View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF8889_high_8 (Length: 634)
Name: NF8889_high_8
Description: NF8889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8889_high_8 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 613
Target Start/End: Original strand, 28129733 - 28130313
Alignment:
| Q |
35 |
aatgtatacgatgtcacgaattctactgatcccctaatcatgtatggcaaccaatacgaagaaggtgatgtttctcttgtccatgaaagtaagcttgaat |
134 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
28129733 |
aatgtatatgatgtcacgaactctactgatcccctaatcatgtatggcaaccaatacgaagaaggtgatgtttctcttgtccatgaaagtaagcttgatt |
28129832 |
T |
|
| Q |
135 |
ttggagatccatacaggaaacatcaaatgatatgtaggtaggttcttctggctactgtacattacattttctggaactga-tttcggcattttgtcagca |
233 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28129833 |
ttggagatccatacaggaaacatcaaatgatatgtaggtaggttcttctggctactgtacattacattttctggaactgactttcggcattttgtcagca |
28129932 |
T |
|
| Q |
234 |
gaaagatgcttatgatcaaacttttgtacaggtatcaccagaaggcaccgccaaattggacagcactttctattgcaatcctattctttgtgatttttct |
333 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28129933 |
gaaagatgcttatgatcaaacttttgtacaggtatcaccagaaggcaccgccaaattggacagcactttctactgcaatcctattctttgtgattcttct |
28130032 |
T |
|
| Q |
334 |
attaatcggttacattttatatggtgctgggaattatattgtcaaagtagaggatgatttccacgaaatgcaggagct-aaagttcgagcagaggcagac |
432 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
28130033 |
attaatcggttacattttatatggtgctgggaattatattgtcaaagtagaggatgatttccacgaaatgcaggagctaaaagttcgagcagaggcagcc |
28130132 |
T |
|
| Q |
433 |
gatgttgctaagtcacaggtacttttccttgacatgtcgttggcacttggcatatttcgatatttcctttgattacgcaacaataactaatactgaaatt |
532 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28130133 |
gatgttgctaagtcacaggtacttttccttgacatgtcgttggcacttggcatatttcgatattttctttgattacgcaacaataactaatactgaaatt |
28130232 |
T |
|
| Q |
533 |
ttgttttttatgtcagtttctagctactgtctctcatgaaattagaatacctatgaatggcattttaggtaactccaagat |
613 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28130233 |
ttgttttttatgtcagtttctagctactgtctctcatgaaattagaacacctatgaatggcattttaggtaactccaagat |
28130313 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 513; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 44821890 - 44821301
Alignment:
| Q |
17 |
catcaagcaattttggtcaatgtatacgatgtcacgaattctactgatcccctaatcatgtatggcaaccaatacgaagaaggtgatgtttctcttgtcc |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44821890 |
catcaagcaattttggtcaatgtatatgatgtcacgaactcttctgatcccctaatcatgtatggcaaccaatacgaagaaggtgatgtttctcttgtcc |
44821791 |
T |
|
| Q |
117 |
atgaaagtaagcttgaatttggagatccatacaggaaacatcaaatgatatgtaggtaggttcttctggctactgtacattacattttctggaactga-t |
215 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
44821790 |
atgaaagtaagcttgattttggagatccatacaggaaacatcaaatgatatgtaggtaggttcttctggctactgtacattacattttctggaactgact |
44821691 |
T |
|
| Q |
216 |
ttcggcattttgtcagcagaaagatgcttatgatcaaacttttgtacaggtatcaccagaaggcaccgccaaattggacagcactttctattgcaatcct |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
44821690 |
ttcggcattttgtcagcagaaagatgcttatgatcaaacttttgtacaggtatcaccagaaggcaccgccaaattggacagcactttctactgcaatcct |
44821591 |
T |
|
| Q |
316 |
attctttgtgatttttctattaatcggttacattttatatggtgctgggaattatattgtcaaagtagaggatgatttccacgaaatgcaggagct-aaa |
414 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
44821590 |
attctttgtgattcttcttttaatcggttacattttatatggtgctgggaatcatattgtcaaagtagaggatgatttccacgaaatgcaggagctaaaa |
44821491 |
T |
|
| Q |
415 |
gttcgagcagaggcagacgatgttgctaagtcacaggtacttttccttgacatgtcgttggcacttggcatatttcgatatttcctttgattacgcaaca |
514 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44821490 |
gttcgagcagaggcagccgatgttgccaagtcacaggtacttttccttgacatgtcgttggcacttggcatatttcgatatttcctttgattacgcaaca |
44821391 |
T |
|
| Q |
515 |
ataactaatactgaaattttgttttttatgtcagtttctagctactgtctctcatgaaattagaatacctatgaatggcattttaggtaact |
606 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44821390 |
ataactaatactgaaattt--ttgtttttgtcagtttctagctactgtctctcatgaaattagaacacctatgaatggcattttaggtaact |
44821301 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University