View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8839_low_1 (Length: 599)

Name: NF8839_low_1
Description: NF8839
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8839_low_1
NF8839_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-583)||(8524452-8525013)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-585)||(25521067-25521633)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (19-574)||(42125003-42125558)
chr5 (38-585)||(42130226-42130764)
chr5 (63-454)||(34230903-34231288)
chr5 (19-448)||(41711831-41712256)
chr5 (38-327)||(34238921-34239204)
chr5 (221-518)||(42118489-42118780)
chr5 (58-188)||(42118787-42118918)
chr5 (226-510)||(41570262-41570546)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (57-518)||(11119842-11120294)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-448)||(12249956-12250379)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 8525013 - 8524452
Alignment:
Q  19 tttccatcttgcttatattcaaaaactcaatctttctaacaataatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8525013 tttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacat 8524914  T
Q  119 cttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattaca 218  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| | ||||    
T  8524913 cttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctctctgggtcttatcaataca 8524814  T
Q  219 atttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagacc 318  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8524813 atttagtttggaaagagagcaccttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaaacttgagggagttgtttttggatgatacagatttgtcttcattaagacc 8524714  T
Q  319 aaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgt 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |   ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8524713 aaactccattgctttgctattcaaccaatcttcctctttggtcactcttaatcttgcagagacaagattaagcggaaaactgaaaagaagccttctttgt 8524614  T
Q  419 ttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgt 518  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||    
T  8524613 ttaccaggtattcaagaactagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaacttccagaattaagttgcaacacttctcttagaatcttggatctgt 8524514  T
Q  519 tttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctct 583  Q
       |||||  |||  | |||| |||||   | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8524513 caaattgtcaattccatggggaaattc---caatgtctttttctaacctaacacaccttacctct 8524452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 19 - 585
Target Start/End: Original strand, 25521067 - 25521633
Alignment:
Q  19 tttccatcttgcttatattcaaaaactcaatctttctaacaataatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacat 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||  |||||||| | |||||||||||||||  |||||| ||||||    
T  25521067 tttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatgatttcactggctcccattttcatgctaagtttggtgggtttcagagtcttacacat 25521166  T
Q  119 cttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattaca 218  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||| |  |||      
T  25521167 ctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactcaaatctcacacctttccaaattacaatcacttcatctttctgggtattttggttatg 25521266  T
Q  219 atttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagacc 318  Q
     |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||  ||||||| ||   |||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||    
T  25521267 ttttagtttggaaagagaccatcttaaagaggcttttgcaaaatgcaacaaatttacaggagttgtttttggattatacaaatatgtcttctataagacc 25521366  T
Q  319 aaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgt 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||  |||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||    
T  25521367 aaactccattgctttgcttttcaaccaatcttcctctttggttactctaaatcttaaatcaacaggattaagaggaaaattcaaaaggagcattctttgt 25521466  T
Q  419 ttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgt 518  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||| | ||||| || || ||||||||||||||||| ||  || |||    
T  25521467 ttaccaagtattcaagaaatagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaacttccggaattgagctgtagcacttctcttagaatattggatttgt 25521566  T
Q  519 tttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctctct 585  Q
        ||||  |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  25521567 cagcttgtggattcgaaggggaaattcctactatgtctttttctaaccttacatatcttacctctct 25521633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 19 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 42125558 - 42125003
Alignment:
Q  19 tttccatcttgcttatattcaaaaactcaatctttctaacaataatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacat 118  Q
    |||| |||||| | || |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||    
T  42125558 tttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctcttactctcattttcattctaagtttggtgggtttatgagtcttgcacat 42125459  T
Q  119 cttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcatta---ttatt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||     ||||     
T  42125458 cttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctttccaaattacaatcacttcatctctctggatataccggttatg 42125359  T
Q  216 acaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaag 315  Q
    |  | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  42125358 atcagttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaaatttgagggagctgtttttggataatacaaatatgtcttcaataag 42125259  T
Q  316 accaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctt 415  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||  ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  42125258 accaaactccattgctttgctcttcaaccaatcttcctctttggttactcttaatcttaaatcaacaggattaactggaaaactgaaaagaagcctactt 42125159  T
Q  416 tgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatc 515  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     ||| |||| |||||  ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| ||     
T  42125158 tgtttaccaagtattcaagagttagatatgtcatataatcacaaccttgaaggacaactaccagaattgagttgtagtacttctcttagaatattagatt 42125059  T
Q  516 tgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacat 574  Q
    | |    ||| ||||| ||||||| |||||   || |||||||||||||||| ||||||    
T  42125058 tttcacgttgctcattcaaaggggaaattc---ctttgtctttttctaacctcacacat 42125003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 38 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 42130764 - 42130226
Alignment:
Q  38 caaaaactcaatctttctaacaataatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtt 137  Q
    |||| |||||| |||||| ||||| |||||| || |||| |||||||||  |||||| |||| |||  |||||| ||||||||||||||||||  ||||     
T  42130764 caaacactcaacctttcttacaatgatttctttgactctcattttcattataagttttgtggatttcagagtcttacacatcttgacttgtctgatagta 42130665  T
Q  138 tctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagac 237  Q
     |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||   |  ||||| ||   ||| |||||||||||||    
T  42130664 acttagaaggtgaaattccaactcaaatctctcacctatccaaattacaatcacttcatctctctg---aaaattatgac---ttaatttggaaagagac 42130571  T
Q  238 caccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctg 337  Q
     ||||||||||| ||  |||||||  ||||| | ||  | ||| ||||||||||    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  42130570 taccttgaagaggctgttgcaaaatgcaacagatttacgagagctgtttttggactccacagatatgtcttcaataagaccaaactccattgctttgctc 42130471  T
Q  338 ttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaac 437  Q
     ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||   |  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  42130470 ctcaaccaatctttatctttagtcactcttaatcttcattacacaagattaagcggaaaactgaaaagaagccttatttgtttagcaagtattcaagagc 42130371  T
Q  438 tagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaagg 537  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| || || |||     ||| ||||  ||||    
T  42130370 tagatatgtcatataatgatgaacttcaaggccaacttccagaattgagttgtagcacttctcttagaatcatagatttgtcaggatgtgcattcgaagg 42130271  T
Q  538 ggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctctct 585  Q
    || |||||   |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42130270 ggaaattc---ctatgtatttttctaacctcacacatcttacctctct 42130226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 63 - 454
Target Start/End: Original strand, 34230903 - 34231288
Alignment:
Q  63 atttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactca 162  Q
    |||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||| ||| |||||||||  ||||    
T  34230903 atttctctggctcccattttcattctaagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtcttcttgtttctttcaagatgaaattccttctca 34231002  T
Q  163 aatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaac 262  Q
    ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||      || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34231003 aatctcggacctttccaaattacaatcacttcatctttctgggaatgat------aagttagtttggaaagagactaccttgaagagacttgtgcaaaac 34231096  T
Q  263 acaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggtta 362  Q
     ||||||  || |||||| ||||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||||||||    ||||| ||||| | ||||| |||| ||||||    
T  34231097 gcaacaagtttaagggagctgtttttggattatacagacatgtctttgataagaccaaactccataaacttgctcttcaatcgatctttctctctggtta 34231196  T
Q  363 ctcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataat 454  Q
    ||||||| ||| ||   |||   ||||| |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34231197 ctcttaatcttagagagacaatcttaagtggaaaattgaaaaagagcattctttgtttaccaagtattcaagagctagatatgtcatataat 34231288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Original strand, 41711831 - 41712256
Alignment:
Q  19 tttccatcttgcttatattcaaaaactcaatctttctaacaataatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacat 118  Q
    ||||||||||| | || | |||| |||||| |||||| ||||| ||||||||  |||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||    
T  41711831 tttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctcttactcccattttcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacat 41711930  T
Q  119 cttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattaca 218  Q
    |||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  | |||||           
T  41711931 cttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctctccaaattacaatcacttcatctctctcagaattat------g 41712024  T
Q  219 atttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaac--aaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaaga 316  Q
    | |||||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||| ||||  | | || ||  |  | ||||||||| | |||||| |||||||| ||| |    
T  41712025 aattagtttggaaagaaaccaccttaaataggcttatgcaaaacgcaactaatatttaagcaaactatttttggatgacacagatatgtcttcaataaaa 41712124  T
Q  317 ccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttcttt 416  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||| |  |||||||||||| ||||| || ||||  | | |||| |    
T  41712125 ccaaactccatggatttgctcttcaatcattcttccactttggtgactcttaatcttgcagatacaggattaagcggaaaccttaaaaataacattctct 41712224  T
Q  417 gtttaccaagtattcaagaactagatatgtca 448  Q
    | |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  41712225 gcttaccaggcattcaagaactagatatgtca 41712256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 38 - 327
Target Start/End: Original strand, 34238921 - 34239204
Alignment:
Q  38 caaaaactcaatctttctaacaataatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtt 137  Q
    |||| |||||| ||||||||||||  ||||| ||| || |||||| |||| ||||||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||  || |     
T  34238921 caaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctattttgattctaagtttggcaggtttacgagtcttacacatcttgacttgtctaatactc 34239020  T
Q  138 tctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagac 237  Q
       ||   |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |      ||||||||||||||||    
T  34239021 atgttggcggtgaaattccttctcaaatctcatacctttccaaattacaatcacttcatctttctgggcattatgagt------tagtttggaaagagac 34239114  T
Q  238 caccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccat 327  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||  || |||||| ||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||  ||||||||    
T  34239115 caccttaaagagacttgtgcaaaacgcaacaagtttaagggagctgtttttggattattcagatatgtcttctttaagacataactccat 34239204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 221 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 42118780 - 42118489
Alignment:
Q  221 ttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagattt----gtcttcattaaga 316  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |    ||||||| |||||    
T  42118780 ttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaaatttgagggagatgtttttggataatacaaatatatatgtcttcaataaga 42118681  T
Q  317 ccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttcttt 416  Q
    ||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  42118680 ccaaactc-------------ttcaaccaatcttcctctttggttactcttaatcttgcagagacaggattaagtggaaaactgaaaagaagcctacttt 42118594  T
Q  417 gtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagc------acttctcttagaatctt 510  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||   || | || |||| |||| | ||||||| |||||||||      |||||||||||||||||    
T  42118593 gtttaccaagcatggaagagctagatatgtcatttaa---tgaatttgaaggccaacatccagaattgagttgcagcaatactacttctcttagaatctt 42118497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 58 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 42118918 - 42118787
Alignment:
Q  58 caataatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtag-tttctttaaaggtgaaattcc 156  Q
    |||||||||||| |  |||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  42118918 caataatttctccgcttctcgttttcattctaagtttggtggttttttgagtcttacacatcttgacttgtctcatagttttctttaaaggtgaaattcc 42118819  T
Q  157 aactcaaatctcacacctttgcaaattacaat 188  Q
    |||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  42118818 aactcaaatctcacacttatccaaattacaat 42118787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 510
Target Start/End: Original strand, 41570262 - 41570546
Alignment:
Q  226 ttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactcc 325  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||   ||||| | ||||||| | |||||| || ||||| | |  |||||||      
T  41570262 ttggaaagaaaccactttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaattttgcaagagttatatttggatgaaacagatatgacttcaatcaacccaaacttg 41570361  T
Q  326 attgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaa 425  Q
     |   || | | |||||  |||||||||||||| ||| |||||  |||  |   ||||||||||| |||||   |||||  | | |||||||||||||||    
T  41570362 ttgaattcgatcttcaataaatcttcctctttgattagtcttagtcttcaaagaacaggattaagtggaaattggaaaaataacattctttgtttaccaa 41570461  T
Q  426 gtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatctt 510  Q
     ||||||||| |||||||||||| | |||  |   ||| |||| |||||| |||| || || || ||||||||||||||||||||    
T  41570462 atattcaagagctagatatgtcaaagaatgataaccttgaaggtcaacttccagatttgagctgtagcacttctcttagaatctt 41570546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 98; Significance: 6e-48; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 57 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 11120294 - 11119842
Alignment:
Q  57 acaataatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattcc 156  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||  ||||  | || | |||||||||||    
T  11120294 acaataatttctccggctctcgttttcattctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtcttatagtaacatttatggtgaaattcc 11120195  T
Q  157 aactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtg 256  Q
    ||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||| |||| |||||| ||          | ||||||| |||||||| ||||||||| |||||  ||    
T  11120194 aactcaaatctcatatctttccaaattacaatccctttatctctctgggaat---------gagttagttttgaaagagatcaccttgaacagactgctg 11120104  T
Q  257 caaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctt 356  Q
    |||||  ||||| | ||    ||| |||||||| |||  ||  || |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  11120103 caaaatgcaacagatttacaagagctgtttttgtatagaactaatatgtcttcaataagaccaaactcctttcctttgctcttcaaccaatcttcctctt 11120004  T
Q  357 tggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatct 456  Q
    ||||||  ||||  |||  |   || | |||||| || ||  ||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||     
T  11120003 tggttatacttagtcttaaagcaactgaattaagtgggaacttgaaaaataactttctttgtttaccaagtattcaagagctatatatgtcggataatcc 11119904  T
Q  457 tggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgt 518  Q
         || |||| |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  11119903 caactttgaaggccaacttccagaattgagttgcagcatttctcttagaatcttagatctgt 11119842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 19 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 12250379 - 12249956
Alignment:
Q  19 tttccatcttgcttatattcaaaaactcaatctttctaacaataatttctctggctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacat 118  Q
    |||| |||||||| || | |||| |||||| ||||||  |||| |||||||   |||  |||||||||| ||||||||||| || || | ||| ||||||    
T  12250379 tttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattttcattctaagtttggtggattctttaatcttacacat 12250280  T
Q  119 cttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattaca 218  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || | | ||| |           
T  12250279 cttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacctttccaaattagaatcacttcatctctccgagaatttt------g 12250186  T
Q  219 atttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagacc 318  Q
    ||||| |||||   || ||||| ||||||||  ||||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||  || | ||| |  |||||||| ||||||     
T  12250185 atttaatttggggggaaaccacgttgaagaggtttgtgcaaaatgcaacaaatttgagggagctatttttaaatcaaacaaacatgtcttcaataagact 12250086  T
Q  319 aaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaact-gaaaagaagccttctttg 417  Q
    |||||||||   ||| || |||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||  |||| |||||| |||||| |  |||||||  | ||||||    
T  12250085 aaactccataaattttctcttcaataaatcttcctatttggttactcttaatcttaaatcaacagaattaagtggaaaattaaaaaagaatgc-tctttg 12249987  T
Q  418 tttaccaagtattcaagaactagatatgtca 448  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12249986 tttgccaagtattcaagagctagacatgtca 12249956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University