View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8810A_low_1 (Length: 758)
Name: NF8810A_low_1
Description: NF8810A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8810A_low_1 |
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| [»] chr8 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 758
Target Start/End: Original strand, 32853424 - 32854175
Alignment:
| Q |
8 |
atggacatcatgaatgaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaaca |
107 |
Q |
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32853424 |
atggacatcatgaatgaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaaca |
32853523 |
T |
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| Q |
108 |
tgagaagaataatttttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctgcagccactatctaaaaaccacatctcaccagattttt |
207 |
Q |
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| T |
32853524 |
tgagaagaataatttttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctgcagccactatctaaaaaccacatctcaccagattttt |
32853623 |
T |
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| Q |
208 |
gatcattaatcatagtggagaataacttatttgcatcatcttctgcagaaaaattaattccttttattctttcatcttattctttcttcttatgccaaca |
307 |
Q |
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32853624 |
gatcattaatcatagtagagaataacttatttgcatcatcttctgcagaaaaattaattccctttattctttcatcatcttctttcttcttatgccaaca |
32853723 |
T |
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| Q |
308 |
atctctacttgaatggttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatttcttgattcatgtcctgattttttgcaaa-taaagcaataagaatt |
406 |
Q |
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32853724 |
atctctacttgaatggttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgcaaaataaagcaataagaatt |
32853823 |
T |
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| Q |
407 |
agaattacctcgtatcctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctctgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttcct |
506 |
Q |
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| T |
32853824 |
agaattacctcgtatcctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctctgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttcct |
32853923 |
T |
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| Q |
507 |
tcttgccgcgagttggaactccggatattcatctttgcttgataaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttcta |
606 |
Q |
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| T |
32853924 |
tcttgtcgcgagttggaactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttcta |
32854023 |
T |
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| Q |
607 |
aggaacccatcaattcatattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatat |
706 |
Q |
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| T |
32854024 |
aggaacccatcagttcatattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatat |
32854123 |
T |
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| Q |
707 |
tttctcaaccactttcctttctggaacttgttctccacaacttttaatttga |
758 |
Q |
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32854124 |
tttctcaaccactttcctttctggaacttgttctccacaacttttaatttga |
32854175 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 687; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 758
Target Start/End: Original strand, 37176560 - 37177310
Alignment:
| Q |
8 |
atggacatcatgaatgaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaaca |
107 |
Q |
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| T |
37176560 |
atggacatcatgaatgaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaaca |
37176659 |
T |
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| Q |
108 |
tgagaagaataatttttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctgcagccactatctaaaaaccacatctcaccagattttt |
207 |
Q |
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| T |
37176660 |
tgagaagaataatttttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctacaaccactatctaaaaaccacatctcaccagattttt |
37176759 |
T |
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| Q |
208 |
gatcattaatcatagtggagaataacttatttgcatcatcttctgcagaaaaattaattccttttattctttcatcttattctttcttcttatgccaaca |
307 |
Q |
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37176760 |
tatcattaatcatagtagagaataacttatttgcatcatcttttgcagaaaaattaattccctttattctttcatcattttctttcttcttatgccaaca |
37176859 |
T |
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| Q |
308 |
atctctacttgaatggttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatttcttgattcatgtcctgattttttgcaaataaagcaataagaatta |
407 |
Q |
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| T |
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atctctacttgaatggttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgcaaataaagcaataagaatta |
37176959 |
T |
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| Q |
408 |
gaattacctcgtatcctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctctgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttcctt |
507 |
Q |
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| T |
37176960 |
gaattacctcgtatcctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctatgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttcctt |
37177059 |
T |
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| Q |
508 |
cttgccgcgagttggaactccggatattcatctttgcttgataaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttctaa |
607 |
Q |
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| T |
37177060 |
cttgtcgcgagttggaactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttctaa |
37177159 |
T |
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608 |
ggaacccatcaattcatattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatatt |
707 |
Q |
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ggaacccatcaatttatattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatatt |
37177259 |
T |
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| Q |
708 |
ttctcaaccactttcctttctggaacttgttctccacaacttttaatttga |
758 |
Q |
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| T |
37177260 |
ttctcaaccactttcttttctggaacttgttctccacaacttttaatttga |
37177310 |
T |
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