View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8779_high_1 (Length: 415)

Name: NF8779_high_1
Description: NF8779
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8779_high_1
NF8779_high_1
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (17-400)||(14212566-14212949)
chr4 (17-400)||(14214503-14214886)
chr4 (17-400)||(14219313-14219696)
chr4 (17-400)||(14210646-14211029)
chr4 (17-400)||(14215472-14215855)
chr4 (17-400)||(14218343-14218727)
chr4 (17-400)||(14213535-14213917)
chr4 (17-400)||(14222202-14222585)
chr4 (17-400)||(14221233-14221616)
chr4 (17-400)||(14208744-14209109)
chr4 (17-400)||(14209695-14210060)
chr4 (17-400)||(14216441-14216806)
chr4 (17-400)||(14217392-14217757)
chr4 (17-400)||(14211615-14211980)
chr4 (17-400)||(14220282-14220647)
chr4 (44-355)||(14234932-14235243)
chr4 (17-48)||(14223171-14223202)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-400)||(31408962-31409345)
chr2 (249-289)||(32280598-32280638)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (249-289)||(14836995-14837035)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (249-289)||(27964654-27964694)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14212566 - 14212949
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212566 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14212665  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212666 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 14212765  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212766 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14212865  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14212866 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14212949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14214503 - 14214886
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14214503 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14214602  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14214603 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 14214702  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14214703 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14214802  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14214803 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14214886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14219313 - 14219696
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14219313 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14219412  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14219413 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 14219512  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14219513 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14219612  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14219613 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14219696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14210646 - 14211029
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14210646 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcaatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14210745  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14210746 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 14210845  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14210846 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14210945  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14210946 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14211029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14215472 - 14215855
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14215472 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14215571  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14215572 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcaaaaacttccaataacatctgcta 14215671  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14215672 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14215771  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14215772 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14215855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14218343 - 14218727
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtctt-ccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaacc 115  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14218343 tgcacagcatgaataagtctttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaacc 14218442  T
Q  116 caccttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14218443 caccttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgct 14218542  T
Q  216 acaaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtca 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14218543 acaaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtca 14218642  T
Q  316 tgtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14218643 tgtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14218727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14213535 - 14213917
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213535 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14213634  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14213635 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataa-cttccaataacatctgcta 14213733  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213734 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14213833  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14213834 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14213917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14222202 - 14222585
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14222202 tgcacagcatgaataagtcttacgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14222301  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14222302 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtatcttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 14222401  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14222402 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14222501  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14222502 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgtttaggaagcatgacagagttataaat 14222585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14221233 - 14221616
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14221233 tgcacagcatgaataagtcttacgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacacaaccc 14221332  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14221333 accttagtaatatgccgttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtatcttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 14221432  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14221433 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14221532  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14221533 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgtttaggaagcatgacagagttataaat 14221616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14208744 - 14209109
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14208744 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14208843  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14208844 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcaaaaacttccaataacatctgcta 14208943  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14208944 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14209043  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    |                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14209044 g------------------tcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14209109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14209695 - 14210060
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14209695 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14209794  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14209795 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcaaaaacttccaataacatctgcta 14209894  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14209895 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14209994  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    |                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14209995 g------------------tcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14210060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14216441 - 14216806
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14216441 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14216540  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14216541 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcaaaaacttccaataacatctgcta 14216640  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14216641 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14216740  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    |                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14216741 g------------------tcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14216806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14217392 - 14217757
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14217392 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14217491  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14217492 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcaaaaacttccaataacatctgcta 14217591  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14217592 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14217691  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    |                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14217692 g------------------tcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14217757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14211615 - 14211980
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14211615 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcaatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14211714  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14211715 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcaaaaacttccaataacatctgcta 14211814  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14211815 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14211914  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    |                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14211915 g------------------tcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14211980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 14220282 - 14220647
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14220282 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcaatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 14220381  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14220382 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcaaaaacttccaataacatctgcta 14220481  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14220482 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 14220581  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    |                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14220582 g------------------tcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 14220647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 44 - 355
Target Start/End: Original strand, 14234932 - 14235243
Alignment:
Q  44 caagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaacccaccttagtaatatgcccttcaaatcta 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14234932 caagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaacccaccttagtaatatgcccttcaaatcta 14235031  T
Q  144 ccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgctacaaattgaaacataattggcaagtaac 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14235032 ccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgctacaaattgaaacataattggcaagtaac 14235131  T
Q  244 ttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcatgtcagatagactatagacttcaaacaa 343  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14235132 ctgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcatgtcagatagactatagacttcaaacaa 14235231  T
Q  344 tttgaatgatga 355  Q
    ||||||||||||    
T  14235232 tttgaatgatga 14235243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 48
Target Start/End: Original strand, 14223171 - 14223202
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagc 48  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14223171 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagc 14223202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 31408962 - 31409345
Alignment:
Q  17 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31408962 tgcacagcatgaataagtcttccgcaccaagcctcgatgagatacttatcaatctgcagcaaaacagtagcaggaaaaagctcccagccccacgcaaccc 31409061  T
Q  117 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31409062 accttagtaatatgcccttcaaatctaccaacggattcaccaccatgtattttacataagtggttttgaacgacgcataaacttccaataacatctgcta 31409161  T
Q  217 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31409162 caaattgaaacataattggcaagtaacttgttaaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaatttcacaaataaatttatctctcatgtcat 31409261  T
Q  317 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31409262 gtcagatagactatagacttcaaacaatttgaatgatgaaaagtaaaatttaaaatgttttggaagcatgacagagttataaat 31409345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 32280638 - 32280598
Alignment:
Q  249 aaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaattt 289  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32280638 aaagaattcattgaagaatgtaaaaggagtggagacaattt 32280598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 14837035 - 14836995
Alignment:
Q  249 aaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaattt 289  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14837035 aaagaattcattgaagaatgtaaaaggagtggagacaattt 14836995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 249 - 289
Target Start/End: Original strand, 27964654 - 27964694
Alignment:
Q  249 aaagagttcattgaagaatgtaaaaagagtggagacaattt 289  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  27964654 aaagaattcattcaagaatgtaaaaggagtggagacaattt 27964694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University