View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF8889_low_65 (Length: 400)
Name: NF8889_low_65
Description: NF8889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8889_low_65 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 391
Target Start/End: Original strand, 39211131 - 39211524
Alignment:
| Q |
1 |
atgagtatagtctttgatatgctatctatttgttacttcatatgctatcaatttt-gagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttgg |
99 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39211131 |
atgagtatagtctttgatatgctatctatttgttacttcatatgctatcaatttttgagttcctgcatctgagatcaattcttataattatgagatttgg |
39211230 |
T |
|
| Q |
100 |
aatat--tattctcccttatgaactttttcaattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttcatcctgcat |
197 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39211231 |
aatatattattctcccttatgaactttttcaattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttcatcctgcat |
39211330 |
T |
|
| Q |
198 |
ctgttacaattaagaacatgtgttaattgccctgcagctgttacatccaatttaagtagnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagtttt |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39211331 |
ctgttacaattaagaacatgtgtcaattgccctgcagctgttacatccaatttaagtagaaaaaaatgaaacaaatttatgctatcagctatatagtttt |
39211430 |
T |
|
| Q |
298 |
tccactgcaacatctgttgtcaagattcaattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtattat |
391 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
39211431 |
tccactgcaacatctgttgtcaagattcaattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttattgtattat |
39211524 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 8 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 27509800 - 27509416
Alignment:
| Q |
8 |
tagtctttgatatgctatctatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatattat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27509800 |
tagtctttgatatgctttctatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcatgcatatgagttaaattctcataattatgagatttggaatattat |
27509701 |
T |
|
| Q |
108 |
tct-cccttatgaactttttcaattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttcatcctgcatctgttacaa |
206 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27509700 |
tcttcccttatgaactttttcaattctttgcatataagaaaaatagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttcatcctgcatctgttacaa |
27509601 |
T |
|
| Q |
207 |
ttaagaacatgtgttaattgccctgcagctgttacatccaatttaagtagnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagtttttccactgca |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
27509600 |
ttaagaacatgtgtcaattgccctgcagctgttacatccaatttaagtagaaaaaaatgaaacaaatttatactatcagttatatagtttttcccctgca |
27509501 |
T |
|
| Q |
307 |
acatctgttgtcaagattcaattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtattat |
391 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
27509500 |
acatctgttgtcaagattcaattagacatagtgaaattgactctagtacattatactttcttatgactatgctttattgtattat |
27509416 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 4 - 390
Target Start/End: Original strand, 27271602 - 27271994
Alignment:
| Q |
4 |
agtatagtctttgatatgctatctattt-gttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaat |
102 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
27271602 |
agtatagtcttcgatatgttatccattttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgaattcaattctcataattatgacatttgaaat |
27271701 |
T |
|
| Q |
103 |
attattc-tcccttatgaactttttcaattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttca--tcctgcatct |
199 |
Q |
| |
|
|| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| || ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||| |
|
|
| T |
27271702 |
atcattcttcccttatgaactttttaaattctttgcatacaagaaactcagcgcctcaattatgtatttcttaagctatcaattttcagttcttgcatct |
27271801 |
T |
|
| Q |
200 |
gttacaattaagaacatg-tgttaa--ttgccctgcagctgttacatccaatttaagtagnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagttt |
296 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| || || | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27271802 |
gttacaattaagatgatgatgacaaacattcactgcagctgttacatccaatttaggtag-aaaaaatgaaacatatttatactatcagctatatagttt |
27271900 |
T |
|
| Q |
297 |
ttccactgcaacatctgttgtcaagattcaattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtatta |
390 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
27271901 |
ttccactgcaacatctgttgtgaagattcaattagacacagtgaaatagacttaaatacattatactttcttatgactatgctttattgtatta |
27271994 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 4 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 29707254 - 29706863
Alignment:
| Q |
4 |
agtatagtctttgatatgctatctatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaata |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
29707254 |
agtatagtcttcgatatgttatctatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgaattcaattctcataattatgagatttgaaata |
29707155 |
T |
|
| Q |
104 |
ttattc-tcccttatgaactttttcaattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttca--tcctgcatctg |
200 |
Q |
| |
|
| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
29707154 |
tcattcttcccttatgaactttttaaattctttgcatacaagaaacttagcgcctcaattatgtacttcttaagctatcaattttcagttcttgcatctg |
29707055 |
T |
|
| Q |
201 |
ttacaattaagaacatg-tgttaa--ttgccctgcagctgttacatccaatttaagtagnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagtttt |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| || || | | |||||| ||||||||| |||||| |||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29707054 |
ttacaattaagaagatgatgaaaaacattcactgcagttgttacatctaatttaggtagaaaaaatt-aaacatatttatactatcagctatatagtttt |
29706956 |
T |
|
| Q |
298 |
tccactgcaacatctgttgtcaagattcaattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtatta |
390 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
29706955 |
tccactgcaacatctgttgtgaagattcaattagacacagtgaaatagacttaaatacattatactttcttatgactatgctttattgtatta |
29706863 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 8 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 42093339 - 42092950
Alignment:
| Q |
8 |
tagtctttgatatgctatctatttgttacttcatatgctatcaattttgagttcctgcatctgagatcaattctcataattatgagatttggaatatta- |
106 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
42093339 |
tagtctttgatatgctatctatttgttacttcttatgctatcaattttgagttcctgcatctgagttcatttctcataattatgagatttggaatatcat |
42093240 |
T |
|
| Q |
107 |
ttctcccttatgaactttttcaattctttgcatataagaaaaacagtgcttcagttatgtacttcataagctatcaattttca--tcctgcatctgttac |
204 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| | || ||||| |||||| |
|
|
| T |
42093239 |
ttgtcccttatgaactttctcaattctttgcatataagaaaaatagtgcttcaattatgtacttcaaatgctatcaattttgagttcatgcatatgttac |
42093140 |
T |
|
| Q |
205 |
aattaagaacat--gtgttaattgccctgcagctgttacatccaatttaagta-gnnnnnnntgaaacaaatttatgatatcagctatatagtttttcca |
301 |
Q |
| |
|
||||| | |||| || | |||||||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
42093139 |
aattaggcacatgagtatcaattgccctgtggctgttacatccaatttcagtaggaaaaaaatgaaacaaatttataccatcagctttatagtttttcca |
42093040 |
T |
|
| Q |
302 |
ctgcaacatctgttgtcaagattcaattagacatagtgaaattgacttaagtacattatactttcttatgactatgctttatagtattat |
391 |
Q |
| |
|
||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
42093039 |
ctgcagcacatgttgtcaagattcaattaaacatagtgaaatagacttaaatatattataccttcttatgactatactttactgtattat |
42092950 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University