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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF8831_high_16 (Length: 203)
Name: NF8831_high_16
Description: NF8831
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8831_high_16 |
 | |
|
| [»] chr7 (6 HSPs) |
| |
|
| [»] chr4 (11 HSPs) |
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| [»] chr3 (3 HSPs) |
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| [»] chr8 (7 HSPs) |
| |
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| [»] chr2 (6 HSPs) |
| |
|
| [»] chr5 (6 HSPs) |
| |
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| [»] chr6 (2 HSPs) |
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| [»] scaffold0025 (3 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 10277538 - 10277353
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10277538 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
10277439 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10277438 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
10277353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 21 - 181
Target Start/End: Original strand, 15686900 - 15687060
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
| |
|
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|
| T |
15686900 |
gtcatattctatgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
15686999 |
T |
|
| Q |
121 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
15687000 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcaaatgattatattttg |
15687060 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 161
Target Start/End: Original strand, 10276943 - 10277083
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10276943 |
gtcatattctttgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
10277042 |
T |
|
| Q |
121 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataat |
161 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
10277043 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagttagatataat |
10277083 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 4718080 - 4717920
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |
|
|
| T |
4718080 |
tcagtcatattctataatttttatcatgccaatattatgatattgaaaagtaaactttaaatttaataaagatatattcattcttgatttgatcttc-tt |
4717982 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttc-gaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
4717981 |
gagattttgttgatatttttggttttgttgt---tagatataatcttctgaatgattatattttg |
4717920 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 15710473 - 15710386
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgat |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15710473 |
tcagtcatattctataatgtttattgtgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgat |
15710386 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 113 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 15710353 - 15710285
Alignment:
| Q |
113 |
tctttgagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15710353 |
tctttgagattttgttgatatttttggttttgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
15710285 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Original strand, 6633378 - 6633563
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6633378 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
6633477 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6633478 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
6633563 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Original strand, 46001372 - 46001557
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46001372 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
46001471 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
46001472 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgagactaactttctc |
46001557 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 33241994 - 33241831
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33241994 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
33241895 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33241894 |
gagattttgttgatatttttggttttgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
33241831 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 21 - 181
Target Start/End: Original strand, 10103228 - 10103388
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10103228 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaattaaattttgaatttaataaagatatattcataccttatttgatcttctttgag |
10103327 |
T |
|
| Q |
121 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10103328 |
attttgttgatatttttggttttgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
10103388 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 22 - 181
Target Start/End: Original strand, 15674065 - 15674224
Alignment:
| Q |
22 |
tcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgaga |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15674065 |
tcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgaga |
15674164 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15674165 |
ttttgttgatatttttggttttgctgtagcttgatataatcttcgaatgattatattttg |
15674224 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 15677829 - 15677666
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
15677829 |
tcagtcatattctatgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatatctgattagatcttcttt |
15677730 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15677729 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
15677666 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 31133552 - 31133395
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31133552 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtgaatactatgatacggaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
31133453 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattat |
175 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31133452 |
gagattttgttgatatttttggttttgttgtagctagatataatcttcgaatgattat |
31133395 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 22 - 181
Target Start/End: Original strand, 15679322 - 15679481
Alignment:
| Q |
22 |
tcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgaga |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15679322 |
tcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgaga |
15679421 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15679422 |
ttttgttgatatttttggttttgatataactagatataatcttcgaatgattatattttg |
15679481 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 46001967 - 46001827
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46001967 |
gtcatattctttgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
46001868 |
T |
|
| Q |
121 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataat |
161 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
46001867 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagttagatataat |
46001827 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 121; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 6633973 - 6633833
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6633973 |
gtcatattctttgttgtttattatgtcaatactgtgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
6633874 |
T |
|
| Q |
121 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataat |
161 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
6633873 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagttagatataat |
6633833 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 100
Target Start/End: Original strand, 33237478 - 33237560
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatac |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33237478 |
tcagtcatattctatgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaaataaattttgaatttaataaagatatattcatac |
33237560 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 1e-98; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 10311738 - 10311553
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10311738 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtaaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
10311639 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10311638 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
10311553 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 25608130 - 25607967
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25608130 |
tcagtcatattctatgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
25608031 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
25608030 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcaaatgattatattttg |
25607967 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 21 - 161
Target Start/End: Original strand, 10311143 - 10311283
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
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| T |
10311143 |
gtcatattctatgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgattttctttgag |
10311242 |
T |
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121 |
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161 |
Q |
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|
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| T |
10311243 |
attttgttgatatttttggtttcattgtagttagatataat |
10311283 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 3e-96; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 6202987 - 6202802
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
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| T |
6202987 |
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6202888 |
T |
|
| Q |
118 |
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203 |
Q |
| |
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| T |
6202887 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgagactaactttctc |
6202802 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 34759074 - 34758893
Alignment:
| Q |
22 |
tcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgaga |
121 |
Q |
| |
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| T |
34759074 |
tcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacttgatttgatcttctttgaga |
34758975 |
T |
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| Q |
122 |
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203 |
Q |
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| T |
34758974 |
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34758893 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 37292912 - 37292731
Alignment:
| Q |
22 |
tcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgaga |
121 |
Q |
| |
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| T |
37292912 |
tcatattttataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgaga |
37292813 |
T |
|
| Q |
122 |
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203 |
Q |
| |
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| T |
37292812 |
ttttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
37292731 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 161
Target Start/End: Original strand, 37292321 - 37292461
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
| |
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| T |
37292321 |
gtcatattctttgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
37292420 |
T |
|
| Q |
121 |
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161 |
Q |
| |
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| T |
37292421 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagttagatataat |
37292461 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 22 - 161
Target Start/End: Original strand, 6202393 - 6202532
Alignment:
| Q |
22 |
tcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgaga |
121 |
Q |
| |
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| T |
6202393 |
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6202492 |
T |
|
| Q |
122 |
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161 |
Q |
| |
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| T |
6202493 |
ttttgttgatatttttggtttcgttgtagttagatataat |
6202532 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 120
Target Start/End: Original strand, 34758775 - 34758874
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
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| T |
34758775 |
gtcatattctatgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
34758874 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 26989341 - 26989246
Alignment:
| Q |
15 |
acatcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgat |
110 |
Q |
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| T |
26989341 |
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26989246 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 173; Significance: 3e-93; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 37270909 - 37270725
Alignment:
| Q |
19 |
cagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttg |
118 |
Q |
| |
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| T |
37270909 |
cagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttg |
37270810 |
T |
|
| Q |
119 |
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203 |
Q |
| |
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|
| T |
37270809 |
agattttgttgatatttttggttttgttgtagctagatatcatcttcgaatgtttatattttgtaagggtgggactaactttctc |
37270725 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Original strand, 24340363 - 24340526
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
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| T |
24340363 |
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24340462 |
T |
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| Q |
118 |
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181 |
Q |
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| T |
24340463 |
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24340526 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 161
Target Start/End: Original strand, 37270315 - 37270455
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
| |
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| T |
37270315 |
gtcatattctatgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
37270414 |
T |
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| Q |
121 |
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161 |
Q |
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| T |
37270415 |
attttgttgatatttttggtttcgttgtagttagatataat |
37270455 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 2621672 - 2621508
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
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| T |
2621672 |
tcagtcatattctataatgcttatcatgccaataatatgatattgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
2621573 |
T |
|
| Q |
118 |
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181 |
Q |
| |
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| T |
2621572 |
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2621508 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 92 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 24344195 - 24344106
Alignment:
| Q |
92 |
tattcatacctgatttgatcttctttgagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
24344195 |
tattcatacctgatttgatcttctttgagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
24344106 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 41617841 - 41617680
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
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| T |
41617841 |
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41617745 |
T |
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| Q |
118 |
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181 |
Q |
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| T |
41617744 |
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41617680 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 3e-90; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 20 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 7485211 - 7485028
Alignment:
| Q |
20 |
agtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttga |
119 |
Q |
| |
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| T |
7485211 |
agtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatgtattcgtacctgatttgatcttctttga |
7485112 |
T |
|
| Q |
120 |
gattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
203 |
Q |
| |
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|
| T |
7485111 |
gattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatatcatcttcgaatgtttatattttgtaagggtgggactaactttctc |
7485028 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Original strand, 18530045 - 18530208
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
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| T |
18530045 |
tcagtcatattctataatgtttattttgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
18530144 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
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| T |
18530145 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctggatataatcttcgaatgattatattttg |
18530208 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Original strand, 22052809 - 22052972
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
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| T |
22052809 |
tcagtcatattctataatgttttttatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
22052908 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
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| T |
22052909 |
gagattttgttgatatttttggttttgttgtaactagatataatcttcgaatgattatattttg |
22052972 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 22056716 - 22056553
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
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| T |
22056716 |
tcagtcatattctatgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgaccttcttt |
22056617 |
T |
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| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
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| T |
22056616 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
22056553 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 12030744 - 12030581
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
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| T |
12030744 |
tcagtcatattctatgttgtttattatgtaaataatatgatactgaaaagtaaattttgcatttaataaagatatattcatacttgatttgatcttcttt |
12030645 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
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| T |
12030644 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
12030581 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 18533752 - 18533589
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
| |
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| T |
18533752 |
tcagtcatattctatgttgtttataatgtcaatattatgatactgaaaagaaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
18533653 |
T |
|
| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataatcttcgaatgattatattttg |
181 |
Q |
| |
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| T |
18533652 |
gagattttgttgatatttttggttttgttttagctggatataatcttcgaatgattatattttg |
18533589 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 151; Significance: 4e-80; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 22 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 29625390 - 29625209
Alignment:
| Q |
22 |
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120 |
Q |
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| T |
29625390 |
tcatattttataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacttgatttgatcttctttgaga |
29625291 |
T |
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| Q |
121 |
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203 |
Q |
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| T |
29625290 |
attttgttgatattttgggtttcgctgtagctagatat-atcttcgaatgattatattttgtaagggtgggactaactttctc |
29625209 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 120
Target Start/End: Original strand, 29625091 - 29625190
Alignment:
| Q |
21 |
gtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
120 |
Q |
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| T |
29625091 |
gtcatattctatgttgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttctttgag |
29625190 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0025 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 3)
Name: scaffold0025
Description:
Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Original strand, 6449 - 6612
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
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| T |
6449 |
tcagtcatattctatgttgtttattatgccaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
6548 |
T |
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| Q |
118 |
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181 |
Q |
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| T |
6549 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataattttcgaatgattatattttg |
6612 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0025; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 181
Target Start/End: Original strand, 7024 - 7187
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
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| T |
7024 |
tcagtcatattctatgttgtttattatgccaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
7123 |
T |
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| Q |
118 |
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181 |
Q |
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| T |
7124 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatataattttcgaatgattatattttg |
7187 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0025; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 10129 - 9989
Alignment:
| Q |
18 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacctgatttgatcttcttt |
117 |
Q |
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| T |
10129 |
tcagtcatattctataatgtttattatgtcaatactatgatactgaaaagtaaattttgaatttaataaagatatattcatacttgatttgatcttcttt |
10030 |
T |
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| Q |
118 |
gagattttgttgatatttttggtttcgttgtagctagatat |
158 |
Q |
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| T |
10029 |
gagattttgttgatatttttggttttgttgtagctagatat |
9989 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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