View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8810A_low_169 (Length: 262)

Name: NF8810A_low_169
Description: NF8810A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8810A_low_169
NF8810A_low_169
[»] chr7 (23 HSPs)
chr7 (6-256)||(21792118-21792369)
chr7 (4-242)||(21788334-21788573)
chr7 (9-242)||(21681760-21681994)
chr7 (17-239)||(15713741-15713964)
chr7 (9-239)||(21623303-21623534)
chr7 (76-242)||(21785584-21785750)
chr7 (12-242)||(21646856-21647091)
chr7 (76-242)||(21992360-21992526)
chr7 (76-241)||(21807970-21808135)
chr7 (9-242)||(21689523-21689757)
chr7 (82-242)||(21652253-21652413)
chr7 (9-239)||(21704753-21704984)
chr7 (9-242)||(21764172-21764406)
chr7 (13-241)||(21714297-21714526)
chr7 (11-242)||(21726008-21726240)
chr7 (11-242)||(21772073-21772305)
chr7 (12-242)||(21628238-21628469)
chr7 (76-239)||(21745710-21745873)
chr7 (76-239)||(21664276-21664442)
chr7 (9-52)||(21992292-21992335)
chr7 (9-51)||(21664208-21664250)
chr7 (13-49)||(21785520-21785556)
chr7 (9-37)||(21808175-21808203)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (113-243)||(25588-25718)
scaffold0182 (9-51)||(25420-25462)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (162-236)||(18192049-18192123)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 23)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 6 - 256
Target Start/End: Original strand, 21792118 - 21792369
Alignment:
Q  6 tggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaca-ctgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacat 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792118 tggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgataacat 21792217  T
Q  105 tgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttg 204  Q
    ||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21792218 tgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatattg 21792317  T
Q  205 ttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792318 ttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 4 - 242
Target Start/End: Original strand, 21788334 - 21788573
Alignment:
Q  4 tttggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatc-aaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 102  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21788334 tttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataac 21788433  T
Q  103 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 202  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  21788434 attgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatgt 21788533  T
Q  203 tgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788534 tgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 242
Target Start/End: Original strand, 21681760 - 21681994
Alignment:
Q  9 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaa-cactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| |||||||||||    
T  21681760 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgataacattga 21681859  T
Q  108 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 207  Q
    |||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  21681860 tgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatggatgttgttc 21681959  T
Q  208 gtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681960 gtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 15713741 - 15713964
Alignment:
Q  17 gagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaa-cactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15713741 gagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgataacattgatgaactga 15713840  T
Q  116 agggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatgg 215  Q
    || |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15713841 agtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatgg 15713940  T
Q  216 atgttctttgttgcatatcttgga 239  Q
    ||| |||||| |||||||||||||    
T  15713941 atgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 9 - 239
Target Start/End: Original strand, 21623303 - 21623534
Alignment:
Q  9 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaa-cactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||   ||   ||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  21623303 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttcagaaggatatgcacaacaagattgctgataatattga 21623402  T
Q  108 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 207  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  21623403 tgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctttggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttc 21623502  T
Q  208 gtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 239  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623503 gtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 76 - 242
Target Start/End: Original strand, 21785584 - 21785750
Alignment:
Q  76 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 175  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  21785584 gatctacacaaaaagattgccgataacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggta 21785683  T
Q  176 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785684 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 12 - 242
Target Start/End: Original strand, 21646856 - 21647091
Alignment:
Q  12 taggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaa-cactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatga 110  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  21646856 taggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagataacattgatga 21646955  T
Q  111 tctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtg 210  Q
     |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  21646956 actgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatattgttcgtg 21647055  T
Q  211 g----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    |    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647056 gatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 76 - 242
Target Start/End: Original strand, 21992360 - 21992526
Alignment:
Q  76 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 175  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |    
T  21992360 gatctacacaaaaagattatcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaa 21992459  T
Q  176 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992460 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 76 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 21808135 - 21807970
Alignment:
Q  76 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 175  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21808135 gatctacacaaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggta 21808036  T
Q  176 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 241  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808035 gccttgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 9 - 242
Target Start/End: Original strand, 21689523 - 21689757
Alignment:
Q  9 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaa-cactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  |||||||||||    
T  21689523 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattga 21689622  T
Q  108 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 207  Q
    | | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || |||||||||||     
T  21689623 taaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttg 21689722  T
Q  208 gtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689723 gtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 82 - 242
Target Start/End: Original strand, 21652253 - 21652413
Alignment:
Q  82 cacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcg 181  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  21652253 cacaaaaagattgccgataaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttg 21652352  T
Q  182 aagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652353 aagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 239
Target Start/End: Original strand, 21704753 - 21704984
Alignment:
Q  9 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatc-aaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| |||||||||||    
T  21704753 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagataacattga 21704852  T
Q  108 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 207  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  21704853 tgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtggatattgttc 21704952  T
Q  208 gtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 239  Q
     ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704953 atggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 242
Target Start/End: Original strand, 21764172 - 21764406
Alignment:
Q  9 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatc-aaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||   | || || ||| |||||||||| |||||||| ||    
T  21764172 agttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatccagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcga 21764271  T
Q  108 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 207  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  21764272 tgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctttcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttc 21764371  T
Q  208 gtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    ||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764372 gtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 241
Target Start/End: Original strand, 21714297 - 21714526
Alignment:
Q  13 aggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatc-aaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgat 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  21714297 aggagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaa 21714396  T
Q  112 ctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgg 211  Q
    |||||||||||||||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  21714397 ctgaagggtcattttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtgg 21714496  T
Q  212 atggatgttctttgttgcatatcttggaga 241  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  21714497 atggatgttctttgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 242
Target Start/End: Original strand, 21726008 - 21726240
Alignment:
Q  11 ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatc-aaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatg 109  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  21726008 ttagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataacattgatg 21726107  T
Q  110 atctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgt 209  Q
    | |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21726108 aactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgt 21726207  T
Q  210 ggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726208 ggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 242
Target Start/End: Original strand, 21772073 - 21772305
Alignment:
Q  11 ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatc-aaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatg 109  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  21772073 ttagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataacattgatg 21772172  T
Q  110 atctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgt 209  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  21772173 aactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgt 21772272  T
Q  210 ggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772273 ggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 242
Target Start/End: Original strand, 21628238 - 21628469
Alignment:
Q  12 taggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatc-aaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatga 110  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21628238 taggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgataacattgatga 21628337  T
Q  111 tctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtg 210  Q
     |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21628338 actgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtg 21628437  T
Q  211 gatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 242  Q
    |||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628438 gatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 76 - 239
Target Start/End: Original strand, 21745710 - 21745873
Alignment:
Q  76 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 175  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||       
T  21745710 gatctgcacaaaaagattgttgataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaat 21745809  T
Q  176 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 239  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745810 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 76 - 239
Target Start/End: Original strand, 21664276 - 21664442
Alignment:
Q  76 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttg 172  Q
    ||||| ||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21664276 gatctacacaaaaagatttttgataacatcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttg 21664375  T
Q  173 gtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 239  Q
    | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664376 gaagccttgaagaaaagctgtcgtggatattgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 52
Target Start/End: Original strand, 21992292 - 21992335
Alignment:
Q  9 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatc 52  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  21992292 agttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatc 21992335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 9 - 51
Target Start/End: Original strand, 21664208 - 21664250
Alignment:
Q  9 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacat 51  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21664208 agttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacat 21664250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 49
Target Start/End: Original strand, 21785520 - 21785556
Alignment:
Q  13 aggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatac 49  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  21785520 aggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatac 21785556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 37
Target Start/End: Complemental strand, 21808203 - 21808175
Alignment:
Q  9 agttaggagagaagtacaagcttatgtgg 37  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21808203 agttaggagagaagtacaagcttatgtgg 21808175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 9e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 113 - 243
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  113 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  213 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 243  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 51
Target Start/End: Original strand, 25420 - 25462
Alignment:
Q  9 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacat 51  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25420 agttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacat 25462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 162 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  162 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 236  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University