View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8768_low_4 (Length: 416)

Name: NF8768_low_4
Description: NF8768
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8768_low_4
NF8768_low_4
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (1-407)||(175762-176168)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-407)||(14641124-14641530)
chr4 (123-407)||(26110568-26110852)
chr4 (12-280)||(10012268-10012535)
chr4 (12-280)||(10019409-10019676)
chr4 (11-87)||(10154177-10154253)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-407)||(29564417-29564823)
chr8 (11-284)||(24956620-24956893)
chr8 (11-284)||(18176218-18176491)
chr8 (56-291)||(44506524-44506755)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (23-405)||(7230301-7230683)
chr2 (1-353)||(7230679-7231031)
chr2 (11-284)||(21022782-21023055)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (1-367)||(131097-131463)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-407)||(4576469-4576878)
chr3 (12-291)||(9787400-9787679)
chr3 (56-291)||(3590116-3590351)
chr3 (66-284)||(19607112-19607333)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-284)||(32604723-32604996)
chr1 (56-280)||(38318296-38318519)


Alignment Details
Target: scaffold0005 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 407
Target Start/End: Original strand, 175762 - 176168
Alignment:
Q  1 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  175762 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatc 175861  T
Q  101 aggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  175862 aggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaattttattatgaccttctgctgcttgaactaatcgctcaaatgtg 175961  T
Q  201 tttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  175962 tttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 176061  T
Q  301 ccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||     
T  176062 ccatagggataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgccactagattcatgtggcacccctaaagctgg 176161  T
Q  401 tgtccat 407  Q
    |||||||    
T  176162 tgtccat 176168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 14641530 - 14641124
Alignment:
Q  1 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641530 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatc 14641431  T
Q  101 aggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641430 aggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaattttattatgaccttctgctgcttgaactaatcgctcaaatgtg 14641331  T
Q  201 tttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14641330 tttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 14641231  T
Q  301 ccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||     
T  14641230 ccatagggataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgccactagattcatgtggcacccctaaagctgg 14641131  T
Q  401 tgtccat 407  Q
    |||||||    
T  14641130 tgtccat 14641124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 123 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 26110852 - 26110568
Alignment:
Q  123 acattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcc 222  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26110852 acattagatgttgctacaatttcggccttctcaatttcattatgaccttctgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatcgttgttgcagtcc 26110753  T
Q  223 caaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 322  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26110752 caaccttgatcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 26110653  T
Q  323 ttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctgatgtccat 407  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26110652 ttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaataacatttttgccactagattcatgtggcacccctaaagctggtgtccat 26110568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 280
Target Start/End: Original strand, 10012268 - 10012535
Alignment:
Q  12 tcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaat 111  Q
    ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||     || |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| || |||    ||||| ||||    
T  10012268 tcatccttaaccatttctaaagcataactaaattgtttcccatccaaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaa-acatgttggaatagaat 10012366  T
Q  112 attgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagt 211  Q
    ||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||| |||| | |||||| || ||||| |||||||||||    
T  10012367 attttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttcaacttcattatgattttctgctacttggattaatcgttctaatgtttttctcatagt 10012466  T
Q  212 tgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttctttt 280  Q
    || ||||||||||||||| | ||||| || |||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  10012467 tggtgcagtcccaacctttgccttactctatgttgctttctcatccatatttggtgaaacctttctttt 10012535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 280
Target Start/End: Original strand, 10019409 - 10019676
Alignment:
Q  12 tcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaat 111  Q
    ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||     || |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| || |||    ||||| ||||    
T  10019409 tcatccttaaccatttctaaagcataactaaattgtttcccatccaaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaa-acatgttggaatagaat 10019507  T
Q  112 attgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagt 211  Q
    ||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||| |||| | |||||| || ||||| |||||||||||    
T  10019508 attttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttcaacttcattatgattttctgctacttggattaatcgttctaatgtttttctcatagt 10019607  T
Q  212 tgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttctttt 280  Q
    || ||||||||||||||| | ||||| || |||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  10019608 tggtgcagtcccaacctttgccttactctatgttgctttctcatccatatttggtgaaacctttctttt 10019676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 10154253 - 10154177
Alignment:
Q  11 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaata 87  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |  |||||||  ||| || ||||| |||||||||||||    
T  10154253 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttaaccattcaaaaatccatcatcctttgcacttttcaata 10154177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 29564823 - 29564417
Alignment:
Q  1 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29564823 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgtacttttcaatattgtaacacaatc 29564724  T
Q  101 aggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  29564723 aggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaattttattatgactttctgttgcttgaactaatcgctcaaatgtg 29564624  T
Q  201 tttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 300  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29564623 tttctcattgttgttgcagtcccaaccttgttcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 29564524  T
Q  301 ccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||     
T  29564523 ccatagggataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatatcatttttgccactagattcatgtggcacccctaaagctgg 29564424  T
Q  401 tgtccat 407  Q
    |||||||    
T  29564423 tgtccat 29564417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 24956893 - 24956620
Alignment:
Q  11 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 110  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||||||   || |  ||||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||     
T  24956893 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttgaccattcaaaaaaccataatcctttgcacttttcaataatttaacgcaatctggaatagag 24956794  T
Q  111 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 210  Q
    || | |||| | |||| ||| || || |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||     
T  24956793 tactctccatggacatgagaggtggccgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcagctgcttcaactaaccgctcaaatgtttttctcataa 24956694  T
Q  211 ttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 284  Q
    |||||| |||||||||||| | ||| |||||||| |||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  24956693 ttgttgaagtcccaacctttgcctttccctttgtcactttcactccaatatatggtgaaacctttcttttcttt 24956620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 11 - 284
Target Start/End: Original strand, 18176218 - 18176491
Alignment:
Q  11 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 110  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||  |||||||   || || ||||| ||||||||||||| | |||| |||||  |||| ||     
T  18176218 ttcatctttaagcatttctaaagcatgactaaattgttgaccattcaaaaaaccatcatcctttgcacttttcaataatttaacgcaatctagaatagag 18176317  T
Q  111 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 210  Q
    || | |||| | |||| ||| || ||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||    
T  18176318 tactctccatggacatgagaggtggctgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcggctgcttcaactaaccgctcaaatgttcttctcatag 18176417  T
Q  211 ttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 284  Q
    ||||||  ||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  18176418 ttgttgttgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctccaatagctggtgaaacttttcttttcttt 18176491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 56 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 44506755 - 44506524
Alignment:
Q  56 caaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctca 155  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||    ||||| ||||||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  44506755 caaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaacacatgttggaatagaatattttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttca 44506656  T
Q  156 atttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcac 255  Q
    | ||||||||||  || |||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||  ||||||||     
T  44506655 acttcattatgattttctgctacttggactaatcgttctaatgtttttctcatagctggtgcagtcccaacctttgccttactctttgttgctttctcat 44506556  T
Q  256 ccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatt 291  Q
    ||     |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44506555 cc----ttggtgaaacctttcttttattttttgatt 44506524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 7230683 - 7230301
Alignment:
Q  23 catctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaaga 122  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230683 catcaccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaaga 7230584  T
Q  123 acattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcc 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230583 acattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgacattctgatgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcc 7230484  T
Q  223 caaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230483 caaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaaccttttttttctttcttgatttgttactttccatagggataatatcatcctc 7230384  T
Q  323 ttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagctgatgtcc 405  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  7230383 ttctgattcaataagttctagtgacacatcatcaatagcattttttccactagattcatgtggcatccctaaagctggtgtcc 7230301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 7231031 - 7230679
Alignment:
Q  1 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7231031 ttctattatcttcatctttaagcatcaccaaagtataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatc 7230932  T
Q  101 aggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  7230931 aggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgacattctgatgcttgaactaatcgctcaaatgtg 7230832  T
Q  201 tttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7230831 tttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 7230732  T
Q  301 ccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatca 353  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  7230731 ccatagggataatatcatcctcttctgattcaataagttctagtgacacatca 7230679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 284
Target Start/End: Original strand, 21022782 - 21023055
Alignment:
Q  11 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 110  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||||||   || || ||||| ||||||||||||| | |||| ||| | ||||| ||     
T  21022782 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttgaccattcaaaaaaccatcatcctttgcacttttcaataatttaacgcaaactggaatagag 21022881  T
Q  111 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 210  Q
    || | |||| | |||| ||| || || |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||   |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  21022882 tactctccatggacatgagaggtggccgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcaactgcttaaactaaccgctcaaatgtttttctcatag 21022981  T
Q  211 ttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 284  Q
    ||||||  ||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  21022982 ttgttgttgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctccaatatttggtgaaacctttcttttcttt 21023055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 131463 - 131097
Alignment:
Q  1 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  131463 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgtacttttcaatattgtaacacaatc 131364  T
Q  101 aggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtg 200  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131363 aagaattgaatattgtccacgaacattagatgttgctgcaatttcattcttcttaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtg 131264  T
Q  201 tttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131263 tttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttacactttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttacttt 131164  T
Q  301 ccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcattttt 367  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131163 ccataggtataatatcatcctcttctgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcattttt 131097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 407
Target Start/End: Original strand, 4576469 - 4576878
Alignment:
Q  1 ttctattatcttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaa---caca 97  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||    
T  4576469 ttctattatcttcatctttaagcttctccaaagcataactaaattgtcgactattcaaatgtccttcctccttcgcacatttcaatattgtaataacaca 4576568  T
Q  98 atcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaat 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4576569 atcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttctgctgcttgaactaatcgctcaaat 4576668  T
Q  198 gtgtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatttgttac 297  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||     
T  4576669 gtgattctcatagttgttgtagtcccagcctttgtcttaccctttgtaactttcacacccatatctggtgaaacatttcttttctttcttgattggttat 4576768  T
Q  298 tttccatagggataatatcatcctcttttgattcaataatttctagtggcacatcatcaatagcatttttgttactagattcatgtggcacccctaaagc 397  Q
    || ||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||| |||||    
T  4576769 ttcccataaggataacatcatcctcttcagattcaataatttctaatggcacgtcatcaatatcatttttgccactagattcacgtcgcacccccaaagc 4576868  T
Q  398 tgatgtccat 407  Q
    || |||||||    
T  4576869 tggtgtccat 4576878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 291
Target Start/End: Original strand, 9787400 - 9787679
Alignment:
Q  12 tcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaat 111  Q
    ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||     || |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||    ||||| ||||    
T  9787400 tcatccttaaccatttctaaagcataactaaattgtttcccatccaaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgaaacacatgttggaatagaat 9787499  T
Q  112 attgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagt 211  Q
    ||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||  || |||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||||     
T  9787500 attttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttcaagttcattatgattttctgctacttggactaatcgttctaatgtttttctcatagc 9787599  T
Q  212 tgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatt 291  Q
    || ||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  9787600 tggtgcagtcccaacctttgtcttactctttgttgctttctcatccatatttggtgaaacctttcttttattttttgatt 9787679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 56 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 3590351 - 3590116
Alignment:
Q  56 caaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctca 155  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||    | ||| ||||||| ||||   |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||    
T  3590351 caaaagtccttcttcctttgcactttttaatattgcaacacatgttgaaatagaatattttccattgacatgagatgttgcttcaatttcagccttttca 3590252  T
Q  156 atttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcac 255  Q
    | ||||||||||  || |||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||| || ||||||||||||||| | ||| |  |||||  ||||||||     
T  3590251 acttcattatgattttctgctacttggactaatcgttctaatgtttttctcatagctggtgcagtcccaacctttgccttcctatttgttgctttctcat 3590152  T
Q  256 ccatatctggtgaaacctttcttttctttcttgatt 291  Q
    |||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  3590151 ccatatttggtgaaacctttcttatattttttgatt 3590116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 66 - 284
Target Start/End: Original strand, 19607112 - 19607333
Alignment:
Q  66 tcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattat 165  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||   | || ||||| || |||||| || | |||||||| ||  | |||||||  ||||| |||| ||||||||    
T  19607112 tcctcctttgcacttttcaataatttaatgtagtctggaatagagtattgtacatggacattagaggtgaccgcaatttgagccttttcaacttcattat 19607211  T
Q  166 gaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctc---acccatatc 262  Q
    ||||||  | ||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||   |   |||||    
T  19607212 gaccttcagatgcttcagttaaccgctcaaatgtgtttctcatagttgttgtcgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctcaattaatatc 19607311  T
Q  263 tggtgaaacctttcttttcttt 284  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  19607312 tggtgaaacctttctttacttt 19607333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 11 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 32604996 - 32604723
Alignment:
Q  11 ttcatctttaagcatctccaaagcataactaaattgtcgattattcaaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaa 110  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||  |||||||   || |  ||||| ||||||||||||| | |||| || || ||||| ||     
T  32604996 ttcatctttaagcatttctaaagcataactaaattgttgaccattcaaaaaaccattatcctttgcacttttcaataatttaacgcattctggaatagag 32604897  T
Q  111 tattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctcaatttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatag 210  Q
    || | |||| | |||| ||| || || |||||||  ||||| |||| ||||||||||||||   |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  32604896 tactctccatggacatgagaggtggccgcaatttgagccttttcaacttcattatgaccttcatctgctttaactaaccgctcaaatgtttttctcatag 32604797  T
Q  211 ttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcacccatatctggtgaaacctttcttttcttt 284  Q
    ||||||  ||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  32604796 ttgttgttgtcccaacctttgcctttccctttgtcactttctctccaatatttggtgaaacctttcttttcttt 32604723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 56 - 280
Target Start/End: Original strand, 38318296 - 38318519
Alignment:
Q  56 caaatgtccttcctccttcgcacttttcaatattgtaacacaatcaggaattgaatattgtccaagaacattagatgttgctgcaatttcggccttctca 155  Q
    |||| |||| || ||||| |||||||| ||||||| ||||||    |||||  || ||||||||   |||| ||||||||||  | |||| ||||| |||    
T  38318296 caaaggtccgtcttcctttgcactttttaatattgcaacacatgttggaatataaaattgtccattgacatgagatgttgctttactttcagccttttca 38318395  T
Q  156 atttcattatgaccttttgctgcttgaactaatcgctcaaatgtgtttctcatagttgttgcagtcccaaccttggtcttaccctttgtaactttctcac 255  Q
    | || |||||||  || | || |||| |||| ||| || ||||| ||||||||||||| || | || ||||||| | ||||| |||| |  ||||||||     
T  38318396 acttgattatgattttcttcttcttggactattcgttctaatgtttttctcatagttggtgta-tcacaacctttgccttactcttttttgctttctcat 38318494  T
Q  256 ccatatctggtgaaacctttctttt 280  Q
    |||||| ||| |||||| |||||||    
T  38318495 ccatatttggcgaaaccattctttt 38318519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University