View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8889_low_20 (Length: 683)

Name: NF8889_low_20
Description: NF8889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8889_low_20
NF8889_low_20
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-673)||(2097445-2098096)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 673
Target Start/End: Original strand, 2097445 - 2098096
Alignment:
Q  19 ctgccagatgccactgcctcggcaagagttgcagcttcctcgtcacgaggtgcagctacaaataggttttgattttgatagttaatgtaaagaataacaa 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2097445 ctgccagatgccactacctcggcaagagttgcagcttcctcgtcacgaggtgcagctacaaataggttttgattttgatagttaatgtaaagaataacaa 2097544  T
Q  119 agaaaacaatgagccataaggtcaaattgagtatagcaacaatgtttggtaaaatgattgtcaatgctgcgaaggacacagcacatgtaagaccgtacat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2097545 agaaaacaatgagccataaggtcaaattgagtatagcaacaatgtttggtaaaatgattgtcaacgctgcgaaggacacagcacatgtaagaccgtacat 2097644  T
Q  219 gagtgagattggaaacaaggtttcaatagtgatatgatctggtataagtaggatggaaaaaatccagagtaagaaaaatatcaaaactgcagctacaacc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2097645 gagtgagattggaaacaaggtttcaatagtgatatgatctggtataag---gatggaaaaaatccaaagtaagaaaaatatcaaaactgcagctacaacc 2097741  T
Q  319 caaggagtatactgttttgcgaatagcgtttcgccaatctttgtgaacttgagtgttaccaatgcaaccaaaagtgcaaacattttgtaaatgatgtctc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2097742 caaggagtatactgttttgcgaatagcgtttcgccaatctttgtgaacttgagtgttaccaatgcaaccaaaagtgcaaacattttgtaaatgatgtctc 2097841  T
Q  419 ctaagtctttaatcacctctcccttgaagttgcatttcctcatttccgcctctcctcctatttattcaggtgtttgcatttcctcaatgatgataggatg 518  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2097842 ctaagcctttaatcacctctcccttgaagttgcatttcctcatttccgcctctcctcctattttttcaggtgtttgcatttcctcaatgatgataggatg 2097941  T
Q  519 gtaaaactgttgtatcttttcaatcatgatttcgtacttttatactagtacttctgtgtcgtcctccaattaaaaaacaaatactccattattagggtat 618  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2097942 gtaaaactgttgtatcttttcattcatgatttcgtacttttatactagtacttctgtgtcgtcctccaattataaaacaaatactccattattagggtat 2098041  T
Q  619 ctccaacccgtggtattacattaccaggaaagtcaccaacacgggaacaccaaac 673  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2098042 ctccaacccgtggtattacattacgaggaaagtcaccaacacgggaacaccaaac 2098096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University