View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8889_low_6 (Length: 1068)
Name: NF8889_low_6
Description: NF8889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8889_low_6 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 771; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 771; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 1053
Target Start/End: Original strand, 4840618 - 4841639
Alignment:
| Q |
31 |
aaattaaagctaaagataaaaattataatatccaaatatttgcgactccacatttcaacaggt---actatggacactcatcaataaaatggaaaatttg |
127 |
Q |
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| T |
4840618 |
aaattaaagctaaagataaaaattacaatatccaaatattttagactccacat----aaagtttaaactatggacactctttaatacaatggaaaagttg |
4840713 |
T |
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| Q |
128 |
gaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatgaaggccaacaatattgttat |
227 |
Q |
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| T |
4840714 |
gaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggctaacaatattgttat |
4840813 |
T |
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| Q |
228 |
gtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgatggtgaagactcgtcacgt |
327 |
Q |
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| T |
4840814 |
gtaagatgctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgt |
4840913 |
T |
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| Q |
328 |
tcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctgtactaggtggtgttccag |
427 |
Q |
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| T |
4840914 |
tcacactttcgattgaggaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccag |
4841013 |
T |
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| Q |
428 |
aaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtatgataagtcaagact |
527 |
Q |
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| T |
4841014 |
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4841113 |
T |
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| Q |
528 |
ctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtga |
627 |
Q |
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| T |
4841114 |
ctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttgg |
4841213 |
T |
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| Q |
628 |
gaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaa |
727 |
Q |
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| T |
4841214 |
gaagggataacacctgttaaattattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaa |
4841313 |
T |
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| Q |
728 |
actccacttcaaattgtagatatttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgtaggagctttgtacat |
827 |
Q |
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| T |
4841314 |
actccacttcaaattgtagatttttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagctgttggagctttgtacat |
4841413 |
T |
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| Q |
828 |
tgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcattgagc |
927 |
Q |
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| T |
4841414 |
tgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcattgagc |
4841513 |
T |
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| Q |
928 |
atgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaaccctta |
1027 |
Q |
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| T |
4841514 |
atgttccgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaaccctta |
4841613 |
T |
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| Q |
1028 |
actctgagagcttatccatccaattg |
1053 |
Q |
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| T |
4841614 |
actctgagagcttatccatccaattg |
4841639 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 676; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 1049
Target Start/End: Complemental strand, 5174904 - 5173884
Alignment:
| Q |
31 |
aaattaaagctaaagataaaaattataatatccaaatatttgcgactccacatttcaacaggt---actatggacactcatcaataaaatggaaaatttg |
127 |
Q |
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| T |
5174904 |
aaattaaagctaaaggtaaaaattacaatatccaaatatttgagactccacat----aaagtttaaactatggacactcttcaatacaatggaaaagttg |
5174809 |
T |
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| Q |
128 |
gaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatgaaggccaacaatattgttat |
227 |
Q |
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| T |
5174808 |
gaaaaaatctacgcataaacttactgatataataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaaaactgttatgagggccaacaatattgttat |
5174709 |
T |
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| Q |
228 |
gtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgatggtgaagactcgtcacgt |
327 |
Q |
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| T |
5174708 |
gtaagatgctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgt |
5174609 |
T |
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| Q |
328 |
tcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctgtactaggtggtgttccag |
427 |
Q |
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| T |
5174608 |
tcacactttcgattgacgaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccag |
5174509 |
T |
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| Q |
428 |
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527 |
Q |
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| T |
5174508 |
aaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattgtatgataagtcaagact |
5174409 |
T |
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| Q |
528 |
ctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgtaggtctccaacgtga |
627 |
Q |
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| T |
5174408 |
ctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgttgtaggtctccaatttga |
5174309 |
T |
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| Q |
628 |
gaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcattgtgctttgttctaa |
727 |
Q |
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| T |
5174308 |
gaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactatacccttgtaagagtattcattgtgctttgttctga |
5174209 |
T |
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| Q |
728 |
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824 |
Q |
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| T |
5174208 |
actccacttcaaattgtagttcttctttcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatatctgtaggagctccgta |
5174109 |
T |
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| Q |
825 |
cattgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagatggtattgaagcattg |
924 |
Q |
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| T |
5174108 |
cattgagaattcaaaaataggaccgtcatcatcatcattatgaacatattgtctcattccaaatgacatattttggaggcaagatggtattgaagcattg |
5174009 |
T |
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| Q |
925 |
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1024 |
Q |
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| T |
5174008 |
agcatgttccgtgatagatccattatgtcgatctttttgaaccaacaaaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaataaaagaaccc |
5173909 |
T |
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| Q |
1025 |
ttaactctgagagcttatccatcca |
1049 |
Q |
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| T |
5173908 |
tcaactctgagagcttatccatcca |
5173884 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 538; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1049
Target Start/End: Complemental strand, 5215810 - 5214782
Alignment:
| Q |
18 |
catcaaactgtc-gaaattaaagctaaagataaaaattataatatccaaatatttgcgactccacat-----ttcaacaggtactatggacactcatcaa |
111 |
Q |
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| T |
5215810 |
catcaaactgtctgaaattaaaggtaaatataaaaattacaatatccaaatatttgagacttcacttgaagtttcaacaggaataacagacactcttcaa |
5215711 |
T |
|
| Q |
112 |
taaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatgaagg |
211 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
5215710 |
tacaatggaaacgttggaaaaattttacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgacgcacaacactgttatgaagg |
5215611 |
T |
|
| Q |
212 |
ccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgatgg |
311 |
Q |
| |
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| T |
5215610 |
ccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgtcattggattgtgatgaagg |
5215511 |
T |
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| Q |
312 |
tgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctgta |
411 |
Q |
| |
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| T |
5215510 |
tgaagactcgacacgttcacacttttgatagaggagtggtccacaaagaccgggattacctctgtaactgtcctcatcaaaacctccaaactgtcctgta |
5215411 |
T |
|
| Q |
412 |
ctaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgt |
511 |
Q |
| |
|
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| T |
5215410 |
ctaggtggtgttccagaaaagttgttgtatgatacattgaaggttgataaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattgt |
5215311 |
T |
|
| Q |
512 |
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611 |
Q |
| |
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|
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| T |
5215310 |
atgataagtcaaggctctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataggttcaaggctctaacttgttg |
5215211 |
T |
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| Q |
612 |
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711 |
Q |
| |
|
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| T |
5215210 |
aaggtgaccaatttgagaagggatgagacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattca |
5215111 |
T |
|
| Q |
712 |
ttgtgctttgttctaaactccacttcaaattgtagatatt--tcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagc |
809 |
Q |
| |
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| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || | || || | |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
5215110 |
tagtgctttgttctgaactccacctcaaattgtagatcttcattaaacaa-----actccatggaggttgaatcgacaaactagcattgaaggaaatcgt |
5215016 |
T |
|
| Q |
810 |
tgtaggagctttgtacattgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagat |
909 |
Q |
| |
|
|| | || | | | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
5215015 |
tggaagatatccggatattgagaattcaaaagtaggaccgtcatcatcatc------aacgtattgcctcattccaaatgacatatttcggaagcaagat |
5214922 |
T |
|
| Q |
910 |
ggtattgaagcattgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctc |
1009 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
5214921 |
ggtattgaagcattgagcatgttccgtgataggtccattatgtctatcttttttaaccgacacaattgaattggaatatctccttccaatttgttccctc |
5214822 |
T |
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| Q |
1010 |
ctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatcca |
1049 |
Q |
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|
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| T |
5214821 |
ctagtaaaagaacacgtaactctgatagcttatccatcca |
5214782 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1049
Target Start/End: Original strand, 4855106 - 4856132
Alignment:
| Q |
18 |
catcaaactgtc-gaaattaaagctaaagataaaaattataatatccaaatatttgcgactccacat-----ttcaacaggtactatggacactcatcaa |
111 |
Q |
| |
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| T |
4855106 |
catcaaactgtctgaaattaaagttaaatataaaaattacaatacccaaatatttgagactccacataaagtttcaacaggtactacggacactctttaa |
4855205 |
T |
|
| Q |
112 |
taaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatgaagg |
211 |
Q |
| |
|
|| ||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |
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| T |
4855206 |
tacaatggaaaagttggaaaaaagatacctacaaacttactaatgtaataaaaccaggccaaacgccaacgtggattgatgca--acactgttatgaagg |
4855303 |
T |
|
| Q |
212 |
ccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgatgg |
311 |
Q |
| |
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|| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
4855304 |
tcagtagtattgttatgtaagatggtgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatgg |
4855403 |
T |
|
| Q |
312 |
tgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctgta |
411 |
Q |
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| T |
4855404 |
tgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagatcgggattacctctgtagctgtcctcaatgaaggttgcaaactgtcctgta |
4855503 |
T |
|
| Q |
412 |
ctaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgt |
511 |
Q |
| |
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| T |
4855504 |
ctaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggtatcttaccactcaagttattgt |
4855603 |
T |
|
| Q |
512 |
atgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttg |
611 |
Q |
| |
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| T |
4855604 |
atgataagtcaaggctttctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgataggttcaaggctctaactggttg |
4855703 |
T |
|
| Q |
612 |
taggtctccaacgtgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattca |
711 |
Q |
| |
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| T |
4855704 |
aaggtgaccaatttgagaagggatgacacctgttaggttattccatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattca |
4855803 |
T |
|
| Q |
712 |
ttgtgctttgttctaaactccacttcaaattgtagatatt--tcaacgaatttccaatccatggatgtcgaatcaacaaactagcattgaaggaaatagc |
809 |
Q |
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| T |
4855804 |
tagtgctttgttctgaactccacttcaaattgtagatcttcattaaacaa-----actccatggaggttgaatcgacaaactagcattgaaggaaattgt |
4855898 |
T |
|
| Q |
810 |
tgtaggagctttgtacattgagaattcaaaaatagaaccgtcatcatcatcattatgaacatgttgtctcattccaaatgacatattttggaagcaagat |
909 |
Q |
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| T |
4855899 |
tggtagatatccggatattgagaattcaaaagtaggaccgtcatcatcatc------aacgtattgtctcattccaaatgacatatttcggaagcaagat |
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| Q |
910 |
ggtattgaagcattgagcatgtttcgtgataagtccattatggtgatattttttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctc |
1009 |
Q |
| |
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| T |
4855993 |
ggtattgaagcattgagcatgttccgtgataggtccattatgtcgatcttttttaaccgacacaattgaattggaatatctccttccaagttgttccctc |
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T |
|
| Q |
1010 |
ctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatcca |
1049 |
Q |
| |
|
||| || |||||| | ||||||||| || ||||||||||| |
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| T |
4856093 |
ctagtaaaagaacacgtaactctgataggttatccatcca |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 5197666 - 5196931
Alignment:
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110 |
Q |
| |
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| T |
5197666 |
acatcaaattgtctgaaattaaaggtaaatataaaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttca |
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T |
|
| Q |
111 |
ataaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatgaag |
210 |
Q |
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| T |
5197566 |
atacaatggaaaagttggaaagaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaag |
5197467 |
T |
|
| Q |
211 |
gccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgatg |
310 |
Q |
| |
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| T |
5197466 |
gccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcctcttcttcattgtcattggattgggatgatg |
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T |
|
| Q |
311 |
gtgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctgt |
410 |
Q |
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| T |
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gtggaggctcgacacgttcacactttcgactgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttatcctcatcaaagtttgcaaactggcctat |
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T |
|
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411 |
actaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattg |
510 |
Q |
| |
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| T |
5197266 |
actaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaagtcattg |
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T |
|
| Q |
511 |
tatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgtt |
610 |
Q |
| |
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| T |
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tatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtgattggaatgggacctgacaagtgattatgtgatagattcaaggctctaatttgtt |
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T |
|
| Q |
611 |
gtaggtctccaacgtgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattc |
710 |
Q |
| |
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|
|
| T |
5197066 |
gtaggtctccaatttgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatattctctagaactttacccttgtaaaagtattc |
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T |
|
| Q |
711 |
attgtgctttgttctaaactccacttcaaattgtag |
746 |
Q |
| |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 5184264 - 5183530
Alignment:
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Q |
| |
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tcaaactgtctggaattaacggtaaatataaaaaatacagtatccaaatattttagactccacataaagtttcaacaggaactatggacactcatcaata |
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T |
|
| Q |
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213 |
Q |
| |
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| T |
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taatggaaaagatggaaagaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcccaacacagttatgaaggcc |
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T |
|
| Q |
214 |
aacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgatggtg |
313 |
Q |
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| T |
5184064 |
aatagtattgtaatataagatgttatgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttgcttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtg |
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T |
|
| Q |
314 |
aagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctgtact |
413 |
Q |
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| T |
5183964 |
aagactcgacacgttcacacttttgatttaggagttgtccgcaaagaccgggattacctctgtagttgtactcatcaaagtttgcaaattgtcttgtgct |
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T |
|
| Q |
414 |
aggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttattgtat |
513 |
Q |
| |
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| T |
5183864 |
aggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaagatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaatcttaccactcaagttattgtat |
5183765 |
T |
|
| Q |
514 |
gataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgta |
613 |
Q |
| |
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| T |
5183764 |
gataagtcaaggctctctatttgggtaagttttgaaaaagttattggaataggaccagacaagtaattatgtgatagattcaaggctttaatttgttgta |
5183665 |
T |
|
| Q |
614 |
ggtctccaacgtgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtattcatt |
713 |
Q |
| |
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| T |
5183664 |
ggtctccaatttgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcatgatctttagaactatacccttgtaaaagtaatcata |
5183565 |
T |
|
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714 |
gtgctttgttctaaactccacttcaaattgtagat |
748 |
Q |
| |
|
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|
|
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T |
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Target: chr4; HSP #7
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Target Start/End: Complemental strand, 5161985 - 5161249
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Q |
| |
|
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catcaaactgtctgaaattaacgataaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactccacgtaaagtttcaacaggtactacgtacactcttcag |
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T |
|
| Q |
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taaaatggaaaatttggaaaaaatctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacatgcattgatgcacaacactgttatgaagg |
211 |
Q |
| |
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|
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| T |
5161885 |
tacaatggaaaagttggaaaaaaaaatcgtgcaaacttactaatgtaataaaaccaagccatacgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaagg |
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T |
|
| Q |
212 |
ccaacaatattgttatgtaagatgctgt-gaaac-tccaataaaatgttatcttatccacggaagattccttttctccattgtcattggattgtgatgat |
309 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
5161785 |
ccaacaatattgttatgtaagatgctgtagaaacctccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgat |
5161686 |
T |
|
| Q |
310 |
ggtgaagactcgtcacgttcacacttccgattgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttttcctcatcaaaagttgcaaattgtcctg |
409 |
Q |
| |
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|
| T |
5161685 |
ggtgaagacttgacaccttcacactttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgtagctgtcctcaacgaaggttgcaaactgtcctg |
5161586 |
T |
|
| Q |
410 |
tactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacattgaatgttgataaaaagttcaactggattagttcataaggtatcttaccactcaagttatt |
509 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
5161585 |
tactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagctcataaggtatcttaccactcaagttatt |
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T |
|
| Q |
510 |
gtatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggctttaatttgt |
609 |
Q |
| |
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|
| T |
5161485 |
gtatgataagtcaaggctctctatttcggtaagatttgaaaacgtaattggaataggacccgacaagtgattatgtgataggttcaaggctaaaacttgt |
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T |
|
| Q |
610 |
tgtaggtctccaacgtgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgtaaaagtatt |
709 |
Q |
| |
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| T |
5161385 |
tgcaggtgcccaatttgagaagggatagtacctgttagcttgttgcatgataaatccaatccagtcattttctctaggactttacctttgtaaaagtaat |
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T |
|
| Q |
710 |
cattgtgctttgttctaaactccacttcaaattgtag |
746 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
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cattgtgctttgttctgaactccacttccaagtgtag |
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T |
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Target: chr4; HSP #8
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Target Start/End: Complemental strand, 5183402 - 5183215
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Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
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aacatattgtctcattccaaatgacatattttgaaagcaagatggtattgaagcattgagcatgttccgtgataagtccattatgttgatcttttttaga |
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T |
|
| Q |
966 |
atgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatccaattg |
1053 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5183302 |
aggacacaattgaattggaatatctccttcaaaattgttccctcctaatagaaggacccttaactctgagagcttatccatccaattg |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
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Query Start/End: Original strand, 401 - 730
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Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || |||| |||| || |||||| | ||| || ||||||| | |
|
|
| T |
7143740 |
attgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtaagacacattgaagatatctataaaggtcaagtgacttagttgagaagctaccttaccatt |
7143641 |
T |
|
| Q |
501 |
caagttattgtatgataagtcaagactctctatttgggtaagatttgaaaaagtaattggaataggaccagacaagtgattatgtgatagattcaaggct |
600 |
Q |
| |
|
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || |
|
|
| T |
7143640 |
caagttactctatgataagtcaagactctctatttgggtaagattggaaaaagtgattggaataggacctgacaagtgattatgttatagattcaagact |
7143541 |
T |
|
| Q |
601 |
ttaatttgttgtaggtctccaacgtgagaagggatgacacctgttagcttattgcatgataaatccaatccagtcataatctctagaactttacccttgt |
700 |
Q |
| |
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| | ||| | |||||||| | |||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| | | || |
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| T |
7143540 |
cgatggttttgcatgtctccaagttcagaaggtatgactctagttacgatattgcatgataaatccaatccagtcatcatctctaggattttagcgtcgt |
7143441 |
T |
|
| Q |
701 |
aaaagtattcattgtgctttgttctaaact |
730 |
Q |
| |
|
||||||| |||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
7143440 |
aaaagtactcatagttctttgttctaaact |
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T |
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Target: chr4; HSP #10
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| |
|
||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |
|
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aacatattgtctcattccaaataacatatttcgaaagcaagatggtatggaagcattgagcatgtttcgtgataagtccattatgttgatcttttttaac |
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T |
|
| Q |
967 |
tgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatcca |
1049 |
Q |
| |
|
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5196707 |
cgacacaactgcattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaataaaaggacccttaattctgagaacttatccatcca |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #11
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Query Start/End: Original strand, 862 - 1049
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961 |
Q |
| |
|
|||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| || ||| |||| |
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| T |
7143311 |
ttatcaacatattgtatcattccaaatgacatattttggaagcaaggtggtattgaagcattgagcatgttttctgataggtctattttgtcgatctttt |
7143212 |
T |
|
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ttagatgacacaattgaattggaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatcca |
1049 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||| |
|
|
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7143211 |
ttaaccgacacaattgaattggaatatctccttccaaattgttccttcctaataaaagaacacgtaactctgatagcttatccatcca |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #12
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Query Start/End: Original strand, 883 - 1053
Target Start/End: Complemental strand, 5161144 - 5160974
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| |
|
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|
| T |
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ccaaatgtcaaattttggaagcaagatggtattgaagcattgaacatgttccgcgataggtccatcatgttgatcttttttaatcgacacaattgaattg |
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T |
|
| Q |
983 |
gaatttctccttcaaaattgttccctcctaatagaagaacccttaactctgagagcttatccatccaattg |
1053 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
5161044 |
gaatatctccttccaagttattccatcctagtaaaagaacacgcaactctgagagattatcaatccaattg |
5160974 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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