View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8810A_low_19 (Length: 440)
Name: NF8810A_low_19
Description: NF8810A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8810A_low_19 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 11592817 - 11592414
Alignment:
| Q |
22 |
gtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcatt |
121 |
Q |
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| T |
11592817 |
gtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcatt |
11592718 |
T |
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| Q |
122 |
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221 |
Q |
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| T |
11592717 |
agaaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatg |
11592618 |
T |
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| Q |
222 |
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321 |
Q |
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| T |
11592617 |
gagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgt |
11592518 |
T |
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| Q |
322 |
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421 |
Q |
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| T |
11592517 |
ctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttggg |
11592418 |
T |
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| Q |
422 |
tcat |
425 |
Q |
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| T |
11592417 |
tcat |
11592414 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 425
Target Start/End: Original strand, 11645302 - 11645705
Alignment:
| Q |
22 |
gtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcatt |
121 |
Q |
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| T |
11645302 |
gtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcatt |
11645401 |
T |
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| Q |
122 |
agaaaaagggaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatg |
221 |
Q |
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| T |
11645402 |
agaaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatg |
11645501 |
T |
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| Q |
222 |
gagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgt |
321 |
Q |
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| T |
11645502 |
gagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgt |
11645601 |
T |
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| Q |
322 |
ctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttggg |
421 |
Q |
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| T |
11645602 |
ctagggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttggg |
11645701 |
T |
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| Q |
422 |
tcat |
425 |
Q |
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| T |
11645702 |
tcat |
11645705 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 283
Target Start/End: Original strand, 37180796 - 37181056
Alignment:
| Q |
22 |
gtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcatt |
121 |
Q |
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| T |
37180796 |
gtaacaatgttgttgatgcagttgataatgttaaagagaaagtttatgataaagctaatgatgtttatgataatgttcaagattccacaaaagggtcatt |
37180895 |
T |
|
| Q |
122 |
agaaaaagg-gaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaat |
220 |
Q |
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| T |
37180896 |
ggaaaaaggaaaaaaaaatgggacaaacattgaaggaacatgttggt---aacgtgaccgagacataagacggtgtaaagaagtttgtgtcattatctat |
37180992 |
T |
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| Q |
221 |
ggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttatt-gggattttcaagtggttatggaat |
283 |
Q |
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| T |
37180993 |
ggagagagttgaatcattgacgaaagagttgaatttgttagggatttgcaagtggttatggaat |
37181056 |
T |
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