View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8758_high_2 (Length: 668)

Name: NF8758_high_2
Description: NF8758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8758_high_2
NF8758_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-649)||(46824502-46825150)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 46825150 - 46824502
Alignment:
Q  1 gtattttataacatcaaggatccatgtttggcaacatggaatgccatcatatcaggttatagtttatatggtcttgagcatacagctttcggttgttatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46825150 gtattttataacatcaaggatccatgtttggcaacatggaatgccatcatatcaggttatagtttatatggtcttgagcatacagctttcggttgttatt 46825051  T
Q  101 ctaaactgcaagaacaagggttaaaaccggataaaatcaccttcttgggagttttggcagcatgcacgcacggggaacttgtctatttaggactggaata 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46825050 ctaaactgcaagaacaagggttaaaaccggataaaatcaccttcttgggagttttggcagcatgcacgcatgggggacttgtctatttaggactggaata 46824951  T
Q  201 cttcaatatcatgactaaagagtatggtttgatgccgagtctgcaacattatgcatgcatagttgctctattaggtaaagaaggcttgttcaaggaagca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46824950 cttcaatatcatgactaaagagtatggtttgatgcccagtctgcaacattatgcatgcatagttgctctattaggtaaagaaggcttgttcaaggaagca 46824851  T
Q  301 attgaatttataaacaaaatggagattcagcccgattctgctgtctggggagctttgctaaatgcttgttgcatccaacgagaggtgaagcttggggaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46824850 attgaatttataaacaaaatggagattcagcccgattctgctgtctggggagctttgttaaatgcttgttgcatccaacgagaggtgaagcttggggaat 46824751  T
Q  401 gcttggcnnnnnnnttgtttctattaaatcacaaaaatggtggattttatgtattaatgtcaaatctttatgccattgttgggagatgggatgatgtagc 500  Q
    |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46824750 gcttggcaaaaaaattgtttctattaaatcacaaaaatggtggattttatgtattaatgtcaaatctttatgccattgttgggagatgggatgatgtagc 46824651  T
Q  501 aagggtgagggaaatgatgaaagatagtggaggagatggatgttcaggtgttagtgttattgatgtgatttctgctgatgactctaataacaacaacaac 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46824650 aagggtgagggaaatgatgaaagatagtggaggagatggatgttcaggtgttagtgttattgatgtgatttctgctgatgactctaataacaacaacaac 46824551  T
Q  601 ttagccccaagtgaagtctatttgaatacaaacatttggcagcatttgt 649  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46824550 ttaggcccaagtgaagtctatttgaatacaagcatttggcagcatttgt 46824502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University