View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8888_low_4 (Length: 863)

Name: NF8888_low_4
Description: NF8888
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8888_low_4
NF8888_low_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-853)||(52761335-52762168)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 853
Target Start/End: Original strand, 52761335 - 52762168
Alignment:
Q  19 gtactctataagttcattataagtgtgctgcaacttctcattgtttgaattaatctcaattagctcagcttcaagttctgctagtttaacctatatccat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761335 gtactctataagttcattataagtgtgctgcaacttctcattgtttgaattaatctcaattagctcggcttcaagttctgctagtttaacctatatccat 52761434  T
Q  119 gaagaaaaattgtgttgcatggcaatgctatcttaaatgtacggtagaaaagatatgaaaattttaaaaacacctgacaacctccaatttttctagatca 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761435 gaagaaaaattgtgttacatggcaatgctctcttaaatgtacggtagaaaagatatgaaaattttaaaaacacctgacaacctccaatttttctagatca 52761534  T
Q  219 atagaaccatctctcgttgaccatgttgacggagatatatttgcctttttcatttgctccttaaataaacgcaacttacgggacatttccccacatcttt 318  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  52761535 atagaaccatctcttgttgaccatgttgacggagatatatttgcctttttcatttgctccttaaataaacgcaacttacgcgacatttccccacatcttt 52761634  T
Q  319 taacctatttgataaaaccgtaagctttccaatctggtctagtaaatcagttgtgtaaaatgtctcataataaaaatgttagcagaattagatttcatga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761635 taacctatttgataaaaccgtaagctttccaatctggtctagtaaatcagttgtgtaaaatgtctcataataaaaatgttagcagaattagatttcatga 52761734  T
Q  419 taatgatagattttggtcaaatttccaaatgaaaatcaaaagaagcatttaattgttttggagttcaatacacaatcatttgaaattgaggagtctcaac 518  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52761735 taatgatagatcttggtcaaatttccaaatgaaaatcaaaagaagcatttaattgttttggagttcaatacacaatcatttgaaattgaagagtctcaac 52761834  T
Q  519 ctttttaaatgcatacatagatgttataggtacctgtgaagcgtaggtctgttggaatgggcttttatcttcattaagctgaagaattgatttaaacaag 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761835 ctttttaaatgcatacatagatgttataggtacctgtgaagcgtaggtctgttggaatgggcttttatcttcattaagctgaagaattgatttaaacaag 52761934  T
Q  619 atttatcaatgtagtatataaataatgctaattcagatagatgaagaacatctcaacattatggaaaatgtagtccgaagcgtcatcaagaatgcaaagt 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  52761935 atttatcaatgtagtatataaataatgctaattcagatagatgaagaacatctcaacattatggaaaatgtagtccgaagcgtcataaagaatacaaagt 52762034  T
Q  719 gagaaaggacaaagattggtaattaaaggattcatacatctttgaattgaaaaaggccgagatcgccaaggtaagagatggatcgctgagctgattcaat 818  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52762035 gag-aaggacaaagattggtaattaaaggattcatacatctttgaattgaaaaaggccgagatcgccaaggtaagagatggatcgctgagctgattcaat 52762133  T
Q  819 tggaatgatcaattgaacaagttgcacaggttctg 853  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52762134 tggaatgatcaattgaacaagttgcataggttctg 52762168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University