View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8883_low_2 (Length: 531)

Name: NF8883_low_2
Description: NF8883
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8883_low_2
NF8883_low_2
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (12-513)||(11445126-11445627)
chr4 (12-513)||(11547463-11547964)
chr4 (12-512)||(11507233-11507733)
chr4 (12-512)||(11468116-11468598)
chr4 (12-512)||(11522863-11523345)
chr4 (12-478)||(34775858-34776327)
chr4 (12-426)||(34784125-34784539)
[»] scaffold0794 (1 HSPs)
scaffold0794 (12-512)||(1890-2390)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 513
Target Start/End: Original strand, 11445126 - 11445627
Alignment:
Q  12 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445126 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 11445225  T
Q  112 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445226 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 11445325  T
Q  212 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagaggctaagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445326 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaataggctgagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 11445425  T
Q  312 catgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 411  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11445426 cacgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 11445525  T
Q  412 gttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactt 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11445526 gttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaggcgcaagagacgatacaggacactaactt 11445625  T
Q  512 tc 513  Q
    ||    
T  11445626 tc 11445627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 11547964 - 11547463
Alignment:
Q  12 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547964 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 11547865  T
Q  112 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547864 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 11547765  T
Q  212 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagaggctaagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547764 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaataggctgagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 11547665  T
Q  312 catgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 411  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11547664 cacgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 11547565  T
Q  412 gttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactt 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11547564 gttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaggcgcaagagacgatacaggacactaactt 11547465  T
Q  512 tc 513  Q
    ||    
T  11547464 tc 11547463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 11507733 - 11507233
Alignment:
Q  12 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11507733 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 11507634  T
Q  112 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 211  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11507633 ttcaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 11507534  T
Q  212 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagaggctaagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  11507533 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagagactgagttccttctcctcagtgagccatttcgtagaggagtacca 11507434  T
Q  312 catgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 411  Q
     |||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11507433 tatgttcagacgacatggatgaaccgttccggtaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 11507334  T
Q  412 gttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactt 511  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11507333 attgtttcttcttctccttctttgccactcatcagtgttgttttcgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactt 11507234  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  11507233 t 11507233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 512
Target Start/End: Original strand, 11468116 - 11468598
Alignment:
Q  12 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 111  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||  |||||  ||||||| ||||||||||  | | ||||  | |||||| | |||||||| | |||     
T  11468116 aacctgtggttgatctaaaactgtgcatttgatgtgtggaaattcttcatgaatgagttttgacacaactccagtcccacctgccacatcaaccaaagat 11468215  T
Q  112 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 211  Q
    |||||||| |||||||||||  |||| || || |||||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  11468216 tccaaaccctcaaacacatggctgcagtccttgagagcaagcttaaacatttgtgaatcagctgccatggccccttgaaacagaccaagtttatcagatt 11468315  T
Q  212 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagaggctaagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 311  Q
    ||| ||||||||||||| |||   |||||||||| ||  |||| || ||| | ||   ||| ||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  11468316 cagaatctttgttaagaaagttaaaaaatgtctcccccattgcactttcataaagtgcaagatccttctcctctgagaaccatttcttagaggagtgcca 11468415  T
Q  312 catgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 411  Q
    ||| | ||||  |||||||||||| | |||  |||||| |||||  ||||| |||||||  ||| | ||||||||| |||||||||| ||||||| |||     
T  11468416 catatccagagaacatggatgaagaattcccttaacaagtggtgcaaaacaagttgattcaccattgatgagaagctttgaaggaggtgtgagagcataa 11468515  T
Q  412 gttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactt 511  Q
    | |||||||||||                  ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||    
T  11468516 gctgtttcttctt------------------tcactgttgtttttgcgaagaaaccatcgtgtgttagcaagcgcaagaacctatataggacactaactt 11468597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 11523345 - 11522863
Alignment:
Q  12 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 111  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||  |||||  ||||||| ||||||||||  | | ||||  | |||||| | |||||||| | |||     
T  11523345 aacctgtggttgatctaaaactgtgcatttgatgtgtggaaattcttcatgaatgagttttgacacaactccagtcccacctgccacatcaaccaaagat 11523246  T
Q  112 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 211  Q
    |||||||| |||||||||||  |||| || || |||||||| || || ||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  11523245 tccaaaccctcaaacacatggctgcagtccttgagagcaagcttaaacatttgtgaatcagctgccatggccccttgaaacagaccaagtttatcagatt 11523146  T
Q  212 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagaggctaagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 311  Q
    ||| ||||||||||||| |||   |||||||||| ||  |||| || ||| | ||   ||| ||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  11523145 cagaatctttgttaagaaagttaaaaaatgtctcccccattgcactttcataaagtgcaagatccttctcctctgagaaccatttcttagaggagtgcca 11523046  T
Q  312 catgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 411  Q
    ||| | ||||  |||||||||||| | |||  |||||| |||||  ||||| |||||||  ||| | ||||||||| |||||||||| ||||||| |||     
T  11523045 catatccagagaacatggatgaagaattcccttaacaagtggtgcaaaacaagttgattcaccattgatgagaagctttgaaggaggtgtgagagcataa 11522946  T
Q  412 gttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactt 511  Q
    | |||||||||||                  ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||    
T  11522945 gctgtttcttctt------------------tcactgttgtttttgcgaagaaaccatcgtgtgttagcaagcgcaagaacctatataggacactaactt 11522864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 34776327 - 34775858
Alignment:
Q  12 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 111  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||| |||| |||||||  |||||| ||||||||||| | ||| ||  | ||||||||||||||||| | ||||    
T  34776327 aacctgtggttgatcaaaaacagtacatttaaggtgaggaaaaatttcatgaatgagttttgtaacaccaccagtaccacctccaacatcaacaagagac 34776228  T
Q  112 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 211  Q
    |||||||| || || ||  | ||   |||||  ||| |||| || || |||  ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    |  |||||    
T  34776227 tccaaaccctcgaaaacgcgtttattctcttggagaacaagcttaaacattctagaatcagatgccatagcatcttgaaacatactcaaagtactagatt 34776128  T
Q  212 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagaggctaagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 311  Q
    ||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| ||| |||| | |||||| |   |  ||||||| || ||| ||| ||||||||| |||||   |||    
T  34776127 cagaatctttgttaagaaaatcccaaaaactctcccctgttgcacactcaaacaatgtttgttccttatcttcattgaaccatttctttgaggaactcca 34776028  T
Q  312 catgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 411  Q
    |||||  | |  || |||||||||  ||||  |||||| ||  || |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  34776027 catgtctaaagaacttggatgaagtgctcctttaacaattgaagataaacatgttggttttccacttatgagaagctttgaaggaggtgtgagagaatat 34775928  T
Q  412 gttgtttcttct------tctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgtta 478  Q
    | | ||||||||      |||||||||||||| |   ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34775927 gctatttcttcttcttcatctccttctttgcctt---tcactattgtttttgcaaagaaaccattatgtgtta 34775858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 12 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 34784539 - 34784125
Alignment:
Q  12 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 111  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||  | |||||| |||||||| || || ||||||| | | ||  |||||||  | |||||||| | |||     
T  34784539 aacctgtggttgatcaaaaacagtgcatttgatctgaggaaatgcttcatgaataagctttgtgacagcaccggttccacccgcgacatcaacaagagat 34784440  T
Q  112 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 211  Q
    |||||||| ||||||||||  |||  ||| |  |||||||| || || |||  |||||||||||||||||| |||||||||| |||||    | ||||||    
T  34784439 tccaaaccctcaaacacattcttgttctcatgaagagcaagcttaaacattctagaatcagcagccatagcatcttgaaacaaactcaaagtaccagatt 34784340  T
Q  212 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagaggctaagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 311  Q
    ||| ||||||||||||| | |||||| |  |||||||| |||| | |||||| ||  |  ||||||| |||||| ||| ||||||||| || || | |||    
T  34784339 cagaatctttgttaagaaaatcccaatagttctctcctgttgcacactcaaaaagagtttgttccttatcctcattgaaccatttctttgaagacttcca 34784240  T
Q  312 catgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 411  Q
    |||||  | |  || || ||||||| ||||   || ||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||  || || |||  ||||    
T  34784239 catgtctatagaacttgcatgaagcgctccttcaataagcgttgataaacatgtcgattttccacttatgagaagctttgaagatggtgtaagaccatat 34784140  T
Q  412 gttgtttcttcttct 426  Q
    | |||||||||||||    
T  34784139 gctgtttcttcttct 34784125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0794 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0794
Description:

Target: scaffold0794; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 2390 - 1890
Alignment:
Q  12 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2390 aacctgtggttgatcaaatactgtgcatttgaggtcaggaaaagcttcatggatgagttttgtgaaacctcctcttccacctccaacatcaactatagac 2291  T
Q  112 tccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2290 cccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctcttgaaacatactcagttcatcagatt 2191  T
Q  212 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagaggctaagttccttgtcctcagtgagccatttcttagaggagtgcca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  2190 cagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagagactgagttccttctcctcagtgagccatttcgtagaggagtacca 2091  T
Q  312 catgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 411  Q
     |||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2090 tatgttcagacgacatggatgaaccgttccggtaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagcattgaaggaggagtgagagaatat 1991  T
Q  412 gttgtttcttcttctccttctttgccattcatcagtgttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactt 511  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1990 attgtttcttcttctccttctttgccactcatcagtgttgttttcgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactt 1891  T
Q  512 t 512  Q
    |    
T  1890 t 1890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University