View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8752_high_1 (Length: 811)

Name: NF8752_high_1
Description: NF8752
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8752_high_1
NF8752_high_1
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (12-798)||(11628972-11629756)
chr6 (12-325)||(11620656-11620969)
chr6 (12-320)||(11671359-11671667)
chr6 (390-668)||(11671006-11671284)
chr6 (12-323)||(11707724-11708035)
chr6 (419-672)||(11621064-11621317)
chr6 (12-292)||(11665499-11665779)
chr6 (425-676)||(11707369-11707620)
chr6 (36-292)||(11737132-11737388)
chr6 (425-652)||(11665914-11666141)
chr6 (36-242)||(12090705-12090911)
chr6 (36-242)||(11758515-11758721)
chr6 (725-798)||(11736541-11736616)
chr6 (751-796)||(11666240-11666285)
[»] scaffold0196 (2 HSPs)
scaffold0196 (12-671)||(15167-15828)
scaffold0196 (747-798)||(15903-15954)
[»] scaffold0019 (3 HSPs)
scaffold0019 (12-325)||(5949-6262)
scaffold0019 (448-672)||(5665-5889)
scaffold0019 (743-794)||(5545-5596)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (12-326)||(16390910-16391224)
chr8 (443-676)||(16390606-16390839)
chr8 (747-798)||(16390486-16390537)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (14-317)||(44813941-44814244)
chr1 (448-589)||(44814340-44814481)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 11629756 - 11628972
Alignment:
Q  12 aagcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11629756 aagcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 11629657  T
Q  112 ctgcaacgattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctc 211  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11629656 ctgcaacaattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctc 11629557  T
Q  212 gaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttccccctggaacattcacctca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11629556 gaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttcttctcactgctgcagcactttgcatggttatgcttccccctggaacattcacctca 11629457  T
Q  312 ggtgagaatttggttgttaatatctcgaagatatcgttgtctaagtattgtaattatactcaaatcannnnnnnatgctaaaacaatagcattatctttc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||| |||||||||||    
T  11629456 ggtgagaatttggttgttaatatctcgaagatatcgttgtctgagtattgtaattatactcaaatcatttttttatgctaaaacaataacattatctttc 11629357  T
Q  412 ttgatgcaagtttctaaatttcaacatctttcattccaggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaaacaattccttagtattttcaat 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11629356 ttgatgcaagtttctaaatttcaacatctttcattccaggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaaacaattccttagtattttcaat 11629257  T
Q  512 tcaaaatcaatgcactgttgcaaatcacataatatcagtagagaggctaaaacaatatatgcatatagaaagtgaggcggaagaaatagtagccgaaaat 611  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||     
T  11629256 tcaaaatcaatgcactgttgctaatcacataatatcagtagagaggctaaaacaatacatgcatatagaaagtgaggcgaaagaaatagtagaagaaaac 11629157  T
Q  612 cgtcctccttcaaattggccagttgccggcaaagtagaaatcaataacttgaaggtaattgttacannnnnnncataatttaaagaatgatattcacnnn 711  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |       || ||||| ||||||||||||| |       
T  11629156 cgtcctccttcgtattggccagttgccggcaaagtagaaataaataatttgaaggtaattctta-aatattttcaaaatttgaagaatgatattcgc-aa 11629059  T
Q  712 nnnntgcagtttaaatgaaccaactaactattttgtttttaccatgtcagatacgatacaggtctaatggaccacttgtacttcatg 798  Q
        ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11629058 aaaatgcagcttaaatgaaccaactaattattttgtttttaccaagtcagatacgatacaggtctaatggaccacttgtacttcatg 11628972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 12 - 325
Target Start/End: Original strand, 11620656 - 11620969
Alignment:
Q  12 aagcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 111  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  11620656 aagcagagatactactttgcctcagcaaaagaactaatgcggttgaatggcacaacaaaatcctctttagcgaatcatgtagccgaaactgttgctggag 11620755  T
Q  112 ctgcaacgattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctc 211  Q
    ||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11620756 ctgtaacaataagggcttttgagggggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgctttttttcatagttttgcctc 11620855  T
Q  212 gaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttccccctggaacattcacctca 311  Q
     || || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  11620856 aaacgaatggttgatccaacgattagaaacactcagtgcagttgttctcgccgctgcaacactttgcatggttatgcttcctcccggaacattcccctca 11620955  T
Q  312 ggtgagaatttggt 325  Q
    ||||||||||||||    
T  11620956 ggtgagaatttggt 11620969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 12 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 11671667 - 11671359
Alignment:
Q  12 aagcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 111  Q
    |||||| |||||||||||||  | ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11671667 aagcagcgatactactttgcggtagcaaaagaagtaatgaggataaatggcacaacaaaatcctctatagctaatcatgtagctgaaactgttgctggag 11671568  T
Q  112 ctgcaacgattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctc 211  Q
    ||   || || ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||||  ||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  11671567 ctatgacaataagggcttttaaggaggaggctcattcttttgagaagaacctttgtctaattgatttaaatgctagtgcttttttccatagttttgcttc 11671468  T
Q  212 gaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttccccctggaacattcacctca 311  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  11671467 aaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagtcgttctcactgctgcagcactttgcatagttatgctaccctctggaactttcacctca 11671368  T
Q  312 ggtgagaat 320  Q
    ||| |||||    
T  11671367 ggtaagaat 11671359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 390 - 668
Target Start/End: Complemental strand, 11671284 - 11671006
Alignment:
Q  390 taaaacaatagcattatctttcttgatgcaagtttctaaatttcaacatctttcattccaggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaa 489  Q
    |||||||||| |||  ||| | ||||| |||||||||||| | || || | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  11671284 taaaacaataacatcgtctattttgattcaagtttctaaactccatcacccttcattccaggaattattggcatggctctaacttatggcctttcactaa 11671185  T
Q  490 acaattccttagtattttcaattcaaaatcaatgcactgttgcaaatcacataatatcagtagagaggctaaaacaatatatgcatatagaaagtgaggc 589  Q
    ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  11671184 acggtgccttaatattttcaattcaaaatcaatgcactcttgcaaataacataatatcagtagagaggctaaatcaatatatgcatatagaaagtgaagc 11671085  T
Q  590 ggaagaaatagtagccgaaaatcgtcctccttcaaattggccagttgccggcaaagtagaaatcaataacttgaaggta 668  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  11671084 ggaagaaatagtagaagaaaatcgttctccttcgaattggccagttgctggcaaagtagaaataaatgacttgaaggta 11671006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 12 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 11708035 - 11707724
Alignment:
Q  12 aagcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 111  Q
    |||||||||||||||||  ||   ||||||||| | |||||||| | ||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11708035 aagcagagatactacttcaccgcagcaaaagaagtgatgcggataagtggcacaacgaaatcctttctagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 11707936  T
Q  112 ctgcaacgattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctc 211  Q
    | |  || || |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| ||||| |||| |||||||||    
T  11707935 cagtgacaataagggcttttgaggaggaagatcgtttctttcagaagaatcttgatctaattgacattaatgctagtgcattttttcataattttgcctc 11707836  T
Q  212 gaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttccccctggaacattcacctca 311  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||  || |||||||||||||||||||||| |||||  | || || ||||||||     
T  11707835 aaacgagtggttgatccaacggttagaaacaattggtgcaggtgttcttgcctctgcagcactttgcatggttatacttccatcagggactttcacctct 11707736  T
Q  312 ggtgagaatttg 323  Q
    ||||||||||||    
T  11707735 ggtgagaatttg 11707724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 419 - 672
Target Start/End: Original strand, 11621064 - 11621317
Alignment:
Q  419 aagtttctaaatttcaacatctttcattccaggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaaacaattccttagtattttcaattcaaaat 518  Q
    |||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| |||||  | ||||| ||||| |||||||||||    
T  11621064 aagtttctaaatgttaccatccttcattccaggaattattggcatggctctaacttatggcctatcactaaacggtgccttaatatttgcaattcaaaat 11621163  T
Q  519 caatgcactgttgcaaatcacataatatcagtagagaggctaaaacaatatatgcatatagaaagtgaggcggaagaaatagtagccgaaaatcgtcctc 618  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||  |||  | |||||||||||    
T  11621164 caatgcactcttgctaatcacataatatcagtagagaggctaaatcaatatatgcatatacaaagcgaggccgaagaaattatagaaggaaatcgtcctc 11621263  T
Q  619 cttcaaattggccagttgccggcaaagtagaaatcaataacttgaaggtaattg 672  Q
    |||  |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11621264 ctttgaattggccagttgctggagaagtagaaataaataacttgaaggtaattg 11621317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 12 - 292
Target Start/End: Original strand, 11665499 - 11665779
Alignment:
Q  12 aagcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 111  Q
    |||||||||||||||||  ||   ||||||||| | ||||| || | ||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11665499 aagcagagatactacttcaccgctgcaaaagaagtgatgcgtataagtggcacaacgaaatcctatgtagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 11665598  T
Q  112 ctgcaacgattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctc 211  Q
    | |  || || || |||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| || | |||||| ||||| ||||| |||| |||||||||    
T  11665599 cagtgacaataagagcttttgaggaggaagatcgcttttttgagaagaatcttgatctaatagacattaatgctagtgcattttttcataattttgcctc 11665698  T
Q  212 gaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttcc 292  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||  | ||||  || || |||| ||||||||||||||||||||    
T  11665699 aaatgagtggttgatcctacggttagaaacaataggtgcaagtcttcttgccactacagcgctttgcatggttatgcttcc 11665779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 425 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 11707620 - 11707369
Alignment:
Q  425 ctaaatttcaacatctttcattccaggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaaacaattccttagtattttcaattcaaaatcaatgc 524  Q
    |||||||||||  || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||   || |||||||  ||||||||||  ||| |||    
T  11707620 ctaaatttcaatttccttcattccaggatttattggcatggctctatcttatggccttgcactaaattcttacttagtaaattcaattcaatgtcagtgc 11707521  T
Q  525 actgttgcaaatcacataatatcagtagagaggctaaaacaatatatgcatatagaaagtgaggcggaagaaatagtagccgaaaatcgtcctccttcaa 624  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||  | |||||| |||||||  |    
T  11707520 actcttgcaaatcagataatatcagttgagaggctagatcaatatatgcatatacaaagtgaggccaaagaaatcgtagaaggaaatcgccctcctttga 11707421  T
Q  625 attggccagttgccggcaaagtagaaatcaataacttgaaggtaattgttac 676  Q
    | |||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  11707420 actggccaattgcaggcaaagtagaaataaatgacttgaaggtaattgttac 11707369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 36 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 11737388 - 11737132
Alignment:
Q  36 gcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggagctgcaacgattagggcttttgagg 135  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||   || || |||||||| ||||    
T  11737388 gcaaaagaacttatgcggatgaatggcacaacaaaatcatctatagctaatcatgtagctgaaagtgttgctggagctattacaataagggctttcgagg 11737289  T
Q  136 aggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctcgaatgagtggttgatccaacggtt 235  Q
    | |||||||||| |||  | ||||| ||| || ||||||||   ||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |    
T  11737288 aagaagatcgttttttcaacaagaatcttaatttaattgatgtcaatgcgagtgctttcttccacagttttgcatcaaatgagtggttgatccaacgggt 11737189  T
Q  236 agaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttcc 292  Q
    |||||||     ||||||||||||  |  |||| ||||||||||| | |||||||||    
T  11737188 agaaacagcgtatgcagttgttcttgcttctgcggcactttgcattgctatgcttcc 11737132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 425 - 652
Target Start/End: Original strand, 11665914 - 11666141
Alignment:
Q  425 ctaaatttcaacatctttcattccaggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaaacaattccttagtattttcaattcaaaatcaatgc 524  Q
    |||||||||||  || ||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||| ||| || ||||   |||||| |||| | ||| ||||| |||||||    
T  11665914 ctaaatttcaatttccttcattccaggatatatcggcatggctttgtcttatggtcttacactaaatgcttccttggtatatacaactcaaattcaatgc 11666013  T
Q  525 actgttgcaaatcacataatatcagtagagaggctaaaacaatatatgcatatagaaagtgaggcggaagaaatagtagccgaaaatcgtcctccttcaa 624  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||  | ||||| ||||||||  |    
T  11666014 actcttgcaaatcatataatatcagtagagaggctaaatcaatatatgcatatacaaagtgaggctaaagaaattgtagaaggaaatcatcctcctttga 11666113  T
Q  625 attggccagttgccggcaaagtagaaat 652  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||    
T  11666114 attggccagttgcaggcaaagtcgaaat 11666141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 36 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 12090911 - 12090705
Alignment:
Q  36 gcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggagctgcaacgattagggcttttgagg 135  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||   || || || ||||||||||    
T  12090911 gcaaaagaacttatgcggatgaatggcacaacaaaatcgtccgttgctaatcatgtagctgaaactgttgctggagctatgacaataagagcttttgagg 12090812  T
Q  136 aggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctcgaatgagtggttgatccaacggtt 235  Q
    | |||||||| | |||  | ||||| |||||| ||||||||   ||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |    
T  12090811 aagaagatcggtttttcaacaagaatcttgatttaattgatgtcaatgctactgctttcttccatagttttgcctcaaatgaatggctgatccaacgggt 12090712  T
Q  236 agaaaca 242  Q
    |||||||    
T  12090711 agaaaca 12090705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 36 - 242
Target Start/End: Original strand, 11758515 - 11758721
Alignment:
Q  36 gcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggagctgcaacgattagggcttttgagg 135  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||  |  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||    || || |||||||||||||    
T  11758515 gcaaaagaacttatgcggatgaatggcacgactaaatccgctgtagctaatcatgtagctgaaactactgctggagcaatgacaataagggcttttgagg 11758614  T
Q  136 aggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctcgaatgagtggttgatccaacggtt 235  Q
    | ||||| |||| |||  | ||||| |||||| ||||||||   ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||  |    
T  11758615 aagaagaccgttttttcaacaagaatcttgatttaattgatgtcaatgctagtgctttcttccacagtttttcctcaaatgagtggttgatccaacgagt 11758714  T
Q  236 agaaaca 242  Q
    |||||||    
T  11758715 agaaaca 11758721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 725 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 11736616 - 11736541
Alignment:
Q  725 aatgaaccaactaactattttgttttta--ccatgtcagatacgatacaggtctaatggaccacttgtacttcatg 798  Q
    |||||||||| ||| |  ||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  11736616 aatgaaccaaataatttgtttgtttttatacgatgtcagatacgatacaggcctactggaccacttgtacttcatg 11736541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 751 - 796
Target Start/End: Original strand, 11666240 - 11666285
Alignment:
Q  751 taccatgtcagatacgatacaggtctaatggaccacttgtacttca 796  Q
    |||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  11666240 taccatgctagatacgatacaggcctgatggaccacttgtacttca 11666285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196 (Bit Score: 302; Significance: 1e-169; HSPs: 2)
Name: scaffold0196
Description:

Target: scaffold0196; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 12 - 671
Target Start/End: Original strand, 15167 - 15828
Alignment:
Q  12 aagcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 111  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  15167 aagcagaaatactattttgccttagcaaaagaagtaatgcggataaatggtacaacaaaatcgtcattagctaatcatgtagctgaaacagttgcgggag 15266  T
Q  112 ctgcaacgattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctc 211  Q
    ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||| |||||||||||| | |||||||    
T  15267 ctgcaacaataagggcttttgaggatgaagatcgttcttttgagaagaacctttatctaattgatgttaatgctagttcttttttccatattattgcctc 15366  T
Q  212 gaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttccccctggaacattcacctca 311  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||     
T  15367 aaatgagtggttgatccaacggttagaaataatcagtgcaattgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgctccctcctggaacattcacatcg 15466  T
Q  312 ggtgagaatttggttgttaatatctcgaagatatcgttgtctaagtattgtaattatactcaaatca--nnnnnnnatgctaaaacaatagcattatctt 409  Q
    ||||||||||||  || || |||||| || || || |||| | | | || ||||||| |||||||||         || ||||||||| | | |  |||     
T  15467 ggtgagaatttgtctgatattatctctaaaatgtcattgtttgaattttataattattctcaaatcatgagtttctatcctaaaacaaaaacctcgtcta 15566  T
Q  410 tcttgatgcaagtttctaaatttcaacatctttcattccaggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaaacaattccttagtattttca 509  Q
    ||| |||| | |||| ||||||| |||||  |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||  | |||||||||  |||    
T  15567 tctggatgtatgtttataaattttaacattattcatttcaggatttattggcatggctctatcttatggcctatcactaaacgctgccttagtatactca 15666  T
Q  510 attcaaaatcaatgcactgttgcaaatcacataatatcagtagagaggctaaaacaatatatgcatatagaaagtgaggcggaagaaatagtagccgaaa 609  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |  ||||    
T  15667 attcaacatcaatgcactcttgcaaattacataatatcagtggagagactaaatcaatatatgcatataaaaagtgaagcggaagaaatagttgaagaaa 15766  T
Q  610 atcgtcctccttcaaattggccagttgccggcaaagtagaaatcaataacttgaaggtaatt 671  Q
    | ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  15767 accgtcctcctttgaattggccagttgcaggcaaagtagaaataaatgatttgaaggtaatt 15828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0196; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 747 - 798
Target Start/End: Original strand, 15903 - 15954
Alignment:
Q  747 tttttaccatgtcagatacgatacaggtctaatggaccacttgtacttcatg 798  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  15903 tttttaccatgtcagatacgatacaggcctgaaggaccacttgtacttcatg 15954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 3)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 6262 - 5949
Alignment:
Q  12 aagcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||  | ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  6262 aagcagagatactacattgcctctgaaaaagaagtaatgaggatgaatggcaccacaaagtcgtcattagctaatcatgtaaatgaaactgttgctggag 6163  T
Q  112 ctgcaacgattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctc 211  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  6162 ctgcaactataagggcttttgaggaggaagattgtttttttgagaaaaaccttgacctaattgatataaatgctagtgcttttttccatagtttttcctc 6063  T
Q  212 gaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttccccctggaacattcacctca 311  Q
     || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  6062 aaaagagtggttgatccaacggttagaaataatcagtgcagttgttcttaccactggagcactttgcatggttatgctccctcctggaacattcacctca 5963  T
Q  312 ggtgagaatttggt 325  Q
    ||||||||||||||    
T  5962 ggtgagaatttggt 5949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 448 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 5889 - 5665
Alignment:
Q  448 caggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaaacaattccttagtattttcaattcaaaatcaatgcactgttgcaaatcacataatatc 547  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  5889 caggaattattggcatggctttatcctacggcctttcactaaacaattccttagtattttcaattcaaaatcaatgcactcttgcgaatcacataatatc 5790  T
Q  548 agtagagaggctaaaacaatatatgcatatagaaagtgaggcggaagaaatagtagccgaaaatcgtcctccttcaaattggccagttgccggcaaagta 647  Q
    |||||||||  |||| ||||||||||||||| |||| |||||  | ||||  ||||  |  ||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||    
T  5789 agtagagagattaaatcaatatatgcatatacaaagcgaggccaaggaaactgtagaaggtaatcgtcctcctctgaattggccagttgcaggcaaagta 5690  T
Q  648 gaaatcaataacttgaaggtaattg 672  Q
     |||| ||  |||| ||||||||||    
T  5689 aaaataaacgacttaaaggtaattg 5665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 743 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 5596 - 5545
Alignment:
Q  743 tttgtttttaccatgtcagatacgatacaggtctaatggaccacttgtactt 794  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||||    
T  5596 tttgtttataccatgccagatacgatacaggcctgacggaccacttgtactt 5545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 139; Significance: 3e-72; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 12 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 16391224 - 16390910
Alignment:
Q  12 aagcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggag 111  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||| |   |||| ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  16391224 aagcagagatactactttgcctcagcaaaagaagtgatgcggataactggcacaacaaaatcctatgtagcaaatcatgtagctgaaactgtttctggag 16391125  T
Q  112 ctgcaacgattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctc 211  Q
    | |  || || ||  |||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||| | |||||| ||| | ||||| |||| |||||||||    
T  16391124 cagtgacaataagaacttttgaggaggaagatcgtttctttcagaagaatcttgatctaattgacattaatgctagttcattttttcataattttgcctc 16391025  T
Q  212 gaatgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttccccctggaacattcacctca 311  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||| || || || ||||||||     
T  16391024 aaacgagtggttgatccaacggttagaaacaataagtgcaggtgttcttgcctctgcagcactttgcatggttatacttccaccagggactttcacctct 16390925  T
Q  312 ggtgagaatttggtt 326  Q
    |||||||||||||||    
T  16390924 ggtgagaatttggtt 16390910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 443 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 16390839 - 16390606
Alignment:
Q  443 cattccaggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaaacaattccttagtattttcaattcaaaatcaatgcactgttgcaaatcacata 542  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||   || ||||||   ||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||    
T  16390839 cattccaggttttattggcatggctctatcttatggtcttgcactaaattctttcttagtgaattcaattcaaagtcagtgcactcttgcaaatcaaata 16390740  T
Q  543 atatcagtagagaggctaaaacaatatatgcatatagaaagtgaggcggaagaaatagtagccgaaaatcgtcctccttcaaattggccagttgccggca 642  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||  | |||||| |||||||  ||||||||| |||| ||||    
T  16390739 atatcagtcgagaggctaaatcaatatatgcatatacaaagtgaggccaaagaaatcgtagaaggaaatcgccctcctttgaattggccaattgcaggca 16390640  T
Q  643 aagtagaaatcaataacttgaaggtaattgttac 676  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  16390639 aagtagaaataaatgacttgaaggtaattgttac 16390606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 747 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 16390537 - 16390486
Alignment:
Q  747 tttttaccatgtcagatacgatacaggtctaatggaccacttgtacttcatg 798  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  16390537 tttttactatgttagatacgatacaggcctgacggaccacttgtacttcatg 16390486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 317
Target Start/End: Original strand, 44813941 - 44814244
Alignment:
Q  14 gcagagatactactttgccttggcaaaagaactaatgcggatgaatggcacaacaaaatcatcattagctaatcatgtagctgaaactgttgccggagct 113  Q
    |||| |||||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| ||| | |||||| ||||||| || ||     
T  44813941 gcagggatactactttgctactgcaaaagaactgatgcggatgaatggcacaacaaaatcctttgtagctaaccatcttgctgaatctgttgctggtgcc 44814040  T
Q  114 gcaacgattagggcttttgaggaggaagatcgttcttttgagaagaaccttgatctaattgataataatgcaagtgcttttttccatagttttgcctcga 213  Q
    |  || || |||||||||||  |||||| ||||| |||||  ||||| |||| | |||||||||  ||||| | | |||| || |||||||||||| | |    
T  44814041 gtgacaataagggcttttgaacaggaaggtcgtttttttgtaaagaatcttggtttaattgatatcaatgctactcctttctttcatagttttgccgcta 44814140  T
Q  214 atgagtggttgatccaacggttagaaacaatcagtgcagttgttctcaccgctgcagcactttgcatggttatgcttccccctggaacattcacctcagg 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||  |  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||    
T  44814141 atgagtggttgattcaacggttagaaacagttagtgcagttgttcttgcatcagctgcactttgcatggttatacttccacctggaacattctcctctgg 44814240  T
Q  314 tgag 317  Q
    ||||    
T  44814241 tgag 44814244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 448 - 589
Target Start/End: Original strand, 44814340 - 44814481
Alignment:
Q  448 caggaattatcggcatggctctatcttatggcctttcattaaacaattccttagtattttcaattcaaaatcaatgcactgttgcaaatcacataatatc 547  Q
    ||||| |||| || |||||||| || ||||| |||||| | |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||| | ||||||||    
T  44814340 caggatttattggaatggctctctcatatggtctttcacttaacgcttccttggtattttcaattcaaaatcaatgcaatatagcaaattatataatatc 44814439  T
Q  548 agtagagaggctaaaacaatatatgcatatagaaagtgaggc 589  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||    
T  44814440 agtggagaggctaaatcaatatatgcatgtaccaagtgaggc 44814481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University