View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8848_low_1 (Length: 455)

Name: NF8848_low_1
Description: NF8848
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8848_low_1
NF8848_low_1
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (10-438)||(9003703-9004129)
chr5 (111-407)||(8529208-8529504)
chr5 (111-354)||(8535825-8536068)
chr5 (114-406)||(1599842-1600134)
chr5 (111-407)||(2874036-2874335)
chr5 (193-407)||(8641651-8641865)
chr5 (111-407)||(2856426-2856725)
chr5 (202-407)||(9074356-9074561)
chr5 (111-407)||(2844599-2844898)
chr5 (111-405)||(2904542-2904839)
chr5 (209-402)||(8644485-8644687)
chr5 (109-402)||(8637140-8637442)
chr5 (212-330)||(8547750-8547864)
chr5 (207-402)||(8678087-8678292)
chr5 (211-332)||(3380803-3380924)
chr5 (16-58)||(8644835-8644877)
chr5 (16-58)||(9074197-9074239)
chr5 (124-168)||(8678334-8678378)
chr5 (124-168)||(11354051-11354095)
chr5 (124-168)||(11373298-11373342)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (111-407)||(48361391-48361687)
chr7 (111-332)||(35780159-35780380)
chr7 (16-58)||(35780433-35780475)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (111-407)||(9443369-9443665)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (129-417)||(5131028-5131316)
chr1 (196-252)||(26324131-26324187)
[»] scaffold0627 (1 HSPs)
scaffold0627 (214-332)||(5012-5130)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (212-332)||(16716713-16716833)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 9004129 - 9003703
Alignment:
Q  10 gtggtatgcaacccagtcactggggaattcataagacttcctaaagctaacatgacttctaccaggttatccacaaagtgggtaataaaccaagagcatg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9004129 gtggtatgcaacccagtcactggggaattcataagacttcctaacgctaccatgacttctaccaggttatccacaaagcgggtaataaaccaagagcatg 9004030  T
Q  110 ttggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9004029 ttggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgat 9003930  T
Q  210 ccttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggt 309  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9003929 ccttgagatacacac--tgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggc 9003832  T
Q  310 gcacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatgttt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9003831 gcacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatgttt 9003732  T
Q  410 ttcaaaatggtagaatcgtagacggaatt 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9003731 ttcaaaatggtagaatcgtagacggaatt 9003703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 111 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 8529504 - 8529208
Alignment:
Q  111 tggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatc 210  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| ||||   | ||||  |||||||||| |  || |||| | |  ||||||||||||| ||||    
T  8529504 tggttttggattccaacctaaaactaatgaatataaggtaataagcgtgtggataagacatgttaaacatgccaatcagtgggtgtttgagcgtgtgatc 8529405  T
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  8529404 cttgagataaacacacttggaacaacatcctggagaaatgttgaagtggatcctcaaatttctttttcgagtctaaagtatcccacttgtgtgaatggtg 8529305  T
Q  311 cacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatgt 407  Q
    ||||||||||||| ||||||||   || ||||| ||||||||||  ||||   || |||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||    
T  8529304 cacttcattggataagatttgagggtcagcaaaggtcaatattggttttctgctttgaaaatgagaggttgcagtcgtttccttctcctccacatgt 8529208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 111 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 8536068 - 8535825
Alignment:
Q  111 tggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatc 210  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  ||||||||||| | ||| ||||   |  | ||||||||||  || |    
T  8536068 tggttttggtttccaacctaaaactaatgaatataaggtgataaacatgtgggtgagacatgttaaacgtgccaatgtgtgggagtttgagcgtttgacc 8535969  T
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  8535968 cttgagataaacacacttggaaccccatcctggagaaatgttgaagtggatcctcaaatttctttttcgagtctaaagtatcccacttgtgtgaatggtg 8535869  T
Q  311 cacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattg 354  Q
    |||| |||||| | |||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  8535868 cactacattggctaagatttgatggtctgcaaaggtcaatattg 8535825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 114 - 406
Target Start/End: Original strand, 1599842 - 1600134
Alignment:
Q  114 ttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatcctt 213  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||  |||| |||||| | ||| ||||   || | |||| ||  || |||||||    
T  1599842 ttttggtttccaacctaaaactaatgaatataaggtgataaacatgagggtgagatatgttaaacgtgccaatgcgttggagtttaagattgtgatcctt 1599941  T
Q  214 gagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtgcac 313  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||  |||||  |||| |||||||||||||||||||    
T  1599942 gagataaacacacttggaacaccatcctggagaaatgttgaagtggatcctcaaatttctttttggatgcttaagaatcccacttgtgtgaatggtgcac 1600041  T
Q  314 ttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatg 406  Q
    |||||||||| |||| |||   |  ||||||||||||||||  ||||  ||| |||| ||||||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  1600042 ttcattggataagatatgagggtgagcaaatgtcaatattggttttctgttttgaaagtgagaggttgcagtcatttccttctcctccacatg 1600134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 111 - 407
Target Start/End: Original strand, 2874036 - 2874335
Alignment:
Q  111 tggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatc 210  Q
    ||||||| |||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||  | | |||||||| | ||||||   || |||||||||||||   |     
T  2874036 tggttttagtttccaacccaaaactaatgaatataaggtgatcataatatggaacaaatatgttagacgagacaatcgtttggtgtttgagcgtgtagtg 2874135  T
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||  |||    |||| || ||||||||||| |    
T  2874136 ctcgagatacacacgctcggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaaatttcttttttgaagcttttgaatccaacatgtgtgaatggcg 2874235  T
Q  311 cacttcattggatcagatttga---ttttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatgt 407  Q
    ||||||||||||| | ||||||   ||  |  |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || || |||||||| |||||||||||    
T  2874236 cacttcattggattatatttgaagcttggcaacaaaagtcaatattgtgtttcaattttgaaagtgagaggttgcagtcgtttccttctcctccacatgt 2874335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 193 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 8641865 - 8641651
Alignment:
Q  193 gtgtttgagcgtgcgatccttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatc 292  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||||||| ||||    
T  8641865 gtgtttgagcgtgtgatccttgagataaacacacttggagcaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcagatttctatttcgagtcttaagtatc 8641766  T
Q  293 cgacttgtgtgaatggtgcacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttcc 392  Q
    | |||||||||||| |||  |||||||| |||| ||||||      ||||| ||||||||| ||||||  |||||||| |||||| ||  | |  |||||    
T  8641765 ccacttgtgtgaatagtgttcttcattgaatcaaatttgagggggagcaaaggtcaatattatgtttctgtttggaaagtgagagattgaagttatttcc 8641666  T
Q  393 ttcccctccacatgt 407  Q
    ||| |||||||||||    
T  8641665 ttctcctccacatgt 8641651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 111 - 407
Target Start/End: Original strand, 2856426 - 2856725
Alignment:
Q  111 tggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatc 210  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||  | | |||||||| | ||||||   || |||||||||||||   |     
T  2856426 tggttttggtttccaacccaaaactaatgaatataaggtgatcataatgtggaacaaatatgttagacgagacaatcgtttggtgtttgagcgtgtagtg 2856525  T
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    || ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||  |||    |||| || ||||||||||| |    
T  2856526 ctcgagatacacacgctcggaacatcatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaaatttcttttttgaagcttttgaatccaacatgtgtgaatggcg 2856625  T
Q  311 cacttcattggatcagatttga---ttttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatgt 407  Q
    ||||||||||||| | ||||||   ||  |  |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || || |||||||| |||||||||||    
T  2856626 cacttcattggattatatttgaagcttggcaacaaaagtcaatattgtgtttcaattttgaaagtgagaggttgcagtcgtttccttctcctccacatgt 2856725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 202 - 407
Target Start/End: Original strand, 9074356 - 9074561
Alignment:
Q  202 cgtgcgatccttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtg 301  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||| |||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||  | ||||| |||||||    
T  9074356 cgtgtgatccttcagataaacacacttggaacaacaatattgagaaatgttgaagtggatcctcaaatttcttttttgagtctcgagtatcccacttgtg 9074455  T
Q  302 tgaatggtgcacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctcc 401  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||   || ||||| ||||||||||| ||||  ||| |||| ||||||||| || || |||||||| |||||    
T  9074456 tgaatggtgcacttcattggataagatatgaaaatcagcaaaggtcaatattgtttttctgttttgaaagtgagaggttgcagtcatttccttctcctcc 9074555  T
Q  402 acatgt 407  Q
     |||||    
T  9074556 gcatgt 9074561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 111 - 407
Target Start/End: Original strand, 2844599 - 2844898
Alignment:
Q  111 tggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatc 210  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||  | | |||||||| |  |||||   || |||||||||||||   |     
T  2844599 tggttttggtttccaacccaaaactaatgaatataaggtgatcataatgtggaacaaatatgttagacgaaacaatcgtttggtgtttgagcgtgtagtg 2844698  T
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||| ||  |||    |||| || ||||||||||| |    
T  2844699 ctcgagatacacacgcttggaacaccatcatggagaaaggttgaagtggatcctcaaatttcttttttgaagcttttgaatccaacatgtgtgaatggcg 2844798  T
Q  311 cacttcattggatcagatttga---ttttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatgt 407  Q
    ||||||||||||| | ||||||       |  |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || || |||||||| |||||||||||    
T  2844799 cacttcattggattatatttgaaacggggcaacaaaagtcaatattgtgtttcaattttgaaagtgagaggttgcagtcgtttccttctcctccacatgt 2844898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 111 - 405
Target Start/End: Original strand, 2904542 - 2904839
Alignment:
Q  111 tggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatc 210  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||  | |||||||||| | | |||  | || ||||| ||||||    |     
T  2904542 tggttttggtttccaacccaaaactaatgaatataaggtgataataatgtggaataaacatgttagacgggccaacgatttggtgttcgagcgtctagtg 2904641  T
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| ||  |||    |||| || ||||||||||| |    
T  2904642 cttgagatacacacgctcggaacaacatcatggagaaatcttgaagtggatcctcaaatttcttttttgaagcttttgaatcccacatgtgtgaatggcg 2904741  T
Q  311 cacttcattggatcagattt---gattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacat 405  Q
     | | |||||||||| | ||   |||  ||  |||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| | ||||| |||||||| |||||||||    
T  2904742 gattacattggatcatagttgaagatggtcaacaaaagtcaatattgtgtttcagttttgaaagtgagaggatgcaatcatttccttctcctccacat 2904839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 209 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 8644687 - 8644485
Alignment:
Q  209 tccttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctat---------ttggagtcttaattatccgacttg 299  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||         || ||||||| ||||||| ||||     
T  8644687 tccttgagataaacacacttggaacaccatcatggagaaatgctgaagtagatcctcaaatttctattggatcaggtttgagtcttcattatcccactta 8644588  T
Q  300 tgtgaatggtgcacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccct 399  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||   |    ||| ||| ||||||||||||  ||| |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  8644587 tgttaatggtgcgcttcattggatcagatttgaggatgaagaaaggtctatattgtgtttctgttttgaaagtgagaggttgcaatcatttccttctcct 8644488  T
Q  400 cca 402  Q
    |||    
T  8644487 cca 8644485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 109 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 8637442 - 8637140
Alignment:
Q  109 gttggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcga 208  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||   ||  |||||| | | | ||||   |  |||||||| |||  |     
T  8637442 gttggttttggtttccaacctaaaactaatgaatataaggtgataagaatatggggcagtgatgttaaacgaggcaatcgttgggtgtttgatcgtatgg 8637343  T
Q  209 tccttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttgga----------gtcttaattatccgactt 298  Q
    ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||| |||||          | |||  |||||| ||||    
T  8637342 tccttgagatatatacacttggaacaccatcatggagaaatgctgaagtggatccccaaatttcta-ttggatcaaatatatggcttcgttatcccactt 8637244  T
Q  299 gtgtgaatggtgcacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccc 398  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||| |   ||   ||| ||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  8637243 gtgtgaatggtacgattcattggatcagatttaagggtcaagaaaggtctatattgtgtttctgtttagaaaatgagaggttgcaatcatttccttctcc 8637144  T
Q  399 tcca 402  Q
    ||||    
T  8637143 tcca 8637140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 212 - 330
Target Start/End: Original strand, 8547750 - 8547864
Alignment:
Q  212 ttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtgc 311  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    |||||||||||||| | |||  ||    |||||  ||||| |||||||||||| ||||    
T  8547750 ttgagatacacacactcggaacaccaacatggagaaat----aagtggatcctcaaatttcttcttcttatcttatgtatcccacttgtgtgaatcgtgc 8547845  T
Q  312 acttcattggatcagattt 330  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  8547846 acttcattggatccgattt 8547864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 207 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 8678292 - 8678087
Alignment:
Q  207 gatccttgagatacacacactgggaa-caccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctat---------ttggagtcttaattatccgac 296  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||         || ||| ||   |||||| ||    
T  8678292 gatccttgagataaacacaattggaaacaccatcatggagaaatgctgaagtggatcctcaaatttctattggatcagatttgaggctccgttatcccac 8678193  T
Q  297 ttgtgtgaatggtgcacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcc 396  Q
    |||| | |||||||| |||||||||||| |||||||   ||   ||||||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| ||| ||||| ||||||||     
T  8678192 ttgtattaatggtgcgcttcattggatcggatttgagggtcaagaaatgtctatattgtgtttctgtttagaaactgagaagttgcaatcatttccttct 8678093  T
Q  397 cctcca 402  Q
    ||||||    
T  8678092 cctcca 8678087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 211 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 3380924 - 3380803
Alignment:
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    ||||||||||||||  | |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| ||  |||    |||| || |||||||| || |    
T  3380924 cttgagatacacacgttcggaacaacatcatagagaaatcttgaagtggatcctcaaatttcttttttgaagcttttgaatcccacatgtgtgaacggcg 3380825  T
Q  311 cacttcattggatcagatttga 332  Q
     |||||||||||||| ||||||    
T  3380824 gacttcattggatcatatttga 3380803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 8644877 - 8644835
Alignment:
Q  16 tgcaacccagtcactggggaattcataagacttcctaaagcta 58  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  8644877 tgcaatccagtcactggggagtttataagacttcctaaagcta 8644835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 58
Target Start/End: Original strand, 9074197 - 9074239
Alignment:
Q  16 tgcaacccagtcactggggaattcataagacttcctaaagcta 58  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  9074197 tgcaacccagtcacaggggagttcataagacttcctgaagcta 9074239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 124 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 8678378 - 8678334
Alignment:
Q  124 caacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgaga 168  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||||    
T  8678378 caacctaaaactaatgaatacaaggtgataagaatatggaggaga 8678334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 124 - 168
Target Start/End: Original strand, 11354051 - 11354095
Alignment:
Q  124 caacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgaga 168  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  11354051 caacctaaaactaatgaatataaggtgataagaatgtggaagaga 11354095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 124 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 11373342 - 11373298
Alignment:
Q  124 caacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgaga 168  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  11373342 caacctaaaactaatgaatataaggtgataagaatgtggaagaga 11373298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 111 - 407
Target Start/End: Original strand, 48361391 - 48361687
Alignment:
Q  111 tggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatc 210  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  ||||||||||| | ||| ||||   |  | ||||||||||| ||||    
T  48361391 tggttttggtttccaacctaaaactaatgaatataaggtgataaacatgtgggtgagacatgttaaacgtgccaatgcgtgggagtttgagcgtgtgatc 48361490  T
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  | ||| ||| ||||||  | ||||| ||||||||||||||||    
T  48361491 cttgagataaacacacttggaacaccatcctggaggaatgttgaagtggatcctcacatttctttttcgagtctcgagtatcccacttgtgtgaatggtg 48361590  T
Q  311 cacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatgt 407  Q
    ||||||||||||| ||||||||   || ||||| ||||||||||| ||||  ||| |||| ||||||| | || || |||||||| |||||||||||    
T  48361591 cacttcattggataagatttgagggtcagcaaaggtcaatattgtttttctgttttgaaagtgagagggtgcagtcatttccttctcctccacatgt 48361687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 111 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 35780380 - 35780159
Alignment:
Q  111 tggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatc 210  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||  | ||| |||| | |  |||||||| ||||  |||    
T  35780380 tggttttggtttccaacctaaaactaatgaatataaggtgataaaaatatggataagacatgttcaacgtgccaatgattgggtgtttgatcgtgttatc 35780281  T
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    || || ||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  35780280 ctcgaaataaacacacttggagcaccatcatggagaactgttgaagtggatcctcgtatttctatttcaagccttaagtatcccacttgtgtgaatggtg 35780181  T
Q  311 cacttcattggatcagatttga 332  Q
      ||||| ||||||| ||||||    
T  35780180 tgcttcactggatcaaatttga 35780159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 35780475 - 35780433
Alignment:
Q  16 tgcaacccagtcactggggaattcataagacttcctaaagcta 58  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  35780475 tgcaacccagtcacgggggagttcataagacttcctgaagcta 35780433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 111 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 9443665 - 9443369
Alignment:
Q  111 tggttttggttatcaacctaaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatc 210  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| ||||   | ||||  |||||||||| |   | |||| | |  ||||||||||||| ||||    
T  9443665 tggttttggattccaacctaaaactaatgaatataaggtaataagcgtgtggataagacatgttaaacaagccaatcagtgggtgtttgagcgtgtgatc 9443566  T
Q  211 cttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtg 310  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  9443565 cttgagataaacacacttggaacaacatcctggagaaatgttgaagtggatcctcaaatttctttttcgagtctaaagtatcccacttgtgtgaatggtg 9443466  T
Q  311 cacttcattggatcagatttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatgt 407  Q
    ||||||||||||| ||||||||   |  ||||| ||||||||||  ||||   || |||| ||||||||| || || |||||||| |||||||||||    
T  9443465 cacttcattggataagatttgaggatgagcaaaggtcaatattggttttctgctttgaaagtgagaggttgcagtcatttccttctcctccacatgt 9443369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 129 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 5131316 - 5131028
Alignment:
Q  129 taaaactaatgattataaggtgataaaaatatggacgagacatgttagaggtgacaataactttgtgtttgagcgtgcgatccttgagatacacacactg 228  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||   || ||||||| | ||| |  |   |  | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||     
T  5131316 taaaactaatgaatataaggtgataaaaatatgggtaaggcatgttaaacgtgccgttcgttgggagtttgagcgtgtgatccttgagatacacactctt 5131217  T
Q  229 ggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtgcacttcattggatcagat 328  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||| ||| ||| | | ||| |||||||||||||   ||||||||||||||| ||    
T  5131216 ggaacattgtcatggagaaatgttgaagtggatcttcagatttctatttcgaggcttgagtgtcctacttgtgtgaatgacacacttcattggatcatat 5131117  T
Q  329 ttgattttctgcaaatgtcaatattgtgtttcaatttggaaaatgagaggttccaatcttttccttcccctccacatgtttttcaaaat 417  Q
     |||| ||    ||| |||| | |||||||||| ||| |||| |||||| || ||||| || ||||| |||||||| || ||| |||||    
T  5131116 atgatcttagaaaaaggtcattgttgtgtttcagttttgaaagtgagagattgcaatcattcccttctcctccacacgtgtttgaaaat 5131028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 196 - 252
Target Start/End: Original strand, 26324131 - 26324187
Alignment:
Q  196 tttgagcgtgcgatccttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgtt 252  Q
    |||||||||| |||||||| |||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  26324131 tttgagcgtgtgatccttgggatgaacacacttggaacaccgtcctggagaaatgtt 26324187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0627 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0627
Description:

Target: scaffold0627; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 214 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5130 - 5012
Alignment:
Q  214 gagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtgcac 313  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |  | |||||||||||| | ||  |||   ||||||   |||| |||||||||||||||||||    
T  5130 gagatacacacactcggaacatcaacatggagaaatatcaatgtggatcctcaaatttcattttcatgtcttatgaatcccacttgtgtgaatggtgcac 5031  T
Q  314 ttcattggatcagatttga 332  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5030 ttcattggatcagatttga 5012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 212 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 16716833 - 16716713
Alignment:
Q  212 ttgagatacacacactgggaacaccatcatggagaaatgttgaagtggatcctcaactgtctatttggagtcttaattatccgacttgtgtgaatggtgc 311  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||| | ||  |||   ||||||   |||| |||||||||||||||||    
T  16716833 ttgagatacacacactcggaacaccaacatggagaaatatcaatgtggatcctcaaatttcattttcatgtcttatgaatcccacttgtgtgaatggtgc 16716734  T
Q  312 acttcattggatcagatttga 332  Q
    |||||||||| ||| ||||||    
T  16716733 acttcattggttcacatttga 16716713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University