 (Length: 395)

Name: NF8724_high_4
Description: NF8724
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8724_high_4
NF8724_high_4
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-372)||(2865351-2865722)
chr6 (1-372)||(2884541-2884912)
chr6 (1-372)||(2859966-2860337)
chr6 (16-372)||(2909409-2909764)
chr6 (8-375)||(2832699-2833066)
chr6 (8-375)||(2842554-2842921)
chr6 (8-375)||(2829148-2829515)
chr6 (8-371)||(14578259-14578622)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-346)||(1801152-1801475)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (104-174)||(6318517-6318587)
chr4 (26-165)||(44396419-44396558)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (245-301)||(2178195-2178251)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 2865722 - 2865351
Alignment:
1 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2865722 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 2865623  T
101 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
2865622 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcattcaaggttcttgctaagaactact 2865523  T
201 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
2865522 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcaccagctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 2865423  T
301 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaagga 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2865422 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaagga 2865351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 2884912 - 2884541
Alignment:
1 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2884912 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 2884813  T
101 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2884812 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 2884713  T
201 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2884712 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 2884613  T
301 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaagga 372  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2884612 gtcgaccaccgaagatgctgagtcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaagga 2884541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 2860337 - 2859966
Alignment:
1 aagcaatgtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2860337 aagcaaggtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggac 2860238  T
101 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2860237 aaacttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagctatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactact 2860138  T
201 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
2860137 tggatgttgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcaccagctgatgttgccgagaatttgatgccaaa 2860038  T
301 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaagga 372  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2860037 gtcgaccaccgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaagga 2859966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 16 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 2909764 - 2909409
Alignment:
16 ttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttgatcctgct 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2909764 ttcgggtttgttgaattttattgatggaatttggtcaacatgtggaggagaaaggatcataattt-cacaactaattttgtggacaaacttgatcctgct 2909666  T
116 ctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgttgagtctc 215  Q
    || || |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
2909665 cttataaggaggggaaggatggatatgcacattgaaatgtcctattgtagctatcaagtgttcaagatgcttgcaaagaactacttagatgttgagtctc 2909566  T
216 atggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgaccaccgaaga 315  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||  |||||    
2909565 atgatgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgacacctgctgatgttgctgagaatttgatgccaaagacgatcattgaaga 2909466  T
316 tgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaagga 372  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||    
2909465 tgttgagacttgcgtgaagaatttgattcaatctcttgagatttcaaagaaaaagga 2909409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 8 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 2833066 - 2832699
Alignment:
8 gtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttg 107  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
2833066 gtaactctttctggtttgttgaatttcattgatggaatttggtcagcatgtggatcagagaggataataattttcacaacaaattttgtggacaaacttg 2832967  T
108 atcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgt 207  Q
    |||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |  |||||||| |||||    
2832966 atcctgctcttataaggaggggaagaatggataagcatatagaaatgtcttattgtagctatcaagctttcaaggttcttgcaagaaactacttagatgt 2832867  T
208 tgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgacc 307  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |    
2832866 tgagactcatgatgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgacacctgctgatgttgctgagaatttgatgccaaagtcaatc 2832767  T
308 accgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggatga 375  Q
    || |||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
2832766 actgaagattttgaaagttgcttgaagaatttgattcaatctcttgagattgcaaagaaaaaggatga 2832699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 8 - 375
Target Start/End: Original strand, 2842554 - 2842921
Alignment:
8 gtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
2842554 gtaactctttcgggtttgttgaattttattgatggaatttggtcagcatgtggatcagagaggatcataattttcacaactaattttgtggataaacttg 2842653  T
108 atcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgt 207  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| |  |||||||| |||||    
2842654 atcctgctcttataaggagaggaagaatggataagcatatagaaatgtcttattgtagctatcaagcttttaaggttcttgcaagaaactacttagatgt 2842753  T
208 tgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgacc 307  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |    
2842754 tgagtttcatgatgatttatttccaattattgaaaagttgttggaagagactaatatgacacctgctgatgttgctgaaaatttgatgccaaagtcaatc 2842853  T
308 accgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggatga 375  Q
    || |||||| ||||   ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
2842854 actgaagattttgaaagttgcttgaagaatttgattcaatctcttgagattgcaaagaaaaaggatga 2842921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 8 - 375
Target Start/End: Original strand, 2829148 - 2829515
Alignment:
8 gtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttg 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
2829148 gtaactctttctggtttgttgaattttattgatgggatttggtctgcatgtggaggagagaggatcataattttcacaacaaattttgtggacaaacttg 2829247  T
108 atcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgt 207  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| | ||||||    
2829248 atcctgccctaattaggaggggaaggatggataagcatatagaaatgtcttattgtagctatcaagctttcaaggtgcttgcaaagaactattgggatgt 2829347  T
208 tgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgacc 307  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |      
2829348 tgagtctcatgatgatttatttccaattattgaaaaattgttggaaaagactaatatgacacctgctgatgttgctgaaaatttgatgccaaagtcaatt 2829447  T
308 accgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaaggatga 375  Q
       |||||| ||||  |||| ||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||    
2829448 gatgaagattttgaaacttgtttgaagagtttgattcaatctcttgagaatgcaaagaaaaaggatga 2829515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 371
Target Start/End: Original strand, 14578259 - 14578622
Alignment:
8 gtaactctttcgggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttg 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
14578259 gtaactctttctggtttgttgaattttatcgatggaatttggtcggcatgtggaggagaaaggatcataattttcacaaccaactttgtggataaacttg 14578358  T
108 atcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgt 207  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||  || || |||||||| |||||||| ||| |||| ||||| || ||||| ||||| || | ||||||    
14578359 atcatgctcttattaggaggggaaggatggatatgcatattgaaatgtcatattgtagctatgaagcattcaaagtgcttgcaaagaattattgggatgt 14578458  T
208 tgagtctcatggtgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgacc 307  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  ||||||| |||||||| || |||||||||||||| || |      
14578459 tgagtctcatgatggtttgtttccaattattgaaaagttaataggagagactaatataacacctgcagatgttgctgaaaatttgatgccaaaatcaatt 14578558  T
308 accgaagatgttgaggcttgcttgaagaatttgattcaatatcttgaaattgcaaaggaaaagg 371  Q
     | |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||    
14578559 gctgaagatcttgaaacttgcttgaagaatttgattcaatctcttgagaatgcaaagaaaaagg 14578622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 346
Target Start/End: Original strand, 1801152 - 1801475
Alignment:
20 ggtttgttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttgatcctgctctaa 119  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||  | |||||||| ||  |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
1801152 ggtttattgaattttattgatggaatttggtccgcgtgtggaggggagaggattataattttcacgacgaattttgtggagaaacttgatccagctctta 1801251  T
120 ttaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagcgttcaaggttcttgctaagaactacttggatgttgagtctcatgg 219  Q
    ||||||  |||||||||||||||||| | ||  | || |||||| | | | |||| || |||||||||| |||||| || |||||| ||||||| ||       
1801252 ttaggacaggaaggatggataaacacgttgagttatcttattgttgttttgaagcttttaaggttcttgttaagaattatttggatattgagtcaca--- 1801348  T
220 tgatttgtttccaattattgaaaagttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaagtcgaccaccgaagatgtt 319  Q
    | ||||||||      ||||   | ||||||| ||  | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    |  ||||||||     
1801349 ttatttgtttgatgaaattggtgatttgttggaagttattaatatgacacctgctgatgttgctgagaatttgatgcctaagtctgtgaatgaagatgtc 1801448  T
320 gaggcttgcttgaagaatttgattcaa 346  Q
    ||| || | ||||||||||||||||||    
1801449 gagactagtttgaagaatttgattcaa 1801475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 104 - 174
Target Start/End: Original strand, 6318517 - 6318587
Alignment:
104 cttgatcctgctctaattaggaggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtagatatcaagc 174  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
6318517 cttgatcctgctctcatcaggaggggaaggatggataagaacatagaaatgtcttattgtagctatcaagc 6318587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 26 - 165
Target Start/End: Original strand, 44396419 - 44396558
Alignment:
26 ttgaattctattgatggaatttggtcatcatgtggaggagaacggatcataattttcacaactaattttgtggacaaacttgatcctgctctaattagga 125  Q
    |||||||  |||||||| || |||||| | |||||||| ||| || | ||  |||||||||| |||| |||||| || ||||||||||| || || ||||    
44396419 ttgaatttcattgatggtatatggtcagcttgtggaggtgaaaggttaattgttttcacaacaaattatgtggagaagcttgatcctgcacttataagga 44396518  T
126 ggggaaggatggataaacacatagaaatgtcctattgtag 165  Q
    |||| || ||||| ||||| || ||| | || ||||||||    
44396519 ggggtagaatggacaaacatattgaactttcttattgtag 44396558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 245 - 301
Target Start/End: Original strand, 2178195 - 2178251
Alignment:
245 ttgttgggagagactaatatgtcacctgctgatgttgccgagaatttgatgccaaag 301  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||||    
2178195 ttgttggtagagactaatatgacaccagctgatgttgctgaaaatttgatgccaaag 2178251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University