View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8753_high_5 (Length: 237)

Name: NF8753_high_5
Description: NF8753
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8753_high_5
NF8753_high_5
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-224)||(8287340-8287563)
chr6 (61-196)||(8286786-8286921)
chr6 (61-198)||(3658950-3659088)
chr6 (62-153)||(3659198-3659288)
chr6 (62-195)||(28944244-28944378)
chr6 (62-153)||(5367661-5367751)
chr6 (63-198)||(5367407-5367551)
chr6 (63-95)||(13119207-13119239)
chr6 (65-96)||(3720052-3720083)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (62-224)||(46684097-46684259)
chr3 (61-198)||(27864999-27865136)
chr3 (61-195)||(3171487-3171622)
chr3 (61-195)||(19860489-19860623)
chr3 (62-195)||(24107354-24107488)
chr3 (61-196)||(46685468-46685603)
chr3 (65-195)||(54446022-54446153)
chr3 (62-185)||(24107150-24107273)
chr3 (61-198)||(38758606-38758744)
chr3 (61-153)||(27864797-27864889)
chr3 (62-153)||(31596732-31596824)
chr3 (61-110)||(54446305-54446354)
chr3 (62-174)||(16907929-16908041)
chr3 (63-110)||(11422379-11422426)
chr3 (63-110)||(38758896-38758943)
chr3 (61-115)||(3171770-3171824)
chr3 (63-110)||(18025880-18025927)
chr3 (87-195)||(18026054-18026163)
chr3 (62-153)||(14812426-14812517)
chr3 (74-146)||(21792228-21792300)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (61-224)||(34634066-34634229)
chr5 (61-195)||(5840875-5841010)
chr5 (61-198)||(15933354-15933492)
chr5 (61-195)||(23322096-23322231)
chr5 (61-186)||(23322311-23322436)
chr5 (66-176)||(1501054-1501164)
chr5 (60-120)||(15933606-15933666)
chr5 (61-176)||(9379928-9380043)
chr5 (62-153)||(42792947-42793038)
chr5 (61-153)||(5841123-5841215)
chr5 (63-147)||(43183230-43183314)
chr5 (64-147)||(9380705-9380788)
chr5 (78-183)||(25088419-25088524)
chr5 (78-183)||(25146388-25146493)
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (63-198)||(10468480-10468616)
chr4 (61-196)||(49028261-49028397)
chr4 (62-195)||(10286409-10286543)
chr4 (65-217)||(4438955-4439107)
chr4 (60-175)||(28450747-28450862)
chr4 (65-195)||(36098747-36098878)
chr4 (61-195)||(52677755-52677890)
chr4 (62-196)||(4437679-4437813)
chr4 (62-176)||(9450881-9450995)
chr4 (63-195)||(12585158-12585291)
chr4 (65-153)||(12585404-12585492)
chr4 (61-195)||(21038317-21038450)
chr4 (63-185)||(9268023-9268145)
chr4 (63-153)||(3990921-3991011)
chr4 (63-153)||(49028509-49028599)
chr4 (62-183)||(17931287-17931408)
chr4 (63-153)||(10468726-10468816)
chr4 (60-110)||(28451565-28451615)
chr4 (64-110)||(45667232-45667278)
chr4 (64-153)||(52677553-52677642)
chr4 (61-147)||(9449713-9449799)
chr4 (66-110)||(25225793-25225837)
chr4 (65-111)||(622345-622391)
chr4 (125-195)||(3990738-3990808)
chr4 (66-154)||(10202681-10202769)
chr4 (65-195)||(16067527-16067656)
chr4 (63-98)||(12315855-12315890)
chr4 (63-106)||(17932168-17932211)
chr4 (64-111)||(21325718-21325765)
chr4 (85-153)||(16067346-16067414)
chr4 (63-99)||(45667369-45667405)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (61-196)||(38694886-38695022)
chr2 (57-195)||(42962971-42963110)
chr2 (61-176)||(4734175-4734290)
chr2 (61-195)||(18171283-18171418)
chr2 (61-195)||(4410579-4410713)
chr2 (62-153)||(38695134-38695225)
chr2 (62-176)||(14159205-14159319)
chr2 (63-153)||(18166633-18166723)
chr2 (63-176)||(4733304-4733417)
chr2 (61-153)||(42962766-42962858)
chr2 (61-147)||(14160408-14160494)
chr2 (67-153)||(4409164-4409250)
chr2 (62-154)||(39110071-39110163)
chr2 (61-149)||(45001051-45001139)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (65-195)||(30905929-30906060)
chr8 (64-175)||(32539409-32539520)
chr8 (64-150)||(30905397-30905483)
chr8 (61-155)||(10536771-10536865)
chr8 (61-110)||(10535998-10536047)
chr8 (64-110)||(18203345-18203391)
chr8 (113-198)||(28268097-28268182)
chr8 (63-195)||(18202773-18202906)
chr8 (162-211)||(37705616-37705665)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (63-175)||(14903806-14903918)
chr1 (63-176)||(9114819-9114932)
chr1 (60-176)||(17690894-17691010)
chr1 (61-110)||(14904620-14904669)
chr1 (65-114)||(37499178-37499227)
chr1 (65-176)||(17689738-17689848)
chr1 (62-110)||(37499461-37499509)
chr1 (61-140)||(30335231-30335309)
[»] scaffold0069 (2 HSPs)
scaffold0069 (65-185)||(19897-20017)
scaffold0069 (65-185)||(20112-20232)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (64-198)||(4264977-4265112)
chr7 (62-153)||(4265222-4265313)
chr7 (61-175)||(18471730-18471844)
chr7 (65-195)||(8905842-8905973)
chr7 (63-110)||(8905640-8905687)
chr7 (61-110)||(18470137-18470186)
chr7 (61-111)||(25749418-25749468)
chr7 (65-110)||(8328197-8328242)
chr7 (61-149)||(11687359-11687447)
chr7 (61-149)||(19069924-19070012)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (86-195)||(93834-93944)
scaffold0006 (64-153)||(93633-93721)
[»] scaffold0008 (2 HSPs)
scaffold0008 (61-198)||(266619-266756)
scaffold0008 (61-110)||(266909-266958)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 8287563 - 8287340
Alignment:
Q  1 taacactaattatctttgagtgaaatgtgaaaactttgagagaaaacttaccatacaaactaggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8287563 taacactaattatctttgagtgaagtgtgaaaactttgagagaaaacttaccatataaactaggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttg 8287464  T
Q  101 gttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccctt 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  8287463 gttacattttagtcctttaactattcaacgttacattttggtcccttaagttatcttccgtcaaccaaataaatctccatcgtcaaaactgttaaccctt 8287364  T
Q  201 gtttaatattaaccatttgatttt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  8287363 gtttaatattaaccatttgatttt 8287340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 61 - 196
Target Start/End: Original strand, 8286786 - 8286921
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||| |    
T  8286786 taggcttaattaatgatttagtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccttaagtaattaacgttacattttagttccttaagttatcttctg 8286885  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaac 196  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  8286886 tcaaccaaataaatccccaccgttagaaccgttaac 8286921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 198
Target Start/End: Original strand, 3658950 - 3659088
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattcc 159  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||| |||  ||| | ||||| |||||| |||| |||| |||||| || ||||    
T  3658950 taggcttaattactgatgtggtcccttaagttatttattggttacagtttagtcccataagttattaaagttacaatttgatccctttaagtcatcttcc 3659049  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccc 198  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  3659050 gtcaaccagataaatctccaccgttaaaaccgttaaccc 3659088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 3659288 - 3659198
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||| | |||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  3659288 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttggtcccataagttattaac-ttacaatttggtcccttaagtta 3659198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 62 - 195
Target Start/End: Original strand, 28944244 - 28944378
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttac-attttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    ||||||||||||| || || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||   ||| | ||||| ||||| |||| ||||  || |||||| || ||    
T  28944244 aggcttaattaatcatctgctcccttaagtcatttgttggttacattttaatctcgtaagttattaatgttacaatttggttcttttcagttatctttcg 28944343  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  28944344 tcaaccaaataaatctccaccgtcaaaaccgttaa 28944378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 62 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 5367751 - 5367661
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  | |  ||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5367751 aggcttaattaatgatttggtcc-ttaagttatttgttggttacattttggttccataagttattaacgttacaatttggtcccttaagtta 5367661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 198
Target Start/End: Original strand, 5367407 - 5367551
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgt--------tagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttc-ccttaagtta 153  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||        | ||||||||||| ||   ||| | |||||| ||||| |||| || | |||||| |    
T  5367407 ggcttaattactgatatggtcccttaagttatttgttggttacatggttacattttagtctcataagttattaacattacaatttggtctctttaagtca 5367506  T
Q  154 tattccgtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccc 198  Q
    | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  5367507 tcttctgtcaaccaaataaatctccaccgtcaaaaccgttaaccc 5367551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 13119239 - 13119207
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatt 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13119239 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatt 13119207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 65 - 96
Target Start/End: Original strand, 3720052 - 3720083
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttattt 96  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3720052 cttaattaatgatttggtcccttaagttattt 3720083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 62 - 224
Target Start/End: Original strand, 46684097 - 46684259
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgt 161  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| | |||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  46684097 aggcttaattaatgatttggtcgcttaagttatttgttggttacattttgatcccataagttattaacattacgttttggtcccttaagttatcttccgt 46684196  T
Q  162 caaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaacccttgtttaatattaaccatttgatttt 224  Q
    || ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46684197 cagccaaataaatcgccaccgtcagaactgttaactcttgtttaatattaaccatttgatttt 46684259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 61 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27865136 - 27864999
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | |||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||    
T  27865136 taggcttaattaatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtcctttaagtcatcttccg 27865037  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccc 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27865036 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaaccgttaaccc 27864999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 61 - 195
Target Start/End: Original strand, 3171487 - 3171622
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattcc 159  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | ||||| |||||| |||| |||| ||||||||| ||||    
T  3171487 taggcttaattaatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaatgttacaatttggtccctttaagttatcttcc 3171586  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  3171587 gtcaaccaaatacatccccaccgtcaaaaccgttaa 3171622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 61 - 195
Target Start/End: Original strand, 19860489 - 19860623
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| || ||||||||||| |||  ||| | |||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||    
T  19860489 taggcttaattaatgatgtggtctattaagttatttattggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtcctttaagtgatcttccg 19860588  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||| |||||    
T  19860589 tcaaccaaataattctccaccgtcaaaaccgttaa 19860623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 62 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 24107488 - 24107354
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattccg 160  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||  ||| | |||||||||||| |||| |||| |||||| || |||||    
T  24107488 aggcttaattaatgatgtggtccattaagttaattgttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtcccgttaagtcatcttccg 24107389  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  24107388 ttaaccaaataaattcccaccgtcaaaaccgttaa 24107354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 46685603 - 46685468
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||  |||  ||| | |||| | |||| || |  ||||||||||||| |||||    
T  46685603 taggcttaattaatgatttggtcccttaaattatttattggttacattttggtcccataagttattatcattacgttatagtcccttaagttatcttccg 46685504  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaac 196  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  46685503 tcaaccaaataaatccacaccgtcgaaaccgttaac 46685468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 65 - 195
Target Start/End: Original strand, 54446022 - 54446153
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattccgtca 163  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||||||    
T  54446022 cttaattaatgatgtggtctctaaagttatttgttgattacattttaatcctataagttattaacgttacaatttggtccctttaagtcatcttccgtca 54446121  T
Q  164 accaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    | ||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  54446122 aacaaataaattctcaccgtcaaaaccgttaa 54446153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 62 - 185
Target Start/End: Original strand, 24107150 - 24107273
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgt 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||  ||| | |||||||||||| |||| || |||||||||  ||| ||    
T  24107150 aggcttaattaatgatttggtcccttgagttatttgttggttacattttggtcccataagttattaacgttacaatttggtcacttaagttagtttctgt 24107249  T
Q  162 caaccaaataaatccccaccgtca 185  Q
     | |||||||||||| ||||||||    
T  24107250 tagccaaataaatcctcaccgtca 24107273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 198
Target Start/End: Original strand, 38758606 - 38758744
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttac-attttgttcccttaagttatattcc 159  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | ||||||||||| |||| || || ||||||||| ||||    
T  38758606 taggcttaattagtgatgttgtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttagtccctttaagttatcttcc 38758705  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccc 198  Q
     || |||||||||||  |||| |||||||| ||||||||    
T  38758706 ctctaccaaataaatttccactgtcaaaaccgttaaccc 38758744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 61 - 153
Target Start/End: Original strand, 27864797 - 27864889
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||  ||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  27864797 taggcttaattaatgatttggtcccgtaagttatttgttggttacattttggtcccataagttattaacgttacaatttggtcccttaagtta 27864889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 62 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 31596824 - 31596732
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgtta-cattttgttcccttaagtta 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||  ||| | |||||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  31596824 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataagttattaacgttaccattttggtcccataagtta 31596732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 61 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 54446354 - 54446305
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54446354 taggtttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 54446305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 174
Target Start/End: Original strand, 16907929 - 16908041
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgt 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||  ||| | ||||||||||  ||||| |||||||| | ||| || ||    
T  16907929 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacgttttggtcccataagttattaacgttatgttttggtcccttaactcatactctgt 16908028  T
Q  162 caaccaaataaat 174  Q
     | ||||||||||    
T  16908029 tagccaaataaat 16908041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 63 - 110
Target Start/End: Original strand, 11422379 - 11422426
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11422379 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacatttt 11422426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 63 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 38758943 - 38758896
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38758943 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacatttt 38758896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 3171824 - 3171770
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  3171824 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgtcggttacattttcatcc 3171770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 63 - 110
Target Start/End: Original strand, 18025880 - 18025927
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18025880 ggcttaattaatgctttggtcccttaagttatttgttggttacatttt 18025927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 87 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 18026163 - 18026054
Alignment:
Q  87 taagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttac-attttgttcccttaagttatattccgtcaaccaaataaatccccaccgtca 185  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | ||||||||||| |||| || || |||||  || ||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  18026163 taagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaacgttaccatttagtccctttaagccatcttctgtcaatcaaataaatctccaccgtca 18026064  T
Q  186 aaactgttaa 195  Q
    |||| |||||    
T  18026063 aaaccgttaa 18026054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 62 - 153
Target Start/End: Original strand, 14812426 - 14812517
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||  |||  ||| | |||||||||||| |||  ||||||| ||||    
T  14812426 aggcttaatcaatgatttgatcatttaagttattttttagttacattttggtcccataagttattaacgttacaattttctcccttaggtta 14812517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 146
Target Start/End: Original strand, 21792228 - 21792300
Alignment:
Q  74 tgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccct 146  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||  ||| | |||||||||||| |||| |||||    
T  21792228 tgatgtggtcccttaatttattggttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtccct 21792300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 34634066 - 34634229
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||  |||  ||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||| | || |    
T  34634066 taggcttaattaatgatgtggtcctttaagttatttgttggttacaatttggtcccataagttattaacgttacattttggtccattaagttagactctg 34634165  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaacccttgtttaatattaaccatttgatttt 224  Q
    | |  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  34634166 ttagtcaaataaatccctaccgtcaaaaccgttaacccttctttaatattaaccattcgatttt 34634229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 61 - 195
Target Start/End: Original strand, 5840875 - 5841010
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt-aagttatattcc 159  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |  ||| | |||||||||||| |||| |||||| |||| || ||||    
T  5840875 taggtttaattaatgatgtggtcccttaagttatttgttggttatattttagtgccataagttattaacgttacaatttgatccctttaagtcatcttcc 5840974  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5840975 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaaccgttaa 5841010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 198
Target Start/End: Original strand, 15933354 - 15933492
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt-aagttatattcc 159  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||   ||| | |||||||||||| |||  |||||| ||| ||| ||||    
T  15933354 taggcttaatcaatgatgtggtcccttatattatttgttggttatattttagtctcataagttattaacgttacaatttagtccctttaagctatcttcc 15933453  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccc 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15933454 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaaccgttaaccc 15933492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 61 - 195
Target Start/End: Original strand, 23322096 - 23322231
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattcc 159  Q
    ||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | ||||| |||||| |||| |||| |||||| || ||||    
T  23322096 taggcttaattaatgatgtagtctattaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaatgttacaatttggtccctttaagtcatcttcc 23322195  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  23322196 gtcaagcaaataaatctccaccgtcaaaaccgttaa 23322231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 61 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 23322436 - 23322311
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | |  ||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||   |  |    
T  23322436 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggttccataagttattaacgttacaatttggtcccttaagttagtatatg 23322337  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaa 186  Q
    | | |||||||||||| |||||||||    
T  23322336 ttagccaaataaatcctcaccgtcaa 23322311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 66 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 1501164 - 1501054
Alignment:
Q  66 ttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtcaac 165  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||  |||  ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |      
T  1501164 ttaattaatcatttgatcccttaagttatttattggtttcattttggtcccataaattattaacgttacattttggtcccttaagttatattccgttagt 1501065  T
Q  166 caaataaatcc 176  Q
    |||||||||||    
T  1501064 caaataaatcc 1501054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 60 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 15933666 - 15933606
Alignment:
Q  60 ctaggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaa 120  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  15933666 ctaggcttaattcatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccttaa 15933606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 61 - 176
Target Start/End: Original strand, 9379928 - 9380043
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  | |   || | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |  |    
T  9379928 taggcttaattaatgaattggtcccttaagttatttgttggttacattttggttccacaagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatatg 9380027  T
Q  161 tcaaccaaataaatcc 176  Q
    | | ||||||||||||    
T  9380028 ttagccaaataaatcc 9380043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 62 - 153
Target Start/End: Original strand, 42792947 - 42793038
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||  |||  ||| | ||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  42792947 aggcttaattaatgatttggtcgcttaagttatttgttggtttcattttggtcccataaattattaatgttacaatttggtcccttaagtta 42793038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 5841215 - 5841123
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  |||  ||| | |||||||||||| |||| | | ||||||||    
T  5841215 taggcttaattaatgatttggtctcttaacttatttgttggttacattttggtcccataaattattaacgttacaatttggttctttaagtta 5841123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 147
Target Start/End: Original strand, 43183230 - 43183314
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt 147  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||  ||| | |||||| ||||| |||| ||||||    
T  43183230 ggcttaattaataatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataaattattaacattacaatttggtccctt 43183314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 64 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 9380788 - 9380705
Alignment:
Q  64 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt 147  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| | ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  9380788 gcttaattaatgaattgatcccttaagttatttgttggttacattttgatcccataagttattaatgttacgttttggtccctt 9380705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 78 - 183
Target Start/End: Original strand, 25088419 - 25088524
Alignment:
Q  78 ttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtcaaccaaataaatccc 177  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||   ||| | |||||||||||| |||| ||||||| ||||   || || | ||||||||||||     
T  25088419 ttggtcccgtaagttatttgttggttacattttggtcgcataaattattaacgttacaatttggtcccttatgttagtatctgttagccaaataaatcct 25088518  T
Q  178 caccgt 183  Q
    ||||||    
T  25088519 caccgt 25088524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 78 - 183
Target Start/End: Original strand, 25146388 - 25146493
Alignment:
Q  78 ttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtcaaccaaataaatccc 177  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||   ||| | |||||||||||| |||| ||||||| ||||   || || | ||||||||||||     
T  25146388 ttggtcccgtaagttatttgttggttacattttggtcgcataaattattaacgttacaatttggtcccttatgttagtatctgttagccaaataaatcct 25146487  T
Q  178 caccgt 183  Q
    ||||||    
T  25146488 caccgt 25146493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 63 - 198
Target Start/End: Original strand, 10468480 - 10468616
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattccgt 161  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||| |  ||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||||    
T  10468480 ggcttaattactgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcatctaagtttttaacgttacaatttggtccctttaagtcatcttccgt 10468579  T
Q  162 caaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccc 198  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  10468580 caaccaaataaattcccaccgtcaaaaccgttaaccc 10468616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 61 - 196
Target Start/End: Original strand, 49028261 - 49028397
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgtta-cattttgttcccttaagttatattcc 159  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | |||||||||| ||||| || || ||||| ||| ||||    
T  49028261 taggcctaattgatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataaattattaacgttaccatttggtccctttaagctatcttcc 49028360  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaac 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49028361 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaaccgttaac 49028397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 62 - 195
Target Start/End: Original strand, 10286409 - 10286543
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattccg 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  | | | |||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||     
T  10286409 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccattagttattaacgttacaatttgatccctttaagtcatcttcct 10286508  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  10286509 tcaaccaaataattttccaccgtcaaaaccgttaa 10286543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 4439107 - 4438955
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtcaa 164  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||| |||  ||   ||| | ||||||||||| ||||| || ||||||||| | || || |     
T  4439107 cttaattaatgacgtggtccctaaagttatttgttggttacaatttggtctcataagttattaacgttacgttttggtctcttaagttagactctgttag 4439008  T
Q  165 ccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaacccttgtttaatattaaccatt 217  Q
      ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  4439007 ttaaataaatccctaccgtcaaaaccgttaacccttctttaatattaaccatt 4438955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 60 - 175
Target Start/End: Original strand, 28450747 - 28450862
Alignment:
Q  60 ctaggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattcc 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||  ||| | ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||| |||    
T  28450747 ctaggcttaattaatgatttggtcccttaaattatttgttggttacattttgatcccataagttattaatgttacgttttggtcccctaacttatagtcc 28450846  T
Q  160 gtcaaccaaataaatc 175  Q
    || |  ||||||||||    
T  28450847 gttagtcaaataaatc 28450862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 195
Target Start/End: Original strand, 36098747 - 36098878
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattccgtca 163  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||| | |  ||| | |||||||||| | |||| |||| ||||| ||| ||||||||    
T  36098747 cttaattaatgatgtggtctcttaagttatttgttggttatattttagttccataaattattaacgttataatttggtccctttaagctatcttccgtca 36098846  T
Q  164 accaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    || ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  36098847 actaaataaatctccaccgtcaaaaccgttaa 36098878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 61 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 52677890 - 52677755
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattcc 159  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||   ||| | ||||| |||| | |||| |||| ||||||||| || |    
T  52677890 taggcataattaatgatgtggtcccttaggttatttgttggttacattttagtctcataagttattaatgttataatttggtccctttaagttatcttac 52677791  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  52677790 gtcaaccaaataaattctcaccgtcaaaaccgttaa 52677755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 62 - 196
Target Start/End: Original strand, 4437679 - 4437813
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgt 161  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||| |||  |||  ||| | ||||||||||| ||||| ||| |||||||| | || ||    
T  4437679 aggcttaattaatggtttggtccattaaattatttgttggttacaatttggtcccataagttattaacgttacgttttggtcctttaagttagactctgt 4437778  T
Q  162 caaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaac 196  Q
     | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  4437779 tagccaaataaatcccgaccgtcaaaaccgttaac 4437813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 62 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 9450995 - 9450881
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgt 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||  ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| | ||| || ||    
T  9450995 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacgttttggtcccataagttattaacgttacgttttggtcccttaactcatactctgt 9450896  T
Q  162 caaccaaataaatcc 176  Q
     | ||||||||||||    
T  9450895 tagccaaataaatcc 9450881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 63 - 195
Target Start/End: Original strand, 12585158 - 12585291
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattccgt 161  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||   ||| | |||||| ||||| |||| |||| |||||| || || |||    
T  12585158 ggcttaattaatgacgtggtcccttaagttatttgttgattacattttagtctcataagttattaacattacaatttgatccctttaagtcatctttcgt 12585257  T
Q  162 caaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  12585258 caacaaaataaatcctcactgtcaaaactgttaa 12585291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 12585492 - 12585404
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||   ||| | |||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  12585492 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttgatctcataagttattaacattacaatttggtcccttaagtta 12585404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 61 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 21038450 - 21038317
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgtta-cattttgttcccttaagttatattcc 159  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||| |||  ||| | ||||||||||  |||| || |  |||||| || ||||    
T  21038450 taggtttaattaatgatgtgatcccttaagttatttgctggttacattttagtcc--taagttattaacgttataatttagtccatttaagtcatcttcc 21038353  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  21038352 gtcaaccaaataaatctccaccgtcaaaaccgttaa 21038317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 63 - 185
Target Start/End: Original strand, 9268023 - 9268145
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta-tattccgt 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||  ||| | ||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||  ||    
T  9268023 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttattggttacattttggtcccataagttattaaagttacaatttggtcccttaagttagtatt-tgt 9268121  T
Q  162 caaccaaataaatccccaccgtca 185  Q
     | |||||||||||| ||||||||    
T  9268122 tagccaaataaatcctcaccgtca 9268145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 63 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 3991011 - 3990921
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||  ||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  3991011 ggcttaattattgatttggtcccttaagttaattgttggttacattttggtcccataagttattaacgttacaatttggtcccttaagtta 3990921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 63 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 49028599 - 49028509
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||  ||| | ||||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  49028599 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttattggttacattttggtcccataaattattaatgttacaatttggtcccttaagtta 49028509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 183
Target Start/End: Original strand, 17931287 - 17931408
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgt 161  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||  |||  ||| | ||||||||||||   || |||||||||||| | |||||    
T  17931287 aggcttaattaatgaattggtcccttaagttatttattggttacaatttggtcccataagttattaacgttacaaaatggtcccttaagttacactccgt 17931386  T
Q  162 caaccaaataaatccccaccgt 183  Q
    || |||| |||||||| |||||    
T  17931387 cagccaattaaatcccaaccgt 17931408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 10468816 - 10468726
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||   ||| | |||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  10468816 ggcttaattaatcatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtctcataagttattaacgttacaatttggtccgttaagtta 10468726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 28451615 - 28451565
Alignment:
Q  60 ctaggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28451615 ctaggcttaattaatgatttagtcccttaagttatttgttggttacatttt 28451565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 110
Target Start/End: Original strand, 45667232 - 45667278
Alignment:
Q  64 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45667232 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacatttt 45667278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 153
Target Start/End: Original strand, 52677553 - 52677642
Alignment:
Q  64 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||  ||| | |||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  52677553 gcttaattaattatttggtcccttaagttatttgttggttacaatttggtcccataagttattaacgttacaatttggtccattaagtta 52677642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 147
Target Start/End: Original strand, 9449713 - 9449799
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt 147  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  ||   ||| | ||||||||||| ||||| ||||||    
T  9449713 taggcttaattaatgatttggtccattaagttatttgttggttacgttttggtctcataagttattaacgttacgttttgatccctt 9449799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 110
Target Start/End: Original strand, 25225793 - 25225837
Alignment:
Q  66 ttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  25225793 ttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttatatttt 25225837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 65 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 622391 - 622345
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttta 111  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  622391 cttaattaatgatgtgatcccttaagttatttgttggttacatttta 622345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 125 - 195
Target Start/End: Original strand, 3990738 - 3990808
Alignment:
Q  125 ttaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    ||||||||||| |||  ||  |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  3990738 ttaacgttacaatttagtcttttaagtcatcttccgtcaaccaaataaattcccaccgtcaaaaccgttaa 3990808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 154
Target Start/End: Original strand, 10202681 - 10202769
Alignment:
Q  66 ttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttat 154  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||||| | ||||||||||  |||  ||| | |||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  10202681 ttaattaatgatttgatcctttaaattatttgctggttacattttggtcccataaattattaacgttacaatttgatgccttaagttat 10202769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 16067656 - 16067527
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattccgtca 163  Q
    |||||||||||||   |||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||   ||| | |||||||||||| |||| |||| |||||| || |||||  |    
T  16067656 cttaattaatgata--gtcctttaaattatttgttggttacattttagtctcataagttattaacgttacaatttggtccccttaagtcatcttccgcta 16067559  T
Q  164 accaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||| |||||    
T  16067558 accaaataaattctcactgtcaaaaccgttaa 16067527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 98
Target Start/End: Original strand, 12315855 - 12315890
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgt 98  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12315855 ggcttaattaatgatttggtcctttaagttatttgt 12315890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 63 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 17932211 - 17932168
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttaca 106  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  17932211 ggcttaattaatgaattggtcccttaagttatttattggttaca 17932168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 64 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 21325765 - 21325718
Alignment:
Q  64 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttta 111  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  21325765 gcttaattaatgatttgatctcttaaattatttgttggttacatttta 21325718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 85 - 153
Target Start/End: Original strand, 16067346 - 16067414
Alignment:
Q  85 cttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | || ||| | |||||||||||| |||| ||  ||||||||    
T  16067346 cttaagttatttgttggttacattttagttctataaattattaacgttacaatttggtcttttaagtta 16067414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 45667405 - 45667369
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgtt 99  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  45667405 ggcttaattaatgatgtggtcctttaagttatttgtt 45667369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 61 - 196
Target Start/End: Original strand, 38694886 - 38695022
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgtta-cattttgttcccttaagttatattcc 159  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | |||||||||| ||||| || || ||||| ||| ||||    
T  38694886 taggcctaattgatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtcccataaattattaacgttaccatttggtccctttaagctattttcc 38694985  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaac 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38694986 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaaccgttaac 38695022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 57 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 42963110 - 42962971
Alignment:
Q  57 aaactaggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt-aagttata 155  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   ||| | |||||||||||| |||| | |||| |||| ||     
T  42963110 aaactaggcttaattaatgatgtggtcccttaagttatttgttggttacattttagtctcataagttattaacgttacaatttggtgccttcaagtcatc 42963011  T
Q  156 ttccgtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  42963010 ttccgtcaactaaataaattcccaccgtcaaaaccgttaa 42962971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 61 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 4734290 - 4734175
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |    
T  4734290 taggcttaattaatgaattggtcccttaagttatttgttggttacattttgatcctataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttataatctg 4734191  T
Q  161 tcaaccaaataaatcc 176  Q
    | | ||||||||||||    
T  4734190 ttagccaaataaatcc 4734175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 18171418 - 18171283
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt-aagttatattcc 159  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||  ||| | |||||  ||||| |||| ||| || |||| || ||||    
T  18171418 taggcttaattaatgatatggtcccttaaattatttgttggttacattttagtcccataagttattaaaattacaatttggtcctttcaagtcatcttcc 18171319  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  18171318 gtcaaccaaataaattcccaccgtcaaaaccgttaa 18171283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 61 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 4410713 - 4410579
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||  ||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||| | || |    
T  4410713 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacaatttggtcccgtaagttattaacgctacattttggtcccttaagttagactctg 4410614  T
Q  161 tcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    | | |||||||||||   ||||||||||| |||||    
T  4410613 ttagccaaataaatcataaccgtcaaaaccgttaa 4410579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 62 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 38695225 - 38695134
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||  ||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  38695225 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttattggttacattttggtcccataaattattaacgttacaatttggtcccttaagtta 38695134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 62 - 176
Target Start/End: Original strand, 14159205 - 14159319
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgt 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||  ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| | ||| || ||    
T  14159205 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacgttttggtcccataagttattaacgttacgttttggtcccttaactcatactctgt 14159304  T
Q  162 caaccaaataaatcc 176  Q
     | ||||||||||||    
T  14159305 tagccaaataaatcc 14159319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 63 - 153
Target Start/End: Original strand, 18166633 - 18166723
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||   ||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  18166633 ggcttaattaatgatttggtcccttaaattatttgttggttacattttgatctcataagttattaacgttacaatttggtcccttaagtta 18166723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 63 - 176
Target Start/End: Original strand, 4733304 - 4733417
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtc 162  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||  |||  ||| | |||||| |||| ||||| |||||||| ||||| |||||     
T  4733304 ggcttaattaatgatttgatcccttaaattatttgttggttacattttggtcccataagttattaacattacgttttggtcccttaatttataatccgtt 4733403  T
Q  163 aaccaaataaatcc 176  Q
    | ||||||||||||    
T  4733404 agccaaataaatcc 4733417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 61 - 153
Target Start/End: Original strand, 42962766 - 42962858
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||   ||| | | |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  42962766 taggcttaattaatgatttggtcccttaggttatttgttggttgcattttgatctcataagtgactaacgttacaatttggtcccttaagtta 42962858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 14160494 - 14160408
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt 147  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  |||  ||| | ||||||||||| ||||| ||||||    
T  14160494 taggcttaattaatgatttggtccattaagttatttgttggttacgttttggtcccataagttattaacgttacgttttggtccctt 14160408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 153
Target Start/End: Original strand, 4409164 - 4409250
Alignment:
Q  67 taattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||  ||   ||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  4409164 taattaatgatttggtctcttaaattatttgttagttacaatttggtctcataagttattaacgttacgttttggtcccttaagtta 4409250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 62 - 154
Target Start/End: Original strand, 39110071 - 39110163
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttat 154  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| || ||| ||||||  ||| ||||||| | || ||| | ||||| |||||||| ||||    
T  39110071 aggcttaattactcatttggtcccttaacttattttttggtttcattttggtcccttaactattaaaagtttcgttttggtcccttaacttat 39110163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 149
Target Start/End: Original strand, 45001051 - 45001139
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaa 149  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| |||||| || ||| | ||||  ||||||||||| | || ||| | ||||| ||||||||    
T  45001051 taggcttaattactcatttggtcccttaacttattttttggtttcgttttggtcctttaactattaaaagtttcgttttggtcccttaa 45001139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 65 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 30906060 - 30905929
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattccgtca 163  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | |||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||||||    
T  30906060 cttaattaatgatgtggtctcttaagttatttgttggttacattttagtcccataagttattaacgttacaatttggtccctttaagtcatcttccgtca 30905961  T
Q  164 accaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  30905960 accaaataaatcatcaccgtcaaaaccgttaa 30905929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 64 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 32539520 - 32539409
Alignment:
Q  64 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtca 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||| | |||||| |||||||||  |||||||| ||||| ||||| |    
T  32539520 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttaatctcataagttattaacattacatttttgtcccttaacttataatccgtta 32539421  T
Q  164 accaaataaatc 175  Q
     |||||||||||    
T  32539420 gccaaataaatc 32539409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 64 - 150
Target Start/End: Original strand, 30905397 - 30905483
Alignment:
Q  64 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaag 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  30905397 gcttaattaatgatttggtcccttaaattatttgttggttatattttaattctataacttattaacgttacaatttggtcccttaag 30905483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 61 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 10536865 - 10536771
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttata 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||  ||| | ||||| ||||| ||||| |||| ||| |||||    
T  10536865 taggcttaattaatgatttggtcccttaaattatttgttggttacattttgatcccataagttattaatgttacgttttggtcccctaacttata 10536771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 61 - 110
Target Start/End: Original strand, 10535998 - 10536047
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10535998 taggcttaattaatgatttagtcccttaagttatttgttggttacatttt 10536047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 64 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 18203391 - 18203345
Alignment:
Q  64 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||    
T  18203391 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttattggttatatttt 18203345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 113 - 198
Target Start/End: Original strand, 28268097 - 28268182
Alignment:
Q  113 tcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccc 198  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||  ||||  ||| |||||||| | | ||||||||| |||||||||    
T  28268097 tcctttaactaattaacattaagttttggtcccttaagttattctccgcgaactaaataaattctctccgtcaaaaatgttaaccc 28268182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 63 - 195
Target Start/End: Original strand, 18202773 - 18202906
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcc-cttaagttatattccgt 161  Q
    |||||||||||| || | |||  ||||||||||||||  |||||||||  ||   ||| | ||||| |||||| |||| |||  |||||| || |||| |    
T  18202773 ggcttaattaataatgtagtctattaagttatttgttgattacattttcgtctcataagttattaatgttacaatttgatccttttaagtaatcttccat 18202872  T
Q  162 caaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  18202873 caagcaaataaatctccaccgtcaaaaccgttaa 18202906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 162 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 37705665 - 37705616
Alignment:
Q  162 caaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaacccttgtttaatatta 211  Q
    ||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37705665 caaccaaatgaatcatctccgtcaaaactgttaacccttatttaatatta 37705616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 63 - 175
Target Start/End: Original strand, 14903806 - 14903918
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtc 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||| | ||||||||||| ||||| |||| ||| ||||| |||||     
T  14903806 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttgatcccataagttattaacgttacgttttggtcccctaacttatagtccgtt 14903905  T
Q  163 aaccaaataaatc 175  Q
    |  ||||||||||    
T  14903906 agtcaaataaatc 14903918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 63 - 176
Target Start/End: Original strand, 9114819 - 9114932
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtc 162  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  |||  ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||     
T  9114819 ggcttaattaatgattttgtcccttaagttatttgttggttacattttggtcccataagttattaacgttacgttttggtcccttaatttataattcgtt 9114918  T
Q  163 aaccaaataaatcc 176  Q
    | ||||||||||||    
T  9114919 agccaaataaatcc 9114932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 60 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 17691010 - 17690894
Alignment:
Q  60 ctaggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattcc 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |  |||  ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||     
T  17691010 ctaggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttatgttctggtcccataagttattaacgttacgttttggtcccttaacttatattct 17690911  T
Q  160 gtcaaccaaataaatcc 176  Q
     | | ||||||||||||    
T  17690910 attagccaaataaatcc 17690894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 61 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 14904669 - 14904620
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14904669 taggcttaattaatgatttagtcccttaagttatttgttggttacatttt 14904620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 65 - 114
Target Start/End: Original strand, 37499178 - 37499227
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  37499178 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttgcttacattttaatc 37499227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 176
Target Start/End: Original strand, 17689738 - 17689848
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtcaa 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||  ||   ||| | || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |     
T  17689738 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttgattac-gtttggtctcataagttataaacgttacattttagtcccttaacttatattccgttag 17689836  T
Q  165 ccaaataaatcc 176  Q
    | ||||||||||    
T  17689837 ctaaataaatcc 17689848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 37499509 - 37499461
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  37499509 aggcttaattaatgatttgacctcttaagttatttgttggttacatttt 37499461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 61 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 30335309 - 30335231
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttg 140  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||   ||| | |||||||||||| ||||    
T  30335309 taggcttaattaatgatgtggtcc-ttaagttatttgttacttacactttagtctcataagttattaacgttacaatttg 30335231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 185
Target Start/End: Original strand, 19897 - 20017
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccgtcaa 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||   ||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||   || || |     
T  19897 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttggttacattttggtcgcataagttattaacgttacaatttggtcccttaagttagtatctgttag 19996  T
Q  165 ccaaataaatccccaccgtca 185  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  19997 ccaaataaatcctcaccgtca 20017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 65 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 20232 - 20112
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattccgtca 163  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |  ||| | |||||||||||| |||| |||| ||||  ||| |||| |||    
T  20232 cttaattaatgatgtggtcc-ttaagttatttgttggttatattttaattccataatttattaacgttacaatttggtccctttaaactatcttccatca 20134  T
Q  164 accaaataaatccccaccgtca 185  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  20133 actaaataaatccccaccgtca 20112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 64 - 198
Target Start/End: Original strand, 4264977 - 4265112
Alignment:
Q  64 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt-aagttatattccgtc 162  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||| || || |||||||| ||   ||| | |||||| ||||| |||| || ||| ||| ||| |||||||    
T  4264977 gcttaattaatgatgtggtcttttaagttattttttggtgacattttagtctcataagttattaacattacaatttggtctctttaagctattttccgtc 4265076  T
Q  163 aaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccc 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4265077 aaccaaataaatccccaccgtcaaaaccgttaaccc 4265112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 4265313 - 4265222
Alignment:
Q  62 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||  ||| | |||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  4265313 aggcttaattaatgatttggtcccttaagttagttgtcggttacattttgatcccataagttattaacgttacaatttggtccattaagtta 4265222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 18471844 - 18471730
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagttatattccg 160  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||   ||| | |||||| ||| |||||| |||||||| ||||| || |    
T  18471844 taggcttagttaatgatttggtcccttaagttatctgttggttacattttggtctcataagttattaacattatattttggtcccttaacttataatctg 18471745  T
Q  161 tcaaccaaataaatc 175  Q
    | | |||||||||||    
T  18471744 ttagccaaataaatc 18471730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 65 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 8905973 - 8905842
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttc-ccttaagttatattccgtca 163  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||| |    ||| | ||||| |||||| ||||  | | |||||| || ||||||||    
T  8905973 cttaattaatgatgtgatcccttaagttatttgttggttatattttactttcataaattattaaggttacaatttgaccactttaagtcatcttccgtca 8905874  T
Q  164 accaaataaatccccaccgtcaaaactgttaa 195  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  8905873 accaaataaattcctaccgtcaaaaccgttaa 8905842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 110
Target Start/End: Original strand, 8905640 - 8905687
Alignment:
Q  63 ggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8905640 ggcttaatcaatgatttggtctcttaagttatttgttggttacatttt 8905687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 110
Target Start/End: Original strand, 18470137 - 18470186
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  18470137 taggcttaattaatgattttgtgccttaaattatttgttggttacatttt 18470186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 25749468 - 25749418
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttta 111  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  25749468 taggcttaattaattatgtgttcccttaagttatttgttggttacaattta 25749418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 65 - 110
Target Start/End: Original strand, 8328197 - 8328242
Alignment:
Q  65 cttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  8328197 cttaattaatgaatcggtcccttaagttatttattagttagatttt 8328242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 11687447 - 11687359
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaa 149  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||  ||| ||||||| | || ||| | ||||| ||||||||    
T  11687447 taggcttaattacttttttggtcccttaacttattttttagtttcattttggtcccttaactattaaaagtttcgttttggtcccttaa 11687359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 19070012 - 19069924
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaa 149  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||| || ||| ||||||  ||| ||||||| | || ||| ||||||| ||||||||    
T  19070012 taggcttaattacttttttggtcccttaacttattttttggtttcattttggtcccttaactattgaaagtttcattttggtcccttaa 19069924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 86 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 93944 - 93834
Alignment:
Q  86 ttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccctt-aagttatattccgtcaaccaaataaatccccaccgtc 184  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| |||  ||| | |||||||||||| |||| ||| || ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  93944 ttaatttatttgttggttacattttagtcccataaattattaacgttacaatttgatccttttaagctatcttccgttaaccaaataaatccccaccgtc 93845  T
Q  185 aaaactgttaa 195  Q
    ||||| |||||    
T  93844 aaaaccgttaa 93834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 153
Target Start/End: Original strand, 93633 - 93721
Alignment:
Q  64 gcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttcccttaagtta 153  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||  ||| | |||||||||||| |||  ||||||||||||    
T  93633 gcttaattaatgatttgatcc-ttaagttatttgttagttacattttggtcccataaattattaacgttacaatttagtcccttaagtta 93721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 198
Target Start/End: Original strand, 266619 - 266756
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacattttaatcctttaactaattaacgttacattttgttccc-ttaagttatattcc 159  Q
    |||| ||||| | |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| | ||||| |||| | |||| |||| |||| |||| || |    
T  266619 tagggttaatcagtgatgtggttccttaagttatttgttggttacattttagtccgataagttattaatgttataatttggtccctttaaattatcttac 266718  T
Q  160 gtcaaccaaataaatccccaccgtcaaaactgttaaccc 198  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  266719 gtcaaccaaataaattccca-cgtcaaaaccgttaaccc 266756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 266958 - 266909
Alignment:
Q  61 taggcttaattaatgatttggtcccttaagttatttgttagttacatttt 110  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  266958 taggtttaattaatgatttggtcctttaagttatttgttggttacatttt 266909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University