View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8878_low_8 (Length: 277)

Name: NF8878_low_8
Description: NF8878
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8878_low_8
NF8878_low_8
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (1-256)||(13094569-13094824)
chr1 (1-256)||(13129998-13130253)
chr1 (4-260)||(13161694-13161950)
chr1 (7-239)||(13007376-13007608)
chr1 (4-239)||(13101173-13101408)
chr1 (4-239)||(13069960-13070195)
chr1 (4-225)||(13204632-13204853)
chr1 (3-239)||(19727325-19727561)
chr1 (1-236)||(30367895-30368130)
chr1 (124-239)||(13244302-13244417)
chr1 (25-239)||(13271780-13271997)
chr1 (25-236)||(19278952-19279166)
chr1 (140-239)||(12963692-12963791)
chr1 (30-95)||(13065141-13065206)
chr1 (144-223)||(13214132-13214211)
chr1 (25-95)||(12963803-12963873)
chr1 (39-244)||(13080641-13080849)
chr1 (139-239)||(13064997-13065097)
chr1 (1-239)||(13086277-13086518)
chr1 (36-94)||(13244450-13244508)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (142-239)||(31396459-31396557)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (20-74)||(36668314-36668368)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-74)||(12164462-12164516)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 13094569 - 13094824
Alignment:
Q  1 tcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatcca 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13094569 tcagatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatcca 13094668  T
Q  101 catccctcaaagtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagcca 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13094669 catccctcaaagtaatccgataatcctctcgtgttaaccaattatctctgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagcca 13094768  T
Q  201 gaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttccggcaaatatcatagtaa 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13094769 gaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttccggcaaatatcatagtaa 13094824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Original strand, 13129998 - 13130253
Alignment:
Q  1 tcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatcca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13129998 tcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatcca 13130097  T
Q  101 catccctcaaagtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagcca 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13130098 catgcctcaaagtaatccgattaccctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagcca 13130197  T
Q  201 gaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttccggcaaatatcatagtaa 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||    
T  13130198 gaaaaaccaactgagagctgaactaattgaaccatttccggcaaaaaacatagtaa 13130253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 4 - 260
Target Start/End: Original strand, 13161694 - 13161950
Alignment:
Q  4 gatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacat 103  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13161694 gatttgattgcacagatatgctcaaaaggtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagaaccacat 13161793  T
Q  104 ccctcaaagtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaa 203  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13161794 ccctcaaaataatccgattatcctcttgtgttagccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaaggagccagaa 13161893  T
Q  204 aaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttccggcaaatatcatagtaagtgc 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  13161894 aaaccaactgagagctgaactaattgaaccatttccggcaaacaccatagtgagtgc 13161950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 239
Target Start/End: Original strand, 13007376 - 13007608
Alignment:
Q  7 ttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacatccc 106  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  13007376 ttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctccatggaggtacactagcttatcaagatccacatctc 13007475  T
Q  107 tcaaagtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaa 206  Q
    |||||| | || |||| |||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  13007476 tcaaaggagtctgattctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaa 13007575  T
Q  207 ccaactgagagctgaactaattgtaccatttcc 239  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  13007576 ccaactgagacctgaactaattgtgccatttcc 13007608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 239
Target Start/End: Original strand, 13101173 - 13101408
Alignment:
Q  4 gatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacat 103  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  13101173 gatttgattgaacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacactagcttatcaagatactcat 13101272  T
Q  104 ccctcaaagtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaa 203  Q
    | ||| ||| |||| |||| |||||||||||    || ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  13101273 ctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaa 13101372  T
Q  204 aaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttcc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  13101373 aaaccaactgagagctgaactaactgggccatttcc 13101408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 4 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13070195 - 13069960
Alignment:
Q  4 gatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacat 103  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13070195 gatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctccatgaaggtacactagattatcaagatccacat 13070096  T
Q  104 ccctcaaagtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaa 203  Q
    | ||| ||| | || |||| |||||||||||   ||| |||||||| || |||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  13070095 ctctccaaggagtctgattctcctcttgtgtgggccagttatcttttatttcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaa 13069996  T
Q  204 aaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttcc 239  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||    
T  13069995 aaaccaactgagacctgaagtaactgtgccatttcc 13069960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 225
Target Start/End: Original strand, 13204632 - 13204853
Alignment:
Q  4 gatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacat 103  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||    
T  13204632 gatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctccatgaaggtacactagcttatcaagatactcat 13204731  T
Q  104 ccctcaaagtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaa 203  Q
    | ||| ||| |||| |||| |||||||||||    || ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||| ||| |||| |||||| ||    
T  13204732 ctctcgaaggaatctgattctcctcttgtgtaggacagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccaaaa 13204831  T
Q  204 aaaccaactgagagctgaacta 225  Q
    ||||||||| ||| ||||||||    
T  13204832 aaaccaacttagacctgaacta 13204853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 3 - 239
Target Start/End: Original strand, 19727325 - 19727561
Alignment:
Q  3 agatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccaca 102  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||| || ||||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19727325 agatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttaacatagatctccgtggaggtacactagcttatcaagatccaca 19727424  T
Q  103 tccctcaaagtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccaga 202  Q
    || ||||||| | || | || |||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||| |||||  |||| |||||||||| ||| |||| |||||| |    
T  19727425 tctctcaaaggagtctggttctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggcttcgacaataggatgagtcgaaacaagccaaa 19727524  T
Q  203 aaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttcc 239  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||||||    
T  19727525 aaaaccaactgagacctgtactaactgggccatttcc 19727561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 30368130 - 30367895
Alignment:
Q  1 tcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatcca 100  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||||||||| || |||||| | ||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||         
T  30368130 tcagatttgattgcactgataagctcaaaaggtacagtaggatacaacctcatggattcacatatagctccatggaggtagactagcttatcaaggcttt 30368031  T
Q  101 catccctcaaagtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagcca 200  Q
    |  || |  |||| |||| ||| || | || || ||  ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  30368030 ccaccattgaagttatccaattctcatgttttgatacacaattatctttgatctcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagcca 30367931  T
Q  201 gaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatt 236  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||    
T  30367930 gaaaaaccaactgagacttgaactaagtgtgccatt 30367895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 124 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13244417 - 13244302
Alignment:
Q  124 tcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaac 223  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||| |||||||| |||||| || |||||||| ||| ||||||    
T  13244417 tcctcttgtgttagacaattatctttgatctcttgaataattttcgcttccccaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaac 13244318  T
Q  224 taattgtaccatttcc 239  Q
    ||||||| ||||||||    
T  13244317 taattgttccatttcc 13244302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 25 - 239
Target Start/End: Original strand, 13271780 - 13271997
Alignment:
Q  25 tcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacatccctcaaagta---atccgat 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||| |  ||||||||||  |   || |  | ||| ||   |||  ||    
T  13271780 tcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgcatgaaggtaaatcagcttatcaatgttttcaacatttaaattattgatcaaat 13271879  T
Q  122 tatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctga 221  Q
    | |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| |||||||| |||||| || |||||||| ||| ||||    
T  13271880 tctcctcttgtgttagacaatgatctttgatctcttgaataagttttgcttccacattaggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctga 13271979  T
Q  222 actaattgtaccatttcc 239  Q
    ||||| ||| ||||||||    
T  13271980 actaactgttccatttcc 13271997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 19279166 - 19278952
Alignment:
Q  25 tcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatccacatccctcaaa---gtaatccgat 121  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||     | || |||   || |||  ||    
T  19279166 tcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcacatatagctccatgaagataaactagcttatcaagctctttcacactaaaatttgtgatcaaat 19279067  T
Q  122 tatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctga 221  Q
    ||||||||| |||||| || ||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| |  ||||| || |||||| ||||| | ||    
T  19279066 tatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccga 19278967  T
Q  222 actaattgtaccatt 236  Q
    ||||||||| |||||    
T  19278966 actaattgttccatt 19278952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 140 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 12963791 - 12963692
Alignment:
Q  140 aattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttcc 239  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||   |||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||| ||| ||||||||| ||| ||| ||||    
T  12963791 aattatctttaatctcttgaataattttagtttccacaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcc 12963692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 30 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 13065206 - 13065141
Alignment:
Q  30 aggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaag 95  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||    
T  13065206 aggtacaggaggataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaattagtttatcaag 13065141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 223
Target Start/End: Original strand, 13214132 - 13214211
Alignment:
Q  144 atctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaac 223  Q
    |||||| || |||||||| |||||  ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  13214132 atcttttatttcttgaataattttagcttccacaataagatgagttgaaacaagccagaaaaaccaaatgagacctgaac 13214211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 12963873 - 12963803
Alignment:
Q  25 tcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaag 95  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| || || || |||||||||||    
T  12963873 tcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctccatgaagataaacaagcttatcaag 12963803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 39 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 13080849 - 13080641
Alignment:
Q  39 aggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaag---atccacatccctcaa--agtaatccgattatcctcttgtg 133  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    ||||||  ||| ||  ||  ||   ||| || || |||     
T  13080849 aggatatagccttaaggcttcacatatggctccatgaaggtaaactagcttatcaagctcttccaca--cctaaattagcgataaaattctcatcgtgtt 13080752  T
Q  134 ttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgtacc 233  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||  | || ||  ||||||  |||||||  ||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||    
T  13080751 ttaaacaattatctttgatctcttgaataattttaccatctaccctaggatgcgttgaaaccagccaaaaaaaccaagtgagacctgtactaattgttcc 13080652  T
Q  234 atttccggcaa 244  Q
    |||||| ||||    
T  13080651 atttcctgcaa 13080641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 139 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13065097 - 13064997
Alignment:
Q  139 caattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttc 238  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||| ||||| |  ||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| || ||||    
T  13065097 caattatctttcatctcttgaataatcttggcttccacaacaggatgacatgaaacaagccaaaagaaccaactgagacctgaactaactgtgccgtttc 13064998  T
Q  239 c 239  Q
    |    
T  13064997 c 13064997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 13086277 - 13086518
Alignment:
Q  1 tcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaagatcca 100  Q
    |||| |||||||| |||  | |||| ||| |||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |       
T  13086277 tcagctttgattgcacacttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagctttt 13086376  T
Q  101 catccctcaa---agtaatccgattatcctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaagaag 197  Q
    || | || ||   ||| | |  ||||||||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| ||   || |||||||| |||    
T  13086377 caactcttaaattagtgaccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgaaatgagttgaaacaag 13086476  T
Q  198 ccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttcc 239  Q
    |||  | |||||||| ||| ||||||||| ||| ||| ||||    
T  13086477 ccaagagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcc 13086518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 13244508 - 13244450
Alignment:
Q  36 aggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatactagcttatcaa 94  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||    
T  13244508 aggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaa 13244450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 142 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 31396557 - 31396459
Alignment:
Q  142 ttatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaataggataagttgaaag-aagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatttcc 239  Q
    |||||||  ||||||||||| |||||  |||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||    
T  31396557 ttatcttgaatctcttgaataattttggcttccacattaggatgagttgaaaacaagccagaaaaaccaaccgagacttgaactaattgtgccatttcc 31396459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 74
Target Start/End: Original strand, 36668314 - 36668368
Alignment:
Q  20 tatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatg 74  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  36668314 tatgctcaaaaggtattggtggataaagccttaaggcttcacataaagctccatg 36668368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 74
Target Start/End: Original strand, 12164462 - 12164516
Alignment:
Q  20 tatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatg 74  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  12164462 tatgctcaaaaggtatcggcggataaagcctcaaggcttcacataaagctccatg 12164516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University