View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8808_high_1 (Length: 630)

Name: NF8808_high_1
Description: NF8808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8808_high_1
NF8808_high_1
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (1-615)||(28579814-28580424)
chr3 (1-615)||(28574762-28575375)
chr3 (4-615)||(26315819-26316428)
chr3 (1-545)||(28585961-28586511)
chr3 (217-615)||(28568130-28568539)
chr3 (1-167)||(28567934-28568100)
chr3 (227-511)||(20618387-20618671)
chr3 (11-129)||(20617136-20617254)
[»] scaffold0870 (1 HSPs)
scaffold0870 (217-606)||(4562-4959)
[»] scaffold0889 (1 HSPs)
scaffold0889 (235-606)||(4358-4737)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (200-535)||(24071637-24071972)
chr6 (1-191)||(24071382-24071572)
chr6 (1-135)||(24079220-24079354)
[»] scaffold1029 (1 HSPs)
scaffold1029 (376-615)||(3089-3324)
[»] scaffold1033 (1 HSPs)
scaffold1033 (430-615)||(3089-3270)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (16-133)||(2601425-2601542)
chr2 (238-300)||(2600819-2600881)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 615
Target Start/End: Original strand, 28579814 - 28580424
Alignment:
Q  1 tacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacatt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| || || || |||| ||||||||  ||||||    
T  28579814 tacatcgttaagactatcttctccttcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagtgtaattagaccttttacttcttctccatgtttttctttcaacatt 28579913  T
Q  101 cttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactcgcagtaatatatatctgtgcgtg 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||| |     ||    
T  28579914 cttttgttccacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactcctagtaaattatatattcaaatg 28580013  T
Q  201 cgcgtggagagggtacgtattaaacaaacctgcgtttacataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggcta 300  Q
        ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28580014 ----tggagagggtacgtattaaactaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagagttcatggcta 28580109  T
Q  301 ctcataaaatcaataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttgga 400  Q
    || | |||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  28580110 cttacaaaatcaataggattgttgttcaatatcaaatgtagtttttcaagagccactttgatctcctcggtaaagtagtgttcaatgccaaacctttgga 28580209  T
Q  401 taatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatc 500  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  28580210 taatatcaatcaaataaaaactttccatcggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttgaatatcaaagcttgtttgacatatgtaacgtc 28580309  T
Q  501 ctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaaaacatattgcaaatttagaacaattgtatatatttgtacttcaattaaaatacttac 600  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28580310 ctgaaaatgtaaaagtgtagattgatcagaacattgcaataaaaagatattctaaatttagaacaattgtatatatttgtacttcaattaaaatacttac 28580409  T
Q  601 cattctagaaattaa 615  Q
    |||||| ||||||||    
T  28580410 cattctggaaattaa 28580424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 615
Target Start/End: Original strand, 28574762 - 28575375
Alignment:
Q  1 tacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacatt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28574762 tacatcgttaagactatcttctccgtcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagggcaatgaggcctttcaaatcctcaccatgtttttcttcaaacatt 28574861  T
Q  101 cttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactcgcagtaatatatatctgtgcgtg 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||  | || || |  | |||         
T  28574862 cttttgttgcacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaa----atactccta-tagtaaaattatgtattca 28574956  T
Q  201 cgcgtggagagggtacgtattaaacaaacctgcgtttacataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggcta 300  Q
       || ||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  28574957 aatgtagagagggtacgaattaaactaacctgcattgacatagtggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgaaaattcatagagttcatggcta 28575056  T
Q  301 ctcataaaatcaataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttgga 400  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28575057 ttcacaaaatcaataggattggtgttcaatatcaaatgtagcttttcaagagccactttgatctcctcagcaaaatagtgttcaatgccaaacctttgga 28575156  T
Q  401 taatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatc 500  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  28575157 tgatatcgatcaaataaaaactctccatcgaatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgcttaacatatgtaacatc 28575256  T
Q  501 ctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaaaacatattg----caaatttagaacaattgtatatatttgtacttcaattaaaatac 596  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||||   || |||     || ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28575257 ctgaaaaagtcaaagtgcagattgatcagaacattgaaataaagctatgttgtaactaagtttagaataactgtatatatttgtacttcagttaaaatac 28575356  T
Q  597 ttaccattctagaaattaa 615  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28575357 ttaccattctagaaattaa 28575375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 615
Target Start/End: Original strand, 26315819 - 26316428
Alignment:
Q  4 atcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacattctt 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  26315819 atcgttaagactatcttctccttcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagggcaacgagacctttcacatcctcgccatgtttttcttcgaacattctt 26315918  T
Q  104 ttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaat--tatagttagtcactatattactaactaaa-tactcgcagtaatatatatctgtgcgtg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||| |||||| |     ||    
T  26315919 ttgttacacttcaagctgtcaaataaatctgcaaaacaatattatagttagtcactatattactaactaaaatacttatagtaaaatatatattcaaatg 26316018  T
Q  201 cgcgtggagagggtacgtattaaacaaacctgcgtttacataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggcta 300  Q
        ||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  26316019 ----tggagagtgtaagtattaaactaacctgcatttacataatgtcctccttgtctgagcaagcggaatgcaagtgcaacttcgtagagttcatggata 26316114  T
Q  301 ctcataaaatcaataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttgga 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  || || |||||||||||||| || || ||| |||| |||||||||||   || ||||||||    
T  26316115 ctcataaaatcattaggattggtgttcaatatcgaatatagcttctcaagagccactttgatctcttcaacaaagtagtgttcaatgttaagcctttgga 26316214  T
Q  401 taatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatc 500  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26316215 tgatatcgatcaaataaaaactctccatcggatattcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtaacatc 26316314  T
Q  501 ctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaaaacatattgcaaatttagaacaattgtatatatttgtacttcaattaaaatacttac 600  Q
    ||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||| |||| |||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26316315 ctgaaaatgtaaaagtgcagaatgatgagaacattgaaat-aaaatatattgtaaatctagaacaactttatatatttgtacttcaattaaaatacttac 26316413  T
Q  601 cattctagaaattaa 615  Q
    ||||||| |||||||    
T  26316414 cattctataaattaa 26316428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 545
Target Start/End: Original strand, 28585961 - 28586511
Alignment:
Q  1 tacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacatt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||  ||||||    
T  28585961 tacatcgttaagactatcttctccttcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagagcaataagacctttgacatcctcgccatgtttttctttcaacatt 28586060  T
Q  101 cttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactcgca--gtaatat-atatctgtgc 197  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |  |||| || |||| | | |    
T  28586061 cttttgttccacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttggtcactatattactaactaaatactcctatagtaaaattatatatatac 28586160  T
Q  198 gtgcgcgtg---gagagggtacgtattaaacaaacctgcgtttacataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttca 294  Q
       | |      |||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  28586161 agacacacacacgagaaggtacgcattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagatttca 28586260  T
Q  295 tggctactcataaaatcaataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacc 394  Q
    |||||||||  ||||||||| | ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28586261 tggctactcgcaaaatcaattgaattggtgttcaatgtcaaatgtagcttttcaagagccactttgatctcctcagcaaaatagtgttcaatgccaaacc 28586360  T
Q  395 tttggataatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgt 494  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28586361 tttggataatatcgatcaaataaaaactttccatcggatcttcaattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgt 28586460  T
Q  495 agcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaaaa 545  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  28586461 aacatcctgaaaatgtaaaagtgcagattgatcagaatattgaaataaaaa 28586511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 217 - 615
Target Start/End: Original strand, 28568130 - 28568539
Alignment:
Q  217 gtattaaacaaacctgcgtttacataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggctactcataaaatcaat-- 314  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||      
T  28568130 gtattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagagttcatggctactcacaaaatcaatta 28568229  T
Q  315 -aggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaa 413  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28568230 taggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgctcaataccaaacctttggataatatccatcaa 28568329  T
Q  414 ataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaa 513  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||| ||| |||||     
T  28568330 ataaaaactctccatcggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatattaaagcttgtttgacatatacaacatcctaaaattgtaag 28568429  T
Q  514 agtgcagattaatcagaacattgcaataaaaacatat-tg-------caaatttagaacaattgtatatatttgtacttcaattaaaatacttaccattc 605  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||||||   |||| ||        |||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28568430 agtgcagattgatcagaatattgaaataaagctatatatgttgtaactaaatttagaatagctgtatatattcgtacttcaattaaaatacttaccattc 28568529  T
Q  606 tagaaattaa 615  Q
    ||||||||||    
T  28568530 tagaaattaa 28568539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Original strand, 28567934 - 28568100
Alignment:
Q  1 tacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacatt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28567934 tacatcgttaagactatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacatt 28568033  T
Q  101 cttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaa 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  28568034 cttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcattttattactaa 28568100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 227 - 511
Target Start/End: Original strand, 20618387 - 20618671
Alignment:
Q  227 aacctgcgtttacataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggctactcataaaatcaataggattggtgtt 326  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| || |    
T  20618387 aacctgcattgacataatagcctccttgtctgagcaaacggaatgcaagtgcaacttcatagagttcatggctactaacaaaatcaattggattgctgct 20618486  T
Q  327 caatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaaataaaaactctcc 426  Q
    ||||||||||    | || |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||| ||||     
T  20618487 caatatcaaaaattgtttctcaagagccactttgatttcctcaacaaagtagtgttcaataccaagcctttggatgatgtcaatcaaatgaaaattctca 20618586  T
Q  427 atgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgta 511  Q
     | ||||||||  |  ||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  20618587 gttggatcttcactagtaacaagtttcttgtgaacttgcttacacatcaaagcttgcttgacataaatagcatcctgaaaatgta 20618671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 129
Target Start/End: Original strand, 20617136 - 20617254
Alignment:
Q  11 agacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttct-tcaaacattcttttgtta 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||| ||||| ||    
T  20617136 agaccatcttctccttcaatacttagttgggatgcttcatacaaggcaatgagacctttcacatcctcaccatattttactctcaatgatt-ttttgcta 20617234  T
Q  110 cacttcaagctgtcaaataa 129  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  20617235 cacttcaagcagtcaaataa 20617254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0870 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 1)
Name: scaffold0870
Description:

Target: scaffold0870; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 217 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 4959 - 4562
Alignment:
Q  217 gtattaaacaaacctgcgtttacataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggctactcataaaatcaat-- 314  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||      
T  4959 gtattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagagttcatggctactcacaaaatcaatta 4860  T
Q  315 -aggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaa 413  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4859 taggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacatttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcgatcaa 4760  T
Q  414 ataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaa 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||    
T  4759 ataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaactttcttaaatatcaaagcttgtttgacatataaaacatcctaaaaatgtaaa 4660  T
Q  514 agtgcagattaatcagaacattgca---ataaaaacatattg----caaatttagaacaattgtatatatttgtacttcaattaaaatacttaccattct 606  Q
    |||||  ||| |||||||||||| |   ||||||  || |||     |||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4659 agtgc--attgatcagaacattgaaattataaaactatgttgtaaataaatttagaataactgtatatattggtatttcaattaaaatacttaccattct 4562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0889 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: scaffold0889
Description:

Target: scaffold0889; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 235 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 4737 - 4358
Alignment:
Q  235 tttacataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggctactcataaaatcaat---aggattggtgttcaata 331  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||    
T  4737 tttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagagttcatggctactcacaaaatcaattataggattggtgttcaata 4638  T
Q  332 tcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaaataaaaactctccatggg 431  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4637 tcaaatgcagattttcaagagccacatttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcgatcaaataaaaactctccatggg 4538  T
Q  432 atcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaa 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||  ||| |||||||    
T  4537 atcttcgattttaacaagtttcttataaactttcttaaatatcaaagcttgtttgacatataaaacatcctaaaaatgtaaaagtgc--attgatcagaa 4440  T
Q  532 cattgca---ataaaaacatattg----caaatttagaacaattgtatatatttgtacttcaattaaaatacttaccattct 606  Q
    ||||| |   ||||||  || |||     |||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4439 cattgaaattataaaactatgttgtaaataaatttagaataactgtatatattggtatttcaattaaaatacttaccattct 4358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 200 - 535
Target Start/End: Original strand, 24071637 - 24071972
Alignment:
Q  200 gcgcgtggagagggtacgtattaaacaaacctgcgtttacataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggct 299  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24071637 gcgcgtggagagggtacgttttaaacatacctgcatttacataatggcctccttgtctgagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggct 24071736  T
Q  300 actcataaaatcaataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttgg 399  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| || || ||| |||| |||||||||||  ||||| |||||    
T  24071737 actcacaaaatcaataggattggtgttcaatatcaaatgcaagttttcaagagccgctttgatctcgtcaacaaagtagtgttcaatgtcaaacttttgg 24071836  T
Q  400 ataatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcat 499  Q
    || ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  24071837 atgatatcgatcaaataaaaacactccatcggatcttcgattttaacaagtttctcataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacataagtaacat 24071936  T
Q  500 cctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacatt 535  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  24071937 cctgaaaatgtaaaagtgcatattgatcagaacatt 24071972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 24071382 - 24071572
Alignment:
Q  1 tacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacatt 100  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  24071382 tacatcgttaagatgatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtgtttcttcaaacatt 24071481  T
Q  101 cttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactcgcagtaatatatat 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24071482 cttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactacattactaactaaatactcccagtaatatatat 24071572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 24079354 - 24079220
Alignment:
Q  1 tacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacatt 100  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24079354 tacatcgttaagatgatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacatt 24079255  T
Q  101 cttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctac 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24079254 cttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctac 24079220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1029 (Bit Score: 170; Significance: 6e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold1029
Description:

Target: scaffold1029; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 376 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 3324 - 3089
Alignment:
Q  376 tagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatca 475  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3324 tagtgttcaatgccaaacctttggataatatcaatcaaataaaaactttccatcggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatca 3225  T
Q  476 aagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaaaacatattgcaaatttagaacaattgtatata 575  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||   |||||  |||||| |||||  ||||||||    
T  3224 aagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattgatcagtactttgaaataaa---atattttaaattt-gaacagctgtatata 3129  T
Q  576 tttgtacttcaattaaaatacttaccattctagaaattaa 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3128 tttgtacttcaattaaaatacttaccattctggaaattaa 3089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1033 (Bit Score: 128; Significance: 7e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold1033
Description:

Target: scaffold1033; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 430 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 3270 - 3089
Alignment:
Q  430 ggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcag 529  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3270 ggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattgatcag 3171  T
Q  530 aacattgcaataaaaacatattgcaaatttagaacaattgtatatatttgtacttcaattaaaatacttaccattctagaaattaa 615  Q
     || ||| ||||||   |||||  |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3170 tactttgaaataaa---atattttaaattt-gaacagctgtatatatttgtacttcaattaaaatacttaccattctggaaattaa 3089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 2601542 - 2601425
Alignment:
Q  16 atcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacattcttttgttacacttc 115  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || ||||| || |  ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||   |||  |||| |||||| || ||    
T  2601542 atcttctccctcaatacttagctgggaggcttcatacatagcaatgagactcttcacatcctcaccaaatttttcactaaaatttctcttgttaaacatc 2601443  T
Q  116 aagctgtcaaataaatct 133  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  2601442 aagctgtcaaatatatct 2601425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 2600881 - 2600819
Alignment:
Q  238 acataatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggcta 300  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||| || |||||||||||||    
T  2600881 acatagtggcctccttgtcttagcaagcgaaatgtaagcgcaacttcatggagttcatggcta 2600819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University