View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8756_low_8 (Length: 462)

Name: NF8756_low_8
Description: NF8756
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8756_low_8
NF8756_low_8
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (19-452)||(35981775-35982207)
chr7 (19-452)||(36003187-36003619)
chr7 (192-452)||(35977209-35977469)
chr7 (192-452)||(35998621-35998881)
chr7 (201-452)||(35946546-35946797)
chr7 (30-452)||(35957754-35958173)
chr7 (213-452)||(36217678-36217917)
chr7 (173-449)||(32727340-32727616)
chr7 (210-430)||(36221666-36221886)
chr7 (294-449)||(35952173-35952328)
chr7 (19-338)||(35939206-35939526)
chr7 (30-133)||(35977525-35977628)
chr7 (30-133)||(35998937-35999040)
chr7 (30-126)||(35955126-35955222)
chr7 (30-133)||(35946865-35946968)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (203-451)||(18125475-18125723)
chr1 (185-431)||(18117842-18118088)
chr1 (27-133)||(18125778-18125884)
chr1 (255-300)||(35157687-35157732)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (178-397)||(26328676-26328895)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (256-383)||(49352178-49352305)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 35982207 - 35981775
Alignment:
Q  19 caaaattggttttcaatgatgagaggatggatcaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35982207 caaaattggttttcaatgatgagaggatggaccaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaa 35982108  T
Q  119 aatcatcaactctgcttttcttctttccactttcacttcaactccagctacaactgttcctcttgctcaccaggaaaaccttaacaacttagatattgag 218  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35982107 aatcatcaactctgcttttcttatt-ccactttcacttcaactccagctacaactgttcctcttgctcaccaggaaaaccttaacaacttagatattgag 35982009  T
Q  219 caactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35982008 caactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttga 35981909  T
Q  319 aagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgtatctttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35981908 aagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgtatctttt 35981809  T
Q  419 gaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35981808 gaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 35981775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 36003619 - 36003187
Alignment:
Q  19 caaaattggttttcaatgatgagaggatggatcaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003619 caaaattggttttcaatgatgagaggatggaccaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaa 36003520  T
Q  119 aatcatcaactctgcttttcttctttccactttcacttcaactccagctacaactgttcctcttgctcaccaggaaaaccttaacaacttagatattgag 218  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003519 aatcatcaactctgcttttcttatt-ccactttcacttcaactccagctacaactgttcctcttgctcaccaggaaaaccttaacaacttagatattgag 36003421  T
Q  219 caactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003420 caactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttga 36003321  T
Q  319 aagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgtatctttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003320 aagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgtatctttt 36003221  T
Q  419 gaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003220 gaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 36003187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 192 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 35977469 - 35977209
Alignment:
Q  192 gaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatg 291  Q
    |||||| | |||||||||||||||| |||||||  || |||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||    
T  35977469 gaaaacatcaacaacttagatattgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaatg 35977370  T
Q  292 atgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgat 391  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  35977369 atgatcgtgcaaagtggcttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcgat 35977270  T
Q  392 gatgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 452  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35977269 gatgggtgatgttcctccatatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 35977209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 192 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 35998881 - 35998621
Alignment:
Q  192 gaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatg 291  Q
    |||||| | |||||||||||||||| |||||||  || |||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||    
T  35998881 gaaaacatcaacaacttagatattgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaatg 35998782  T
Q  292 atgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgat 391  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  35998781 atgatcgtgcaaagtggcttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcgat 35998682  T
Q  392 gatgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 452  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35998681 gatgggtgatgttcctccatatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 35998621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 201 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 35946797 - 35946546
Alignment:
Q  201 aacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtg 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||| ||||||||  | |||||||||||| | ||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  35946797 aacaacttagatattgtgcaactagtaagtcgtctaagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtg 35946698  T
Q  301 caaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtga 400  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  35946697 caaagtggcttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatggtgacaacacgcagtaacgcaattgcttcgatgatgggtga 35946598  T
Q  401 tgttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 452  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  35946597 tgttcctccatatattttggaaggtctttctccaaagaattgtttgtctctg 35946546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 30 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 35958173 - 35957754
Alignment:
Q  30 ttcaatgatgagaggatggatcaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaaaatcatcaact 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||  |||||| ||||||||||||  |||| |||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  35958173 ttcaatgataagaggatggatcaacttttccagttgaagatgtgggtgtgtatctccgatgatttcgacatcagaaagataatcattaaaatcatcaact 35958074  T
Q  130 ctgcttttcttctttccactttcacttcaactccagctacaactgttcctcttgctcaccaggaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaac 229  Q
    ||||    | |||| ||||||| |||||  || |||   || |   |  |||||||||    |||||| | |||||||||||||||| ||| |||  ||     
T  35958073 ctgcca--cctctt-ccactttaacttcgtcttcagtaccatcgagtggtcttgctcaattagaaaacatcaacaacttagatattgtgcagctagtaag 35957977  T
Q  230 tcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatc 329  Q
    |||||| | ||| ||||||||  | |||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||  || |||||     
T  35957976 tcgtctcaaacaaaaactttctggtcaaaagtttttagttgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggcttgaattgatcgaattgata 35957877  T
Q  330 aaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtcttt 429  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||| ||| |||| ||||||||||    
T  35957876 aaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgcagtaactcaattgcttcaatgatgggtgatgtttttccttatgttttaaaaggtcttt 35957777  T
Q  430 ctccaaaggattgtttatctctg 452  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  35957776 ctccaaaggattgtatatctctg 35957754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 213 - 452
Target Start/End: Original strand, 36217678 - 36217917
Alignment:
Q  213 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 312  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||  | ||||||||| | || ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36217678 attgagcaactacaaattcatctaagacgtaaactatctggccaaaagtttatcctcgtgctagatgatgtatggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 36217777  T
Q  313 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 412  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||| || |||| |||||||||  ||||||| ||||    
T  36217778 agttggaagatttgatcaaagttggtgcagtaggaagtaaaattatagtgaccacacgtagcaactcagttgcttccatgatgggtactgttccttcgta 36217877  T
Q  413 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 452  Q
    | ||||| ||||||||||   | |||||||||| ||||||    
T  36217878 tgttttggaaggtctttcgttagaggattgtttgtctctg 36217917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 173 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 32727616 - 32727340
Alignment:
Q  173 tgttcctcttgctcaccaggaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtg 272  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||| |  | || |||||||| |||||     
T  32727616 tgtttctcttgctcaccaagaaaacatcaacaactttgatattgagcagctacaaagtcgttaaagacataaacttgctggtcagaagtttttgcttgtc 32727517  T
Q  273 ttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgta 372  Q
     | || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | ||||| |||||||    
T  32727516 ctagacgatatatggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgatagatttgataaaagtcggtgcagcaggaagcaaaatcatagtgacgacacgta 32727417  T
Q  373 gtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatct 449  Q
    | |||||| || |||| |||||||||  | ||||  ||||  ||||| |||||||||||| |   ||||||||||||    
T  32727416 gcaactcatttgcttcaatgatgggtactattccctcgtacgttttggaaggtctttctctaggagattgtttatct 32727340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 210 - 430
Target Start/End: Original strand, 36221666 - 36221886
Alignment:
Q  210 gatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatgga 309  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||| | ||  |  | |||||| | ||||||||||| |||||||||||||    
T  36221666 gatattgagcaactacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcatcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatgga 36221765  T
Q  310 ttgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctcc 409  Q
    ||||||||  | |||||||||||||||| | ||  | ||| ||| |  | ||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||| ||  ||||||| |    
T  36221766 ttgagttgttaaatttgatcaaagttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacatgtagtaactcaattgcttccatgatgagtactgttccttc 36221865  T
Q  410 gtatcttttgaaaggtctttc 430  Q
    |||| ||||| ||||||||||    
T  36221866 gtatattttggaaggtctttc 36221886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 294 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 35952328 - 35952173
Alignment:
Q  294 gatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatga 393  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |  ||||||| ||| | | |||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||| ||| |||||    
T  35952328 gatcgtgcaaagtggattgaattgaaatatttgctagaagttggtgcaccagaaagcaaaattatggtgacaacacgtagtagttcaattgcttggatga 35952229  T
Q  394 tgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatct 449  Q
    ||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35952228 tgggtaatgttccctcgtatgttttgaaaggtctttctccaaagaattgtttatct 35952173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 35939526 - 35939206
Alignment:
Q  19 caaaattggttttcaatgatgagaggatggatcaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaa 118  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||| || |||||  |||  | |||| ||||||| |||| |||||  |||| |||||||||| | ||||||| |||||    
T  35939526 caaagttggtgttcaatgataagagggtgaatcaacttttccaattgaagatgtggttgtgtgtctccaatgagtttgatatcaggcagataattattaa 35939427  T
Q  119 aatcatcaactctgcttttcttct-ttccactttcacttcaactccagctacaactgttcctcttgctcaccaggaaaaccttaacaacttagatattga 217  Q
    ||| |||||||| |     ||||  |||||| || ||||| | |||| || |||| |||  | || |||| || |||||| ||||||||||||||||||     
T  35939426 aataatcaactcggg----cttcgcttccacatttacttctagtccaactccaacggttagtttttctcagcaagaaaacattaacaacttagatattgt 35939331  T
Q  218 gcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatg----atcgtgcaaaatggattga 313  Q
    ||| ||   || |||| | |||  |||||||||  | |||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||||    ||||| |||||||||||||    
T  35939330 gcagcttgtaagtcgtatgagatctaaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatgatggatgatcgttcaaaatggattga 35939231  T
Q  314 gttgaaagatttgatcaaagttggc 338  Q
    ||||||||||||||| |||||||||    
T  35939230 gttgaaagatttgataaaagttggc 35939206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 35977628 - 35977525
Alignment:
Q  30 ttcaatgatgagaggatggatcaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaaaatcatcaact 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||  |||||| ||||||||||||  |||||||||||||  | ||||  ||||| |||||||| ||||||||||    
T  35977628 ttcaatgataagaggatggatcaacttttccagttgaagatgtgggtgtgtatctctgatgatttcaacatcagaaagatcatcattaatatcatcaact 35977529  T
Q  130 ctgc 133  Q
    ||||    
T  35977528 ctgc 35977525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 35999040 - 35998937
Alignment:
Q  30 ttcaatgatgagaggatggatcaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaaaatcatcaact 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||  |||||| ||||||||||||  |||||||||||||  | ||||  ||||| |||||||| ||||||||||    
T  35999040 ttcaatgataagaggatggatcaacttttccagttgaagatgtgggtgtgtatctctgatgatttcaacatcagaaagatcatcattaatatcatcaact 35998941  T
Q  130 ctgc 133  Q
    ||||    
T  35998940 ctgc 35998937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 35955222 - 35955126
Alignment:
Q  30 ttcaatgatgagaggatggatcaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaaaatcatca 126  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||  ||| || |||| |||||||||||  |||||| |  ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||    
T  35955222 ttcaatgatgaaagggtggatcaaattttcaaattgaagatgtgggtgtttgtctctaacaattttgacatcaggcagataatcattaaaatcatca 35955126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 35946968 - 35946865
Alignment:
Q  30 ttcaatgatgagaggatggatcaatcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaaaatcatcaact 129  Q
    ||||||||| |||||||  |||||  |||  |||||| ||||||||||||  |||| ||||||||  | ||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  35946968 ttcaatgataagaggatacatcaacttttccagttgaagatgtgggtgtgtatctccgatgatttcaacatcagaaagataatcattaatatcatcaact 35946869  T
Q  130 ctgc 133  Q
    ||||    
T  35946868 ctgc 35946865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 203 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 18125723 - 18125475
Alignment:
Q  203 caacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgca 302  Q
    |||||||||||||| |||||||  || || ||| | ||| | |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  18125723 caacttagatattgtgcaactagtaagtcttctgaaacaaacactttcaagtcaaaagtttttacttgtgttagatgatgtatggaatgatgatcgtgca 18125624  T
Q  303 aaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatg 402  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||   |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||    
T  18125623 aagtggatcgagttgaaagatttgataaaagttggcacaagaggaagcaaaattatggtgacaacacgtaataactcaattgcttcgatgatgggtaatg 18125524  T
Q  403 ttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctct 451  Q
    ||||  | ||| ||||| |||||||||||   |||||||||||||||||    
T  18125523 ttccctcatatgttttgcaaggtctttctttgaaggattgtttatctct 18125475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 185 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 18118088 - 18117842
Alignment:
Q  185 tcaccaggaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtg 284  Q
    |||||| |||||| | ||| | || ||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||   |  ||| ||||||||||||||| |||||| |     
T  18118088 tcaccaagaaaacataaaccattttgatattgagcagctacaaagtcgtctgagacgtaaactttatggtaaaaggtttttacttgtgttagatgatata 18117989  T
Q  285 tggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaattt 384  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||| |  ||| ||| ||||| || |||||||||     
T  18117988 tggaatgatgattgtgtaaaatggatcgagttgaaagatttgattaaagttggcacagtaggaagcaaagtcatggcgacaacacgcagcaactcaattg 18117889  T
Q  385 cttcgatgatgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtctttct 431  Q
    | ||||||||||||  ||||||  | ||| |||| ||||| ||||||    
T  18117888 catcgatgatgggtactgttccctcctatgttttaaaaggcctttct 18117842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 18125884 - 18125778
Alignment:
Q  27 gttttcaatgatgagaggatggatcaa-tcttttaagttgaggatgtgggtgtgcgtctctgatgattttgatatcaagaagataatcattaaaatcatc 125  Q
    |||||||||||| |||| || ||| || ||||| || |||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| | | ||||||||||||||||||    
T  18125884 gttttcaatgataagagaatagatgaactctttcaa-ttgaagatgtgggtgtgtgtctctgataattttgacatcaggcaaataatcattaaaatcatc 18125786  T
Q  126 aactctgc 133  Q
    ||||||||    
T  18125785 aactctgc 18125778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 255 - 300
Target Start/End: Original strand, 35157687 - 35157732
Alignment:
Q  255 caaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtg 300  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  35157687 caaaagttcttacttgttttggacgatgtgtggaatgaggatcgtg 35157732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 178 - 397
Target Start/End: Original strand, 26328676 - 26328895
Alignment:
Q  178 ctcttgctcaccaggaaaaccttaacaacttagatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttgga 277  Q
    ||||| ||||||| |||||| || |  |||| |||||||||||| ||   | |||||| |||||||| |||||  |  |||||||| |||| || || ||    
T  26328676 ctctttctcaccaagaaaacattgaacactttgatattgagcaattagtgagtcgtcttagacataagctttcaggtaaaaagtttgtactcgtcttaga 26328775  T
Q  278 tgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaac 377  Q
    |||| | ||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||  | ||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  26328776 tgatatatgggatgataaccgttcaaaatggattgagttgaaagatctgataaaagttggtgcagtagaaagcaaaatcttagtgacaacacgtagtaac 26328875  T
Q  378 tcaatttcttcgatgatggg 397  Q
    |  ||| |||||||||||||    
T  26328876 ttgattgcttcgatgatggg 26328895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 383
Target Start/End: Original strand, 49352178 - 49352305
Alignment:
Q  256 aaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaat 355  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  |||| ||  |||| ||||| |  | ||| ||| |    
T  49352178 aaaagttcttactcgtcttggacgatgtatggaatgaggatcgtgtcaaatgggttgagttgaagtatttaatacaagtaggcgctgaagaaagtaaagt 49352277  T
Q  356 tttggtgactacacgtagtaactcaatt 383  Q
     |||||||||||||||||  ||||||||    
T  49352278 cttggtgactacacgtagccactcaatt 49352305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University