View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8819_high_1 (Length: 938)

Name: NF8819_high_1
Description: NF8819
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8819_high_1
NF8819_high_1
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (49-932)||(6089112-6089995)
chr7 (138-889)||(6106326-6107077)
chr7 (422-890)||(6208293-6208761)
chr7 (435-890)||(6237592-6238047)
chr7 (517-889)||(6213145-6213517)
chr7 (517-889)||(6247532-6247904)
chr7 (517-889)||(6180711-6181083)
chr7 (616-890)||(6234711-6234985)
chr7 (211-603)||(6094826-6095215)
chr7 (780-908)||(6094503-6094631)
chr7 (616-905)||(6101022-6101305)
chr7 (151-271)||(6181329-6181449)
chr7 (138-270)||(6208898-6209030)
chr7 (138-275)||(6248146-6248283)
chr7 (215-271)||(6101602-6101658)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 932
Target Start/End: Complemental strand, 6089995 - 6089112
Alignment:
Q  49 aactcttaaccctttgattcttgggtaaaagggtcctgataatctagagtaccaaatttacgttgtattgttttaactgttaaataatttaacatcacaa 148  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6089995 aactcttaacccttttattcttgggtaaaagggtcctggtaatctagagtaccaaatttacgttgtattgtttcaactgttaaataatttaacatcacaa 6089896  T
Q  149 aaacaatggaacaggtgtgaacaggagcggttgtaatagaagtgttttcggaaatgaggttaatcacttaaaacaattggtttttgatctagaatgtgag 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6089895 aaacaatggaacaggtgtgaacaggagcggttgtaatagaagtgtttttggaaatgaggttaatcacttaaaacaattggtttttgatctagaatgtgag 6089796  T
Q  249 gaaaatgatattacaaaacaacttcaacgattaaagtctcatggaaaaaagcgcaagcaagaagttgatatatggctagaagagttactagaaattaaag 348  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6089795 gaaaattatattacaaaacaacttcaacgattaaagtctcatggaaaaaagcgcaagcaagaagttgatatatggctagaagagttactagaaattaaag 6089696  T
Q  349 aaagagtggatgctatgaataacttgaatgacactcatgatatatatgagttgttcaaagatatgaaacgacacaaggaagaaaaacctctcactttgtc 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6089695 aaagagtggatgctatgaataacttgaatgacactcatgatatatatgagttattcaaagatatgaaacgacacaaggaagaaaaacctctcactttgtc 6089596  T
Q  449 gacagaatttgttgggaaagcattagactttaatatcaggaaagtgcttaaacttctagaggatgaccaagtttttgttattggtatatatggaatgggg 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6089595 gacagaatttgttgggaaagcattagactttaatatcaggaaagtgcttaaacttctagaggatgaccaagtttttgttattggtatatatggaatgggg 6089496  T
Q  549 ggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaagcacctttcatagatgtgttttgggttactgtttcccccaatttca 648  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6089495 ggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaaccacctttcatagatgtgttttgggttactgtttcccccaatttca 6089396  T
Q  649 aaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaaaattggagcagataacttgtcatcggcactgca 748  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6089395 aaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaaaattggagcagataacttgtcatcggcactgca 6089296  T
Q  749 gaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtgggaattcatacaaaagtgaatggtattaaagtaatt 848  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6089295 gaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtgggaattcatacaaaggtgaatggtattaaagtaatt 6089196  T
Q  849 ctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattgtatgccaaatcatatgataaatatgaaacctcttgatgatgtc 932  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6089195 ctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattgtatgccaaatcatatgataaatatgaaacctcttgatggtgtc 6089112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 138 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 6107077 - 6106326
Alignment:
Q  138 taacatcacaaaaacaatggaacaggtgtgaacaggagcggttgtaatagaagtgttttcggaaa-tgaggttaatcacttaaaacaattggtttttgat 236  Q
    |||||| ||||| | |||||| |||||||| || | |||||| |||| |||||| ||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  6107077 taacatgacaaacataatggatcaggtgtgcacggtagcggtggtaacagaagt-ttttctgaaagtgagattaatcaattaaaacaattggttattgat 6106979  T
Q  237 ctagaatgtgaggaaaatgatattacaaaacaacttcaacgattaaagtctcatggaaaaaagcgcaagcaagaagttgatatatggct-agaagagtta 335  Q
     || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||  ||||||  |||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||| | |||    
T  6106978 ttaaaatgtgaggaaaaagatattgcaaaacaacttcaatggttggagtctcggggaaaaaagcgcaaaccagaagttgatgtatggctgagaa-aatta 6106880  T
Q  336 ctagaaattaaagaaagagtggatgctatgaataacttgaatgacactcatgatatatatgagttgttcaaagatatgaaacgacacaaggaagaaaaac 435  Q
    ||||| || |||| |||  || ||| |||||||||||| ||||  |||| |||| ||| |||| || | ||| |||||||| |||||||| |||| ||||    
T  6106879 ctagatatgaaaggaagcatgtatgatatgaataacttaaatggaactcttgatgtatctgagctgataaaaaatatgaaaagacacaagaaagagaaac 6106780  T
Q  436 ctctcactttgtcgacagaatttgttgggaaagcattagactttaatatcaggaaagtgcttaaacttctagaggatgaccaagtttttgttattggtat 535  Q
    || | | ||||||||  ||||||||||||| |||||||||| || |||||  || |||  || |  ||||||| |||||| |||| ||||| ||||| ||    
T  6106779 ctataattttgtcgaatgaatttgttgggagagcattagaccttgatatccagagagtattttactttctagatgatgacaaagtctttgtaattggcat 6106680  T
Q  536 atatggaatggggggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaagcacctttcatagatgtgttttgggttactgtt 635  Q
    || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| || |||| |  |||||| ||||| | ||||||    
T  6106679 atgtggaatgggaggtgtgggaaaaactttacttgcaactctcgtggagaaggaaggaaaaaggaaaccaacttttaaggatgtgatttggatcactgtt 6106580  T
Q  636 tcccccaatttcaaaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaaaattggagcagataacttgt 735  Q
    || | ||||   |  |||| | || | ||||| ||||| ||||||||||| ||  |||||||||||| ||| ||||| | | || |||| || |||||||    
T  6106579 tctcacaatcatagcatctcaaaactccaacatgatatagcaaaaagaataggcttgaagcttgatgcagatgatgaaagagttagagctgacaacttgt 6106480  T
Q  736 catcggcactgcagaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtgggaattcatacaaaagtgaatgg 835  Q
    | |||| | || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  6106479 cttcggtattggagaaaaagggaaaatcaattcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaaggtaggaattcatccaaaagtgaatgg 6106380  T
Q  836 tattaaagtaattctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattg 889  Q
     |||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||| ||| | |||||| ||||    
T  6106379 cattaaagtgattctaacaacacgtttgaaacatgtatgtgaccagatgaattg 6106326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 422 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 6208761 - 6208293
Alignment:
Q  422 caaggaagaaaaacctctcactttgtcgacagaatttgttgggaaagcattagactttaatatcaggaaagtgcttaaacttctagaggatgaccaagtt 521  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||||||||  |||||| || ||||  ||||||||||||||||||  ||||     
T  6208761 caaggaagagaaacctctcactctatcgactgaatttgttgggaaacaattagacttacatatcaagagagtgtctaaacttctagaggatgataaagtg 6208662  T
Q  522 tttgttattggtatatatggaatggggggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaagcacctttcatagatgtgt 621  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||| |  |||||||    
T  6208661 tttgttgttggcatatgtggaatgggaggagtcggaaaaactttacttgcaactcttgtggagaatgaagtaaaaaggaaagcaagttttaaggatgtgt 6208562  T
Q  622 tttgggttactgtttcccccaatttcaaaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaaaattgg 721  Q
    ||||||| |||||||| | |||||  |  |||| | || ||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| |    
T  6208561 tttgggtcactgtttctcacaattatagcatctcaaaactgcaaaatgatatagcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaagacgatgaaagaattag 6208462  T
Q  722 agcagataacttgtcatcggcactgcagaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtgggaattcat 821  Q
    |||||| || |||||   |||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  6208461 agcagaaaatttgtctctggcattggagaaaaagggaaaatcaattcttattttggatgatgtttggaattatattgatttgcagaaggtgggaattcat 6208362  T
Q  822 acaaaagtgaatggtattaaagtaattctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattgt 890  Q
      |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  6208361 caaaaagtgaatggcattaaagtgattttgacaactcggttgaaacatgtatgtcaccagatggattgt 6208293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 435 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 6238047 - 6237592
Alignment:
Q  435 cctctcactttgtcgacagaatttgttgggaaagcattagactttaatatcaggaaagtgcttaaacttctagaggatgaccaagtttttgttattggta 534  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||||||  |||||||||  | |||| || ||||   ||||||||||||||| |  |||| ||||||||||| |    
T  6238047 cctctcactctatcgactgaatttgttgggaaacaattagacttacacatcaagagagtgtccaaacttctagaggataataaagtgtttgttattggca 6237948  T
Q  535 tatatggaatggggggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaagcacctttcatagatgtgttttgggttactgt 634  Q
    ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||| |||||    
T  6237947 tatgtggaatgggaggagtcggaaaaactttacttgcaactctcgtggagaatgaagtaaaaaggaaagcaacttttaaggatgtgttttgggtcactgt 6237848  T
Q  635 ttcccccaatttcaaaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaaaattggagcagataacttg 734  Q
    ||| | |||||  |  |||| | || ||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||| || |||    
T  6237847 ttctcacaattatagcatctcaaaactgcaacatgatatagcaaaaataataggtgtgaagcttgatgaagatgatgaaagaattagagcagaaaatttg 6237748  T
Q  735 tcatcggcactgcagaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtgggaattcatacaaaagtgaatg 834  Q
    || | |||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||  |||||||||||    
T  6237747 tctttggcattggagaaaaagggaaaatcaattcttattttggatgatgtttggaattatattgatttgcagaaggtgggaattcatcaaaaagtgaatg 6237648  T
Q  835 gtattaaagtaattctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattgt 890  Q
    | |||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  6237647 gcattaaagtgattttgacaactcggttgaaacatgtatgtcaccagatggattgt 6237592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 517 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 6213517 - 6213145
Alignment:
Q  517 aagtttttgttattggtatatatggaatggggggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaagcacctttcataga 616  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |   |    
T  6213517 aagtctttgtcattggcatatatggaatgggaggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtggaaaatgaagtaaaaaggaaagcaacttttaagca 6213418  T
Q  617 tgtgttttgggttactgtttcccccaatttcaaaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaaa 716  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||| ||  |||| | |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  6213417 tgtgttttgggtcactgtttctcacaattacagcatctcaaaattgcaacatgatattgcaaaaagaataggtgtgaagcttgatgaagatgatgaaaga 6213318  T
Q  717 attggagcagataacttgtcatcggcactgcagaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtgggaa 816  Q
    ||| ||||||| || ||||| | |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||    
T  6213317 attagagcagaaaatttgtctttggcattgaagaaaaagggaaaatcagttcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaagttgggaa 6213218  T
Q  817 ttcatacaaaagtgaatggtattaaagtaattctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattg 889  Q
    ||||| || |||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||| ||| | |||||||||||    
T  6213217 ttcatccagaagtaaatggcattaaagtgattttgacaactcgtttggaacatgtatgttaccagatggattg 6213145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 517 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 6247904 - 6247532
Alignment:
Q  517 aagtttttgttattggtatatatggaatggggggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaagcacctttcataga 616  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |   |    
T  6247904 aagtctttgtcattggcatatatggaatgggaggagtaggaaaaactttacatgcaactctcgtggagaatgaagtaaaaaggaaagcaacttttaagca 6247805  T
Q  617 tgtgttttgggttactgtttcccccaatttcaaaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaaa 716  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||||  |  |||||| || |||||||  |||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| |||    
T  6247804 tgtgttttgggtcactgtttctcacaattatagcatcttaaaactgcaacataatatagcaaaaagaataggcttgaagcttgatgaagatgatgaaaaa 6247705  T
Q  717 attggagcagataacttgtcatcggcactgcagaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtgggaa 816  Q
     || |||| || ||||| || | |||| || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  6247704 gttagagctgacaacttatctttggcattggagaaaaagggaaaatcaattcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgaagaaggtgggaa 6247605  T
Q  817 ttcatacaaaagtgaatggtattaaagtaattctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattg 889  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  6247604 ttcatccaaaagtaaatggcattaaagtgattctaacaactcgtttgaaacatgtatgtcaccagatggattg 6247532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 517 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 6181083 - 6180711
Alignment:
Q  517 aagtttttgttattggtatatatggaatggggggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaagcacctttcataga 616  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  ||    
T  6181083 aagtctttgtcattggcatatatggaatgggaggagtaggaaaaactttacttgcaactctcgtggagaatgaagtaaaaaggaaagcaacttttaagga 6180984  T
Q  617 tgtgttttgggttactgtttcccccaatttcaaaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaaa 716  Q
    |||||||||||| |||||||| |  ||||  |  |||| | || ||||||| |||||  |||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| |||    
T  6180983 tgtgttttgggtcactgtttctcaaaattatagcatctcaaaactgcaacatgatataacaaaaagaataggcttgaagcttgatgaagatgatgaaaaa 6180884  T
Q  717 attggagcagataacttgtcatcggcactgcagaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtgggaa 816  Q
     || |||| |  ||| |||| | |||| || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  6180883 gttagagctggcaacctgtctttggcattggagaaaaagggaaaatcaattcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgaagaaggtgggaa 6180784  T
Q  817 ttcatacaaaagtgaatggtattaaagtaattctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattg 889  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  6180783 ttcatccaaaagtaaatggcattaaagtgattctaacaactcgtttgaaacatgtatgtcaccagatggattg 6180711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 616 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 6234985 - 6234711
Alignment:
Q  616 atgtgttttgggttactgtttcccccaatttcaaaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaa 715  Q
    ||||||||||||| |||||||| | |||||  || |||| | |||||||||| ||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |     
T  6234985 atgtgttttgggtcactgtttctcacaattataacatctcaaaattgcaacatgatatagcacaaagaatagatgtgaagcttgatgaagatgatgaaag 6234886  T
Q  716 aattggagcagataacttgtcatcggcactgcagaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtggga 815  Q
    |||| ||||| | |  ||||| | |||| |  |||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  6234885 aattagagcaaaaattttgtctttggcatttgagaaaaaggggaaatcaattcttattttggatgatgtttggaaatatattgatttgcagaaggtggga 6234786  T
Q  816 attcatacaaaagtgaatggtattaaagtaattctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattgt 890  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  6234785 attcatccaaaagtgaatggcattaaagtgattttgacaactcggttgaaacatgtatgtcaccagatggattgt 6234711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 211 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 6095215 - 6094826
Alignment:
Q  211 atcacttaaaacaattggtttttgatctagaatgtgaggaaaatgatattacaaaacaacttcaacgattaaagtctcatggaaaaaagcgcaagcaaga 310  Q
    |||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||  ||  |||||   || | ||| ||||| | | |    
T  6095215 atcacttaaaacaactagttcttaatctagaatgtgaggaacatgatgttacagaacaactgcaactgttggagtctaggggcataaaacgcaaaccaaa 6095116  T
Q  311 agttgatatatggctagaagagttactagaaattaaagaaagagtggatgctatgaataacttgaatgacactcatgatatatatgagttgttcaaagat 410  Q
    |||||||  |||||| || ||  | | |||| | |||||| | ||||||| ||||||||| || ||||||| | | |   || || | ||| ||||||||    
T  6095115 agttgatgaatggctggaggaaatgcaagaattgaaagaatgtgtggatgatatgaataatttaaatgacattgagg---taaataaattgatcaaagat 6095019  T
Q  411 atgaaacgacacaaggaagaaaaacctctcactttgtcgacagaatttgttgggaaagcattagactttaatatcaggaaagtgcttaaacttctagagg 510  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||  || ||||| || | ||||||    ||||| | | |||||||||||    
T  6095018 atgaaacgacacaagaaagaaaagcctctcattttgtcgactgaatttgttggagaaacattatacataaatatcgaccaagtgttgagacttctagagg 6094919  T
Q  511 atgaccaagtttttgttattggtatatatggaatggggggagtgggaaaaactttacttgcaactctcgtcgagaatgaagtaaaaaggaaag 603  Q
    | ||| | || ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  6094918 aagacgatgtatttgttattggtatccatggaatgggaggagtgggaaaaactttacttgcaactcttgtggagaatgaagtaaaaaggaaag 6094826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 780 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 6094631 - 6094503
Alignment:
Q  780 gatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtgggaattcatacaaaagtgaatggtattaaagtaattctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaac 879  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||| |||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||      
T  6094631 gatgtttggaaatacattgatttgcaaaaggtgggaattcctctaaatgtgaatgtaattaaagtgattctaacaactcgtttgaaacatgtgtgtcacg 6094532  T
Q  880 agatggattgtatgccaaatcatatgata 908  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6094531 agatggattgtatgccagatcatatgata 6094503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 616 - 905
Target Start/End: Complemental strand, 6101305 - 6101022
Alignment:
Q  616 atgtgttttgggttactgtttcccccaatttcaaaatcttagaattgcaacacgatatcgcaaaaagaattggtgtgaagcttgatgaagacgatgagaa 715  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||  || || || |||| | |||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||| | ||||||||    
T  6101305 atgtggtttgggttactatttcccaaaagtttaacatctcaaaattgcaagatgatatcgcaaaaagaataggtgtaaagctcgacgaaaaagatgagaa 6101206  T
Q  716 aattggagcagataacttgtcatcggcactgcagaaaaagcgaaaatcagttattattttggatgatgtttggaaatacattgatttggaaaaggtggga 815  Q
     ||| ||| ||| ||  |||  ||| ||| | || ||||      |  |||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||  | || |  |||    
T  6101205 tattagagtagacaagctgtattcgacacagaaggaaaa------agtagttcttattttggatgatgtttggaggtacatcgattttcagaaagctgga 6101112  T
Q  816 attcatacaaaagtgaatggtattaaagtaattctgacaactcgtttgaaacttgtgtgtcaacagatggattgtatgccaaatcatatg 905  Q
    |||||  ||| |  |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||    
T  6101111 attcagccaagaacgaatggcattaaactcattctgacaactcgtttgaaacacgtgtgtcaacaaatggattttgtaccaaatcatatg 6101022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 6181449 - 6181329
Alignment:
Q  151 acaatggaacaggtgtgaacaggagcggttgtaatagaagtgttttcggaaatgaggttaatcacttaaaacaattggtttttgatctagaatgtgagga 250  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||  |  | |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||  |    
T  6181449 acaacggagcaggtgtgaacagtagcggttgtaacataagtgtttatgagagtgagattaatcaattaaaacaattggttattgatttggaatgtgataa 6181350  T
Q  251 aaatgatattacaaaacaact 271  Q
    ||| |||||| ||||||||||    
T  6181349 aaacgatattgcaaaacaact 6181329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 138 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 6209030 - 6208898
Alignment:
Q  138 taacatcacaaaaacaatggaacaggtgtgaacaggagcggttgtaatagaagtgttttcggaaatgaggttaatcacttaaaacaattggtttttgatc 237  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | |||| | |||| |||||||||| |  || |||| || ||||  |||||||| ||||| |||||     
T  6209030 taacatgacaaacacaatggagcaggtgtgaacggtagcgatggtaacagaagtgtttccaaaagtgagattgatcaaataaaacaaatggttcttgatt 6208931  T
Q  238 tagaatgtgaggaaaatgatattacaaaacaac 270  Q
    ||||||| |||||||||| |||| |||| ||||    
T  6208930 tagaatgcgaggaaaatgttattgcaaagcaac 6208898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 138 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 6248283 - 6248146
Alignment:
Q  138 taacatcacaaaaacaatggaacaggtgtgaacaggagcggttgtaatagaagtgttttcggaaatgaggttaatcacttaaaacaattggtttttgatc 237  Q
    |||||| ||||| ||||  || ||||| ||||||| |||||||| || | ||||||||  |  | |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||     
T  6248283 taacatgacaaacacaactgagcaggtatgaacagtagcggttgcaacataagtgtttatgagagtgagattaatcaattaaaacaattggttattgatt 6248184  T
Q  238 tagaatgtgaggaaaatgatattacaaaacaacttcaa 275  Q
    | ||| |||| ||||| |||||| |||||||||| |||    
T  6248183 tggaacgtgatgaaaacgatattgcaaaacaactgcaa 6248146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 215 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 6101658 - 6101602
Alignment:
Q  215 cttaaaacaattggtttttgatctagaatgtgaggaaaatgatattacaaaacaact 271  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||    
T  6101658 cttaaaagaagtggtttttgatctagaatatgagaaaaattatattataaaacaact 6101602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University