View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8793_high_1 (Length: 885)

Name: NF8793_high_1
Description: NF8793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8793_high_1
NF8793_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-867)||(5172616-5173472)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 849; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 849; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 5173472 - 5172616
Alignment:
Q  11 agcagagatcaaagactcactacagaaagttaggctttggcttggaacattcgactcagccgaagaggcagctcgtgcttatgacactgctgctagagct 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173472 agcagagatcaaagactcactacagaaagttaggctttggcttggaacattcgactcagccgaagaggcagctcgtgcttatgacactgctgctagagct 5173373  T
Q  111 ttgagaggtgctaatgcaagaaccaactttgaattgccagaatctgaaacaaatggtagtggaggttcaaagcgcggtgctggttccaaattcatgctag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173372 ttgagaggtgctaatgcaagaaccaactttgaattgccagaatctgaaacaaatggtagtggaggttcaaagcgcggtgctggttccaaattcatgctag 5173273  T
Q  211 agaatacagaacctttttcttttgaagatgtcagtgactcgggttcaggttcagaacacggtcttcttggtgcactcaaggcaaaactttttgacggaaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173272 agaatacagaacctttttcttttgaagatgtcagtgactcgggttcaggttcagaacacggtcttcttggtgcactcaaggcaaaactttttgacggaaa 5173173  T
Q  311 agaagggaaattttcattttcatttccttctggtagcatggttacaaaatcaactcagaattgttctggaaagaaagactcatcattatcagctacttat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173172 agaagggaaattttcattttcatttccttctggtagcatggttacaaaatcaactcagaattgttctggaaagaaagactcatcattatcagctacttat 5173073  T
Q  411 tgcctatcacagatgaatgaagctcatgcaaatcctctgcctagttctttgagtatttcatcaaacacttttgctaagagtgtggctatcccaaatcatg 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5173072 tgcctatcacagatgaatgaagctcatgcaaatcctctgcctagttctttgagtatttcatcaaacacttttgctaagagtgtggctatcccaaataatg 5172973  T
Q  511 atcatgaaatttgtcaaacaccatctatgacaaacatgttatggtccaatgaaatggaaaatgaatttccttggccaattcagatgagtcatgttcatga 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172972 atcatgaaatttgtcaaacaccatctatgacaaacatgttatggtccaatgaaatggaaaatgaatttccttggccaattcagatgagtcatgttcatga 5172873  T
Q  611 gaatcatgaaaatagtactagtatgcttgcatctggaagtacatcaaattttgcatggccactaatagagtccaatattgacatgacatgtatggaccaa 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172872 gaatcatgaaaatagtactagtatgcttgcatctggaagtacatcaaattttgcatggccactaatagagtccaatattgacatgacatgtatggaccaa 5172773  T
Q  711 gggatactaaatagtaacagaagtgatcaaatgaatatgatgaacatgcagttaccacctctaattggtggagcaagtagtgatgggttttggacaatgg 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5172772 gggatactaaatagtaacagaagtgatcaaatgaatatgatgaacatgcagttaccacctctaattggtggagcaagtagtgatgggttttggacattgg 5172673  T
Q  811 atcagcagcaacaatttgtgcaatgtgagaataataatagttggtttggttctggtg 867  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172672 atcagcagcaacaatttgtgcaatgtgagaataataatagttggtttggttctggtg 5172616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University