View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8852_low_5 (Length: 379)

Name: NF8852_low_5
Description: NF8852
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8852_low_5
NF8852_low_5
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (9-363)||(2621801-2622155)
chr6 (9-363)||(2590246-2590600)
chr6 (13-362)||(2642494-2642843)
chr6 (9-352)||(2570839-2571182)
chr6 (9-352)||(2674327-2674670)
chr6 (13-348)||(2449607-2449942)
chr6 (20-238)||(2436514-2436732)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 2622155 - 2621801
Alignment:
Q  9 cagaacctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2622155 cagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 2622056  T
Q  109 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2622055 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 2621956  T
Q  209 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621955 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 2621856  T
Q  309 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaaccttttaaaggaagg 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2621855 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaagg 2621801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 9 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 2590600 - 2590246
Alignment:
Q  9 cagaacctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2590600 cagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttggaaaacattcgttctctaaccctcttagtcaagtattctcc 2590501  T
Q  109 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2590500 catgtaagcaaagctataatgttgaagtacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 2590401  T
Q  209 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||    
T  2590400 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaaagaatacacaggttgaattgcaccaaataaaaccgcatttatacaaccca 2590301  T
Q  309 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaaccttttaaaggaagg 363  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2590300 aacatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaaccatttaaaggaagg 2590246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 362
Target Start/End: Original strand, 2642494 - 2642843
Alignment:
Q  13 acctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatg 112  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2642494 acctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttggaaaacattcgttctctaaccctcttagtcaagtattctcccatg 2642593  T
Q  113 taagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctcat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  2642594 taagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaaatgcatagatcctaatttgcctcttgatctcat 2642693  T
Q  213 catggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagcccaagca 312  Q
    ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||| | | || ||| | |||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  2642694 catggtcttccaaaaaataaactgatataactgaccccattgcgaacgaatatacaggtcgaatcgcaccgaataaaaccgcatttatacaacccaaaca 2642793  T
Q  313 tgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaaccttttaaaggaag 362  Q
    || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  2642794 tgcttgcttccactctggcacattcattgccaacaacctttgaaacgaag 2642843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 9 - 352
Target Start/End: Original strand, 2570839 - 2571182
Alignment:
Q  9 cagaacctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 108  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  2570839 cagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacattttttctctaaccctcttagtcaaatactctcc 2570938  T
Q  109 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||    
T  2570939 catgtaagcaaagctataatgttgaagcatattaataaccattgaaataacagccagccctagaaaacaaaaaccataaatcctaatttgtttcttgatc 2571038  T
Q  209 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 308  Q
    ||||| |||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| | ||| ||||    
T  2571039 tcatcgtggtcctcaataaaataaactgatataaccgaccccattgcaaacgaatacacaggttgaatcgcaccgaataaaaccgcattaaaacaaccca 2571138  T
Q  309 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctt 352  Q
    | |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2571139 aacatgcttgcttccactctggcccattcatggccaacaacctt 2571182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 9 - 352
Target Start/End: Original strand, 2674327 - 2674670
Alignment:
Q  9 cagaacctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 108  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2674327 cagaacctgtagaatttcgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaaaacatcctttctctaaccctcttagtcaagtactctcc 2674426  T
Q  109 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||| |||    
T  2674427 catgtaagcaaagctataatgttgaagtacattaacaaccaatgagataacagccaaccctagaaaacaaaacacatagatcctaatttgcttcttaatc 2674526  T
Q  209 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagccca 308  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||    
T  2674527 tcatcatggtcctccagaaaataaactgatacaaccgaccccaatgcaaacgaatatacaggttgaattgcaccgaataaaactgcatttatacaaccca 2674626  T
Q  309 agcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctt 352  Q
    | |||| ||||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||    
T  2674627 aacatgcttgcttccattcaggcacattcatagccaacaacctt 2674670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 2449942 - 2449607
Alignment:
Q  13 acctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatg 112  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  2449942 acctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaaaacactctttctctaaccctcttagttaagtactctcccatg 2449843  T
Q  113 taagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattga-gataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctca 211  Q
    || ||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||    
T  2449842 tatgcaaaacaataatgctgaagcacattaaaaaccattgaggataa-ggctaaccctagaaaacaaagcatataaatcctaatctgcttcttgatctca 2449744  T
Q  212 tcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacaggttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagcccaagc 311  Q
    |||||||| |  | ||||||||| || |||   ||||||| | ||||||||||||  |||| ||  |||||   ||||| |||||| | | | ||||| |    
T  2449743 tcatggttgttaagaaaataaacagaaatagttgaccccattgcaaatgaaaacatcggttcaaccgcaccagataaaaccgcattcaaaaatcccaaac 2449644  T
Q  312 atgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaa 348  Q
    | | ||||||||| |||||  |||||||||| |||||    
T  2449643 acgcttgcttccattctggcacattcattgctaacaa 2449607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 2436732 - 2436514
Alignment:
Q  20 gaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaa 119  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436732 gaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaaaacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaa 2436633  T
Q  120 agctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctcatcatggtt 219  Q
    ||||||| |||| ||||| ||| | ||| || |||   | ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||     
T  2436632 agctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagccaaccctagaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtc 2436533  T
Q  220 ctccaaaaaataaaccgat 238  Q
     | || |||||||||||||    
T  2436532 attcagaaaataaaccgat 2436514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University