View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8889_low_32 (Length: 548)

Name: NF8889_low_32
Description: NF8889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8889_low_32
NF8889_low_32
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (12-548)||(27161586-27162131)
chr2 (133-447)||(22910500-22910820)
chr2 (16-226)||(23720136-23720352)
chr2 (16-74)||(22910449-22910507)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (12-548)||(1983719-1984258)
chr1 (12-548)||(1976353-1976892)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-548)||(20956057-20956602)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (12-518)||(3629-4144)
scaffold0313 (12-518)||(17786-18301)
[»] scaffold0764 (1 HSPs)
scaffold0764 (12-518)||(2468-2986)
[»] scaffold1531 (1 HSPs)
scaffold1531 (228-547)||(1365-1685)
[»] scaffold0059 (2 HSPs)
scaffold0059 (294-447)||(42511-42664)
scaffold0059 (97-154)||(42347-42404)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 548
Target Start/End: Original strand, 27161586 - 27162131
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161586 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 27161685  T
Q  112 tctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161686 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 27161785  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcatgtccctcactc 305  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  27161786 attcacatctgagcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggctccatttcatcatgtccatcactc 27161885  T
Q  306 attctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27161886 attctttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 27161985  T
Q  406 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaactt---cagcagcagttgagtcaatattctgagg 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  27161986 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcagcagcagcagttgagtcaacattctgaag 27162085  T
Q  503 ttcctcttcagagattgcagcgacttggggttcatcttgagttggt 548  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27162086 ttcctcttcagagattgcagcaacttggggttcatcttgagttggt 27162131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 133 - 447
Target Start/End: Original strand, 22910500 - 22910820
Alignment:
Q  133 tttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgc------acttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattcaaatctgtgcttggatc 226  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  22910500 tttcttgaagttcctgaatcatttaatgagcttcctgaaacacttcctcattgttttcaggttgtgcatcttggtacacattcaaatatgagcttggatc 22910599  T
Q  227 ttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcatgtccctcactcattctttgagagacaagaatt 326  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22910600 ctccacatttagatcaaagccagtttggttttcagcttgctcaatttcttgagaatccatttcatcatgtccctcactcatcctttgagagacaagaatt 22910699  T
Q  327 tcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagca-acttcttgagcagtttgctcagtattttcttcaacttca 425  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| | || | |||||  || | || ||||| ||||||||||||||||    
T  22910700 tcagcaacatcatgcatgtcttgatcatcttcctgagatccttcttcagcagcatcaacatatttctt-tgctgctttctcagcattttcttcaacttca 22910798  T
Q  426 ttaactttctgaagttgttcag 447  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  22910799 tcaactttctgaagttgttcag 22910820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 23720352 - 23720136
Alignment:
Q  16 cagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacattctg 115  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||    
T  23720352 cagagggcagagatcctgatgcttgaggaatggggtcaactgacatttcattctcctgaggcaagctaggttcagcagttgcatttttctgagcattatg 23720253  T
Q  116 aactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattc 209  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23720252 aactatgattgcaggattttcttgaagtttctgaatcatttcacgatcttcctgaagcacatcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattt 23720153  T
Q  210 aaatctgtgcttggatc 226  Q
    ||||||| |||||||||    
T  23720152 aaatctgagcttggatc 23720136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 74
Target Start/End: Original strand, 22910449 - 22910507
Alignment:
Q  16 cagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttga 74  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  22910449 cagagggcagagatcctgatgcttgaggaatggggtcaactgacatttcattttcttga 22910507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 548
Target Start/End: Original strand, 1983719 - 1984258
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1983719 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 1983818  T
Q  112 tctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattcaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  1983819 tctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgcacttcctcattgttttcaggttgtgcatcttggtacacatgcaa 1983918  T
Q  212 atctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcatgtccctcactcattctt 311  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1983919 atctgtgctaggatcttccatatttagatcaaagccagtttgattatcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcgtgtccctcactcattctt 1984018  T
Q  312 tgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgctcagtat 411  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1984019 tgagagacaaggatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttttgccacatcataagcaacttcttgagcagttggctcagtat 1984118  T
Q  412 tttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcagcag---cagttgagtcaatattctgaggttcctc 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||    
T  1984119 tttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcagcagtatcagttgagtcaacattctgaagttcctc 1984218  T
Q  509 ttcagagattgcagcgacttggggttcatcttgagttggt 548  Q
    |||||| |||||||| |  ||| |||||||||||||||||    
T  1984219 ttcagaaattgcagcaatatggtgttcatcttgagttggt 1984258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 548
Target Start/End: Original strand, 1976353 - 1976892
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976353 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 1976452  T
Q  112 tctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacacattcaa 211  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  1976453 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcatgagcttgcacttcctcattgttttcaggttgtgcatcttggtacacatgcaa 1976552  T
Q  212 atctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcatgtccctcactcattctt 311  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1976553 atctgtgctaggatcttccatatttagatcaaagccagtttgattatcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcgtgtccctcactcattctt 1976652  T
Q  312 tgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgctcagtat 411  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1976653 tgagagacaaggatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttataccacaacataagcaacttcttgagcagtttgctcagtat 1976752  T
Q  412 tttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaactt---cagcagcagttgagtcaatattctgaggttcctc 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  1976753 tttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcagcagcagcagttgagtcaacattctgaagttcctc 1976852  T
Q  509 ttcagagattgcagcgacttggggttcatcttgagttggt 548  Q
    |||||| |||||||| |  ||| |||||||||||||||||    
T  1976853 ttcagaaattgcagcaatatggtgttcatcttgagttggt 1976892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 20956602 - 20956057
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956602 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 20956503  T
Q  112 tctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956502 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 20956403  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcatgtccctcactc 305  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  20956402 attcacatctgagcttggatcttccacatttagatcaaggccagtttgattttcagcttgctcaaaaccttgaggctccatttcatcatgtccatcactc 20956303  T
Q  306 attctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20956302 attctttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 20956203  T
Q  406 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaactt---cagcagcagttgagtcaatattctgagg 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||| ||||||| |    
T  20956202 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcaacagcaacagttgagtcaacattctgaag 20956103  T
Q  503 ttcctcttcagagattgcagcgacttggggttcatcttgagttggt 548  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20956102 ttcctcttcagagattgcagcaacttggggttcatcttgagttggt 20956057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 4144 - 3629
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4144 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcaactgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 4045  T
Q  112 tctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4044 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 3945  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcatgtccctcactc 305  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  3944 attcacatctgagcttggatcttccacatttagattaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggctccatttcatcatgtccatcactc 3845  T
Q  306 attctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3844 attctttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 3745  T
Q  406 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcag---cagcagttgagtcaatattctgagg 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||   || ||||||||||||  |||||| |    
T  3744 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttggtcagcaggtggaacatcaacattctgaacatcagcaacaccagttgagtcaactttctgaag 3645  T
Q  503 ttcctcttcagagatt 518  Q
     |||| ||||||||||    
T  3644 gtccttttcagagatt 3629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 18301 - 17786
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18301 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcaactgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 18202  T
Q  112 tctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18201 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 18102  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcatgtccctcactc 305  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  18101 attcacatctgagcttggatcttccacatttagattaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggctccatttcatcatgtccatcactc 18002  T
Q  306 attctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18001 attctttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgct 17902  T
Q  406 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcag---cagcagttgagtcaatattctgagg 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||   || ||||||||||||  |||||| |    
T  17901 cagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttggtcagcaggtggaacatcaacattctgaacatcagcaacaccagttgagtcaactttctgaag 17802  T
Q  503 ttcctcttcagagatt 518  Q
     |||| ||||||||||    
T  17801 gtccttttcagagatt 17786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0764 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0764
Description:

Target: scaffold0764; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 518
Target Start/End: Original strand, 2468 - 2986
Alignment:
Q  12 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcagctgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2468 tcatcagagggaagtgatcctgatgcttgaggaataggatcaactgacatctcattctcttgaggcaagctaggttcagcagatgcatttgtctgaacat 2567  T
Q  112 tctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcatttcatgagctt------gcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 205  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568 tctgaactgtgattgcaggattttcttgaagttcctgaatcatttcgtgagcttcctgaagcacttcctcattgttttcaggctgtgcatcttggtacac 2667  T
Q  206 attcaaatctgtgcttggatcttccacatttagatcaaagccagtttga--ttttcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcatgtccctcac 303  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2668 attcacatctgagcttggatcttccacatttagattaaagccagtttgtatttttcagcttgctcaaactcttgaggctccatttcatcatgtccatcac 2767  T
Q  304 tcattcttt-gagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagttt 402  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2768 tcattcttttgagagacaagaatttcagccacatcttgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagttt 2867  T
Q  403 gctcagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcag---cagcagttgagtcaatattctg 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||   || ||||||||||||  |||||    
T  2868 gctcagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttggtcagcaggtggaacatcaacattctgaacatcagcaacaccagttgagtcaactttctg 2967  T
Q  500 aggttcctcttcagagatt 518  Q
    | | |||| ||||||||||    
T  2968 aaggtccttttcagagatt 2986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1531 (Bit Score: 138; Significance: 7e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold1531
Description:

Target: scaffold1531; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 228 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 1685 - 1365
Alignment:
Q  228 tccacatttagatcaaagccagtttgattttcagcttgctcaaactcttgaggatccatttcatcatgtccctcactcattctttgagagacaagaattt 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  1685 tccacatttagatcaaagccagtttgattatcagcttgctcaatttcttgagaatccatttcatcatgtccctcactcatcctttgagagacaaggattt 1586  T
Q  328 cagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttcttgagcagtttgctcagtattttcttcaacttcatt 427  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||   || |  |||||||||||  |||| |||| ||||| ||||||||||||     
T  1585 cagccacatcatgcatgtcttggtcattttcctgagatgcttcttcaac--tatcaataacttcttgagttgttttctcattatttccttcaacttcatc 1488  T
Q  428 aactttctgaagttgttcagtaggaggagtatcaacattctgaacttcagcagc---agttgagtcaatattctgaggttcctcttcagagattgcagcg 524  Q
    ||||||||||||||||| || ||| | |  | |||| |||||| | ||||||||   |||||||||||  |||| | ||||| ||||||| |||| |||     
T  1487 aactttctgaagttgtttagcaggtgaaacaacaacgttctgatcatcagcagcactagttgagtcaactttctaaagttccacttcagaaattgaagca 1388  T
Q  525 acttggggttcatcttgagttgg 547  Q
    |||| |||| |||||||||||||    
T  1387 actttgggtacatcttgagttgg 1365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 294 - 447
Target Start/End: Original strand, 42511 - 42664
Alignment:
Q  294 tgtccctcactcattctttgagagacaagaatttcagccacatcctgcatgtcttgatcattttcctgagatccttcttccacagcataagcaacttctt 393  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||| | | ||| ||| ||| | |||| |  |    
T  42511 tgtccttcactcattatttaagaaaccaggatttcagccacatcatgcatgtcctgatcatctttctgagattccttttcaacaacatcaacaacgttct 42610  T
Q  394 gagcagtttgctcagtattttcttcaacttcattaactttctgaagttgttcag 447  Q
    || | |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  42611 gaactgttttctcagtattttcttcaacttcaacaactttctgaagttgttcag 42664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 154
Target Start/End: Original strand, 42347 - 42404
Alignment:
Q  97 catttgtctgaacattctgaactatgattgcaggaatttcttgaagttcctgaatcat 154  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||    
T  42347 catttgtttgaacattctgaactatgatttcaggattttcttgaatatcctgaatcat 42404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University