View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8748_high_5 (Length: 429)

Name: NF8748_high_5
Description: NF8748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8748_high_5
NF8748_high_5
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (17-395)||(12900232-12900598)
chr3 (17-393)||(30683382-30683750)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-395)||(41895375-41895741)
chr2 (17-395)||(22633970-22634339)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-395)||(19419013-19419379)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (17-395)||(14940850-14941216)
chr4 (17-395)||(14931645-14932011)
chr4 (36-395)||(30627431-30627783)
chr4 (308-395)||(24886185-24886272)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (17-395)||(45490297-45490664)
chr8 (17-395)||(45499255-45499622)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (37-395)||(29957747-29958094)
chr5 (17-393)||(18707527-18707894)
chr5 (17-393)||(18716541-18716908)
chr5 (17-393)||(15321860-15322226)
chr5 (17-393)||(15330863-15331229)
[»] scaffold0113 (2 HSPs)
scaffold0113 (17-297)||(4031-4310)
scaffold0113 (332-395)||(3974-4037)
[»] scaffold0103 (2 HSPs)
scaffold0103 (283-394)||(27181-27294)
scaffold0103 (41-148)||(26952-27057)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 12900232 - 12900598
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacctttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcat 116  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12900232 tggtcattctcatgccaacctttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcat 12900331  T
Q  117 gacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagcttaaatc 216  Q
    || |||   ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||           ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  12900332 gatatagtatatgcttgaaatatttattgcttccttaaatgtaac-----------attccattgccctgtacgtgcttggccttatttgaacttaaatc 12900420  T
Q  217 catatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaaat 316  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  12900421 catatttgagaccaatgctt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaagagat 12900519  T
Q  317 actcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12900520 actcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 12900598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 17 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 30683750 - 30683382
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacc-tttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtca 115  Q
    ||||| |||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  30683750 tggtcattctcatgccaaccatttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtca 30683651  T
Q  116 tgacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagc-ttaaa 214  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||           |||||||| || |||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  30683650 tgatataatttatgcttgaaatatttattgcttcctcaaatgtaac-----------attccatttccctgtacgtgcttggccttatttgaacattaaa 30683562  T
Q  215 tccatatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaa 314  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  30683561 tccatatttgaaaccaatactt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaaaaa 30683463  T
Q  315 a--tactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 393  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30683462 agatactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 30683382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 41895741 - 41895375
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacctttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcat 116  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41895741 tggtcattctcatgccaacctttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcat 41895642  T
Q  117 gacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagcttaaatc 216  Q
    || |||  |||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||           ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  41895641 gatatagtttatgcttgaaatatttattacttccttaaatgtaac-----------attccattgccctgtacgtgcttggccttatttgaacttaaatc 41895553  T
Q  217 catatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaaat 316  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  41895552 catatttgagaccaatgctt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaagagat 41895454  T
Q  317 actcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41895453 actcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 41895375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 22634339 - 22633970
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaaccttttt-gcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtca 115  Q
    ||||| |||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  22634339 tggtcattctcatgccaaccttttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaaccttcaaataatatttccttgtca 22634240  T
Q  116 tgacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagctt-aaa 214  Q
    ||| |||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||           |||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||| |||    
T  22634239 tgatatagtttatgcttgaaatatttattgcttcctcaaatgtaac-----------attccatttccctgtacgtgcttggccttatttgaactttaaa 22634151  T
Q  215 tccatatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||| |     
T  22634150 tccatatttgagaccaatgctt-gagatcaatctcttcatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttatcttaaaaaag 22634052  T
Q  315 -atactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22634051 gatactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 22633970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 19419379 - 19419013
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacctttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcat 116  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  19419379 tggtcattctcatgccaacctttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtaataagtttcaaataacatttccttgtcat 19419280  T
Q  117 gacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagcttaaatc 216  Q
    || |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||           ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  19419279 gatatagtttatgcttcaaatatttattgcttcctcaaatgtaac-----------attccattgccctgtacgtgcttggccttatttgaacttaaatc 19419191  T
Q  217 catatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaaat 316  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  19419190 catatttgagaccaatgctt-gagatcaatctcttcatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaagagat 19419092  T
Q  317 actcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19419091 actcaaaagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 19419013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 14941216 - 14940850
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacctttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcat 116  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14941216 tggtcattctcatgccaacctttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcat 14941117  T
Q  117 gacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagcttaaatc 216  Q
    || |||   ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||           ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||     
T  14941116 gatatagtatatgcttgaaatatttattgcttccttaaatgtaac-----------attccattgccctgtacgtgcttggccttatttgaacttaaatt 14941028  T
Q  217 catatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaaat 316  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  14941027 catatttgagaccaatgctt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaagagat 14940929  T
Q  317 actcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14940928 actcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 14940850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 14932011 - 14931645
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacctttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcat 116  Q
    ||||| |||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  14932011 tggtcattctcatgccaccctttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtactaagcttcaaataatatttccttgtcat 14931912  T
Q  117 gacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagcttaaatc 216  Q
    || |||   ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||           ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  14931911 gatatagtatatgcttgaaatatttattgcttccttaaatgtaac-----------attccattgccctgtacgtgcttggccttatttgaacttaaatc 14931823  T
Q  217 catatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaaat 316  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| |||| |||| ||    
T  14931822 catatttgagaccaatgctt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttagaagagat 14931724  T
Q  317 actcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14931723 actcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatcttttaaact 14931645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 36 - 395
Target Start/End: Original strand, 30627431 - 30627783
Alignment:
Q  36 ctttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaag--cttcaaataatatttctttgtcatgacataacttatgcttc 133  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||  |||   || | | ||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  30627431 ctttttgcacgtgaaattaaatatgttctttttgtgcatatgtatatttgtagtaagatcttatgattaaaattccttgtcatgacatatctt-tgcttc 30627529  T
Q  134 aaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagcttaaatccatatttgagaccaatg 233  Q
    |||||||||||| ||| | |||||| || |||||||| | ||||||||||||||| ||| ||  |     |||   |||| |||| |||||||| |||||    
T  30627530 aaatatttattgattccttaaatgtgacattctttaacacttccattgccttgtatgtgttttgc-----ttg---ttaagtccacatttgagatcaatg 30627621  T
Q  234 ctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgctttt-atacctttagcttaaaagaaatactcaagagcacaagt 332  Q
     || |||||||||||||||||||||| ||| || ||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30627622 gtt-gagatcaatctcttcatcataacttggtgttttccttggtaatcatataatgctttttatatctttggcttaaaagaaacactcaagagcacaagt 30627720  T
Q  333 tatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  30627721 taaataataattaaaatcagaattaataaagtttaatttaatatgtttattatctttaaaact 30627783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 308 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 24886272 - 24886185
Alignment:
Q  308 aaaagaaatactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||| ||| ||  ||| || ||||||||||||  ||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  24886272 aaaagaaacactcaataacacaagttaaataccatctaagattagaattaataaaacttaatttaatatttttgttatctttaaaact 24886185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 45490297 - 45490664
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaaccttttt-gcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtca 115  Q
    ||||| |||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45490297 tggtcattctcatgccaaccttttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtca 45490396  T
Q  116 tgacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagcttaaat 215  Q
    ||| |||   ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||           ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45490397 tgatatagtatatgcttgaaatatttattgcttccttaaatgtaac-----------attccattgctctgtacgtgcttgaccttatttgaacttaaat 45490485  T
Q  216 ccatatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  45490486 ccatatttgagaccaatgctt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaagaga 45490584  T
Q  316 tactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45490585 tactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 45490664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 17 - 395
Target Start/End: Original strand, 45499255 - 45499622
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaaccttttt-gcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtca 115  Q
    ||||| |||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45499255 tggtcattctcatgccaaccttttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtca 45499354  T
Q  116 tgacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagcttaaat 215  Q
    ||| |||   ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||           ||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  45499355 tgatatagtatatgcttgaaatatttattgcttccttaaatgtaac-----------attccattgctctgtacgtgcttggccttatttgaacttaaat 45499443  T
Q  216 ccatatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  45499444 ccatatttgagaccaatgctt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaagaga 45499542  T
Q  316 tactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45499543 tactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 45499622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 37 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 29958094 - 29957747
Alignment:
Q  37 tttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatgacataacttatgcttcaaa 136  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||| |||    
T  29958094 tttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttccttgtcatgatatagtttatgcttgaaa 29957995  T
Q  137 tatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagc-ttaaatccatatttgagaccaatgct 235  Q
    ||||||||||||| |||||||||||           |||||||| || |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  29957994 tatttattgcttcctcaaatgtaac-----------attccatttccctgtacgtgcttggccttatttgaacattaaatccatatttgaaaccaatgct 29957906  T
Q  236 ttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaaatactcaagagcacaagttat 335  Q
    | ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  29957905 t-gagatcaatctctccatcataacttgttgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaaaagatactcaagagcacaagttat 29957807  T
Q  336 ataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29957806 ataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 29957747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 17 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 18707894 - 18707527
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacc-tttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtca 115  Q
    ||||| |||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  18707894 tggtcattctcatgccaaccatttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtca 18707795  T
Q  116 tgacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagc-ttaaa 214  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||           |||||||| || |||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  18707794 tgatataatttatgcttgaaatatttattgcttcctcaaatgtaac-----------attccatttccctgtacgtgcttggccttatttgaacattaaa 18707706  T
Q  215 tccatatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaa 314  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  18707705 tccatatttgaaaccaatactt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaaaaa 18707607  T
Q  315 -atactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 393  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18707606 gatactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 18707527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 17 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 18716908 - 18716541
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacc-tttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtca 115  Q
    ||||| |||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  18716908 tggtcattctcatgccaaccatttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtca 18716809  T
Q  116 tgacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagc-ttaaa 214  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||           |||||||| || |||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  18716808 tgatataatttatgcttgaaatatttattgcttcctcaaatgtaac-----------attccatttccctgtacgtgcttggccttatttgaacattaaa 18716720  T
Q  215 tccatatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaa 314  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  18716719 tccatatttgaaaccaatactt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaaaaa 18716621  T
Q  315 -atactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 393  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18716620 gatactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 18716541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 17 - 393
Target Start/End: Original strand, 15321860 - 15322226
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacc-tttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtca 115  Q
    ||||| |||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  15321860 tggtcattctcatgccaaccatttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtca 15321959  T
Q  116 tgacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagc-ttaaa 214  Q
    ||| |||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||           |||||||| || |||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  15321960 tgatatagtttatgcttgaaatatttattgcttcctcaaatgtaac-----------attccatttccctgtacgtgcttggccttatttgaacattaaa 15322048  T
Q  215 tccatatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaa 314  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||| |     
T  15322049 tccatatttgaaaccaatactt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaaaag 15322147  T
Q  315 atactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15322148 atactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 15322226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 17 - 393
Target Start/End: Original strand, 15330863 - 15331229
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacc-tttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtca 115  Q
    ||||| |||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  15330863 tggtcattctcatgccaaccatttttgcacatgacattaaatatgttctttttgttcatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatattcccttgtca 15330962  T
Q  116 tgacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagc-ttaaa 214  Q
    ||| |||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||           |||||||| || |||||||||||| |||||||||| | |||||    
T  15330963 tgatatagtttatgcttgaaatatttattgcttcctcaaatgtaac-----------attccatttccctgtacgtgcttggccttatttgaacattaaa 15331051  T
Q  215 tccatatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttatacctttagcttaaaagaa 314  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||| |     
T  15331052 tccatatttgaaaccaatactt-gagatcaatctctccatcataacttggtgctttccttgataattgtacaatgcttttatacctttaacttaaaaaag 15331150  T
Q  315 atactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15331151 atactcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaa 15331229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 2)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 4310 - 4031
Alignment:
Q  17 tggtccttctcattgcaacctttttgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcat 116  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4310 tggtccttctcatgccaacccttttgcacatgatattaaatatgttctttttgttcatatgtacatcagtagtaagcttcaaataatatttccttgtcat 4211  T
Q  117 gacataacttatgcttcaaatatttattgcttcatcaaatgtaacgttctttaataattccattgccttgtacgtgcttgaccttatttgagcttaaatc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||  |||| ||    
T  4210 gacataacttatgcttcaaatatttattgctgcctcaaatataacattctttaataattccattaccctgtacgtgtttggccttatttgaatttaagtc 4111  T
Q  217 catatttgagaccaatgctttgagatcaatctcttcatcataaattgatgcttttcttgataatcatataatgcttttata 297  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||| |||||||||| ||||  ||| ||||||||||| ||||    
T  4110 catatttgagaccaatgc-ttgagatcaatctcttaaaaataacttgatgctttccttggaaataatataatgcttatata 4031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 332 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 4037 - 3974
Alignment:
Q  332 ttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4037 ttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagtttgttatctttaaaact 3974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0103 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0103
Description:

Target: scaffold0103; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 283 - 394
Target Start/End: Original strand, 27181 - 27294
Alignment:
Q  283 tataatgcttttatacctttagcttaaaagaaatac--tcaagagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattagttt 380  Q
    |||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27181 tataatgcctttgtacctttagtttaaaagaaacacattcatgagcacaagttatataacaattaaaatcagaattaataaagtttaatttaattggttt 27280  T
Q  381 gttatctttaaaac 394  Q
     |||||||||||||    
T  27281 cttatctttaaaac 27294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0103; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 148
Target Start/End: Original strand, 26952 - 27057
Alignment:
Q  41 tgcacatgatattaaatatgttctttttgtccatatgttcatttgtagtaagcttcaaataatatttctttgtcatgacataacttatgcttcaaatatt 140  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||| | | | || ||||| |||| ||||||||  |||| |||||||||||    
T  26952 tgcatatgatattaaatgtgttctttttgttcatatgttca-aagtagtaagc-taatagaacatttccttgtgatgacatattttattcttcaaatatt 27049  T
Q  141 tattgctt 148  Q
    ||||||||    
T  27050 tattgctt 27057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University