View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8735_low_1 (Length: 710)

Name: NF8735_low_1
Description: NF8735
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8735_low_1
NF8735_low_1
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (225-439)||(52549348-52549552)
chr1 (558-693)||(52550004-52550139)
chr1 (435-561)||(52549858-52549984)
chr1 (130-415)||(15594620-15594917)
chr1 (130-186)||(52549297-52549353)
chr1 (165-409)||(34467108-34467364)
chr1 (78-127)||(52549211-52549260)
chr1 (130-203)||(4678842-4678915)
[»] chr2 (29 HSPs)
chr2 (130-431)||(7541796-7542109)
chr2 (130-412)||(14702997-14703291)
chr2 (130-415)||(12258866-12259163)
chr2 (130-415)||(11998994-11999290)
chr2 (130-409)||(12245691-12245982)
chr2 (435-561)||(7541339-7541465)
chr2 (130-280)||(12234422-12234572)
chr2 (435-553)||(12259502-12259620)
chr2 (558-693)||(7541184-7541319)
chr2 (562-693)||(12246485-12246616)
chr2 (450-560)||(12234233-12234343)
chr2 (435-557)||(12246335-12246457)
chr2 (438-560)||(14702523-14702645)
chr2 (46-127)||(7542155-7542236)
chr2 (461-558)||(11998657-11998754)
chr2 (282-415)||(16662441-16662574)
chr2 (306-415)||(43624998-43625107)
chr2 (558-691)||(12234079-12234212)
chr2 (46-127)||(12245564-12245645)
chr2 (578-648)||(14702412-14702482)
chr2 (49-123)||(14703341-14703415)
chr2 (130-256)||(16662277-16662403)
chr2 (46-127)||(11999336-11999417)
chr2 (46-127)||(12234618-12234699)
chr2 (558-694)||(12259651-12259787)
chr2 (130-280)||(43625145-43625295)
chr2 (46-127)||(12258739-12258820)
chr2 (46-127)||(16657675-16657756)
chr2 (298-340)||(5446234-5446276)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (130-415)||(35132042-35132340)
chr4 (130-415)||(30774838-30775135)
chr4 (55-127)||(35132386-35132458)
chr4 (192-271)||(23588080-23588159)
chr4 (192-271)||(23596932-23597011)
chr4 (309-415)||(9336367-9336473)
[»] chr7 (33 HSPs)
chr7 (130-434)||(6789079-6789395)
chr7 (130-256)||(17267696-17267822)
chr7 (130-386)||(27831160-27831428)
chr7 (130-415)||(8545219-8545516)
chr7 (130-386)||(17259856-17260124)
chr7 (130-409)||(8575918-8576209)
chr7 (130-256)||(8570068-8570194)
chr7 (130-256)||(8616438-8616564)
chr7 (130-415)||(8581286-8581583)
chr7 (145-269)||(8601718-8601842)
chr7 (306-430)||(3146835-3146959)
chr7 (141-259)||(8383172-8383290)
chr7 (193-259)||(8590392-8590458)
chr7 (180-255)||(7878068-7878143)
chr7 (130-265)||(8585991-8586126)
chr7 (288-415)||(29578127-29578254)
chr7 (282-377)||(29582290-29582385)
chr7 (298-415)||(8590224-8590341)
chr7 (160-259)||(8537790-8537889)
chr7 (130-189)||(8659187-8659246)
chr7 (309-424)||(10494850-10494965)
chr7 (192-274)||(8102406-8102488)
chr7 (293-379)||(27846566-27846652)
chr7 (217-282)||(8636715-8636780)
chr7 (309-417)||(7878209-7878317)
chr7 (160-256)||(8609674-8609770)
chr7 (321-426)||(8558958-8559063)
chr7 (306-386)||(17267554-17267634)
chr7 (443-490)||(8646067-8646114)
chr7 (312-415)||(8667005-8667108)
chr7 (309-388)||(13333844-13333923)
chr7 (309-415)||(8658949-8659055)
chr7 (298-415)||(8569897-8570014)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (130-430)||(28219489-28219801)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (130-415)||(43744402-43744699)
chr8 (139-415)||(12528090-12528378)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 225 - 439
Target Start/End: Original strand, 52549348 - 52549552
Alignment:
Q  225 gttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggacaaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggctt 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52549348 gttgtccttgttggtgggtcttctaggtttcccaatgtacaa----------aggacaaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtagctt 52549437  T
Q  325 atggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttggcatggaagt 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  52549438 atggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgtcattgaagt 52549537  T
Q  425 gataggaaatttaat 439  Q
    |||||||||||||||    
T  52549538 gataggaaatttaat 52549552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 558 - 693
Target Start/End: Original strand, 52550004 - 52550139
Alignment:
Q  558 aattgagaagatcgaatctgcaattgcagtggccacgaatttggttgatcagaaaaaccagcaagttgaaatagatgttctggaagatcatgtaaaggaa 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52550004 aattgagaagatcgaatctgcaattgcagtggccacgaatttggttgatcagaaaaaccagcaagttgaaatagatgttctggaagatcatgtaaaggaa 52550103  T
Q  658 cttcagagttggatgaaacagattatagctaagact 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52550104 cttcagagttggatgaaacagattatagctaagact 52550139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 435 - 561
Target Start/End: Original strand, 52549858 - 52549984
Alignment:
Q  435 ttaattcaagaagctgagaattactgtattgaagacaagaaattcctaaggaaggctaaaccatggaatgcattggatgactacatttacaaaatcagaa 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52549858 ttaattcaagaagctgagaattactgtattgaagacaagaaattcctaaggaaggctaaaccatggaatgcattggatgactacatttacaaaatcagaa 52549957  T
Q  535 atgctttaaagaaagaggatattaatt 561  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  52549958 atgctttaaagaaagaggatattaatt 52549984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 130 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 15594917 - 15594620
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||| | ||||| || ||| ||||| ||||    
T  15594917 ttgaagaaatcaacatggacttttttaaggattgtatgaagatagttgagagttgtcttgatgatgctaagatgaataagagtagtgtaaatgatattgt 15594818  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||  ||||             ||||| ||||||| | |||| || |||||||||| |    
T  15594817 cattgttggtgggtcttctaggattcccaaagtgcaacaactattgaaggattttttcgagggaaaggaattgtgcatgagcatcaaccctgatgaggct 15594718  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  || | ||||||||||| |||||| | || |||||| ||||||||||||||||    
T  15594717 gttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgttgagtgaaggttttaaaaatgttccaaacttggtgatacaagatgttgcacctttgtctcttgg 15594620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 130 - 186
Target Start/End: Original strand, 52549297 - 52549353
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtc 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52549297 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtc 52549353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 165 - 409
Target Start/End: Original strand, 34467108 - 34467364
Alignment:
Q  165 atgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtac 264  Q
    |||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||  |||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||| || |    
T  34467108 atgaggattgttgtgagttgtcttgttgatgctaagatggacacgagtagtgtgcatgatgctgtccttgtcgggggctcttctaggattcccaaagtgc 34467207  T
Q  265 aacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgtt 352  Q
    | || || || | ||||            |||||  | |||||  |||| || |||||||||| ||| ||||||| ||||||||| || ||||| |||||    
T  34467208 agcagctattgcgggactttttcaatggtaaggatctatgcaatagcatcaaccctgatgaggctgtcgcttatgtcgcagctgtgcaagctgctttgtt 34467307  T
Q  353 gagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtc 409  Q
    |||| ||||| || | ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  34467308 gagtaaaggctttaacaatgttccaaacttggtgctgcgagatgttacaccattgtc 34467364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 78 - 127
Target Start/End: Original strand, 52549211 - 52549260
Alignment:
Q  78 caaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52549211 caaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 52549260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 203
Target Start/End: Original strand, 4678842 - 4678915
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatg 203  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||| | | |||| | |||||||||| |||| | ||||||    
T  4678842 ttgaggaaattaatatggaccttttcaacgagtgtatggaaactgttaagagttgtcttagtgattcaaagatg 4678915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 153; Significance: 1e-80; HSPs: 29)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 130 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 7542109 - 7541796
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  7542109 ttgaggagatgaatatggatctttttaacgagtgtatgacgattgttggaagctgtcttattgatgctaatatggacaagagcatgatagatgatgttgt 7542010  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||  ||||| || || ||| |||||            ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  7542009 ccttgtcggcgggtcttcgaggattcccatagtacatcagctattaaaggactttttcaatggaaaggacttgtgcaagagcattaatcctgatgaggct 7541910  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttggca 417  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7541909 gttgcttatggggcagctgttcaggctgcattgttgagtggaggcgttaagaacgctccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttggca 7541810  T
Q  418 tggaagtgatagga 431  Q
     || ||||||||||    
T  7541809 ggggagtgatagga 7541796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 130 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 14703291 - 14702997
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  14703291 ttgaagaaatgaatatggacttttttaatgagtgtgtgaagattgttgagagttgtcttattgatgctaagatggacaagagtagagtagatgatgttgt 14703192  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | |||||||||            ||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |    
T  14703191 tcttgtcggtgggtcttctcggattcccaaagtacagcaattattacaggactttttccaggggaaggagttgtgcaacagcattaaccctgatgaagct 14703092  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctct 412  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |  |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  14703091 gtagcttatggggcagctgttcaggctgctttgttgagtgaagacgtcaagaatgttccgaagttggtgcttcaggatattacacctttgtctct 14702997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 130 - 415
Target Start/End: Original strand, 12258866 - 12259163
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||| || || || ||||||| |||||| ||||||||||  |||||||| | ||||||||| |  ||||||||||||||    
T  12258866 ttgaggaaataaatttggaacttttcaatgaatgcatgaagactgttgagagttgtcttacggatgctaacacggacaagagtaatgtagatgatgttgt 12258965  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------caagg------agttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| || || || || ||||||||      |||||      ||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  12258966 ccttgtaggtgggtcttctaggattctcaaagtgcagcagctattacaggattttttcaaggggaaagagttgtgcaagagcattaatcctgatgaggct 12259065  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    || |||| ||| || ||| |||||||||| ||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12259066 gtagcttttggggcggctattcaggctgctttgttaagtgaagatatccagaatgttccaaagttggagctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 12259163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 130 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 11999290 - 11998994
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||| ||||| | || ||| |||| || ||||| |||| |||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||||||||    
T  11999290 ttgaggaattgaatttagatcttcttaatgattgtataaagactgttgagagttgtattatggatgcaaagatggacaagagtactatagatgatgttgt 11999191  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| |||            ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |    
T  11999190 acttgttggtggatcttctaggat-cccaaagtccaacagctattacatgactttttcaacgggaaggagttgtgcaagagcattaaccctgatgaggct 11999092  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||   || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11999091 gtagcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagtgaagatgttaagaatgttccaaatttggtgttgcaggatgttactcctttgtctcttgg 11998994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 130 - 409
Target Start/End: Original strand, 12245691 - 12245982
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||| ||||| | || ||| |||| || ||||| |||| |||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||| ||||    
T  12245691 ttgaggaattgaatttagatcttcttaatgattgtataaagactgttgagagttgtattatggatgcaaagatggacaagagtactatagatgattttgt 12245790  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||            ||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||| |    
T  12245791 acttgttggtggatcttctaggattcccaaagtccaacagctattacaggactttttcaacgggaaggaattgtgcaagagcattaaccctgacgaggct 12245890  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtc 409  Q
    || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||   || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  12245891 gttgcttatggggcagctgttcaagctgctttgttgagtaaagatgttaagaatgttccaaatttggtgttgcaggatgttactcctttgtc 12245982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 435 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 7541465 - 7541339
Alignment:
Q  435 ttaattcaagaagctgagaattactgtattgaagacaagaaattcctaaggaaggctaaaccatggaatgcattggatgactacatttacaaaatcagaa 534  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  7541465 ttaattcaagaagctgagaaataccgtattgaagacaagaaattcctaaggaaggccaaagcagtgaatgtattggatgactacatttacaaaatgggaa 7541366  T
Q  535 atgctttaaagaaagaggatattaatt 561  Q
     ||||||||||||| | ||||||||||    
T  7541365 ctgctttaaagaaaaatgatattaatt 7541339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 130 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 12234572 - 12234422
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||    
T  12234572 ttgaggaaatgaatatggatcttcttattgagtgtatgaagattgttgagagttgtcttagtgatgctaagatggacaaaagtagggtggatgaagttgt 12234473  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga 280  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| || |||||    
T  12234472 ccttattggcgggtcctctaggattcccaaagtgcagcaactattgcagga 12234422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 435 - 553
Target Start/End: Original strand, 12259502 - 12259620
Alignment:
Q  435 ttaattcaagaagctgagaattactgtattgaagacaagaaattcctaaggaaggctaaaccatggaatgcattggatgactacatttacaaaatcagaa 534  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||  ||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  12259502 ttaatacaagaagctgagaattactgtatttacgacaagaaattcctaaagaaatctaaagcagtgaatgcattggatgattacatttacaaaatgagaa 12259601  T
Q  535 atgctttaaagaaagagga 553  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  12259602 atgctttaaagaatgagga 12259620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 558 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 7541319 - 7541184
Alignment:
Q  558 aattgagaagatcgaatctgcaattgcagtggccacgaatttggttgatcagaaaaaccagcaagttgaaatagatgttctggaagatcatgtaaaggaa 657  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||   ||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||      
T  7541319 aattgagaagattgaatctacaattgctaaggccacgaatttgattgatgagaataaccaacaagttgaaatagatgttctggaggatcatgtagagggg 7541220  T
Q  658 cttcagagttggatgaaacagattatagctaagact 693  Q
    ||| ||||||||||| || | |||||||||||||||    
T  7541219 cttaagagttggatggaatacattatagctaagact 7541184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 562 - 693
Target Start/End: Original strand, 12246485 - 12246616
Alignment:
Q  562 gagaagatcgaatctgcaattgcagtggccacgaatttggttgatcagaaaaaccagcaagttgaaatagatgttctggaagatcatgtaaaggaacttc 661  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| || ||||||   ||     
T  12246485 gagaagatcgaatctgcaattgctgtggccacaaatttgcttgatgagaaaaaccagcaggttgaaatagatgttttggaggattatctaaaggggattg 12246584  T
Q  662 agagttggatgaaacagattatagctaagact 693  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||| ||||||    
T  12246585 agagtagaatggaacagattatagccaagact 12246616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 450 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 12234343 - 12234233
Alignment:
Q  450 gagaattactgtattgaagacaagaaattcctaaggaaggctaaaccatggaatgcattggatgactacatttacaaaatcagaaatgctttaaagaaag 549  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||      
T  12234343 gagaattaccatattgaagacaagaaattcctaaggaaggctaaagcagtgaatgcattggatctctacatttacaaaatgagaaatgctttgaagaaga 12234244  T
Q  550 aggatattaat 560  Q
     ||||||||||    
T  12234243 cggatattaat 12234233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 435 - 557
Target Start/End: Original strand, 12246335 - 12246457
Alignment:
Q  435 ttaattcaagaagctgagaattactgtattgaagacaagaaattcctaaggaaggctaaaccatggaatgcattggatgactacatttacaaaatcagaa 534  Q
    |||||| |||| ||||||||||    |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||  |||    
T  12246335 ttaattaaagaggctgagaattttcatattgaagaccagagattcctaaggaaggccaaagcagtgaatgctttggatgactacatttacaaaatgggaa 12246434  T
Q  535 atgctttaaagaaagaggatatt 557  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  12246435 atgctttaaagaaaaaggatatt 12246457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 438 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 14702645 - 14702523
Alignment:
Q  438 attcaagaagctgagaattactgtattgaagacaagaaattcctaaggaaggctaaaccatggaatgcattggatgactacatttacaaaatcagaaatg 537  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||     ||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||| |    
T  14702645 attcaagaagctgagaattaccatattgaagacatgaaattcctaaggaaggccaaagtggtgaatgaattggattacttcatttacaaaatgagaaacg 14702546  T
Q  538 ctttaaagaaagaggatattaat 560  Q
    |||| |||||| |||||||||||    
T  14702545 ctttgaagaaaaaggatattaat 14702523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 7542236 - 7542155
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  7542236 ttgaggaggttgagaactgcttgtgagagggcaaaaagatcactttctttccttgttgttgccactattgaggtagattctt 7542155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 461 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 11998754 - 11998657
Alignment:
Q  461 tattgaagacaagaaattcctaaggaaggctaaaccatggaatgcattggatgactacatttacaaaatcagaaatgctttaaagaaagaggatatta 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || |   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||    
T  11998754 tattgaagacaagaaattcctaaggaaggccgaagctgtgaatgcattggatgactacatttacaaaatgagaaatgctttaaagtcaaaggatatta 11998657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 282 - 415
Target Start/End: Original strand, 16662441 - 16662574
Alignment:
Q  282 aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagt 381  Q
    ||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||| |||||||| |||||||| || |||||  ||||||||||||||||| || |||||||||| |    
T  16662441 aaggagttgtgcaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggggcagctgtgcaagctgctgtgttgagtgaaggcattaaggatgttccaaact 16662540  T
Q  382 tggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    |||||||||  || ||||| || ||||| |||||    
T  16662541 tggtgctgcgagacgttaccccattgtcacttgg 16662574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 306 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 43625107 - 43624998
Alignment:
Q  306 cctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctt 405  Q
    |||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||  | |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||    
T  43625107 cctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtccaggctgctattttgagtaaaggcattaagaatgttccaaaattggtgctgcgagatgttacccctt 43625008  T
Q  406 tgtctcttgg 415  Q
    |||| |||||    
T  43625007 tgtcacttgg 43624998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 558 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 12234212 - 12234079
Alignment:
Q  558 aattgagaagatcgaatctgcaattgcagtggccacgaatttggttgatcagaaaaaccagcaagttgaaatagatgttctggaagatcatgtaaaggaa 657  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||||   ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| | || |      
T  12234212 aattgagaagattgaatctgtgattgcaactgccacaaatttggttgatgagaataaccagcaagttgaaatagatgttcttgaggatcatctgaaaggg 12234113  T
Q  658 cttcagagttggatgaaacagattatagctaaga 691  Q
    ||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||    
T  12234112 cttgagagtagcatggaacacattatagctaaga 12234079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Original strand, 12245564 - 12245645
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  12245564 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggcaaaaagaatactttcgtttcttgttgttgcaactattgaggtagattctt 12245645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 578 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 14702482 - 14702412
Alignment:
Q  578 caattgcagtggccacgaatttggttgatcagaaaaaccagcaagttgaaatagatgttctggaagatcat 648  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  14702482 caattgctgtggccacaaatttgattgatgagaataaccagcaggttgaaatagatgttctggaggatcat 14702412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 14703415 - 14703341
Alignment:
Q  49 aggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagat 123  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||    
T  14703415 aggagcttgagaaccgcttgcgagagggcaaaaagaacactttctttccaagttgtcgccactattgaggtagat 14703341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 256
Target Start/End: Original strand, 16662277 - 16662403
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || | ||| | |||||||||||| |  | ||| ||||| ||||    
T  16662277 ttgaagaaatcaatatgggcctttttaacgagtgtatgaagattgttgagagttgttttgtggattcaaagatggacaaggggggtgtacatgatattgt 16662376  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
     ||||| || || || |||||||||||    
T  16662377 tcttgtcgggggctcgtctaggattcc 16662403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 11999417 - 11999336
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||  ||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  11999417 ttgaggaggttgagaactgcttgtgagagggcaaaaagaatactatcatttcttgttgttgcaactattgaggtagattctt 11999336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 12234699 - 12234618
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| || | |||||| ||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  12234699 ttgaggaggttaagaactgcttgtgagagggcaaaaagatcattgtctttccttgttgttgcaaccattgaggtagattctt 12234618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 558 - 694
Target Start/End: Original strand, 12259651 - 12259787
Alignment:
Q  558 aattgagaagatcgaatctgcaattgcagtggccacgaatttggttgatcagaaaaaccagcaagttgaaatagatgttctggaagatcatgtaaaggaa 657  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  | |||| ||||||||  | |||   || ||||| || ||| || ||||||      
T  12259651 aattgagaagattgaatctgcaattgcagtggccacaaatttgcttagtgagaataaccagcagctcgaagctgaggttcttgaggattatctaaagggg 12259750  T
Q  658 cttcagagttggatgaaacagattatagctaagactg 694  Q
    ||| ||||| ||||| |||| |||||||| |||||||    
T  12259751 cttgagagtaggatggaacaaattatagccaagactg 12259787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 43625295 - 43625145
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||| || |||||| |||| | |||| | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||     |  | ||||||||    
T  43625295 ttgatgaaataaatatggatcttttcaacgagtgtttgaaaactgttaagagttgtcttattgatgccaagttggacaagagtgctatccacgatgttgt 43625196  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga 280  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||| || ||| |||| ||||| |||||    
T  43625195 ccttgttggcggctcctctagaattccaaaagtaaaacagctgttgcagga 43625145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Original strand, 12258739 - 12258820
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||| |||||||||   ||||||| || ||||||||  |||||||||    
T  12258739 ttgaggagattgaaaacagcttgtgagagtgcaaaaagatcactttcttatcttgttgttgcaactattgagatagattctt 12258820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 127
Target Start/End: Original strand, 16657675 - 16657756
Alignment:
Q  46 ttgaggagattgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| | | ||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  16657675 ttgaggaggttgagaactgcatgtgagagggcaaagaggacactctcttttgcttttgtcaccactgttgaggtagattctt 16657756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 298 - 340
Target Start/End: Original strand, 5446234 - 5446276
Alignment:
Q  298 gcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttca 340  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  5446234 gcattaatcctgatgaagctgtggcttatggcgccgctgttca 5446276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 130 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 35132340 - 35132042
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagca-gggtagatgatgttg 228  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||| |  || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35132340 ttgaggaaatgaatgcagacctttttaatgagtgtatgaataccgtagagagttgtctcattgatgctaagatggacaagagcaagggtagatgatgttg 35132241  T
Q  229 tccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggt 316  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||| || || || || || ||  ||            ||||||||||||||| ||||||| || |||||||     
T  35132240 ttcttgttggagggtcttctaggattcccaaagtgcagcagctattgcaaaactttttcaaagggaaggagttgtgcaagagcattaaccccgatgaggc 35132141  T
Q  317 tgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  35132140 tgtagcttatggggcagcagttcaggctgctttgttgagtaaaggcataaaaaatgttccaaagttggtgttacaggatgttacacctttgtctcttgg 35132042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 130 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 30775135 - 30774838
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||| |||||||||| |||| | ||| | |||||||| || ||||||||| ||||    
T  30775135 ttgaggaaatcaatatggacctttttaatgagtgtatacagactgttgagagttgtcttactgattcaaaggtagacaagagtagtgtagatgatattgt 30775036  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttac------------aggacaaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||  |||| || |            | |  ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||      
T  30775035 tcttgtcggtggttcttctaggattcccaaagtgcaggaactattgcgtaatttcttcaatgggaaggatttgtgcaagagcatcaatcctgatgaggca 30774936  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    || ||| | || |||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||    
T  30774935 gttgctcacggggcagctgtccaggctgctctattgagtgaaggcattaagaatgccccaaagttggtgctgcgagatgtcacccctttgtcacttgg 30774838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 35132458 - 35132386
Alignment:
Q  55 ttgagaactgcttgtgagagggccaaaagaacactttctttcgttgttgtcgccactattgaagtagattctt 127  Q
    ||||||||||| ||  ||||||| || ||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  35132458 ttgagaactgcctgctagagggcaaagagatcactttctttccttgttgttgccaatattgaagtagattctt 35132386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 192 - 271
Target Start/End: Original strand, 23588080 - 23588159
Alignment:
Q  192 gatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaact 271  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| || ||||||||    
T  23588080 gatgctaagatggataagaacagtgtccatgatgttgttcttgttggtggatccactaggattcccaaggttcaacaact 23588159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 192 - 271
Target Start/End: Original strand, 23596932 - 23597011
Alignment:
Q  192 gatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaact 271  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||| |||||||| || ||  ||||||||||||| || ||||||||    
T  23596932 gatgctaagatggataagaacagtgttgatgatgttgttcttgttggcggatcgactaggattcccaaggttcaacaact 23597011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 309 - 415
Target Start/End: Original strand, 9336367 - 9336473
Alignment:
Q  309 gatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgt 408  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||||| || ||||||  || || |||||||| |  |||||||| || ||||    
T  9336367 gatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctattttgagtgaaggctttaagaatgcgcccaacttggtgctacgagatgttaccccattgt 9336466  T
Q  409 ctcttgg 415  Q
    | |||||    
T  9336467 cacttgg 9336473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 33)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 130 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 6789395 - 6789079
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||    
T  6789395 ttgaggaaatcaatatggatatttttaatgagtgtatgaagaccgttgagagttgtcttgttgacgctaagatggacaagagtattgtaaatgatgttgt 6789296  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttaca------------ggacaaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| || ||            ||  ||||| ||||||| | |||| || |||||||||| |    
T  6789295 ccttgttggtgggtcttctagaattcccaaagtgcaacaactattgcaagaagttttcatgggaaaggatttgtgcatgagcatcaaccctgatgaggct 6789196  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttggca 417  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||  | ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  6789195 gttgcttacggtgcagctgtccaggctgctttgttgagcgaaggctctaagagtgttccaaacttggtgctgcaagatgttacaccgttgtctcttggta 6789096  T
Q  418 tggaagtgataggaaat 434  Q
     || ||| |||||||||    
T  6789095 aggcagtaataggaaat 6789079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 130 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 17267822 - 17267696
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| |  ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  17267822 ttgaggaaatcaatatggacctttttgatgagtgcatggagattgttgagaagtgtcttagtgatgctaagattgacaagagcagagttgatgatgttgt 17267723  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  17267722 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 17267696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 130 - 386
Target Start/End: Original strand, 27831160 - 27831428
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || || |||||| ||| |||||| |||||||| | |||  |||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  27831160 ttgaggaaatcaatatggaccttttcaatgaatgtatggagactgttgagagttgtctcactgactctaagatggacaagagtagtatagatgatgttgt 27831259  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||   ||||            ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  27831260 ccttgttggtggctcttcaaggattcccaaagtgcagcagctattggcggactttttcaagggaaaggatttgtgcaagagcatcaatcctgatgaggct 27831359  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtg 386  Q
    || |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||  |||||||||||| ||||||    
T  27831360 gttgcttttggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgatgacattatgaatgttccaaacttggtg 27831428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 130 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 8545516 - 8545219
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||| |  |||||||| | | |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  8545516 ttgagcaattgaatatggacctctttgaaaagtgtatggacactgttaattgttgtcttgttgatgctaagatggacaagggtagtgtagatgatgttgt 8545417  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| || ||   ||| || ||||||||             ||||| || |||||| ||||||| |||||||||| |    
T  8545416 ccttgttggcggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagttttttaaggggaaggaattatgcaagagcattaaccctgatgaggct 8545317  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||| || | ||||||| |||||  ||||||| |  |||||||| |||||||| |||||    
T  8545316 gttgcttatggtgcagctgtccaggctgctttgctgagtgaagacaataagaatgtcccaaacatggtgctacgagatgttacccctttgtcacttgg 8545219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 130 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 17260124 - 17259856
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| |  ||||||| ||||| |||||| |||||||||||  | |||||||||||    
T  17260124 ttgaagaaatcaatatggaccttttttatgagtgcatggagattgttgagaagtgtcttagtgatggtaagattgacaagagcagaattgatgatgttgt 17260025  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| || |||||             ||||| || |||||| |||| || |||||||||| |    
T  17260024 ccttgttggtggatcttctaggattccgaaagtgcagcaactattgcaggatttcttcaagggtaaggaattatgcaagagcatcaaccctgatgaggct 17259925  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtg 386  Q
    || |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| | || |  ||||||||||||| ||||||    
T  17259924 gttgcttatggtgctgctgttcaggctgctttgttaagtggaagcgtcaagaatgttccaaacttggtg 17259856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 130 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 8576209 - 8575918
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| |  |||||||||| | |||| | | |||||||  ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  8576209 ttgaggaaatgaatatgaacctctttgaaaagtgtatgaatactgttaatatttgtcttgctgatgctaagatggacaagaatagtgtagatgatgttgt 8576110  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || ||   ||| || ||||||||             ||||| || || ||| |||| || |||||||||| |    
T  8576109 ccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggaggttttcaaggggaaggaattatgtaagagcatcaaccctgatgaggct 8576010  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtc 409  Q
    || |||||||| || | ||| || ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| | |  ||||||||||| |||||    
T  8576009 gttgcttatggtgctgttgtccaagctgctttgttgagtgaaggcagtaagaatgttccaaacttggtgttacgagatgttacaccgttgtc 8575918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 130 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8570194 - 8570068
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| |  |||||||| | | |||| | |||||||||  ||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||    
T  8570194 ttgaggaaatgaatatgaacctctttgaaaagtgtatggaaactgttaatagttgtcttgctgatgctaagatggaaaagaatagtgtagatgatgttgt 8570095  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  8570094 ccttgttggtggttcttctaggattcc 8570068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 130 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8616564 - 8616438
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||| ||| |||| ||||||| || ||||| || ||||||||| ||||    
T  8616564 ttgaggaaatcaatatggacctttttaacgagtgtataaagactgttgagagttgttttaatgattctaagatagagaagagtagtgtagatgatattgt 8616465  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
     ||||| ||||| || |||||||||||    
T  8616464 tcttgtcggtggctcgtctaggattcc 8616438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 130 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 8581583 - 8581286
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    ||||| ||||||||||| |||| ||| |  |||||||| | | |||| | |||||||||   |||||||||||||||| | | || ||||||||||||||    
T  8581583 ttgagcaaatgaatatgaacctctttgaaaagtgtatggacactgttaatagttgtcttgccgatgctaagatggacaggggtagtgtagatgatgttgt 8581484  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || ||   ||| || ||||||||             ||||| || |||||| |||| || |||||||||| |    
T  8581483 ccttgttggtggttcttctaggattcctaaagtgagacagctattacaggagtttttccaggggaaggaattatgcaagagcatcaaccctgatgaggct 8581384  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    || |||||||| || ||| |||||||||| ||| | |||||||||||| ||| ||||||||| ||| |  |||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  8581383 gttgcttatggtgctgctattcaggctgctttggttagtgaaggcattaagagtgttccaaacttgattttgcgagatgttacaccattgtcacttgg 8581286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 145 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 8601842 - 8601718
Alignment:
Q  145 tggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtc 244  Q
    ||||||| |||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||| || || ||||||| |||||||||||| || ||    
T  8601842 tggacctctttaagaagtgtatagagactgttgaaagttgtcttagtgatgctcagatcgaaaagagtagtgtggatgatgctgtccttgttggcggttc 8601743  T
Q  245 ttctaggattcccaatgtacaacaa 269  Q
    ||||||||||||||| || ||||||    
T  8601742 ttctaggattcccaaagtgcaacaa 8601718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 306 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 3146959 - 3146835
Alignment:
Q  306 cctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctt 405  Q
    ||||||||||  || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| | || | ||||||||||| |||||| |||| |||||| | ||||    
T  3146959 cctgatgaggccgttgcttatggtgcagctgtgcaagctgctttgttgagtgaagactttaaaaatgttccaaacttggtggtgcaagatgttgctcctt 3146860  T
Q  406 tgtctcttggcatggaagtgatagg 430  Q
    |||||||||| || ||||| |||||    
T  3146859 tgtctcttggtatcgaagttatagg 3146835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 141 - 259
Target Start/End: Original strand, 8383172 - 8383290
Alignment:
Q  141 aatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtg 240  Q
    ||||||||||| ||| |  |||||||| ||| |||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||  | ||||    
T  8383172 aatatggacctatttgaaaagtgtatggagactgttgagagctgtcttactgatgctaagatgaacaagagtagtgtagatgatgttgttctcatcggtg 8383271  T
Q  241 ggtcttctaggattcccaa 259  Q
    | ||||| |||||||||||    
T  8383272 gttcttcgaggattcccaa 8383290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 193 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8590458 - 8590392
Alignment:
Q  193 atgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaa 259  Q
    |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8590458 atgctaagatggacaagaacattgtagatgatgttgtacttgttggtggttcttctaggattcccaa 8590392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 180 - 255
Target Start/End: Original strand, 7878068 - 7878143
Alignment:
Q  180 agttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattc 255  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  7878068 agttgtcttactgatgctatgatggacaagaacaatgtagatgatgttgtacttgttggtggatcatctaggattc 7878143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 265
Target Start/End: Original strand, 8585991 - 8586126
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || | |||||| ||||||||||  ||| ||||||| || ||||   | ||||| ||| ||||    
T  8585991 ttgaggaaatcaatatggacctttttaatgagtgtataaatactgttgagagttgtcttaccgattctaagatagagaagaatggtgtagacgatattgt 8586090  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtaca 265  Q
    |||||| ||||| || || || |||||||| |||||    
T  8586091 ccttgtcggtggctcgtccagaattcccaaagtaca 8586126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 415
Target Start/End: Original strand, 29578127 - 29578254
Alignment:
Q  288 ttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgc 387  Q
    ||||||| | |||| || ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||      
T  29578127 ttgtgcatgagcataaaccctgacgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgttgattgatggcattaagaatgttccaaatttggtct 29578226  T
Q  388 tgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    |||  ||| ||||||| ||||| |||||    
T  29578227 tgcgagatattacacccttgtcgcttgg 29578254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 377
Target Start/End: Original strand, 29582290 - 29582385
Alignment:
Q  282 aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttcca 377  Q
    ||||| ||||||| | |||| || |||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  29582290 aaggatttgtgcatgagcatcaaccctgatgaggctgttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgctgattgaaggcattgagaatgttcca 29582385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 298 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 8590341 - 8590224
Alignment:
Q  298 gcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgt 397  Q
    |||| ||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |  |||| || ||| |||||||||| || |||||||| || |||||    
T  8590341 gcatcaatccagatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaagctgctttgctttgtgatgggattaagaatgttcctaatttggtgctacaagatgt 8590242  T
Q  398 tacacctttgtctcttgg 415  Q
    ||| || |||||||||||    
T  8590241 tactccattgtctcttgg 8590224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8537889 - 8537790
Alignment:
Q  160 agtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaa 259  Q
    |||||||||| | |||| | |||||| ||| |||||||||||||||||  || ||  | ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  8537889 agtgtatgaaaactgttaagagttgttttaatgatgctaagatggacagtagtagtatggatgatgttgtactagttggtggctcttctaggattcccaa 8537790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 8659246 - 8659187
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtctta 189  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  8659246 ttgaggaaatgaatatggatctttttaatgagtgtatgaaaactgttgagagttgtctta 8659187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 309 - 424
Target Start/End: Original strand, 10494850 - 10494965
Alignment:
Q  309 gatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgt 408  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||| || ||||||| || || |||||||| |  |||||||| || ||||    
T  10494850 gatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctttaagaatgtcccgaacttggtgctacgagatgttaccccattgt 10494949  T
Q  409 ctcttggcatggaagt 424  Q
    | ||||| || |||||    
T  10494950 cacttggtattgaagt 10494965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 8102488 - 8102406
Alignment:
Q  192 gatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgtt 274  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||| || || ||||||||    
T  8102488 gatgctaagatggacaagagcacagttcatgatgttgttcttgttggtggttcaactaggattcccaaagttcagcaactgtt 8102406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 379
Target Start/End: Original strand, 27846566 - 27846652
Alignment:
Q  293 caagggcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaa 379  Q
    |||| |||| || |||||||||| ||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  27846566 caagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttttggagcagctgtgcaggctgctttgttgagtgatgacattaagaatgttccaaa 27846652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 217 - 282
Target Start/End: Original strand, 8636715 - 8636780
Alignment:
Q  217 tagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggaca 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || || || ||||| ||||||||||    
T  8636715 tagatgatgttgtccttgttggtggctcctctaggattccaaaggtgcagcaactattacaggaca 8636780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 309 - 417
Target Start/End: Original strand, 7878209 - 7878317
Alignment:
Q  309 gatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgt 408  Q
    ||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||  || |  |||| || ||| |||||||||| || |||||| |||| |||||||| || ||||    
T  7878209 gatgaagctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctctgctttgtgatggtattaagaatgttcctaatttggtgttgcaagatgttactccattgt 7878308  T
Q  409 ctcttggca 417  Q
    |||||||||    
T  7878309 ctcttggca 7878317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8609770 - 8609674
Alignment:
Q  160 agtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttggtgggtcttctaggattcc 256  Q
    |||||||| |||  |||||||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||  |  |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  8609770 agtgtatggagacggttgaaagatgtcttactgatgctgaaatggataagaaaaccgtagatgatgttgttcttgttggaggttcttctaggattcc 8609674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 321 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 8559063 - 8558958
Alignment:
Q  321 gcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttggcatgg 420  Q
    |||||||| |||||||| |||||||  ||| | ||||||| || | |||||||||||||  ||||||||   |||||||| |||||||| ||||| || |    
T  8559063 gcttatggtgcagctgtccaggctgttttgcttagtgaagacactaagaatgttccaaacatggtgctgagagatgttacccctttgtcccttggtattg 8558964  T
Q  421 aagtga 426  Q
    ||||||    
T  8558963 aagtga 8558958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 306 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 17267634 - 17267554
Alignment:
Q  306 cctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtg 386  Q
    |||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| | || |  ||||||||||||| ||||||    
T  17267634 cctgatgaggctgttgcttatggtgctgctgttcaggctgctttgttaagtggaagcgtcaagaatgttccaaacttggtg 17267554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 443 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 8646114 - 8646067
Alignment:
Q  443 agaagctgagaattactgtattgaagacaagaaattcctaaggaaggc 490  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  8646114 agaagctgaaaattaccgtattgaagatgagaaattcctaaggaaggc 8646067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 8667108 - 8667005
Alignment:
Q  312 gaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctc 411  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||  | ||||||| || || |||||||| |  ||||| || |||||||| |    
T  8667108 gaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctgtaagaatgtccccaacttggtgctacgagatgtgacccctttgtcac 8667009  T
Q  412 ttgg 415  Q
    ||||    
T  8667008 ttgg 8667005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 309 - 388
Target Start/End: Original strand, 13333844 - 13333923
Alignment:
Q  309 gatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgct 388  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||| || ||| ||| || || ||||||||    
T  13333844 gatgaggctgttgcttatggtgcagctgttcaggctgctattttgagtgaaggctttaagactgtcccgaacttggtgct 13333923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 309 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 8659055 - 8658949
Alignment:
Q  309 gatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgt 408  Q
    ||||||| ||| |||||||| |||||| |||| |||||  | || ||  ||||| || ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||    
T  8659055 gatgaggctgttgcttatggtgcagctcttcaagctgctgttttaagcaaaggctttaagaatgtcccaaacttggtgctgcaagatgttaccccattgt 8658956  T
Q  409 ctcttgg 415  Q
    | |||||    
T  8658955 cacttgg 8658949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 298 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 8570014 - 8569897
Alignment:
Q  298 gcattaatcctgatgaggttgtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgt 397  Q
    ||||||| |||||||||| ||| ||||| || |||||| |||||||||  |||   |||||| || || ||| ||||||||| |||||  |||  |||||    
T  8570014 gcattaaccctgatgaggctgttgcttacggtgcagctattcaggctgttttgcatagtgaaagcgttaagagtgttccaaacttggttttgcgagatgt 8569915  T
Q  398 tacacctttgtctcttgg 415  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  8569914 tacaccattgtcacttgg 8569897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 80; Significance: 4e-37; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 130 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 28219801 - 28219489
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || |||||| |||| | |||||| || ||||| | |||||| || |||||||||||    ||| | ||||||||    
T  28219801 ttgaggaaatcaatatggatcttttcaatgagtgtttgaaaactgttgagaggtgtctcactgatgccaatatggacaagagggctgtacacgatgttgt 28219702  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacaggac------------aaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     |||||||| || || ||||| ||||| || |||||||||||  | |||||             ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||| |    
T  28219701 tcttgttggaggctcctctagaattccaaaagtacaacaactactgcaggaattttttggagggaaggaattgtgtaagagcattaaccctgatgaggct 28219602  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttggca 417  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || | || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  28219601 gttgcttatggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgaaggctttaaaaaagttccgaagttggtgctgcaagatgttacacctttgtctcttggta 28219502  T
Q  418 tggaagtgatagg 430  Q
    |  ||||||||||    
T  28219501 tccaagtgatagg 28219489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 130 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 43744699 - 43744402
Alignment:
Q  130 ttgaggaaatgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgt 229  Q
    |||||||||| |||||||| || || || |||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    || ||||||||||    
T  43744699 ttgaggaaatcaatatggatctcttcaacgagtgtttgaaaattgttgagagttgtcttactgatgccaagatggacaagagcgctatacatgatgttgt 43744600  T
Q  230 ccttgttggtgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggtt 317  Q
     ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||             ||||| ||||| |||  |||||| ||||||||||      
T  43744599 tcttgttggtggctcctctaggattccaaaagtacaacaactattgcaggaattttttgcagggaaggatttgtgtaagaacattaaccctgatgaggca 43744500  T
Q  318 gtggcttatggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    || |||  ||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || | || ||||||||  |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  43744499 gttgctattggtgcagctgtgcaggctgctttgttgagtgaaggctttaaaaaagttccaaacgtggtgctgcaagatgttgcacctttttctcttgg 43744402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 139 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 12528378 - 12528090
Alignment:
Q  139 tgaatatggacctttttaaggagtgtatgaagattgttgaaagttgtcttattgatgctaagatggacaagagcagggtagatgatgttgtccttgttgg 238  Q
    ||||||||||||| ||| |  |||||||| |||  |||||||||||| | |  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||    
T  12528378 tgaatatggacctctttgaaaagtgtatggagaccgttgaaagttgtttgaccgatgctaagatggacaagagtagtgtagatgatattgtacttgttgg 12528279  T
Q  239 tgggtcttctaggattcccaatgtacaacaactgttacagga------------caaggagttgtgcaagggcattaatcctgatgaggttgtggcttat 326  Q
    ||| || |||||||||||||| ||  | || || || |||||            ||||||||| | |||| |||| || |||||||||| ||| ||||||    
T  12528278 tggctcgtctaggattcccaaagtgaagcagctattgcaggagtttttcaagggcaaggagttatacaagagcatcaaccctgatgaggctgttgcttat 12528179  T
Q  327 ggcgcagctgttcaggctgcattgttgagtgaaggcattcagaatgttccaaagttggtgctgcaggatgttacacctttgtctcttgg 415  Q
    || || |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||| ||  ||  |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  12528178 ggtgccgctgttcaggctgctttgttgagtgaaggcatgaagactgttccgaaagtgacgctgcaagatgttatacctttgtctcttgg 12528090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University