View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8802_low_1 (Length: 781)

Name: NF8802_low_1
Description: NF8802
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8802_low_1
NF8802_low_1
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-766)||(8294190-8294953)
chr1 (44-734)||(30148693-30149374)
chr1 (44-734)||(30153414-30154113)
chr1 (44-223)||(30155527-30155706)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (43-536)||(25755591-25756069)
chr7 (12-482)||(25763507-25763971)
chr7 (61-476)||(25733167-25733573)
chr7 (61-476)||(25740868-25741274)
chr7 (23-480)||(25747012-25747448)
chr7 (398-738)||(40462485-40462819)
chr7 (596-726)||(25741348-25741476)
chr7 (596-734)||(25756086-25756222)
chr7 (596-726)||(25733647-25733775)
chr7 (596-734)||(25747518-25747654)
chr7 (599-739)||(25764042-25764180)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (73-144)||(16489827-16489898)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 726; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 726; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 8294953 - 8294190
Alignment:
Q  1 tgccaattatgcttaattctgatggcctttttggaagcttaaccaacactttagcttttggaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294953 tgccaattatgcttaattctgatggcctttttggaagcttaaccaacactttagcttttggaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaat 8294854  T
Q  101 agaatatgaggatgggttacttgcatacaattttgtaccaataatttccacatccataaaataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294853 agaatatgaggatgggttacttgcatacaattttgtaccaataatttccacatccataaaataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccat 8294754  T
Q  201 gactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggcca 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294753 gactggtcaaagagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggcca 8294654  T
Q  301 ccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggatt 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294653 ccaatttcttcaaacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggatt 8294554  T
Q  401 caagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttcttccacagtggt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  8294553 caagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttcttc--cagtggt 8294456  T
Q  501 gttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggctataaaagaacactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaatgcatggcag 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294455 gttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggctataaaagaacactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaatgcatggcag 8294356  T
Q  601 caatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttcataat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294355 caatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttcataat 8294256  T
Q  701 caattccaacacatcaacaggtagatttatcaatgtgttgnnnnnnnccatctcatccgttttcat 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||    
T  8294255 caattccaacacatcaacaggtagatttatcaatgtgttgtttttttccatctcatccgttttcat 8294190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 44 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 30149374 - 30148693
Alignment:
Q  44 caacactttagcttttggaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaatagaatatgaggatgggttacttgcatacaattttgtaccaata 143  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||   || || | |||||||||  |||||||||    
T  30149374 caacactttagcctttggaggtccattaatggagtctttgagatcataaaccaatatagaatctgaggacccgtcacatacatacaattgcgtaccaata 30149275  T
Q  144 atttccacatccataaaataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcac 243  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||| |||  |||||    
T  30149274 atttccaaatctataaaataagtccttgaatccttatctggctcaactataatccatgacttatcaaaaagtttataaattgcaatgtgacaatcatcac 30149175  T
Q  244 tcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaaga 343  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| || |  ||| || || | || |||||      
T  30149174 ctaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcaaaatttggtttggaagaggccaccattttgctcacatgtaactttccatcacattgggcggaa-- 30149077  T
Q  344 gttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcactt 443  Q
        | |||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||      
T  30149076 ----gggggcaagtgcagctttgatggtatcgtgattctaacatcattcattggatttgagaagaaaatttttgcaaaacccttttcagaaaggtcaccc 30148981  T
Q  444 acaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttcttccacagtggtgttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggctataaaaga 543  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| | ||  |    |  |||||||||||| | || ||||| ||||||||| || |||||||| ||    
T  30148980 acaatcaaccagccttcaactgacccaagacatctattattgcgccctaattgtggtgttctaatgcgatgtacactttttgtacccaagctataaagga 30148881  T
Q  544 acactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaatgcatggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctaca 643  Q
    ||  ||| |||||||| |  |   |||||| ||||| |||||||||    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||    
T  30148880 accttgattttttggatttcaggaaaactaatggcagttcaggtaa----atggcagcaacgcttgttttcaatgaaattagaaa--ctgttttcctaca 30148787  T
Q  644 agaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc---ataatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaat 734  Q
    |||||| ||  |||| | ||||| ||| |||||||||||||| || || |||   || ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  30148786 agaacgacaggttgcccttaatccaagccaatctttaaggggcaagcggttcagaatcatcaattccaacacatcgaccggtagatttgtcaat 30148693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 44 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 30154113 - 30153414
Alignment:
Q  44 caacactttagcttttggaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaatagaatatgaggatgggttacttgcatacaattttgtaccaata 143  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || | | ||| ||||||  ||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  30154113 caacactttagcctttggaggtccattaacggagtctttgagatcataaacgaatacataatctgaggaccggtcactaacatacaattttgtaccaata 30154014  T
Q  144 atttccacatccataaaataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcac 243  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||  ||||| |||||||||||| ||||||| |||  |||||    
T  30154013 atttccacatccataaaataagtccttgaatccttatctggctcaactataatccacgacttatcaaaaagtttataaattgcaatgtgacaatcatcac 30153914  T
Q  244 tcaaaa------------------gaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattct 325  Q
    ||||||                  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| || | ||||     
T  30153913 tcaaaagaccatcatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccgtcacaatttggtttggaagaggccaccattttggtcacatgtaacattcc 30153814  T
Q  326 attacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacct 425  Q
    |  || | || |||||      |||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||     
T  30153813 accacattgggcggaa------gagggcaagtgcagctttgatggtatcgtgattctaacatcatttactggatttgagaagaaaaatttcgcaaaaccc 30153720  T
Q  426 ttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttcttccacagtggtgttctaaggggaagtacaatttttg 525  Q
    ||||| ||| ||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| | ||  |    |  |||||||||||| | || ||||| ||||||    
T  30153719 ttttcggaaaagtcacccacaatcaaccagccttcaactgagccaagacatctattattgcgccctaattgtggtgttctaatgcgatgtacactttttg 30153620  T
Q  526 tactcaggctataaaagaacactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaatgcatggcagcaatgcttgttttcaatgacattag 625  Q
    ||| || |||||||| ||||  ||| |||||||| |  |   |||||| ||||| |||||||||    ||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  30153619 tacccaagctataaaggaaccttgattttttggatttcaggaaaactaatggcagttcaggtaa----atgacagcaacgcttgttttcaatgaaattag 30153524  T
Q  626 aaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc---ataatcaattccaacacatcaacaggt 722  Q
    |||   |||||||||||||||||| ||  |||| | ||||| ||| |||||||||||||| || || |||   || ||||||||||||||||| || |||    
T  30153523 aaa--ctgttttcctacaagaacgacaggttgcccttaatccaagccaatctttaaggggcaagcggttcagaatcatcaattccaacacatcgaccggt 30153426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 44 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 30155706 - 30155527
Alignment:
Q  44 caacactttagcttttggaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaatagaatatgaggatgggttacttgcatacaattttgtaccaata 143  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||   || || | ||||||||||||||||||||    
T  30155706 caacactttagcctttggaggtccattaatggagtctttgagatcataaaccaatatagaatctgaggacccgtcacatacatacaattttgtaccaata 30155607  T
Q  144 atttccacatccataaaataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccatgactggtcaaacagtttataaat 223  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||  ||||| |||||||||||    
T  30155606 atttccacatctataaaataagtccttgaatccttatctggctcaactataatccacgacttatcaaaaagtttataaat 30155527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 154; Significance: 3e-81; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 43 - 536
Target Start/End: Original strand, 25755591 - 25756069
Alignment:
Q  43 ccaacactttagcttttggaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaatagaatatgaggatgggttacttgcatacaattttgtaccaat 142  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||| ||| |||| |    || |||| |||||| |||||||    
T  25755591 ccaacacttgagccttcggaggtccattagtggagtctttcagatcataaaccaatattgaatttgacgatgagccgattacatataattttctaccaat 25755690  T
Q  143 aatttccacatccataaaataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatca 242  Q
    |||||| |  ||  |||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  25755691 aatttctatgtcagtaaaataagtccctgaatccttatctggctcaactatagtccatgacttttcaaagagtttataaattgcaatgtgacaataatca 25755790  T
Q  243 ctcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaag 342  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||  |||||    ||||||| | |||         |     
T  25755791 ctcaaaaggccaactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccgtcatttttctcaca---tatattctttgacc---------aa 25755878  T
Q  343 agttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcact 442  Q
     | | |||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||      
T  25755879 tgattgagggcaagtgcaactttgatggtattgtgattctaacatcagtcactggattcaaaaagaaaaattttgcaaaacctttatcagagttgtcaac 25755978  T
Q  443 tacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttcttccacagtggtgttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggcta 536  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||    |||| |||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||| ||||    
T  25755979 cacaatcaaccaaccttcaactgagccaatacatttattag---acttcaacagtggtgttctaaggcaaagtaaactttttgtactcaagcta 25756069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 12 - 482
Target Start/End: Original strand, 25763507 - 25763971
Alignment:
Q  12 cttaattctgatggcctttttggaagcttaaccaacactttagcttttggaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaatagaatatgagg 111  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||  | | |||| |||| ||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||    
T  25763507 cttaatcctgctggccttcttggaaattcacccaatacttcagcctttggaggtccattagttgagtctttaagatcataaaccaatatagaatttgagg 25763606  T
Q  112 atgggttacttgcatacaattttgtaccaataatttccacatccataaaataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccatgactggtcaaa 211  Q
    ||| |||  || |||| ||||||||||  |||||||| |  ||| |||||| ||||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||  || ||||||    
T  25763607 atgagtttgttacatataattttgtactgataatttctatgtccgtaaaattagtcgctgaatccttatctgactcaactatagtccattccttgtcaaa 25763706  T
Q  212 cagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccaccaatttcttc 311  Q
     |||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  25763707 gagtttataaattgcaatgtgacaacaatcagtcagaagacagactaaataacaatccgaaccatcacagtttggtttggaagaggccaccatttttttc 25763806  T
Q  312 acacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggattcaagaagaaaa 411  Q
    ||| || |||||| || |  | || |||||      ||||| || | ||| |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  25763807 acaggtaatattccatcatattgggcggaa------gagggaaattgcaactttgatggtatcgtgattctaacattagtcactggattcaaaaagaaaa 25763900  T
Q  412 tttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatca 482  Q
      ||||||||||||||| || ||| |||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||    
T  25763901 actttgcaaaaccttttccaaaattgtcacacacaatcaaccagccttcaattgagccaatacatatatca 25763971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 61 - 476
Target Start/End: Original strand, 25733167 - 25733573
Alignment:
Q  61 gaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaatagaatatgaggatgggttacttgcatacaattttgtaccaataatttccacatccataaa 160  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||  ||| |    || |||| |||||||||||||||||||| |  ||| ||||    
T  25733167 gaggtgcattggtggaatctttaagatcataaaccaaaatagaatctgacaatgagcctattacatataattttgtaccaataatttctatgtccgtaaa 25733266  T
Q  161 ataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaa 260  Q
    |||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||  |||||    
T  25733267 ataagtccctgaatctttatctggttcaactatagtccacgacttttcaaagagtttataaattgcaatgtgacaataatcactcaaaaggccagctaaa 25733366  T
Q  261 taacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtaca 360  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || |||  |||||  ||||||||| | |||         |  | | |||| ||||||||    
T  25733367 tagcaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaagccgtcattttactcacatatgatattctttgacc---------aatgattgaggacaagtaca 25733457  T
Q  361 attttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttc 460  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  25733458 actttgatggtatcgtgattctaacatcactcacgggattcaaaaagaaaacttttgcaaaacctttttcagaatagtcactcacaatcaaccagccgtc 25733557  T
Q  461 aactgagccaacacat 476  Q
    ||||||||||| ||||    
T  25733558 aactgagccaatacat 25733573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 61 - 476
Target Start/End: Original strand, 25740868 - 25741274
Alignment:
Q  61 gaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaatagaatatgaggatgggttacttgcatacaattttgtaccaataatttccacatccataaa 160  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||  ||| |    || |||| |||||||||||||||||||| |  ||| ||||    
T  25740868 gaggtgcattggtggaatctttaagatcataaaccaaaatagaatctgacaatgagcctattacatataattttgtaccaataatttctatgtccgtaaa 25740967  T
Q  161 ataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaa 260  Q
    |||||||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| | ||||| ||| ||||||| ||||| ||  |||||    
T  25740968 ataagtccctgaatccttatctgactcaactatagtccatgacttttcaaagagtttataaattgctatgtgacaataatcactgaaaaggccagctaaa 25741067  T
Q  261 taacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtaca 360  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||  |||||  |||||| || | |||         |  | | |||||||||| ||    
T  25741068 tagcaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccgtcagttttgtcacatatgatatactttgacc---------aacgattgagggcaagtgca 25741158  T
Q  361 attttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttc 460  Q
    | |||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||    
T  25741159 actttgatggtatagtgattctaacatcagtcactggattcaaaaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaattgtcactcacaatcaaccagccgtc 25741258  T
Q  461 aactgagccaacacat 476  Q
    ||||||||||| ||||    
T  25741259 aactgagccaatacat 25741274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 23 - 480
Target Start/End: Original strand, 25747012 - 25747448
Alignment:
Q  23 tggcctttttggaagcttaaccaacactttagcttttggaggtccatttgtggagtctttgagatcataaactaaaatagaatatgaggatgggttactt 122  Q
    ||||||| ||||||  ||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |      |||| || |  ||  ||    
T  25747012 tggccttcttggaaatttagccaacacttcagcctttggaggtccattagtggagtctttcagatcataaaccaata------atgatga-gcctt--tt 25747102  T
Q  123 gcatacaattttgtaccaataatttccacatccataaaataagtctttgaatccctatctggttcaactatagtccatgactggtcaaacagtttataaa 222  Q
     |||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||    
T  25747103 acatataattttgtaccaataatttctatgtccataaaataagtccctgaatccttatctggttcaactatagtccacgacttttcaaagagtttataaa 25747202  T
Q  223 ttacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccaccaatttcttcacacgtgatat 322  Q
    || ||||||   || ||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||  |||||  ||||||    
T  25747203 ttgcaatgt---aataatcactcaaaaggccagctaaatagcaatcagatccatcacaatttggtttggaagaggccgtcattttactcacatatgatat 25747299  T
Q  323 tctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaa 422  Q
    ||  | |||         |  | | || ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25747300 tccttcacc---------aatgattgacggcaagtacaacttcgatggtatcgtgattctaacatcagttactggattcaaaaagaaaatttttgcaaaa 25747390  T
Q  423 cctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttat 480  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || |||||||||| ||||||||    
T  25747391 cctttttcagaattgtcactcacaatcaaccagccgtccactgagccaatacatttat 25747448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 398 - 738
Target Start/End: Original strand, 40462485 - 40462819
Alignment:
Q  398 attcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttcttccacagt 497  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||  || |||||||| ||||||| |||||||| ||| | || |||| ||| |||||||    
T  40462485 attcaagaagaaattttttgcaaaaccttcttgagaaaagtcacccacgatcaaccagccttcaattgagccaagacactcatgagtgctctgccacagt 40462584  T
Q  498 ggtgttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggctataaaagaacactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaatgcatgg 597  Q
     ||||  || || || ||||| ||| |||||||| | | ||| | |||  ||||||||||||| | |   |||||||||||| |||||||||    ||||    
T  40462585 agtgtgttacggtgatgtacactttctgtactcaagttgtaataaaaccttgaatttttggaccgaaggaaaactagtggcagttcaggtaa----atgg 40462680  T
Q  598 cagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttcat 697  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||     
T  40462681 cagtaatgtttgttttcaatgacattagaaa--cagttttcctgcaagaacgacatattgctcttaaaccaaggcaatctctaaggggcaaacgcttcag 40462778  T
Q  698 aatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaatgtgt 738  Q
    |||||| || |||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  40462779 aatcaactcaaacacatcgactggtagatttgtcaatgtgt 40462819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 596 - 726
Target Start/End: Original strand, 25741348 - 25741476
Alignment:
Q  596 ggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc 695  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| |||| | |  |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  25741348 ggcagcaatgtttgttttcaatgatattcgaaactat--tttcctacaagaacggcaaattgctctcaatctaaggtaatctttaagaggcaaacgcttc 25741445  T
Q  696 ataatcaattccaacacatcaacaggtagat 726  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25741446 ataatcaattccaacacatcaacgggtagat 25741476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 596 - 734
Target Start/End: Original strand, 25756086 - 25756222
Alignment:
Q  596 ggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc 695  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||  || || |||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  25756086 ggcagcaatgcttgttttcaatgatattggaaactgt--ttcccgacaagaacggcaaattgctctcaatctaaggtaatctttaagaggcaaacgcttc 25756183  T
Q  696 ataatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaat 734  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  25756184 ataatcatttccaacacatcaactggtagatttgtcaat 25756222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 596 - 726
Target Start/End: Original strand, 25733647 - 25733775
Alignment:
Q  596 ggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc 695  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| | |  |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  25733647 ggcagcaatgcttgttttcaatgatattcgaaactat--tttcctacaagaacggcaaattgctctcaatctaaggtaatcttttaggggcaaacgcttc 25733744  T
Q  696 ataatcaattccaacacatcaacaggtagat 726  Q
    ||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  25733745 ataatcagttccaacacatcagcgggtagat 25733775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 596 - 734
Target Start/End: Original strand, 25747518 - 25747654
Alignment:
Q  596 ggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc 695  Q
    |||||||||||||||||||||| |  || ||||  ||  |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  25747518 ggcagcaatgcttgttttcaatcattttggaaaccgt--tttcctacaagaacggcaaattgctctcaatctaaggtaatctttaagaggcaaacgcttc 25747615  T
Q  696 ataatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaat 734  Q
    |||||||  ||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  25747616 ataatcatctccaacacatcgactggtagatttgtcaat 25747654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 599 - 739
Target Start/End: Original strand, 25764042 - 25764180
Alignment:
Q  599 agcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttcata 698  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||  || || ||||||||| || || ||||  ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  25764042 agcaatgcttgttttcaatgatattggaaactgt--ttcccgacaagaacgacaaatcgctctcaatctaaggtaatctttaagaggcaaacgcttcata 25764139  T
Q  699 atcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaatgtgtt 739  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  25764140 atccgttccaacacatcaactggtagatttgtcaatatgtt 25764180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 144
Target Start/End: Original strand, 16489827 - 16489898
Alignment:
Q  73 tggagtctttgagatcataaactaaaatagaatatgaggatgggttacttgcatacaattttgtaccaataa 144  Q
    |||||||||| ||||||||||| || || || |  |||||||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  16489827 tggagtctttaagatcataaaccaatatcgagtccgaggatgggtcatttacatacaattttgtaccaataa 16489898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University