View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8846_high_11 (Length: 234)

Name: NF8846_high_11
Description: NF8846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8846_high_11
NF8846_high_11
[»] chr8 (27 HSPs)
chr8 (15-221)||(7744369-7744575)
chr8 (15-221)||(27691846-27692052)
chr8 (15-211)||(42942484-42942680)
chr8 (15-181)||(38547947-38548113)
chr8 (15-211)||(8609045-8609241)
chr8 (15-211)||(41041822-41042018)
chr8 (15-211)||(33708048-33708244)
chr8 (15-221)||(9672413-9672621)
chr8 (15-182)||(13107611-13107778)
chr8 (15-182)||(22272978-22273145)
chr8 (15-151)||(26239680-26239816)
chr8 (16-182)||(40338919-40339085)
chr8 (15-165)||(41824909-41825059)
chr8 (16-211)||(13283086-13283276)
chr8 (15-211)||(13485351-13485542)
chr8 (15-182)||(29237914-29238080)
chr8 (15-182)||(35510136-35510302)
chr8 (15-182)||(600863-601029)
chr8 (15-182)||(33761697-33761863)
chr8 (15-102)||(5037235-5037322)
chr8 (15-182)||(15307013-15307178)
chr8 (15-182)||(15487382-15487547)
chr8 (15-101)||(3152777-3152863)
chr8 (14-150)||(27405380-27405515)
chr8 (118-211)||(5037149-5037242)
chr8 (15-97)||(11720615-11720697)
chr8 (15-92)||(9186179-9186256)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (15-221)||(7050439-7050645)
chr6 (15-211)||(20524076-20524273)
chr6 (15-211)||(11355899-11356095)
chr6 (15-211)||(32438318-32438515)
chr6 (45-221)||(6900166-6900342)
chr6 (15-221)||(10569081-10569286)
chr6 (15-182)||(7372221-7372387)
chr6 (15-143)||(18644031-18644159)
chr6 (15-100)||(32517672-32517757)
chr6 (108-221)||(21091574-21091687)
chr6 (118-181)||(32517613-32517677)
chr6 (15-61)||(33268109-33268155)
chr6 (15-52)||(6901999-6902036)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (15-221)||(54386821-54387027)
chr4 (15-221)||(48645985-48646189)
chr4 (15-221)||(2692524-2692729)
chr4 (15-211)||(35402906-35403102)
chr4 (15-211)||(42981310-42981506)
chr4 (15-211)||(49523822-49524018)
chr4 (16-214)||(11602364-11602562)
chr4 (15-179)||(41760965-41761129)
chr4 (15-211)||(43520128-43520324)
chr4 (15-180)||(11255168-11255333)
chr4 (15-182)||(51012646-51012813)
chr4 (15-211)||(41782212-41782408)
chr4 (25-182)||(52867416-52867562)
chr4 (15-182)||(319900-320066)
chr4 (15-182)||(4172740-4172906)
chr4 (15-182)||(33265305-33265471)
chr4 (15-182)||(43507948-43508114)
chr4 (16-113)||(11640838-11640935)
chr4 (14-150)||(834292-834427)
chr4 (26-150)||(5438536-5438659)
[»] chr3 (28 HSPs)
chr3 (15-221)||(42280188-42280394)
chr3 (15-221)||(30599445-30599651)
chr3 (15-221)||(48830062-48830268)
chr3 (15-221)||(51685292-51685497)
chr3 (15-182)||(46113206-46113373)
chr3 (16-211)||(43765830-43766026)
chr3 (15-221)||(44794899-44795105)
chr3 (15-182)||(2660953-2661120)
chr3 (15-180)||(23292407-23292572)
chr3 (15-211)||(21349404-21349600)
chr3 (15-211)||(27898352-27898548)
chr3 (15-181)||(41978468-41978634)
chr3 (15-221)||(610292-610500)
chr3 (15-211)||(2377706-2377902)
chr3 (15-211)||(7884131-7884327)
chr3 (15-211)||(17516020-17516216)
chr3 (15-211)||(44275454-44275650)
chr3 (15-169)||(2225410-2225562)
chr3 (15-181)||(35904963-35905132)
chr3 (15-182)||(46198459-46198625)
chr3 (36-181)||(53190118-53190266)
chr3 (15-182)||(54899152-54899339)
chr3 (15-182)||(38192511-38192677)
chr3 (15-182)||(46309731-46309897)
chr3 (15-182)||(46609776-46609942)
chr3 (15-182)||(53093251-53093417)
chr3 (15-182)||(24845613-24845769)
chr3 (141-182)||(24845543-24845584)
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (15-209)||(38550508-38550702)
chr7 (15-211)||(38473362-38473557)
chr7 (15-221)||(37114766-37114972)
chr7 (19-182)||(29995758-29995921)
chr7 (15-211)||(45360027-45360223)
chr7 (15-181)||(6604245-6604411)
chr7 (15-211)||(27665284-27665479)
chr7 (15-182)||(23905490-23905657)
chr7 (15-181)||(48851561-48851727)
chr7 (19-211)||(39858484-39858676)
chr7 (15-210)||(22154591-22154786)
chr7 (15-210)||(22210506-22210701)
chr7 (15-182)||(37792272-37792439)
chr7 (15-211)||(13168773-13168969)
chr7 (15-180)||(35692588-35692753)
chr7 (15-211)||(34776199-34776395)
chr7 (15-211)||(46438748-46438944)
chr7 (15-182)||(47385453-47385615)
chr7 (15-168)||(24227659-24227812)
chr7 (15-178)||(35402598-35402760)
chr7 (115-211)||(30939747-30939843)
chr7 (66-182)||(66801-66915)
chr7 (15-116)||(48310748-48310850)
chr7 (15-70)||(69032-69087)
chr7 (15-92)||(13035621-13035698)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (15-219)||(107823-108027)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (15-211)||(24540429-24540625)
chr5 (15-182)||(8540390-8540557)
chr5 (15-211)||(30464875-30465071)
chr5 (14-181)||(7268565-7268732)
chr5 (15-211)||(32135072-32135268)
chr5 (15-209)||(2853506-2853700)
chr5 (18-211)||(12800618-12800811)
chr5 (14-211)||(28821070-28821267)
chr5 (18-211)||(12737795-12737988)
chr5 (15-211)||(2180465-2180660)
chr5 (15-168)||(21841734-21841887)
chr5 (14-150)||(42472720-42472855)
chr5 (15-76)||(41494680-41494741)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (15-181)||(3012691-3012857)
chr1 (15-221)||(15105126-15105332)
chr1 (15-211)||(2870289-2870485)
chr1 (15-211)||(6817954-6818150)
chr1 (15-211)||(26224791-26224987)
chr1 (15-182)||(51895403-51895570)
chr1 (15-221)||(46582826-46583032)
chr1 (15-211)||(31237744-31237940)
chr1 (15-181)||(34777375-34777541)
chr1 (15-218)||(52642874-52643074)
chr1 (15-181)||(4855204-4855370)
chr1 (15-182)||(27088006-27088174)
chr1 (16-211)||(33600391-33600585)
chr1 (15-179)||(50555340-50555505)
chr1 (15-182)||(8168569-8168735)
chr1 (15-100)||(25277613-25277698)
chr1 (15-100)||(37345137-37345222)
chr1 (15-100)||(45045741-45045826)
chr1 (118-182)||(45045821-45045886)
chr1 (118-181)||(25277693-25277757)
chr1 (118-181)||(37345078-37345142)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (16-221)||(14388341-14388546)
chr2 (15-211)||(17696916-17697112)
chr2 (15-211)||(39455869-39456064)
chr2 (15-182)||(39664019-39664186)
chr2 (15-182)||(6798244-6798411)
chr2 (19-211)||(19907521-19907713)
chr2 (15-211)||(40560934-40561130)
chr2 (16-180)||(44708996-44709160)
chr2 (15-182)||(16763684-16763851)
chr2 (15-151)||(2767683-2767819)
chr2 (68-182)||(42518524-42518638)
chr2 (14-181)||(6784526-6784692)
chr2 (15-175)||(24206779-24206938)
chr2 (55-113)||(37646222-37646281)
chr2 (141-182)||(37646100-37646141)
[»] scaffold0058 (2 HSPs)
scaffold0058 (15-211)||(3994-4190)
scaffold0058 (15-211)||(5166-5362)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (15-211)||(252-448)
[»] scaffold0564 (1 HSPs)
scaffold0564 (15-211)||(8960-9155)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 166; Significance: 5e-89; HSPs: 27)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 7744369 - 7744575
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7744369 catcaaataagtccttgaattttcacatcatatttcacttttattcttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 7744468  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  7744469 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagttat 7744568  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  7744569 ttgatgt 7744575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27692052 - 27691846
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27692052 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 27691953  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||| |||||| | ||    
T  27691952 ataaaaagacagacattttcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagtcatcaaatcat 27691853  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  27691852 ttgatgt 27691846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 42942680 - 42942484
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42942680 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatccttggtgcatacatttgttgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 42942581  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  42942580 atcaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccagaaaaataacattacatagccatcaagt 42942484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 38548113 - 38547947
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38548113 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 38548014  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  38548013 ataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagc 38547947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 8609045 - 8609241
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8609045 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 8609144  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||       ||||||||||||| ||||||||    
T  8609145 ataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatctatttgatgttcataagtcactacatagcccaaaaaataacattacatagtcatcaagt 8609241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 41041822 - 41042018
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41041822 catcaaataggtccttgaattttcacaacagataccattgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 41041921  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||       | ||||||||||||||||||||    
T  41041922 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatctgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaattacattacatagccatcaagt 41042018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 33708048 - 33708244
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  33708048 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgttccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagatagacactttgatt 33708147  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |       ||||||||||||||||||||||    
T  33708148 ataaaaagacagacattttcatatcatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacataggcaaaaaaataacattacatagccatcaagt 33708244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 9672413 - 9672621
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  9672413 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaactaaaaagtaaaagacagacactttgatt 9672512  T
Q  115 gtaaaaagacagacat---ttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    ||||||||||||||||   ||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||  ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  9672513 gtaaaaagacagacatttgttgcatatcatcataaat-atatatttgatgttcataaatcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 9672611  T
Q  212 tatttgatgt 221  Q
     |||| ||||    
T  9672612 catttaatgt 9672621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 13107611 - 13107778
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13107611 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 13107710  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||    
T  13107711 ataaaaagacacacatttgcctaccatcataagtcatatatttgatgttcaaaagtcactacatagcc 13107778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 22273145 - 22272978
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22273145 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatctttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 22273046  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22273045 ataaagagacaggcaattgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagcc 22272978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 15 - 151
Target Start/End: Original strand, 26239680 - 26239816
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26239680 catcaaataagtcattgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctcaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 26239779  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcat 151  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26239780 gtaaaaagaaagacatttgcataccatcataagtcat 26239816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 182
Target Start/End: Original strand, 40338919 - 40339085
Alignment:
Q  16 atcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattg 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  40338919 atcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttgttgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatta 40339018  T
Q  116 taaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||||||    
T  40339019 taaaaagacatacatttgcataccatcataactcatatatttgatgttcataattaattacatagcc 40339085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Original strand, 41824909 - 41825059
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  41824909 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcaccgtgatgcttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagatatacactgtgatt 41825008  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttca 165  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  41825009 gtaaaaagccagacatttgcataccatcataaatcatgcatttaatgttca 41825059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 13283276 - 13283086
Alignment:
Q  16 atcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattg 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||     ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  13283276 atcaaataggtccttgaattttcaca-----tatcactgtgatccttggtgcatacatttgctcaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatta 13283182  T
Q  116 taaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||       ||| ||||||||||||||||||    
T  13283181 taaaaagacacacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagccaaaaaaataaaattacatagccatcaagt 13283086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 13485351 - 13485542
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||    |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  13485351 catcaaataggtccttcaattttcacaacagatatcactgtgatccttgaggcatacatttgctgaa----gtaaaaagtagaagacaaacactttgatt 13485446  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  13485447 ataaaaa-acagacatttgcataccatcataaatcatatatttgatgttcataagtgattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 13485542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 29238080 - 29237914
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||| | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29238080 catcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcatttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 29237981  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  29237980 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 29237914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 35510302 - 35510136
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  35510302 catcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtggtcctttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 35510203  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  35510202 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 35510136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 600863 - 601029
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||| | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  600863 catcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcctttgtgcatacatttgctgaataaagtaaaaagtaaaagagaaacactttgatt 600962  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| |||||  |||||||||||    
T  600963 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagttattacatagcc 601029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 33761697 - 33761863
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||| ||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  33761697 catcaaattggtcattgaattatcataacagatatcaatgtgatcctttgtgcatacatttgctaaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 33761796  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     ||||| |||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  33761797 ataaaaggacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 33761863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 5037322 - 5037235
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaca 102  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5037322 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatccttggtgcatacatttgttgaacaaagtaaaaagtaaaagaca 5037235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 15307178 - 15307013
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||| | ||||| || || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  15307178 catcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcatttgtacatatatttgctgaacaaagtaaaa-gtaaaagacaaacactttgatt 15307080  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  15307079 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 15307013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 15487547 - 15487382
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||| | ||||| || || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  15487547 catcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcatttgtacatatatttgctgaacaaagtaaaa-gtaaaagacaaacactttgatt 15487449  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  15487448 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 15487382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 101
Target Start/End: Original strand, 3152777 - 3152863
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagac 101  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  3152777 catcaaatcagttcttgaattttcacaacataaatcaatgtgatccttggtgcatacatctactgaacaaagtaaaaagtaaaagac 3152863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 150
Target Start/End: Original strand, 27405380 - 27405515
Alignment:
Q  14 acatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgat 113  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||| | |||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27405380 acatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcctttggacatacatttgctgaacaaagaaaaaa-taaaagacaaacactttgat 27405478  T
Q  114 tgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtca 150  Q
    | |||||||||| ||||||||||   |||||||||||    
T  27405479 tataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 27405515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 118 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 5037242 - 5037149
Alignment:
Q  118 aaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  5037242 aaaagacagacatttgtataccatcataagtcatatatttgatgtttataagtcactacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 5037149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 15 - 97
Target Start/End: Original strand, 11720615 - 11720697
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaa 97  Q
    ||||||||||||||||||| |||   || ||||  || | |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  11720615 catcaaataagtccttgaagtttttaaaaatatgacaatgtgatccttggtgcatatatgtgttgaacaaagtaaaaagtaaa 11720697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 15 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 9186256 - 9186179
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaa 92  Q
    ||||||||||||||||||||| |   | ||||||||| | |||||||||  ||||| || ||| ||||||||||||||    
T  9186256 catcaaataagtccttgaattatttaatcatatatcaatttgatccttgaagcatatatgtgcagaacaaagtaaaaa 9186179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 7050645 - 7050439
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7050645 catcaaataagtcattgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 7050546  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||| ||    
T  7050545 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagtcat 7050446  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  7050445 ttgatgt 7050439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 20524273 - 20524076
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20524273 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 20524174  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc-nnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  20524173 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaaataacattacatagccatcaagt 20524076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 11356095 - 11355899
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11356095 catcaaacaggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 11355996  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       || |||||||||||||||||||    
T  11355995 ataaaaagacagacatttgcataccatcattagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaacaaatatcattacatagccatcaagt 11355899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 32438318 - 32438515
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32438318 catcaaataggtccttgaattttcacaatagatatcactatgatccttggtccatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 32438417  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc-nnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  32438418 ataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagccaaaaaaaataacattacatagccatcaagt 32438515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 45 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6900342 - 6900166
Alignment:
Q  45 tatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcat 144  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  6900342 tatatcactgtgatccttggttcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaggacagacatttgcataccattat 6900243  T
Q  145 aagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttatttgatgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  6900242 aagtcatacatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacgtagccatcaagtcatttgatgt 6900166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10569286 - 10569081
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  10569286 catcaaataagtccttgaattttca--acatatatcattgtgatccttggtgcatacatttgctaaacaaagtaaaaagtaaaaaacagacactttgatt 10569189  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc-nnnnnnntaacattacatagccatcaagtta 213  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |    
T  10569188 gtaaaaagatagacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgttcataactcattacatagccaaaaaaaataacattacatagccatcaagtca 10569089  T
Q  214 tttgatgt 221  Q
    ||||||||    
T  10569088 tttgatgt 10569081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 7372221 - 7372387
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7372221 catcaaataggtccttgaattttcacaatcga-atcactgtgatccttggtgcatacatttgttgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 7372319  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7372320 ataaaaagacagacattttcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagcc 7372387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 18644159 - 18644031
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18644159 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 18644060  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatca 143  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18644059 ataaaaagacacacatttgcataccatca 18644031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 32517757 - 32517672
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 100  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32517757 catcaaatagttccttgaattttcacaacagacatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 32517672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 108 - 221
Target Start/End: Original strand, 21091574 - 21091687
Alignment:
Q  108 tttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatc 207  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||        ||||||| |||||||||    
T  21091574 tttgaatgtaaaaatacagacatttgcatattttcataagtcataaatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaagaacattagatagccatc 21091673  T
Q  208 aagttatttgatgt 221  Q
    |||| |||||||||    
T  21091674 aagtcatttgatgt 21091687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 32517677 - 32517613
Alignment:
Q  118 aaaagacagacattt-gcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32517677 aaaagatagacattttgtataccatcataagtcatatatttgatgttcataagccattacatagc 32517613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 61
Target Start/End: Original strand, 33268109 - 33268155
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatcct 61  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  33268109 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcaatgtgatcct 33268155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 6902036 - 6901999
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcac 52  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6902036 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcac 6901999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 54387027 - 54386821
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54387027 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgcaattcttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 54386928  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       ||||| |||||||||||||||| ||    
T  54386927 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacactacatagccatcaagtcat 54386828  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  54386827 ttgatgt 54386821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 48645985 - 48646189
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  48645985 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaataaagtaaaaagtaaaagacaaatactttgatt 48646084  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||| ||    
T  48646085 gtaaaaag--agacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagtcat 48646182  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  48646183 ttgatgt 48646189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 2692524 - 2692729
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2692524 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcattgtgatccttggttcatacatttgttgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 2692623  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||        ||| ||||||||||||||||| ||    
T  2692624 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagtcattacatggccaaaaaaagaac-ttacatagccatcaagtcat 2692722  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  2692723 ttgatgt 2692729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 35402906 - 35403102
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  35402906 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaacgacagacactttgatt 35403005  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  35403006 ataaaaagacaaacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 35403102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 42981506 - 42981310
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42981506 catcaaataggtccttgaattttcacaacaggtatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 42981407  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |       ||||||||||||||||||||||    
T  42981406 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagtcaaaaaaataacattacatagccatcaagt 42981310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 49524018 - 49523822
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49524018 catcaaataggtccttgaattttcacaacaaatataactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 49523919  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||    
T  49523918 ataaaaacacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagtcatcaagt 49523822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 11602562 - 11602364
Alignment:
Q  16 atcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattg 115  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11602562 atcaaataagtcgttcaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatctgctaaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattg 11602463  T
Q  116 taaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||        ||||||||||| ||||||||||||    
T  11602462 taaaaagacagacatttgcataccatcataagtcacacatttgatgttcataagtcatttcttagccaaaaaaagaacattacatatccatcaagttat 11602364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 179
Target Start/End: Original strand, 41760965 - 41761129
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41760965 catcaaataggtccttgaattttcataccagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 41761064  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacata 179  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  41761065 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacata 41761129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 43520324 - 43520128
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43520324 catcaaatagatccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 43520225  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||    
T  43520224 ataaaaagacagacattttcataccatcataagtcatatatttgatgctcatgagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagtcatcaagt 43520128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 15 - 180
Target Start/End: Original strand, 11255168 - 11255333
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11255168 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcattagtgcatacatttgctgagcaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 11255267  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatag 180  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  11255268 ataaaaagacagatatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatag 11255333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 51012813 - 51012646
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  51012813 catcaaataggtccttaaattttcacaacagatattactgcgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 51012714  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||    
T  51012713 ataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagcc 51012646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 41782408 - 41782212
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41782408 catcaaattggtccttgatttttcacaacagatatcaccgtgatccttggtgcatacatttgctaaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 41782309  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||| ||||||||||||    
T  41782308 ataaaaagacagacatatgcacactatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacgtagccatcaagt 41782212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 182
Target Start/End: Original strand, 52867416 - 52867562
Alignment:
Q  25 gtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagac 124  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||           |||    
T  52867416 gtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtagaagacagacacttt-----------gac 52867504  T
Q  125 agacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52867505 aaacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagcc 52867562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 319900 - 320066
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  319900 catcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcctttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 319999  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  320000 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 320066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 4172740 - 4172906
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  4172740 catcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcctttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 4172839  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  4172840 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 4172906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 33265471 - 33265305
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  33265471 catcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcctttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 33265372  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  33265371 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 33265305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 43508114 - 43507948
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  43508114 catcaaattggtccttgaattatcataacaaatatcaatgtgatcctttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 43508015  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||| ||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  43508014 ataaaaagacaaacatttgcattatatcctaagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 43507948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 11640935 - 11640838
Alignment:
Q  16 atcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgat 113  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11640935 atcaaataagtcgttcaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatctgctgaacaaagtaaaaagtaaaaaacatacactttgat 11640838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 150
Target Start/End: Original strand, 834292 - 834427
Alignment:
Q  14 acatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgat 113  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||| | |||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||     
T  834292 acatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcctttggacatacatttgctgaacaaag-aaaaaataaaagacaaacactttgaa 834390  T
Q  114 tgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtca 150  Q
    | |||||||||| |||||| |||   |||||||||||    
T  834391 tataaaaagacaaacattttcattatatcataagtca 834427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 5438659 - 5438536
Alignment:
Q  26 tccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagaca 125  Q
    |||||||||| ||| |||| | |||| | |||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||    
T  5438659 tccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcctttggacatacatttgctgaacaaagaaaaaa-taaaagacaaacactttgaatataaaaagaca 5438561  T
Q  126 gacatttgcataccatcataagtca 150  Q
     |||||| |||   |||||||||||    
T  5438560 aacattttcattatatcataagtca 5438536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 28)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 42280394 - 42280188
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaa-gtaaaagacatacactttgat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42280394 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcattgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaaagtaaaagacatacactttgat 42280295  T
Q  114 tgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagtta 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||| |    
T  42280294 tgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagtcattacatagcc-aaaaaataacattacatagccatcaagtca 42280196  T
Q  214 tttgatgt 221  Q
    ||||||||    
T  42280195 tttgatgt 42280188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 30599445 - 30599651
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30599445 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgcagaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 30599544  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||| ||    
T  30599545 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagtcat 30599644  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  30599645 ttgatgt 30599651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 48830062 - 48830268
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48830062 catcaaacaagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttagtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatatactttgatt 48830161  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||| ||||||||| ||    
T  48830162 gtaaaaagacagacatttgtatatcatcataagtcatatatttgatgttcataagccattacatagccaaaaaattaacattacataaccatcaagtcat 48830261  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  48830262 ttgatgt 48830268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 51685497 - 51685292
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  51685497 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatcgttggtgcatatatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 51685398  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||| ||    
T  51685397 gtaaaaagacggacatttgcaaaccatcataagtcatacatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaa-aacattacatagccatcaagtcat 51685299  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  51685298 ttgatgt 51685292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 46113373 - 46113206
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46113373 catcaaacaagtccttgaattttcacaacataaatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 46113274  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46113273 gtaaaaagacagacatttgcatatcatcataagtcatacatttgatgttcataagtcattacatagcc 46113206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 43766026 - 43765830
Alignment:
Q  16 atcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattg 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  43766026 atcaaatatgtccttgaattttcacaacagatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatta 43765927  T
Q  116 taaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc-nnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  43765926 taaaaagacagacatttgcataccatcataaatcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaaataacattacatagccatcaagt 43765830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 44795105 - 44794899
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  44795105 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 44795006  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||| |||||| | ||    
T  44795005 ataaaaagacggacattttcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagtcatcaaatcat 44794906  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  44794905 ttgatgt 44794899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 2661120 - 2660953
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2661120 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 2661021  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2661020 ataaaaagacagacattttcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagcc 2660953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 180
Target Start/End: Original strand, 23292407 - 23292572
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23292407 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatccttggtgcataaatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 23292506  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatag 180  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  23292507 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatag 23292572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 21349600 - 21349404
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21349600 catcaaataggtccttgaattttcacaacaattatcactgtggtccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 21349501  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  21349500 ataaaaagatagacatttgcatactatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 21349404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 27898352 - 27898548
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  27898352 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccctggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttgatt 27898451  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  27898452 ataaaaagacagacatttgcataccatcataaatcatatatttgatgttcataagttattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 27898548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 41978634 - 41978468
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41978634 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 41978535  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  41978534 ataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagc 41978468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 610500 - 610292
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  610500 catcaaataagtccttgaattttcacaacataaatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 610401  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttc--ataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagtt 212  Q
    |||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||        |||||| |||||| ||||||||     
T  610400 gtaaaaaagcagacatttgcatataatcataagtcatacatttgatgttcgtgtaagtcattacatagcaaaaaatataacatcacatagtcatcaagtc 610301  T
Q  213 atttgatgt 221  Q
    |||||||||    
T  610300 atttgatgt 610292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2377902 - 2377706
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  2377902 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacaaacactttgatt 2377803  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  2377802 ataaaaagacaaatatttgcatatcatcataaatcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 2377706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 7884131 - 7884327
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  7884131 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagatagacactttgatt 7884230  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||  ||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  7884231 ataaaaagacacacatttgcctaccatcataagtcatatatttaatgttcataagtcaccacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 7884327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 17516216 - 17516020
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  17516216 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatccttggtgcatacatttgcttaacaaagtaaaaagtaaaagacagatactttgatt 17516117  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  17516116 ataaaaagacagacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgtacataagtgattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 17516020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 44275454 - 44275650
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| | |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  44275454 catcaaataggttcttgaattttcacaatagatatcattgtgatccttgatgcatacatttgctgaacaaagtaaaaattaaaagacaaacactttgatt 44275553  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       |||| |||||||||||||||||    
T  44275554 ataaaaagacagtcatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataaccttacatagccatcaagt 44275650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 169
Target Start/End: Original strand, 2225410 - 2225562
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2225410 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 2225509  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataag 169  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  2225510 ataaaaagacacacatttgcataccatc--aagtcatatatttgatgttcataag 2225562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Original strand, 35904963 - 35905132
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35904963 catcaaataggtcattgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 35905062  T
Q  115 gtaaaaagacagacatt---tgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
     |||||||||| |||||   || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  35905063 ataaaaagacacacatttgatgaataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagc 35905132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 46198625 - 46198459
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||||| || |||| |||||| |||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46198625 catcaaataggtcctggattttt-acaacagatatcattgtgatctttgatgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 46198527  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  46198526 ataaaaaaacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagatattacatagcc 46198459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 36 - 181
Target Start/End: Original strand, 53190118 - 53190266
Alignment:
Q  36 ttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagta---aaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagacagacattt 132  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||    
T  53190118 ttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaattattaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagacacatattt 53190217  T
Q  133 gcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||||||    
T  53190218 gcataccatcataagtcatatatttgatgtttataagtcactacatagc 53190266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 54899339 - 54899152
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaa---------------- 98  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
T  54899339 catcaaataggtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaaagtaaaaagt 54899240  T
Q  99 ----gacatacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
        |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||    
T  54899239 aaaagacagacactttgattataaaaagacacacatttgcatactatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagcc 54899152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 38192511 - 38192677
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  38192511 catcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcctttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 38192610  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| |||||||| |   ||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  38192611 ataaaaagacaaacatttgcgttatatcataagtca-atatttgatgttaataagtcattacatagcc 38192677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 46309897 - 46309731
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  46309897 catcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcatttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 46309798  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  46309797 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 46309731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 46609776 - 46609942
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  46609776 catcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcctttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 46609875  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | |||  ||||| ||||| ||||||||||||    
T  46609876 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcaatgttaataagtcattacatagcc 46609942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 53093251 - 53093417
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||    
T  53093251 catcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcctttgtgcatacatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagacaaatactttgatt 53093350  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  53093351 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 53093417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 24845769 - 24845613
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagt--aaaagacatacactttga 112  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  24845769 catcaaataagtctttgaattatcacaacatatatcaatgtgatctttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaaagacatacactttga 24845670  T
Q  113 ttgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    ||||  |||             ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  24845669 ttgttgaaa-------------atatcatcataagtcatacatttgatgttcattagtcattacatagcc 24845613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 24845584 - 24845543
Alignment:
Q  141 tcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24845584 tcataagtcttacatttgatgttcataagtcattacatagcc 24845543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 38550508 - 38550702
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38550508 catcaaataagtccttgaatttttacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaaataaaaagtaaaagacatacactttgatt 38550607  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaa 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||       ||||||||||||| ||||||    
T  38550608 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttaattttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagacatcaa 38550702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 38473362 - 38473557
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38473362 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctaaacaaagtaaaaagtaaaa-acatacactttgatt 38473460  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  38473461 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 38473557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 37114766 - 37114972
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37114766 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtaatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaaatacactttgatt 37114865  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||| |||||| | ||    
T  37114866 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagtcatcaaatcat 37114965  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  37114966 ttgatgt 37114972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 182
Target Start/End: Original strand, 29995758 - 29995921
Alignment:
Q  19 aaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaa 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  29995758 aaataggtccttgaattttcacaacaaatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataa 29995857  T
Q  119 aaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29995858 aaagacagacattttcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagcc 29995921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 45360223 - 45360027
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  45360223 catcaaataggtctttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagataaacactttgatt 45360124  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||    
T  45360123 ataaaaagacagacatttgcataccatcataaatcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagtcatcaagt 45360027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 6604411 - 6604245
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6604411 catcaaataggtccttgacttttcacaacatatatcactgtgatcattggtgcatacatttactgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 6604312  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  6604311 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagc 6604245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 27665284 - 27665479
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27665284 catcaaatatgtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 27665383  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||    
T  27665384 ataaaaaggcagacattttcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacataacc-aaaaaataacattacatagccatcaagt 27665479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 23905490 - 23905657
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  23905490 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatctttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaaaaacactttgatt 23905589  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23905590 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagcc 23905657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Original strand, 48851561 - 48851727
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48851561 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcattgtgatccttggggcatacatttgctgaccaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 48851660  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  48851661 gtaaaaagacatacatttgcataccatcagaagttatacatttgatgttcataagtctttacatagc 48851727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 211
Target Start/End: Original strand, 39858484 - 39858676
Alignment:
Q  19 aaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaa 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||    
T  39858484 aaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcattggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttgattataa 39858583  T
Q  119 aaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||       ||||||||||||||||||||||    
T  39858584 aaagacagacatttgcataccattataaatcatatatttgatgttcataagtcattacttagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 39858676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 22154786 - 22154591
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  22154786 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccatggtgcatatatttgctaaacaaagtaaaaagtaaaagacagactctttgatt 22154687  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaag 210  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||| ||||||||    
T  22154686 ataaaaagacaaacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacataaccatcaag 22154591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 22210701 - 22210506
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  22210701 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccatggtgcatatatttgctaaacaaagtaaaaagtaaaagacagactctttgatt 22210602  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaag 210  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||| ||||||||    
T  22210601 ataaaaagacaaacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacataaccatcaag 22210506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 37792272 - 37792439
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  37792272 catcaaataagtccttgaattttcacaccatatatcactgtgatcattggtgcatacatttgttgtacaaagtaaaaagtaaaagtcaaagactttgatt 37792371  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  37792372 gtaaaaagacagacatttgcttaccatcatatgtcatacatttgatgttcataagtaattacatagcc 37792439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 13168969 - 13168773
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  13168969 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcaatgtgatccttggtgcatacattcgctgaacaaaataaaaactaaaagacagacactttgatt 13168870  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  13168869 ataaaaatacagacatttgcatatcattataaatcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 13168773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 180
Target Start/End: Original strand, 35692588 - 35692753
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  35692588 catcaaataggtcattgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatatatttgccgaacgaagtaaaaagcaaaagacagacactttgatt 35692687  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatag 180  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  35692688 ataaaaagacaaacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatag 35692753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 34776199 - 34776395
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||    
T  34776199 catcaaatagatctttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctaaacaaagtaaaaactaaaagacagacactcagatt 34776298  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||    
T  34776299 ataaaaagacaaacatttgcataccatcataaatcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagtcatcaagt 34776395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 46438748 - 46438944
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  46438748 catcaaataggtcattgaattttcacaacagatatcactttgatccttggtggatacatttgctgaatagagtaaaaagtagaagacaaacactttgatt 46438847  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||       |||||||||||| |||||||||    
T  46438848 atagaaagacggacatttgcataccatcataagtcatatatttaatgttcataagtgattacatagccaaaaaaataacattacataaccatcaagt 46438944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 47385453 - 47385615
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  47385453 catcaaataagtccttgaattttcacaacatacatca-tgtgatcat----gcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacacattgatt 47385547  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47385548 gtaaaaagacagacatttacataccatcataactgatacatttgatgttcataagtcattacatagcc 47385615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 15 - 168
Target Start/End: Original strand, 24227659 - 24227812
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| | | || ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24227659 catcaaataggacatttaattttcacaacagatatcactgtgatcattggtacatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 24227758  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataa 168  Q
      ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  24227759 acaaaaagacagacatttgtataccatcataaatcatatatttgatgttcataa 24227812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Original strand, 35402598 - 35402760
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  35402598 catcaaattggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatcctttgagcatatatttgctgaacaaagtaaaatgtaaaagataaacactttgatt 35402697  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacat 178  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||    
T  35402698 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacat 35402760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 115 - 211
Target Start/End: Original strand, 30939747 - 30939843
Alignment:
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  30939747 gtaaaaagacagacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 30939843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 66 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 66915 - 66801
Alignment:
Q  66 gcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttca 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||   ||||| ||||| | |||||||||| |    
T  66915 gcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgattataaaaagaaaggcatttgcattatatcat-agtca-atatttgatgttaa 66818  T
Q  166 taagccattacatagcc 182  Q
    |||| ||||||||||||    
T  66817 taagtcattacatagcc 66801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 48310850 - 48310748
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagta-aaaagtaaaagacatacactttgat 113  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| | |||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||    
T  48310850 catcaaataagtcattgaattatcacaacatatatcaatatgatctttgctacatatatttgctgaacaaagtagaaaataaaaagacagacactttgat 48310751  T
Q  114 tgt 116  Q
    |||    
T  48310750 tgt 48310748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 69087 - 69032
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcata 70  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  69087 catcaaataggtccttgaattatcataacagatatcaatgtgatccttggtgcata 69032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 15 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 13035698 - 13035621
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaa 92  Q
    ||||||||||||||||||||| |   |||| || ||| | |||||||||||||||| || |||  |||||||||||||    
T  13035698 catcaaataagtccttgaattatttaaacagatgtcaatgtgatccttggtgcatatatgtgcaaaacaaagtaaaaa 13035621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 219
Target Start/End: Original strand, 107823 - 108027
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  107823 catcaaataagtccttaaattttcacaatataaatcactgtgatcattggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 107922  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||       |||||||||||||||||||||| ||    
T  107923 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcatatgtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagtcat 108022  T
Q  215 ttgat 219  Q
    |||||    
T  108023 ttgat 108027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 144; Significance: 7e-76; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 24540429 - 24540625
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24540429 catcaaataggtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 24540528  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  24540529 ataaaaagacatacattttcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccataaaaataacattacatagccatcaagt 24540625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 8540557 - 8540390
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8540557 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatccttggtgcataaatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 8540458  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8540457 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagcc 8540390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 30464875 - 30465071
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  30464875 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatatatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatgcactttgact 30464974  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||| ||||    
T  30464975 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccataaagt 30465071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 14 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 7268732 - 7268565
Alignment:
Q  14 acatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgat 113  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7268732 acatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgat 7268633  T
Q  114 tgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
    | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  7268632 tataaaaagacacacatttacataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagc 7268565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 32135072 - 32135268
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32135072 catcaaataggtccttgaattttcacaacggagatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 32135171  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||       | ||||||||||||||||||||    
T  32135172 ataaaaagacagacatttgcataacatcctaagtcatatatttgatgtccataagtcattacatagccaaaaaaattacattacatagccatcaagt 32135268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Original strand, 2853506 - 2853700
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2853506 catcaaataggtctttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatgcactttgatt 2853605  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaa 209  Q
     ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||| |||||||||||    
T  2853606 ataaaaagacagacattttcatattatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaagaataacattatatagccatcaa 2853700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 12800811 - 12800618
Alignment:
Q  18 caaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgta 117  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||    
T  12800811 caaataggtcattgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttaattata 12800712  T
Q  118 aaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  12800711 aaaagacagacatttgcataccattataaatcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 12800618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 28821267 - 28821070
Alignment:
Q  14 acatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgat 113  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  28821267 acatcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatctttgatgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacattttgat 28821168  T
Q  114 tgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||    
T  28821167 tataaaaagacagatatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacataggcatcaagt 28821070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 18 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 12737988 - 12737795
Alignment:
Q  18 caaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgta 117  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||    
T  12737988 caaataggtcattgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttaattata 12737889  T
Q  118 aaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||| ||||||    
T  12737888 aaaagacagacatttgcataccattataaatcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccgtcaagt 12737795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2180660 - 2180465
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  2180660 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttgatgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttgatt 2180561  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  2180560 ataaaaagacagac-tttgcataccatcataaatcatatctttgatgttcataagtcataacatagccataaaaataacattacatagccatcaagt 2180465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 21841887 - 21841734
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21841887 catcaaataggtccttgaattttcacaatagatatcactgtgattcttagtgcatacatttgctgaagaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 21841788  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataa 168  Q
     |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21841787 ataaaaagacacacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgttcataa 21841734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 150
Target Start/End: Original strand, 42472720 - 42472855
Alignment:
Q  14 acatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgat 113  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||| | |||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  42472720 acatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaatttgatcctttggacatacatttgctgaacaaagaaaaaa-taaaagacaaacactttgat 42472818  T
Q  114 tgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtca 150  Q
    | |||||||||| ||||||||||   |||||||||||    
T  42472819 tataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca 42472855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 76
Target Start/End: Original strand, 41494680 - 41494741
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttg 76  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||    
T  41494680 catcaaataattccttgaattttcacaacatatatcactgtaatccttagtgcatatatttg 41494741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Original strand, 3012691 - 3012857
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3012691 catcaaataggtccttggattttcacaacagatatcattgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 3012790  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  3012791 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagc 3012857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 15105332 - 15105126
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15105332 catcaaataagtccttgaattttcacaacataaatcattgtgatctttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 15105233  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||       |||| ||||||||| ||||||| ||    
T  15105232 gcaaaaagacagacattcgcataccatcatgagtcatatatttgatgttcataagtcattatatagccaaaaaaataacgttacatagctatcaagtcat 15105133  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  15105132 ttgatgt 15105126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 2870485 - 2870289
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2870485 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatgcactttgatt 2870386  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  2870385 ataaaaagacagacattttcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcatcacatagcaaaaaaaataacattacatagccatcaagt 2870289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 6817954 - 6818150
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  6817954 catcaaataggtccttggtttttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtgaaagacagacactttgatt 6818053  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||| |||||    
T  6818054 ataaaaagacagacatgtgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccaccaagt 6818150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 26224791 - 26224987
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26224791 catcaaataggtccttgaattttcacaacaaatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 26224890  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  26224891 ataaaaagacacacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgttcataagtcaccacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 26224987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 51895403 - 51895570
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51895403 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagaaatacactttgatt 51895502  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  51895503 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatatattttatgttcataagtcattacatagcc 51895570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 46582826 - 46583032
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46582826 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatctgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 46582925  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
     ||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||| | ||    
T  46582926 ataaaaagactgatattttcataccatcataagtaatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaaatcat 46583025  T
Q  215 ttgatgt 221  Q
    |||||||    
T  46583026 ttgatgt 46583032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Original strand, 31237744 - 31237940
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  31237744 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacattcactttgact 31237843  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||  ||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  31237844 ataaaaagacagacatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgttcataaatcaaaacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 31237940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Original strand, 34777375 - 34777541
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34777375 catcaaataggtccttgaattttcataacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 34777474  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  34777475 ataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagc 34777541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 218
Target Start/End: Original strand, 52642874 - 52643074
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  52642874 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatatatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagac--acactttgatt 52642971  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttat 214  Q
    ||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||       |||||||| ||||||||||||| ||    
T  52642972 gtaaaaagacgaatatttgcaaaccatcataagtcatacatctgatgttcataagtcattacatagcc-aaaaaataacattatatagccatcaagtcat 52643070  T
Q  215 ttga 218  Q
    ||||    
T  52643071 ttga 52643074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Original strand, 4855204 - 4855370
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  4855204 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtaatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacaatttgatt 4855303  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||    
T  4855304 ataaaaagacacacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagc 4855370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 27088174 - 27088006
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27088174 catcaaataggtccttgacttttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 27088075  T
Q  115 gt-aaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     | ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||    
T  27088074 ataaaaaagacacatatttgcatatcatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagcc 27088006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 211
Target Start/End: Original strand, 33600391 - 33600585
Alignment:
Q  16 atcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattg 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33600391 atcaaatatgtccttgaattttcacaacagatatcaatgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacaatttgattg 33600490  T
Q  116 taaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||| ||        |||||||||||||||||||||    
T  33600491 taaaaagacagacatttgcattatatcataagtca-atatttgatgttaataagtcattacataaccaaaaaaacaacattacatagccatcaagt 33600585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 179
Target Start/End: Original strand, 50555340 - 50555505
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaag-taaaagacatacactttgat 113  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||    
T  50555340 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcattgtgatccttggtgcatacatttactgaacaaggtaaaaaactaaaagacagacactttgat 50555439  T
Q  114 tgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacata 179  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  50555440 tataaaaagacagacatttgcatgccatcataaatcatatatttgatgttcataagtcattacata 50555505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 8168569 - 8168735
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||| ||||||| ||| |||| |||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  8168569 catcaaattggtcattgaattatcataacagatatcaatgtgatcctttgtgcatacatttgctaaacaaagtaaaatgtaaaagacaaacactttgatt 8168668  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  8168669 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagcc 8168735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 100
Target Start/End: Original strand, 25277613 - 25277698
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25277613 catcaaataggtccttgaattttcacaacagacatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 25277698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 37345222 - 37345137
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 100  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37345222 catcaaatagttccttgaattttcacaacagacatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 37345137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 100
Target Start/End: Original strand, 45045741 - 45045826
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaga 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45045741 catcaaataggtccttgaattttcacaatagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgttgaacaaagtaaaaagtaaaaga 45045826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 182
Target Start/End: Original strand, 45045821 - 45045886
Alignment:
Q  118 aaaagacagacattt-gcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45045821 aaaagatagacattttgtataccatcataagtcatatatttgatgttcataagccattacatagcc 45045886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 181
Target Start/End: Original strand, 25277693 - 25277757
Alignment:
Q  118 aaaagacagacattt-gcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25277693 aaaagatagacattttgtataccatcataagtcatatatttgatgttcataagccattacatagc 25277757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 37345142 - 37345078
Alignment:
Q  118 aaaagacagacattt-gcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37345142 aaaagatagacattttgtataccatcataagtcatatatttgatgttcataagccattacatagc 37345078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Original strand, 14388341 - 14388546
Alignment:
Q  16 atcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattg 115  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||     
T  14388341 atcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagatagacactttgatta 14388440  T
Q  116 taaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagttatt 215  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||       |||||||||||||||||||| | |||    
T  14388441 taaaaaaacagacatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcacaagtcattacaaagccaaaaaaataacattacatagccatcaaatcatt 14388540  T
Q  216 tgatgt 221  Q
    ||||||    
T  14388541 tgatgt 14388546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 17697112 - 17696916
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  17697112 catcaaataggtccttgaattttcacaacatacatcactatgatccttggtggatacatttgttgaacaaagtaaaaagtagaagacagacactttgatt 17697013  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  17697012 ataaaaagacagatatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtgattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 17696916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 39456064 - 39455869
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  39456064 catcaaataggtccttaaattttcacaacagatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaga-actttgatt 39455966  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  39455965 ataaaaagacagacatttgtataccatcataagtcatatacttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 39455869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Original strand, 39664019 - 39664186
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  39664019 catcaaataggtccttgaattttcacaacatatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttgatt 39664118  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39664119 ataaaaagacagacatctgcataccatcataaatcatatatttgatgttcataagtcattacatagcc 39664186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 6798411 - 6798244
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6798411 catcaaatatgtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgatgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 6798312  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6798311 ataaaaagacagacatttgcatatcatcataagttatatatttgatgttcataagtcattacatagcc 6798244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 211
Target Start/End: Original strand, 19907521 - 19907713
Alignment:
Q  19 aaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaa 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||    
T  19907521 aaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatcattggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaactaaaagacagacactttgattataa 19907620  T
Q  119 aaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||       ||||||||||||||||||||||    
T  19907621 aaagacagacatttgcataccattataaatcatatatttgatgttcataagtcattacttagccaaaaaaataacattacatagccatcaagt 19907713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 40561130 - 40560934
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40561130 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcaatgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagccatacactttgatt 40561031  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||       |||||||||||||| |||||||    
T  40561030 ataaaaagacagacatttgcatatcatcataaatcatatatttgatgttcatcagtaattacatagccaaaaaaataacattacatagctatcaagt 40560934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 180
Target Start/End: Original strand, 44708996 - 44709160
Alignment:
Q  16 atcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattg 115  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||     
T  44708996 atcaaattggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtcaaagacagacactttgatta 44709095  T
Q  116 taaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatag 180  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  44709096 taaaaatgcagacatttgcataccatcataagacatatatttgatgttcataagtcattacatag 44709160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 15 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 16763851 - 16763684
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  16763851 catcaaataggtcattgaatttacacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacagagtaaaaagtaaaagatagacactttgatt 16763752  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
     |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||    
T  16763751 ataaaaagacacacatttgcatactatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactacatagcc 16763684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 2767819 - 2767683
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  2767819 catcaaattggtccttgaattttcacaatagatatcactgtgatccttggtgcatacattttctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaactctttgatt 2767720  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcat 151  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2767719 ataaaaagacagacatttgcataccatcataagtcat 2767683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 68 - 182
Target Start/End: Original strand, 42518524 - 42518638
Alignment:
Q  68 atacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgattgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcata 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42518524 atacatttgctgaacaaagtaaaaaataaaagacaaacactttgattataaaaagacaggcatttgcataccatcataagtcatatatttgatgttcata 42518623  T
Q  168 agccattacatagcc 182  Q
    || | ||||||||||    
T  42518624 agtctttacatagcc 42518638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 14 - 181
Target Start/End: Original strand, 6784526 - 6784692
Alignment:
Q  14 acatcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgat 113  Q
    |||||||||  ||||||||||| ||| |||| | |||| |  ||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  6784526 acatcaaattggtccttgaattatcataacagaaatcaattggatcctttggacatacatttgctgaacaaagtcaaaagtaaaagacaaacactttgat 6784625  T
Q  114 tgtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagc 181  Q
    | |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  6784626 tataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcattacatagc 6784692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 175
Target Start/End: Original strand, 24206779 - 24206938
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||  ||||||||||| | | |||| | |||| | |||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  24206779 catcaaattggtccttgaattattataacagaaatcaatttgatcctttggacatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacaatttgatt 24206878  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccatta 175  Q
     |||||||||| ||||||||||   ||||||||||| | ||| |||||| ||||| |||||    
T  24206879 ataaaaagacaaacatttgcattatatcataagtca-atattcgatgttaataagtcatta 24206938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 55 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 37646281 - 37646222
Alignment:
Q  55 tgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagt-aaaagacatacactttgat 113  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  37646281 tgatctttggtgcatatatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaaagacatgcactttgat 37646222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 37646141 - 37646100
Alignment:
Q  141 tcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagcc 182  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37646141 tcataagtcttacatttgatgttcataagtcattacatagcc 37646100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 2)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 4190 - 3994
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4190 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 4091  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     | |||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||    
T  4090 atcaaaagacagacatttttataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataaaattacatagccatcaagt 3994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 5362 - 5166
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5362 catcaaataggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 5263  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     | |||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||    
T  5262 atcaaaagacagacatttttataccatcataagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaaaaaataaaattacatagccatcaagt 5166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 448 - 252
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  448 catcaaacaggtccttgaattttcacaacagatatcactgtgatccttggtgcatacatttgccgaacaaagtaaaaagtaaaagacaaacactttgatt 349  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||       || |||||||||||||||||||    
T  348 ataaaaagacagacatttgcataccatcaggagtcatatatttgatgttcataagtcattacatagccaaacaaatatcattacatagccatcaagt 252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0564 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0564
Description:

Target: scaffold0564; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 15 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 9155 - 8960
Alignment:
Q  15 catcaaataagtccttgaattttcacaacatatatcactatgatccttggtgcatacatttgctgaacaaagtaaaaagtaaaagacatacactttgatt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9155 catcaaataggtccttgaattttcacaatagatatcactgtgatccttggtgcatacatctgccgaacaaagtaaaaagtaaaagacagacactttgatt 9056  T
Q  115 gtaaaaagacagacatttgcataccatcataagtcatacatttgatgttcataagccattacatagccnnnnnnntaacattacatagccatcaagt 211  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||| |       ||||||||||||||||||||||    
T  9055 ataaaaagacagacatttgcatactatcataagtcatatatttgatgttcataagtcactatatag-caaaaaaataacattacatagccatcaagt 8960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University