View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8879_3 (Length: 329)

Name: NF8879_3
Description: NF8879
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8879_3
NF8879_3
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (13-217)||(20063729-20063933)
chr7 (16-187)||(20302491-20302662)
chr7 (22-184)||(20169288-20169450)
chr7 (16-186)||(20293289-20293459)
chr7 (16-187)||(20287921-20288092)
chr7 (15-165)||(20230329-20230479)
chr7 (16-172)||(20272482-20272638)
chr7 (17-187)||(20300419-20300586)
chr7 (16-187)||(20282805-20282976)
chr7 (283-329)||(20063617-20063663)
chr7 (16-156)||(20278226-20278366)
chr7 (16-165)||(20242280-20242429)
chr7 (116-200)||(20090294-20090378)
chr7 (37-161)||(20262919-20263043)
chr7 (44-126)||(19937723-19937805)
chr7 (44-126)||(19968862-19968944)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-168)||(40820400-40820552)
chr4 (46-187)||(40825048-40825190)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 13 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 20063933 - 20063729
Alignment:
Q  13 gagacaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaact 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20063933 gagacaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaact 20063834  T
Q  113 tacttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggtatgccataagtgttgttgttaaatcatct 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20063833 tacttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggtatgccataagtgttgttgttaaatcatct 20063734  T
Q  213 gaaac 217  Q
    |||||    
T  20063733 gaaac 20063729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 187
Target Start/End: Original strand, 20302491 - 20302662
Alignment:
Q  16 acaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttac 115  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||    
T  20302491 acaccagatatatgcagaagcttatgcttggagaattgctcttgcactgcatactccaacgatgctgggattggctgcatgtcttggactgggaatttac 20302590  T
Q  116 ttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggtatgc 187  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |  |  |||||||||||||||    
T  20302591 ttgacatacaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgcgtacctgagacagagcttggtatgc 20302662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 22 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 20169450 - 20169288
Alignment:
Q  22 gacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttacttgaca 121  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| || ||| | |||| |||||||||||||||| ||||||| || ||  ||| |||||    
T  20169450 gacatatgcagaagcctatgcttggagaattgctcttgccttgcatattctcatgatgatgggattggttgtatgtcttggaccggcaatctacgtgaca 20169351  T
Q  122 tacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggta 184  Q
    |||||||| | ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  20169350 tacaacaatttcaaagaggaggacttgatctatatgttcgcgtagccaatggagaacttggta 20169288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 186
Target Start/End: Original strand, 20293289 - 20293459
Alignment:
Q  16 acaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttac 115  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| ||| | |||||||| |||| |||||| ||| | ||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||  |||    
T  20293289 acaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgcgtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactggaaatctac 20293388  T
Q  116 ttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggtatg 186  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| |||||| | ||||| |||||||||    
T  20293389 ttgacatacatcaactccaaagtggaggactcgatctatatgttcgtgtagcctacgcagaacttggtatg 20293459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 187
Target Start/End: Original strand, 20287921 - 20288092
Alignment:
Q  16 acaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttac 115  Q
    ||||| |||||||| |||||   |||||| |||||||||||||||| ||| || ||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||     
T  20287921 acaccagacatatgtagaagccgatgcttagagaattgctcttgcattgcatattctcacaccgctgggattggttgtatgtcttggactgggaatctaa 20288020  T
Q  116 ttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggtatgc 187  Q
    |||| ||||||||| || |||  ||||| |||||| ||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  20288021 ttgatatacaacaattcaaaaatggagggcttgatttatatgttcgtgtagcctatgcagaacttggtatgc 20288092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Original strand, 20230329 - 20230479
Alignment:
Q  15 gacaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaactta 114  Q
    |||||| |||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||   |||||| ||| | |||| ||||||||| |||||| ||||||| || ||  ||    
T  20230329 gacacctgacagatgcagaatcttatgtttggagaattgctcttgtgttgcgtattctcatgatgatgggattggctgtatgtcttggaccggcaatcta 20230428  T
Q  115 cttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgta 165  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  20230429 cttgacatacaacaattccaaagtggaggacttgacctatatgttcgcgta 20230479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Original strand, 20272482 - 20272638
Alignment:
Q  16 acaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttac 115  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| || ||| | |||| ||||||||| ||||||   |||||||  ||  |||    
T  20272482 acacctgacatatgcagaagcctatgcttggagaattgctcttgccttgcatattctcatgatgatgggattggctgtatgctgtggactgcaaatctac 20272581  T
Q  116 ttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatg 172  Q
    ||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||    
T  20272582 ttgacatacaacagcttgaaatgggaggactcgatctatatgttcgtatagcccatg 20272638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 187
Target Start/End: Original strand, 20300419 - 20300586
Alignment:
Q  17 caccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttact 116  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||  |||| | ||| | |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  || |    
T  20300419 caccagacatatgcagaagcttatgcttgtagaattgctcatgcgttgcgaattctcatgatgctggaattggttgtatgtcttggactaggaatctaat 20300518  T
Q  117 tgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggtatgc 187  Q
    ||| ||   ||||||  |||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  20300519 tgatat---acaactagaaagtggaggacttgatctatatgttcgagtagcccatgcagaacctggtatgc 20300586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 187
Target Start/End: Original strand, 20282805 - 20282976
Alignment:
Q  16 acaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttac 115  Q
    ||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||  ||| || ||  | ||| | | |||||| |||||| | ||||| |||||  |||    
T  20282805 acaccagacatttgcagaagcctatgcttggagaattgttcttgccttgcatattcccatgattccgtgattggctgtatgtcgtggacagggaaactac 20282904  T
Q  116 ttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggtatgc 187  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||  |||  ||||||| ||||||||||    
T  20282905 ttgacatacaacaactccaaagtggaggacttgatctatatgtccgcacagcgtatgcagaacttggtatgc 20282976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 283 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 20063663 - 20063617
Alignment:
Q  283 atttcccattatacagatagagggggaaataaaacagtcatcattac 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20063663 atttcccattatacagatagagggggaaataaaacagtcatcattac 20063617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 156
Target Start/End: Original strand, 20278226 - 20278366
Alignment:
Q  16 acaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttac 115  Q
    ||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||||  ||| || ||  | ||| | | |||||| |||||| | ||||| |||||  |||    
T  20278226 acaccagacatttgcagaagcctatgcttggagaattgttcttgccttgcatattcccatgattccgtgattggctgtatgtcgtggacagggaaactac 20278325  T
Q  116 ttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatat 156  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  20278326 ttgacatacaacaactcgaaagtggaggacttgatctatat 20278366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 16 - 165
Target Start/End: Original strand, 20242280 - 20242429
Alignment:
Q  16 acaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttac 115  Q
    ||||| |||| ||||||||  ||||| || ||||||||||||||   |||||| ||| |  ||| || |||||| |||||| ||||||| || ||  |||    
T  20242280 acacctgacacatgcagaatcttatgtttagagaattgctcttgtgttgcgtattctcatcatgatgtgattggctgtatgtcttggaccggcaatctac 20242379  T
Q  116 ttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgta 165  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  20242380 ttgacatagaacaattcgaaattggaggacttgacctatatgttcgcgta 20242429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 116 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 20090378 - 20090294
Alignment:
Q  116 ttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggtatgccataagtgttgtt 200  Q
    |||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||  |||| ||| ||||||||    
T  20090378 ttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagcccacacagagcttgtaatgctatatgtgttgtt 20090294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 37 - 161
Target Start/End: Original strand, 20262919 - 20263043
Alignment:
Q  37 ttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttacttgacatacaacaactccaaa 136  Q
    ||||| |||||||||||||||||   |||||| ||| |  ||| || |||||| |||||| |||||||  | ||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  20262919 ttatgtttggagaattgctcttgtgttgcgtattctcatcatgatgtgattggctgtatgtcttggacccgaaatctacttgacatacaacaattccaaa 20263018  T
Q  137 tgggaggacttgatctatattttcg 161  Q
      ||||||||||| |||||| ||||    
T  20263019 gtggaggacttgacctatatattcg 20263043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 126
Target Start/End: Original strand, 19937723 - 19937805
Alignment:
Q  44 tggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttacttgacatacaa 126  Q
    ||||||||||||||||   ||| || ||| | |||||||  |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  19937723 tggagaattgctcttgtgttgcatattcttatgatgctgacattggttgtatgtcttggactgggaacctagttgacatacaa 19937805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 126
Target Start/End: Original strand, 19968862 - 19968944
Alignment:
Q  44 tggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttacttgacatacaa 126  Q
    ||||||||||||||||   ||| || ||| | |||||||  |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  19968862 tggagaattgctcttgtgttgcatattcttatgatgctgacattggttgtatgtcttggactgggaacctagttgacatacaa 19968944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 40820552 - 40820400
Alignment:
Q  16 acaccggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttac 115  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||  || | |||||||| |||  |||||| ||| | ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||  |||    
T  40820552 acaccagacatatgcagaagcttatgtctgcacaattgctcctgcgttgcgtattctcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctac 40820453  T
Q  116 ttgacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcc 168  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  40820452 ttgacatacatcaactccaaagtggaggactcgatctatatgttcgtgtagcc 40820400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 46 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 40825190 - 40825048
Alignment:
Q  46 gagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttacttgacatacaacaactcc-aaatgggagga 144  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||| ||    ||||||||||||||||| |||||||||| ||  || |||| ||||||||| | | |||  ||||||    
T  40825190 gagaattgctcttgcattgcatattctcacaccactgggattggttgtatgtcttggactggcaatctaattgatatacaacaaattctaaaatggagga 40825091  T
Q  145 cttgatctatattttcgcgtagcccatgcagagcttggtatgc 187  Q
    |||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  40825090 cttgatctatatgttcgtgtagcctatgcagaacttggtatgc 40825048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University