View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8870_low_10 (Length: 247)

Name: NF8870_low_10
Description: NF8870
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8870_low_10
NF8870_low_10
[»] chr6 (58 HSPs)
chr6 (1-232)||(26803754-26803985)
chr6 (1-231)||(27603348-27603578)
chr6 (1-214)||(26647787-26648000)
chr6 (1-214)||(26753755-26753968)
chr6 (1-224)||(28787546-28787769)
chr6 (1-224)||(28793667-28793890)
chr6 (1-214)||(31285867-31286080)
chr6 (2-231)||(27680259-27680488)
chr6 (2-210)||(26624580-26624788)
chr6 (2-210)||(26730557-26730765)
chr6 (1-214)||(26885375-26885588)
chr6 (2-214)||(27717160-27717372)
chr6 (5-214)||(27697247-27697456)
chr6 (2-208)||(27704921-27705127)
chr6 (5-214)||(27215764-27215973)
chr6 (1-214)||(26657270-26657483)
chr6 (1-214)||(26763241-26763454)
chr6 (2-214)||(27609781-27609993)
chr6 (1-214)||(26144176-26144389)
chr6 (3-214)||(26862890-26863101)
chr6 (5-214)||(25581034-25581243)
chr6 (4-214)||(26825130-26825340)
chr6 (2-180)||(27426307-27426485)
chr6 (1-214)||(27529965-27530178)
chr6 (1-214)||(25512199-25512412)
chr6 (5-214)||(26057234-26057443)
chr6 (5-214)||(26077204-26077413)
chr6 (1-210)||(25484367-25484576)
chr6 (14-169)||(28326799-28326954)
chr6 (14-169)||(28504435-28504590)
chr6 (1-212)||(25491982-25492193)
chr6 (14-169)||(28296446-28296601)
chr6 (14-169)||(28515472-28515627)
chr6 (23-169)||(28182439-28182585)
chr6 (14-169)||(28186715-28186870)
chr6 (4-169)||(28244106-28244271)
chr6 (2-214)||(29842653-29842865)
chr6 (39-129)||(27663960-27664050)
chr6 (2-169)||(27591727-27591894)
chr6 (65-224)||(28097094-28097253)
chr6 (2-128)||(27676367-27676493)
chr6 (32-211)||(2186165-2186344)
chr6 (90-214)||(26938426-26938550)
chr6 (5-124)||(29827298-29827417)
chr6 (1-73)||(25539851-25539923)
chr6 (39-113)||(26978726-26978800)
chr6 (14-118)||(28240678-28240778)
chr6 (39-113)||(26960471-26960545)
chr6 (4-126)||(29469523-29469645)
chr6 (18-127)||(29727698-29727807)
chr6 (2-126)||(28140844-28140968)
chr6 (39-114)||(25075213-25075288)
chr6 (3-54)||(27336916-27336967)
chr6 (3-54)||(27397656-27397707)
chr6 (16-73)||(28228395-28228452)
chr6 (39-123)||(26636992-26637076)
chr6 (39-123)||(26742958-26743042)
chr6 (63-127)||(29673757-29673821)
[»] scaffold1870 (1 HSPs)
scaffold1870 (1-224)||(77-300)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (1-224)||(8795-9018)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (1-224)||(12326-12549)
scaffold0277 (1-224)||(3363-3586)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-214)||(29272499-29272712)
chr8 (13-114)||(35984619-35984720)
chr8 (31-121)||(16450236-16450326)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-214)||(267001-267214)
chr1 (1-214)||(28126336-28126549)
chr1 (1-214)||(28132162-28132375)
chr1 (2-126)||(5922218-5922342)
chr1 (14-214)||(26137209-26137409)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (2-214)||(2200-2412)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (2-180)||(60878-61056)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (2-180)||(18075070-18075248)
chr4 (2-128)||(18698143-18698269)
chr4 (2-128)||(18730247-18730373)
chr4 (39-128)||(18688369-18688458)
chr4 (7-214)||(5089611-5089818)
chr4 (2-128)||(18678303-18678429)
chr4 (2-128)||(18722828-18722954)
chr4 (2-128)||(18654220-18654346)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (14-169)||(57000-57155)
[»] scaffold0038 (3 HSPs)
scaffold0038 (4-169)||(44268-44433)
scaffold0038 (14-118)||(40840-40940)
scaffold0038 (16-73)||(28893-28950)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (48-224)||(16692222-16692398)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (15-124)||(3280981-3281090)
chr2 (39-123)||(17991967-17992051)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (31-126)||(238614-238709)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 58)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Original strand, 26803754 - 26803985
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  26803754 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcagcagagtgtctttct 26803853  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26803854 agacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatgggaggagtttgaagatatacttcatgttcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 26803953  T
Q  201 gctgaaaaatctcttgttaagatttgtacttg 232  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  26803954 gctgaaaaatctctcattaagattagtacttg 26803985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 27603578 - 27603348
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  27603578 gtacgttagaaggatatgagaagattcccaataaaaagatccacgagattcttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcagcagagtgtctttct 27603479  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27603478 agacattgcttgttgcttcaaaggatgtggattggaagtggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 27603379  T
Q  201 gctgaaaaatctcttgttaagatttgtactt 231  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27603378 gctgaaaaatctcttgttcagatttgtactt 27603348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 26647787 - 26648000
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  26647787 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcagcagagtgtctttct 26647886  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26647887 agacattgcttgttgcttcaaaggatgtagatgggaggagtttgaagatatacttcgttatcattatggccattgcataacacatcatcttggagtgttg 26647986  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    ||||||||||||||    
T  26647987 gctgaaaaatctct 26648000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 26753755 - 26753968
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  26753755 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcagcagagtgtctttct 26753854  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26753855 agacattgcttgttgcttcaaaggatgtagatgggaggagtttgaagatatacttcgttatcattatggccattgcataacacatcatcttggagtgttg 26753954  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    ||||||||||||||    
T  26753955 gctgaaaaatctct 26753968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 28787546 - 28787769
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| |||||    
T  28787546 gtactttagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcaacaaagtgtttttct 28787645  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28787646 agacattgcatgttgcttcaaaggatgtgagtgggaggagtttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 28787745  T
Q  201 gctgaaaaatctcttgttaagatt 224  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  28787746 gctgaaaaatctctcgttaagatt 28787769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 28793667 - 28793890
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| |||||    
T  28793667 gtactttagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcaacaaagtgtttttct 28793766  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28793767 agacattgcatgttgcttcaaaggatgtgagtgggaggagtttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 28793866  T
Q  201 gctgaaaaatctcttgttaagatt 224  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  28793867 gctgaaaaatctctcgttaagatt 28793890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 31285867 - 31286080
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||    
T  31285867 gtacattagatgggtatgacaagattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtaagctatgatgctttggaagaagaggagcagagtgtctttct 31285966  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31285967 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgcggatgggcggatgtcaaagatatactccatgctcattatggccattgcataacacatcatctagaagtgttg 31286066  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    ||||||||||||||    
T  31286067 gctgaaaaatctct 31286080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 27680259 - 27680488
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||| || |||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||     
T  27680259 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaggtgagctatgatgctttggaagaagaggagcagagtgtctttctt 27680358  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 201  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |  |||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27680359 gacatcgcttgctgcttcaaaggatatcaatggaaggagttcgaagatatactttgtgctcattatgaccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 27680458  T
Q  202 ctgaaaaatctcttgttaagatttgtactt 231  Q
    ||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  27680459 ctggaaaatctctcgttaagattagtactt 27680488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 210
Target Start/End: Original strand, 26624580 - 26624788
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||     
T  26624580 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtgagctatgatgctttggaagaagaggagcagagtgtctttcta 26624679  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 201  Q
    || |||||||||||||  |||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26624680 gatattgcttgttgctcgaaaggatgtggatggagggagttcgaagatatgcttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 26624779  T
Q  202 ctgaaaaat 210  Q
     ||| ||||    
T  26624780 ttgacaaat 26624788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 210
Target Start/End: Original strand, 26730557 - 26730765
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||     
T  26730557 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtgagctatgatgctttggaagaagaggagcagagtgtctttcta 26730656  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 201  Q
    || |||||||||||||  |||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26730657 gatattgcttgttgctcgaaaggatgtggatggagggagttcgaagatatgcttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 26730756  T
Q  202 ctgaaaaat 210  Q
     ||| ||||    
T  26730757 ttgacaaat 26730765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 26885375 - 26885588
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||    
T  26885375 gtacactagatggatatgaaaagattcctaatacaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagaggagcaaagtgtctttct 26885474  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |||  |||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  26885475 ggatatagcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacagaggtcgaagatatacttcatgctcattatggccattgcataaaacatcatgttggagtgttg 26885574  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    |  |||||||||||    
T  26885575 gtcgaaaaatctct 26885588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 27717372 - 27717160
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||     
T  27717372 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtaagttatgatgctttggaggaagagcagcaaagtgtctttcta 27717273  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  |||| | || |   || ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27717272 gacattgcttgttgcttcaaaagatgtaaatgggaagatgccaaatatatacttaattctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 27717173  T
Q  202 ctgaaaaatctct 214  Q
     ||||||||||||    
T  27717172 ttgaaaaatctct 27717160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 27697456 - 27697247
Alignment:
Q  5 attagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggac 104  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||| || | |||||||||||||||    
T  27697456 attagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttagagtgagctatgatgctttggaagaagaggagcaaagtgtctttctggac 27697357  T
Q  105 attgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctg 204  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| | || |   || |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27697356 attgcttgttgcttcaaaggacatggatgggaagatgccaaatatatgcttcatgctcattatggccattccataacacatcatctagcagtgttggctg 27697257  T
Q  205 aaaaatctct 214  Q
    ||||||||||    
T  27697256 aaaaatctct 27697247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 27705127 - 27704921
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||     
T  27705127 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttagagtgagctatgatgctttggaagaagaggagcagagtgtctttctt 27705028  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 201  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||  ||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  27705027 gacattgcttgttgcttaaaagggtatagattgacagaggttgaaaatatacttcattctcattatgaccattgtataacacatcatctacgagtgttgg 27704928  T
Q  202 ctgaaaa 208  Q
    |||||||    
T  27704927 ctgaaaa 27704921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Original strand, 27215764 - 27215973
Alignment:
Q  5 attagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggac 104  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||| |||    
T  27215764 attagatgagtatgaaaagattcccaataaagagatccaaaggatacttaaagtcagctatgatgctctggaggaaaaggagaagagtgtctttctagac 27215863  T
Q  105 attgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctg 204  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||   ||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||| |    
T  27215864 attgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaggtcaaagatatacttcatgcccattatggccattgcataaaacatcatgttgaagtgttggccg 27215963  T
Q  205 aaaaatctct 214  Q
    ||||||||||    
T  27215964 aaaaatctct 27215973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 26657270 - 26657483
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||||||||| |    
T  26657270 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagattcaagagatacttaaagtaagctatgatgatttggaggaagaggagcaaagtgtcttttt 26657369  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     || || |||||||  |||||||||||| ||| ||  ||||| ||||| | ||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  26657370 agatatagcttgttttttcaaaggatgtagattgagtgaggtcgaagagacacttcttgctcactatggtcattgcataaaacatcatgttggagtgttg 26657469  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    | ||||||||||||    
T  26657470 gttgaaaaatctct 26657483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 26763241 - 26763454
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||||||||| |    
T  26763241 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagattcaagagatacttaaagtaagctatgatgatttggaggaagaggagcaaagtgtcttttt 26763340  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     || || |||||||  |||||||||||| ||| ||  ||||| ||||| | ||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  26763341 agatatagcttgttttttcaaaggatgtagattgagtgaggtcgaagagacacttcttgctcactatggtcattgcataaaacatcatgttggagtgttg 26763440  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    | ||||||||||||    
T  26763441 gttgaaaaatctct 26763454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 27609993 - 27609781
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| || | ||||||||||||    
T  27609993 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtgagctatgattctttggaagaagaggagcaaagtgtctttctg 27609894  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |   ||| | || |   |  ||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27609893 gacattgcttgttgcttcaaaggatataattgggaagatgcaaagtatacacttcattctcattatggccattccataacacatcatctaggagtgttgg 27609794  T
Q  202 ctgaaaaatctct 214  Q
    |||||||||||||    
T  27609793 ctgaaaaatctct 27609781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 26144176 - 26144389
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||||| ||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |  |||||||||||||    
T  26144176 gtacattagacgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttct 26144275  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||| |||||   ||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||    
T  26144276 agacattgcttgttgcttcaaagggtgtgaatggacaaaggttaaaaaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttg 26144375  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    ||||||||||||||    
T  26144376 gctgaaaaatctct 26144389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Original strand, 26862890 - 26863101
Alignment:
Q  3 acattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctgg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||| |    
T  26862890 acattagatgggtatgaaaagattcccaataaagagatccaaaggatacttaaagtaagctatgatgctttggaagaagagcagcaaagtgtctttctag 26862989  T
Q  103 acattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggc 202  Q
    | ||||||||||| ||||||||  || | ||||  ||  | ||||||||||||     |||||||||||  ||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  26862990 atattgcttgttgtttcaaagggggtagctggatagaattcgaagatatacttaaatatcattatggccgatgcataaaacatcatgttggagtgttggc 26863089  T
Q  203 tgaaaaatctct 214  Q
    ||||||||||||    
T  26863090 tgaaaaatctct 26863101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Original strand, 25581034 - 25581243
Alignment:
Q  5 attagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggac 104  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||| |||| |||||||||||||| ||   | || |||||||||||||||| |||    
T  25581034 attagatgagtatgaaaatattcccaataaagatatccaaaggatacttcaagttagctatgatgctttggaaccaaaggagaagagtgtctttctagac 25581133  T
Q  105 attgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctg 204  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||   ||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||    
T  25581134 attgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaggttaaaaaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttggctg 25581233  T
Q  205 aaaaatctct 214  Q
    ||||||||||    
T  25581234 aaaaatctct 25581243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 4 - 214
Target Start/End: Original strand, 26825130 - 26825340
Alignment:
Q  4 cattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctgga 103  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||  | ||||| || || ||    
T  26825130 cattagatggatatgaaaggattcctgacaaaaagatccaagagatacttagagtaagctatgatgctttggaagaagagcaacaaagtgttttcctcga 26825229  T
Q  104 cattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggct 203  Q
    |||||||||||||||||||| |  | | ||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |   |||||||||     
T  26825230 cattgcttgttgcttcaaagaacatagttgggaggagttcgaagatatacttcgtactcattacggccattgcataaaacatcatgttcaagtgttggca 26825329  T
Q  204 gaaaaatctct 214  Q
    |||||||||||    
T  26825330 gaaaaatctct 26825340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 27426485 - 27426307
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| || | |||||||||||     
T  27426485 tacattagattggtatgaaaagattcccaataaagagatccaaagaatacttaaagtgagctatgattctttggaggaagaggagcaaagtgtctttcta 27426386  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataa 180  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||| |  ||||  |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  27426385 gacattgcttgttgcttcaaaggttgtaaatgggaaaaggtcaaagaaatacttcatgctcattatggtcattgcataa 27426307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 27530178 - 27529965
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||   ||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||  || | |||||||||||    
T  27530178 gtacattagatgggtatgaagaaattcccaataaagagatccaaagaatacttaaagtgagctatgattctttggagaaagaagagcaaagtgtctttct 27530079  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||  ||||   |||||  |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||| | | ||| |||    
T  27530078 agacattgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggccagaggtcaaagaaatacttcatgctcattatggtcattgcatagtacatcatgttgcagttttg 27529979  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    ||||||||||||||    
T  27529978 gctgaaaaatctct 27529965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Original strand, 25512199 - 25512412
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |  |||||||||||||    
T  25512199 gtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttct 25512298  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||| ||||||||| | |  |||||   | ||  || | ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||    
T  25512299 agacattgcttgttacttcaaagggtataaatggacaaaagtaaaaaaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttg 25512398  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    ||||||||||||||    
T  25512399 gctgaaaaatctct 25512412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Original strand, 26057234 - 26057443
Alignment:
Q  5 attagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggac 104  Q
    |||||| | ||||||||| |||||| ||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |  ||||||||||||| |||    
T  26057234 attagacgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagac 26057333  T
Q  105 attgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctg 204  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||   ||||| || | ||||||| ||||||||||||||||  ||||  ||||||| | |||||||||||||    
T  26057334 attgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaggttaaaaaaatacttcatgctcattatggccatcccatagaacatcatgttggagtgttggctg 26057433  T
Q  205 aaaaatctct 214  Q
    ||||||||||    
T  26057434 aaaaatctct 26057443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 5 - 214
Target Start/End: Original strand, 26077204 - 26077413
Alignment:
Q  5 attagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggac 104  Q
    |||||| | ||||||||| |||||| ||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |  ||||||||||||| |||    
T  26077204 attagacgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttctagac 26077303  T
Q  105 attgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctg 204  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||   ||||| || | ||||||| ||||||||||||||||  ||||  ||||||| | |||||||||||||    
T  26077304 attgcttgttgcttcaaagggtgtaaatggacaaaggttaaaaaaatacttcatgctcattatggccatcccatagaacatcatgttggagtgttggctg 26077403  T
Q  205 aaaaatctct 214  Q
    ||||||||||    
T  26077404 aaaaatctct 26077413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 25484367 - 25484576
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |  |||||||||||||    
T  25484367 gtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgctttgaaggaaaaggatcagagtgtctttct 25484466  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||| ||||||||| | |  |||||   | ||  || | ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||    
T  25484467 agacattgcttgttacttcaaagggtataaatggacaaaagtaaaaaaaatacttcatgctcattatggccattgcatagaacatcatgttggagtgttg 25484566  T
Q  201 gctgaaaaat 210  Q
    ||||||||||    
T  25484567 gctgaaaaat 25484576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Original strand, 28326799 - 28326954
Alignment:
Q  14 gtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  || ||| ||| ||||| |||||||||||     
T  28326799 gtatgaaaggattcccattaaaaagatccaagcgatacttaaagtaagctttgatgctttggatgaagatgagcagaatgtttttctcgacattgcttgc 28326898  T
Q  114 tgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
    |||||||| |||| || || ||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28326899 tgcttcaatggatatgaattgaaagaacttgaagatatacttcatgctcattatgg 28326954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Original strand, 28504435 - 28504590
Alignment:
Q  14 gtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  || ||| ||| ||||| |||||||||||     
T  28504435 gtatgaaaggattcccattaaaaagatccaagcgatacttaaagtaagctttgatgctttggatgaagatgagcagaatgtttttctcgacattgcttgc 28504534  T
Q  114 tgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
    |||||||| |||| || || ||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28504535 tgcttcaatggatatgaattgaaagaacttgaagatatacttcatgctcattatgg 28504590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 25492193 - 25491982
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| || || ||||| |||||||    
T  25492193 gtacattagatgagtatgaaaagattttcaataaagagatccaaaagatacttagagtgagctatgatgctttggaggaaaaggagcagagtatctttct 25492094  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     |||||  |||||| ||||||||| ||   ||||  ||| ||  || ||||||||| || |||||||||||||||| |||   ||||||| |||  ||||    
T  25492093 agacatgacttgtttcttcaaaggttggaaatgggcggatgtcaaaaatatacttcatgatcattatggccattgcgtaaactatcatcttggaaagttg 25491994  T
Q  201 gctgaaaaatct 212  Q
    ||| ||||||||    
T  25491993 gctaaaaaatct 25491982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 28296601 - 28296446
Alignment:
Q  14 gtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||||| ||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||| | ||| ||||| ||||| |||||     
T  28296601 gtatgaaaggagacccattagaaagatccaagagatacttaaagtaagctttgatgctttggaggaagatgagaaaaatgtttttcttgacatcgcttgc 28296502  T
Q  114 tgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
    ||||||||||||| || || ||| ||  ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  28296501 tgcttcaaaggatatgaattgaaagaacttgaaaatatacttcatgctcattatgg 28296446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Original strand, 28515472 - 28515627
Alignment:
Q  14 gtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||||| ||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||| | ||| ||||| ||||| |||||     
T  28515472 gtatgaaaggagacccattagaaagatccaagagatacttaaagtaagctttgatgctttggaggaagatgagaaaaatgtttttcttgacatcgcttgc 28515571  T
Q  114 tgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
    ||||||||||||| || || ||| ||  ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  28515572 tgcttcaaaggatatgaattgaaagaacttgaaaatatacttcatgctcattatgg 28515627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 169
Target Start/End: Original strand, 28182439 - 28182585
Alignment:
Q  23 gattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaa 122  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||  || ||| ||| |||||||||||| |||||| ||| |||    
T  28182439 gattcccatgaaaaagatccaagagatacttaaagttagctatgatgctctggaggatgatgagcagaatgtttttctggacatttcttgtttcttaaaa 28182538  T
Q  123 ggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
    |||| ||  | ||| || |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  28182539 ggatatgatttgaaagaagttgaagatatatttcatgctcattatgg 28182585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Original strand, 28186715 - 28186870
Alignment:
Q  14 gtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaag-agcagaagagtgtctttctggacattgcttg 112  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||| || | || | ||| ||||| ||||| |||||    
T  28186715 gtatgaaaggattcccgataaaaagatccaagagatactcaaagtaagctttgatgctttgggggaagcagaacaa-aatgtttttctcgacatcgcttg 28186813  T
Q  113 ttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
     ||||||||||||| || || ||| ||  |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  28186814 ctgcttcaaaggatatgaattgaaagaacttgaagatgtacttcatgctcattatgg 28186870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 4 - 169
Target Start/End: Original strand, 28244106 - 28244271
Alignment:
Q  4 cattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctgga 103  Q
    |||||||| |||||  || |||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || ||| ||| ||||| ||    
T  28244106 cattagatcggtatagaaggattccgattaaaaagatacaggagatacttaaagtaagctttgatgctttggagaaagatgagcagaatgtttttctcga 28244205  T
Q  104 cattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |   | ||| ||  ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28244206 cattgcttgctgcttcaaaggatataatttgaaagaacttgaagatatactttatgctcattatgg 28244271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 29842865 - 29842653
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaaga-gcagaagagtgtctttct 100  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||  | ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| | | ||| |||| |||||    
T  29842865 tacattagataggtatgaaaggattcctaataaagagatccacaatatacttaaaataagctttgatgctttggaggaagacgaacaag-gtgtttttct 29842767  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||| | ||  | |   |||||||||||||| ||| ||||| || |||| || ||||||  | ||||| | |||||||||    
T  29842766 cgacattgcttgttgcttcaaagggtatgatttgggagaggttgaagatattctttgtgcttatcatggtcaatgcatagaatatcatattggagtgttg 29842667  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    |  |||||| ||||    
T  29842666 gtcgaaaaaactct 29842653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 27664050 - 27663960
Alignment:
Q  39 atccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggatgtg 129  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||| |||| || ||||| ||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27664050 atccaaaagatacttaaagtaagctttgatactttggaagaagaacaacagagtgtctttttggatattgcttgttgcttcaaaggatgtg 27663960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 27591894 - 27591727
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    ||||||||||  ||||| ||  |||||  ||||| | |||||| ||||||||| | | |||||||||||||| || |||||| || ||||||||||| ||    
T  27591894 tacattagataagtatggaagaattccacataaagatatccaaaagatacttagactcagctatgatgctttggaagaagaggagcagagtgtctttttg 27591795  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
    || |||||||||||| ||||||||||| ||| | || | ||  || | ||||||| ||||||||||||    
T  27591794 gatattgcttgttgcatcaaaggatgtagattggagaaagtcaaacagatacttcatgctcattatgg 27591727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 65 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 28097253 - 28097094
Alignment:
Q  65 tgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcat 164  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |  || ||| ||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  28097253 tgatgctttggaggaagatgagaggagtgtttttctcgacattgcttgttgcttcaaagggtataaattgaaagaggtggaagatatgctttgtgctcat 28097154  T
Q  165 tatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctgaaaaatctcttgttaagatt 224  Q
    || || ||  |||| | | ||||  | |||||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  28097153 tacggtcaacgcatgagatatcacattggagtgttggttaaaaaatctcttgtgaagatt 28097094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 27676493 - 27676367
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    ||||||||||  ||||| ||  |||||  ||||| | |||||| ||||||||| | | |||||||||||||| || |||||| || ||||||||||| ||    
T  27676493 tacattagataagtatggaagaattccacataaagatatccaaaagatacttagactgagctatgatgctttggacgaagaggagcagagtgtctttttg 27676394  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgt 128  Q
    || |||||||||||| |||||||||||    
T  27676393 gatattgcttgttgcatcaaaggatgt 27676367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 32 - 211
Target Start/End: Original strand, 2186165 - 2186344
Alignment:
Q  32 taaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggatgtgga 131  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||  |||| ||  | |||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  2186165 taaaaacatccaacagatacttaaagtcagctttgatgctttgcaggaggaagataagagtctctttctcgacattgcttgttttttcaaaggatgtaga 2186264  T
Q  132 -tggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctgaaaaatc 211  Q
     ||||| ||| |  |||||||||||  ||||||||||    ||||||| | | ||||| | |||||||||| |||||||||    
T  2186265 ctggaa-gagttccaagatatacttgatgctcattatacttattgcatcaaaaatcatattggagtgttggttgaaaaatc 2186344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 90 - 214
Target Start/End: Original strand, 26938426 - 26938550
Alignment:
Q  90 agtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatc 189  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||||||| || ||| ||| |   ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| | |||||     
T  26938426 agtgtctttctggatattacgtgttgcttcaatgggtgtagattggctgaggttgaagataaacttcatgctcattatggtcattgcataaaaaatcatg 26938525  T
Q  190 taggagtgttggctgaaaaatctct 214  Q
    | |||||||||| | | ||||||||    
T  26938526 ttggagtgttggttaataaatctct 26938550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 5 - 124
Target Start/End: Original strand, 29827298 - 29827417
Alignment:
Q  5 attagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaaga-gcagaagagtgtctttctgga 103  Q
    ||||||| | ||||||| |||||| |||||| |||||||| | ||||||||| |||| | ||||||||| |||||||| | | ||| |||| ||||| ||    
T  29827298 attagatagatatgaaaggattcctaataaagagatccaaaatatacttaaaataagttttgatgctttggaggaagatgaacaag-gtgtttttctcga 29827396  T
Q  104 cattgcttgttgcttcaaagg 124  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  29827397 cattgcttgttgcttcaaagg 29827417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 73
Target Start/End: Original strand, 25539851 - 25539923
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgcttt 73  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  25539851 gtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaagatatccaaaggatacttcaagtaagctatgatgcttt 25539923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 113
Target Start/End: Original strand, 26978726 - 26978800
Alignment:
Q  39 atccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||  ||||||||||| |||| |||||||||    
T  26978726 atccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttggacgaagaacaacagagtgtctttttggatattgcttgt 26978800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 118
Target Start/End: Original strand, 28240678 - 28240778
Alignment:
Q  14 gtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||    | ||||||||| ||| ||||  || | ||||| ||||| ||||||||||||    
T  28240678 gtatgaaaggattccaaataaagagatccaaaagatacttaaagt----tttgatgctttggagaaagatgagcaaagtgtttttctcgacattgcttgt 28240773  T
Q  114 tgctt 118  Q
    |||||    
T  28240774 tgctt 28240778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 39 - 113
Target Start/End: Original strand, 26960471 - 26960545
Alignment:
Q  39 atccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| ||  ||||||||||| |||| |||||||||    
T  26960471 atccaaaagatacttaaagtaagctatgacgctttggctgaagaacaacagagtgtctttttggatattgcttgt 26960545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 4 - 126
Target Start/End: Original strand, 29469523 - 29469645
Alignment:
Q  4 cattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctgga 103  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||  ||||||||||||||  ||||||  || | |||| |||||||||  |||||||  |||||  ||| ||||| ||    
T  29469523 cattagatcgttatgaaaggattcctgataaaaagatccaaacgatactacaacttagctttgatgctttgcaggaagaagagaagtctgtttttcttga 29469622  T
Q  104 cattgcttgttgcttcaaaggat 126  Q
    |||||| || |||||||||||||    
T  29469623 cattgcctgctgcttcaaaggat 29469645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 29727807 - 29727698
Alignment:
Q  18 gaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgct 117  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||  || |||  |||| |||| ||||||| | ||||| ||  |||||  ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  29727807 gaaaaaattcctcataaaaagatccaaatgacactacaagtgagctttgatgctctggaggacgaagagaagtttgtttttcttgacattgcttgttgct 29727708  T
Q  118 tcaaaggatg 127  Q
    ||||||||||    
T  29727707 tcaaaggatg 29727698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #51
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 126
Target Start/End: Original strand, 28140844 - 28140968
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||  ||||| || |||   ||||||||||||| |||| ||||  ||| ||| ||||  || | ||||| |||||     
T  28140844 tacattagatcggtatgaaaggattcctcataaagaggtcctgaagatacttaaagtgagctttgatagtttggagaaagatgagcaaagtgtttttctc 28140943  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggat 126  Q
    |||||||||||||| |||| |||||    
T  28140944 gacattgcttgttgtttcagaggat 28140968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #52
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 114
Target Start/End: Original strand, 25075213 - 25075288
Alignment:
Q  39 atccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgtt 114  Q
    |||||| | |||||||||||||||| ||| ||||| || ||||| ||  ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  25075213 atccaaaaaatacttaaagtaagctttgacgctttggacgaagaacaacagagtgtctttttggatattgcttgtt 25075288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #53
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 27336967 - 27336916
Alignment:
Q  3 acattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatactta 54  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  27336967 acattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatacaaaagatactta 27336916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #54
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 27397707 - 27397656
Alignment:
Q  3 acattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatactta 54  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  27397707 acattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatacaaaagatactta 27397656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #55
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 73
Target Start/End: Original strand, 28228395 - 28228452
Alignment:
Q  16 atgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgcttt 73  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||  ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  28228395 atgaaaggattcccattaaaaatatcacagagatacttaaaataagctttgatgcttt 28228452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #56
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 123
Target Start/End: Original strand, 26636992 - 26637076
Alignment:
Q  39 atccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaag 123  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||  ||||||||||| | || |||||||||| ||| ||||    
T  26636992 atccaaaagattcttaaagttagctatgacgctttggatgaagaacaacagagtgtctttttagatattgcttgtttctttaaag 26637076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #57
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 123
Target Start/End: Original strand, 26742958 - 26743042
Alignment:
Q  39 atccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaag 123  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||  ||||||||||| | || |||||||||| ||| ||||    
T  26742958 atccaaaagattcttaaagttagctatgacgctttggatgaagaacaacagagtgtctttttagatattgcttgtttctttaaag 26743042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #58
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 29673821 - 29673757
Alignment:
Q  63 tatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggatg 127  Q
    |||||| ||||  |||||||  |||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  29673821 tatgattctttgcaggaagaagagaagattgtgtttcttgacattgcatgttgcttcaaaggatg 29673757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1870 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold1870
Description:

Target: scaffold1870; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 77 - 300
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||    
T  77 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcagcaaagtgtttttct 176  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  177 agacattgcctgttgcttcaaaggatgtggatggaaggagtttgaagatatactacgtgctcattatggccattgcataaaacatcatctaggagtgttg 276  T
Q  201 gctgaaaaatctcttgttaagatt 224  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  277 gctgaaaaatctctcgttaagatt 300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 8795 - 9018
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||    
T  8795 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagttatgatgctttggaggaagagcagcaaagtgtttttct 8894  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8895 agacattgcctgttgcttcaaaggatgtggatggaaggagtttgaagatatactacgtgctcattatggccattgcataaaacatcatctaggagtgttg 8994  T
Q  201 gctgaaaaatctcttgttaagatt 224  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  8995 gctgaaaaatctctcgttaagatt 9018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 12549 - 12326
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||    
T  12549 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacgagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcagcaaagtgtttttct 12450  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  12449 agacattgcctgttgcttcaaaggatgtggatggaaggagtttgaatatatacttcgtgctcattatggccatcgcataacacatcatctagtagtgttg 12350  T
Q  201 gctgaaaaatctcttgttaagatt 224  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  12349 gctgaaaaatctctcgttaagatt 12326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3586 - 3363
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||    
T  3586 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccaccagatacttaaagtaagctatgatgctttggaggaagagcagcaaagtgtttttct 3487  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  3486 agacattgcctgttgcttcaaaggatgtggatgggaggagtttgaatatatacttcgtgctcattatggccatcgcataacacatcatctagtagtgttg 3387  T
Q  201 gctgaaaaatctcttgttaagatt 224  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  3386 gctgaaaaatctctcgttaagatt 3363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 126; Significance: 4e-65; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 29272712 - 29272499
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  | |||||||||||    
T  29272712 gtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaggatccaccagatacttaaagtaagttatgatgctttggaagaagagcaacaaagtgtctttct 29272613  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | || |   || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29272612 ggacattgcttgttgcttcaaaggttgtgaatgggaagatgccaaatatatacttcattctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtattg 29272513  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    ||||||||||||||    
T  29272512 gctgaaaaatctct 29272499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 13 - 114
Target Start/End: Original strand, 35984619 - 35984720
Alignment:
Q  13 ggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttg 112  Q
    |||||||||  ||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  || | ||||| ||||| |||||||||||    
T  35984619 ggtatgaaaccattcctaataaagacatccaaaagatacttaaagtaagttttgatgctttagaggaagatgagcaaagtgtttttcttgacattgcttg 35984718  T
Q  113 tt 114  Q
    ||    
T  35984719 tt 35984720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 121
Target Start/End: Original strand, 16450236 - 16450326
Alignment:
Q  31 ataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaa 121  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| | || || |||||  ||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  16450236 ataaaaagatcaaagacatacttaaagtcagctatgattccttggatgaagatgagaggagtgtttttcttgacattgcttgtttcttcaa 16450326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 267214 - 267001
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||| || ||||||||||| |    
T  267214 gtacattagatgggtatgataagattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtgagctatgatggtttggaagaagaggagcagagtgtcttttt 267115  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||| || |||| | || |   || ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  267114 agacattgcttgttgcttcaaaggatatgaatgggaagatgccaaacatatacttcattctcattatggccactgcataacacatcatctaggagtgttg 267015  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    ||||||||||||||    
T  267014 gctgaaaaatctct 267001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 28126549 - 28126336
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||  || | |||||||||||    
T  28126549 gtacattagatggatatgaaaagattccaaataaaaagatccaagagatatttaaactaagctatgatgctttggaggaagatgagcaaagtgtctttct 28126450  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
     || || ||||| ||||||||||| | | ||| ||  ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||    
T  28126449 cgatatagcttgctgcttcaaagggtatagattgacagaggttgaaaagatacttcatgctcattatggccattgcataaagcatcatgttggagtgttg 28126350  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    | ||||||||||||    
T  28126349 gttgaaaaatctct 28126336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 28132375 - 28132162
Alignment:
Q  1 gtacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttct 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||| || | |||||||||||    
T  28132375 gtacattagatggatatgaaaagattcctaataaaaagatccatgagatatttaaagtaagttacgatgctttggaggaagaggagcaaagtgtctttct 28132276  T
Q  101 ggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttg 200  Q
    ||| || |||||||||||||| || | | ||| ||    ||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  28132275 ggatatagcttgttgcttcaaggggtatagattgacaatggtcgaagagatacttcatgctcataatggccattgcataaaacatcatgttggagtgttg 28132176  T
Q  201 gctgaaaaatctct 214  Q
    |  |||||||||||    
T  28132175 gtcgaaaaatctct 28132162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 5922342 - 5922218
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||| | ||||||| ||||||  |||||||||| |||  | | || ||||| |||| ||||||||| || |||||  |||| ||||| |||||     
T  5922342 tacattagatcgttatgaaaggattcctgataaaaagatgcaaacgttgctaaaagtgagctttgatgctttggaagaagaagagaaaagtgtttttctt 5922243  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggat 126  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  5922242 gatattgcttgttgcttcaaaggat 5922218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 214
Target Start/End: Original strand, 26137209 - 26137409
Alignment:
Q  14 gtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||||| ||||||  || || | |||||| | ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||  | ||||| ||| |||| |||||||||    
T  26137209 gtatgaaaggattccacatgaagatatccaaaacatacttagagtaagctatgatgctttggacgaagaacaacaaagtgtatttttggatattgcttgt 26137308  T
Q  114 tgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctgaaaaatctc 213  Q
    ||||||||||| |||  || ||  || ||  || | ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |  |||| | |||||||||| ||| ||| |||    
T  26137309 tgcttcaaagggtgtaaattgacagaagtccaaaagatacttcatgctcgttatgaccattgcataaaaagtcatgttggagtgttggttgataaagctc 26137408  T
Q  214 t 214  Q
    |    
T  26137409 t 26137409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 2412 - 2200
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||     
T  2412 tacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatccaaaagatacttaaagtaagttatgatgctttggaggaagagcagcaaagtgtctttcta 2313  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  |||| | || |   || ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2312 gacattgcttgttgcttcaaaagatgtaaatgggaagatgccaaatatatacttaattctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttgg 2213  T
Q  202 ctgaaaaatctct 214  Q
     ||||||||||||    
T  2212 ttgaaaaatctct 2200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 180
Target Start/End: Original strand, 60878 - 61056
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| || | |||||||||||     
T  60878 tacattagattggtatgaaaagattcccaataaagagatccaaagaatacttaaagtgagctatgattctttggaggaagaggagcaaagtgtctttcta 60977  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataa 180  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||| |  ||||  |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  60978 gacattgcttgttgcttcaaaggttgtaaatgggaaaaggtcaaagaaatacttcatgctcattatggtcattgcataa 61056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 2 - 180
Target Start/End: Original strand, 18075070 - 18075248
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| || | |||||||||||     
T  18075070 tacattagattggtatgaaaagattcccaataaagagatccaaagaatacttaaagtgagctatgattctttggaggaagaggagcaaagtgtctttcta 18075169  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataa 180  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||| |  ||||  |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  18075170 gacattgcttgttgcttcaaaggttgtaaatgggaaaaggtcaaagaaatacttcatgctcattatggtcattgcataa 18075248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 18698269 - 18698143
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    ||||||||||  ||||||||  |||||  || || | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||  | ||||||||| ||    
T  18698269 tacattagataagtatgaaagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttggacgaagaacaacaaagtgtctttttg 18698170  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgt 128  Q
    || |||||||||| |||||||||||||    
T  18698169 gatattgcttgtttcttcaaaggatgt 18698143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 18730373 - 18730247
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    ||||||||||  ||||||||  |||||  || || | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||  | ||||||||| ||    
T  18730373 tacattagataagtatgaaagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttggacgaagaacaacaaagtgtctttttg 18730274  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgt 128  Q
    || |||||||||| |||||||||||||    
T  18730273 gatattgcttgtttcttcaaaggatgt 18730247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 18688458 - 18688369
Alignment:
Q  39 atccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggatgt 128  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||  | ||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  18688458 atccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttggacgaagaacaacaaagtgtctttttggatattgcttgtttcttcaaaggatgt 18688369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 7 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 5089818 - 5089611
Alignment:
Q  7 tagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacat 106  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||| | |||||| ||||||||| ||| |||| | ||  |||||  ||| |  || ||||||| || || |||||    
T  5089818 tagatgagtatgaaaggattcctaataaagaaatccaaaagatacttatagtgagctttaataatttaggtgaatatgagcagagtgttttcctcgacat 5089719  T
Q  107 tgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctgaa 206  Q
    ||||||||| |||||||||| | | | | | ||||| ||| |||||||| |||||||||||||  ||||||| | | ||||| |||||  ||||| |||     
T  5089718 tgcttgttgtttcaaaggatatagcttggatgaggtcgaatatatactttgtgctcattatggttattgcatgaaatatcatataggaaagttggttgat 5089619  T
Q  207 aaatctct 214  Q
    ||||||||    
T  5089618 aaatctct 5089611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 18678429 - 18678303
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    ||||||||||  ||||||||  |||||  || || | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||  | | ||||||| ||    
T  18678429 tacattagataagtatgaaagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttggacgaagaacaacaaattgtctttttg 18678330  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgt 128  Q
    || |||||||||| |||||||||||||    
T  18678329 gatattgcttgtttcttcaaaggatgt 18678303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 18722954 - 18722828
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    ||||||||||  ||||||||  |||||  || || | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||| ||  | ||||||||| ||    
T  18722954 tacattagatatgtatgaaagaattccagatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagctttgatgctttgggcgaagaacaacaaagtgtctttttg 18722855  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgt 128  Q
    || |||||||||| |||||||||||||    
T  18722854 gatattgcttgtttcttcaaaggatgt 18722828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 18654346 - 18654220
Alignment:
Q  2 tacattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctg 101  Q
    ||||||||||  ||||||||  |||||  || || | |||||| |||||||||||||||| | ||||||||| || ||||| ||  | ||||||||| ||    
T  18654346 tacattagataagtatgaaagaattccacatgaagatatccaaaagatacttaaagtaagttttgatgctttggatgaagaacaacaaagtgtctttttg 18654247  T
Q  102 gacattgcttgttgcttcaaaggatgt 128  Q
    || ||||||||||  ||||||||||||    
T  18654246 gatattgcttgtttgttcaaaggatgt 18654220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 57155 - 57000
Alignment:
Q  14 gtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||| ||| ||||| |||||| |||||    
T  57155 gtatgaaaggattcccattaaaaagatccaagagatacttaaagtaagctttgatgctttggaggaagatgagaagaatgtttttctcgacatttcttgt 57056  T
Q  114 tgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
    | |||  |||||||||  |  || || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  57055 ttcttagaaggatgtgatttaaaagaagttgaagatatacttcatgctcattatgg 57000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 3)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 4 - 169
Target Start/End: Original strand, 44268 - 44433
Alignment:
Q  4 cattagatgggtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctgga 103  Q
    |||||||| |||||  || |||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || ||| ||| ||||| ||    
T  44268 cattagatcggtatagaaggattccgattaaaaagatacaggagatacttaaagtaagctttgatgctttggagaaagatgagcagaatgtttttctcga 44367  T
Q  104 cattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaagatatacttcgtgctcattatgg 169  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |   | ||| ||  ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  44368 cattgcttgctgcttcaaaggatataatttgaaagaacttgaagatatactttatgctcattatgg 44433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 118
Target Start/End: Original strand, 40840 - 40940
Alignment:
Q  14 gtatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgt 113  Q
    |||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||    | ||||||||| ||| ||||  || | ||||| ||||| ||||||||||||    
T  40840 gtatgaaaggattccaaataaagagatccaaaagatacttaaagt----tttgatgctttggagaaagatgagcaaagtgtttttctcgacattgcttgt 40935  T
Q  114 tgctt 118  Q
    |||||    
T  40936 tgctt 40940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 73
Target Start/End: Original strand, 28893 - 28950
Alignment:
Q  16 atgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgcttt 73  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||  ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  28893 atgaaaggattcccattaaaaatatcacagagatacttaaaataagctttgatgcttt 28950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 9e-17; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 224
Target Start/End: Original strand, 16692222 - 16692398
Alignment:
Q  48 atacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggatgtggatggaaggaggttgaag 147  Q
    |||||||||||||| | ||||  ||| ||||||||  | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  | || ||| |||||      
T  16692222 atacttaaagtaagttttgatagtttggaggaagatgaaaagagtgtttttttggacattgcttgttgcttcaaaggatatgatttgacggaagttgagt 16692321  T
Q  148 atatacttcgtgctcattatggccattgcataacacatcatctaggagtgttggctgaaaaatctcttgttaagatt 224  Q
     ||||||| |||||||||||||  | ||||||| | | ||| | ||||| |||| ||||||||| ||| | ||||||    
T  16692322 ttatactttgtgctcattatggtaaatgcataaaataccatattggagtattggttgaaaaatcccttataaagatt 16692398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 124
Target Start/End: Original strand, 3280981 - 3281090
Alignment:
Q  15 tatgaaaagattcccaataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgtt 114  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||| ||  ||||||||||||| || | ||||||||| ||||||||  || | ||||| ||||| |||||||||||||    
T  3280981 tatgaaaggattcctaataaagagattcagaagatacttaaagtgagttttgatgctttggaggaagacgagcaaagtgtttttctcgacattgcttgtt 3281080  T
Q  115 gcttcaaagg 124  Q
    |||| |||||    
T  3281081 gctttaaagg 3281090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 39 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 17992051 - 17991967
Alignment:
Q  39 atccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaag 123  Q
    |||||| | ||||| ||| |||||| ||||||| | || ||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  17992051 atccaaaatatactaaaaataagctttgatgctctggatgaagaacaaaagagtgtctttttggatattgcttgttgcttcaaag 17991967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 238709 - 238614
Alignment:
Q  31 ataaaaagatccaagagatacttaaagtaagctatgatgctttagaggaagagcagaagagtgtctttctggacattgcttgttgcttcaaaggat 126  Q
    ||||||||||||||  || |||  || ||||||||||||||||| |||||||  |||| | ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  238709 ataaaaagatccaaatgacactacaactaagctatgatgctttacaggaagaagagaaaattgtttttcttgacattgcatgttgcttcaaaggat 238614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University