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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8841_low_1 (Length: 630)
Name: NF8841_low_1
Description: NF8841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8841_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 610
Target Start/End: Original strand, 28129733 - 28130313
Alignment:
| Q |
31 |
aatgtatacgatgtcacgaattctactgatcccctaatcatgtatggcaaccaatacgaagaaggtgatgtttctcttgtccatgaaagtaagcttgaat |
130 |
Q |
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| T |
28129733 |
aatgtatatgatgtcacgaactctactgatcccctaatcatgtatggcaaccaatacgaagaaggtgatgtttctcttgtccatgaaagtaagcttgatt |
28129832 |
T |
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| Q |
131 |
ttggagatccatacaggaaacatcaaatgatatgtaggtaggttcttctggctactgtacattacattttctggaactga-tttcggcattttgtcagca |
229 |
Q |
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| T |
28129833 |
ttggagatccatacaggaaacatcaaatgatatgtaggtaggttcttctggctactgtacattacattttctggaactgactttcggcattttgtcagca |
28129932 |
T |
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| Q |
230 |
gaaagatgcttatgatcaaacttttgtacaggtatcaccagaaggcaccgccaaattggacagcactttctattgcaatcctattctttgtgatttttct |
329 |
Q |
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| T |
28129933 |
gaaagatgcttatgatcaaacttttgtacaggtatcaccagaaggcaccgccaaattggacagcactttctactgcaatcctattctttgtgattcttct |
28130032 |
T |
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| Q |
330 |
attaatcggttacattttatatggtgctgggaattatattgtcaaagtagaggatgatttccacgaaatgcaggagctaaaagttcgagcagaggcagac |
429 |
Q |
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| T |
28130033 |
attaatcggttacattttatatggtgctgggaattatattgtcaaagtagaggatgatttccacgaaatgcaggagctaaaagttcgagcagaggcagcc |
28130132 |
T |
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| Q |
430 |
gatgttgctaagtcacaggtacttttccttgacatgtcgttggcacttggcatatttcgatatttcctttgattacgcaacaataactaatactgaaatt |
529 |
Q |
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| T |
28130133 |
gatgttgctaagtcacaggtacttttccttgacatgtcgttggcacttggcatatttcgatattttctttgattacgcaacaataactaatactgaaatt |
28130232 |
T |
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| Q |
530 |
ttgttttttatgtcagtttctagctactgtctctcatgaaattagaatacctatgaatggcattttaggtaactccaagat |
610 |
Q |
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| T |
28130233 |
ttgttttttatgtcagtttctagctactgtctctcatgaaattagaacacctatgaatggcattttaggtaactccaagat |
28130313 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 521; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 44821890 - 44821301
Alignment:
| Q |
13 |
catcaagcaattttggtcaatgtatacgatgtcacgaattctactgatcccctaatcatgtatggcaaccaatacgaagaaggtgatgtttctcttgtcc |
112 |
Q |
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| T |
44821890 |
catcaagcaattttggtcaatgtatatgatgtcacgaactcttctgatcccctaatcatgtatggcaaccaatacgaagaaggtgatgtttctcttgtcc |
44821791 |
T |
|
| Q |
113 |
atgaaagtaagcttgaatttggagatccatacaggaaacatcaaatgatatgtaggtaggttcttctggctactgtacattacattttctggaactga-t |
211 |
Q |
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| T |
44821790 |
atgaaagtaagcttgattttggagatccatacaggaaacatcaaatgatatgtaggtaggttcttctggctactgtacattacattttctggaactgact |
44821691 |
T |
|
| Q |
212 |
ttcggcattttgtcagcagaaagatgcttatgatcaaacttttgtacaggtatcaccagaaggcaccgccaaattggacagcactttctattgcaatcct |
311 |
Q |
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| T |
44821690 |
ttcggcattttgtcagcagaaagatgcttatgatcaaacttttgtacaggtatcaccagaaggcaccgccaaattggacagcactttctactgcaatcct |
44821591 |
T |
|
| Q |
312 |
attctttgtgatttttctattaatcggttacattttatatggtgctgggaattatattgtcaaagtagaggatgatttccacgaaatgcaggagctaaaa |
411 |
Q |
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| T |
44821590 |
attctttgtgattcttcttttaatcggttacattttatatggtgctgggaatcatattgtcaaagtagaggatgatttccacgaaatgcaggagctaaaa |
44821491 |
T |
|
| Q |
412 |
gttcgagcagaggcagacgatgttgctaagtcacaggtacttttccttgacatgtcgttggcacttggcatatttcgatatttcctttgattacgcaaca |
511 |
Q |
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|
| T |
44821490 |
gttcgagcagaggcagccgatgttgccaagtcacaggtacttttccttgacatgtcgttggcacttggcatatttcgatatttcctttgattacgcaaca |
44821391 |
T |
|
| Q |
512 |
ataactaatactgaaattttgttttttatgtcagtttctagctactgtctctcatgaaattagaatacctatgaatggcattttaggtaact |
603 |
Q |
| |
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| T |
44821390 |
ataactaatactgaaattt--ttgtttttgtcagtttctagctactgtctctcatgaaattagaacacctatgaatggcattttaggtaact |
44821301 |
T |
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