View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8889_low_67 (Length: 394)

Name: NF8889_low_67
Description: NF8889
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8889_low_67
NF8889_low_67
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (17-391)||(47911-48285)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (18-391)||(5439-5812)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (17-375)||(22205085-22205443)
chr6 (17-384)||(20085711-20086078)
chr6 (17-378)||(24385297-24385658)
chr6 (27-376)||(20237632-20237981)
chr6 (27-376)||(22131616-22131965)
chr6 (39-316)||(20205099-20205376)
chr6 (39-316)||(22099122-22099399)
chr6 (24-315)||(21971661-21971952)
chr6 (344-376)||(18997241-18997273)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (17-375)||(15670-16027)


Alignment Details
Target: scaffold0074 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 391
Target Start/End: Original strand, 47911 - 48285
Alignment:
17 tctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47911 tctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 48010  T
117 cctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
48011 cctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctg 48110  T
217 tggtcaatgtgtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
48111 tggtcaatgtgtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 48210  T
317 gataaaataatcttctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcaccaaacattctagcaca 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
48211 gataaaataatcttctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcaccaaatattttagcaca 48285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 18 - 391
Target Start/End: Original strand, 5439 - 5812
Alignment:
18 ctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtc 117  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5439 ctagattttcaaaagatcccttttatctttcctataattgctcaagaaaccaaagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtc 5538  T
118 ctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctgt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
5539 ctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaacgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcacctctgt 5638  T
218 ggtcaatgtgtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattcag 317  Q
    | || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5639 gctcgatgtgtgaaaaatgcaacggatcaaatatactcaaagtgtctttcacgtcccaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattcag 5738  T
318 ataaaataatcttctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcaccaaacattctagcaca 391  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
5739 ataataaaatcatctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcaccaaaaattgtagcaca 5812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 17 - 375
Target Start/End: Original strand, 22205085 - 22205443
Alignment:
17 tctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
22205085 tctagattttcacaagatccattttatctttcctataattgctcaagaaaccacagtaaaatcactaacaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 22205184  T
117 cctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctg 216  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | ||| |  || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
22205185 cctccaacgccacaaatggcggaaatttccaaaaagtaaaagtggaagaaatggtgtacggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcacctctg 22205284  T
217 tggtcaatgtgtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 316  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22205285 cggtcaatgtgttaaaaatgcaacggatcaaatatactcaaagtgtctttcatgtcctaagggcataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 22205384  T
317 gataaaataatcttctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcac 375  Q
    ||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22205385 gatcaaaaaatcctctctaacattgaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcac 22205443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 20086078 - 20085711
Alignment:
17 tctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||    
20086078 tctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaacaacagtacaatcactaacaataacttcaaattacttctctcttatctgt 20085979  T
117 cctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
20085978 cctccaacgccacaaatggcgaaaaattttatactgttaaagtggatgaaatggtgtacggcctcttcttgtgtcgaggtgaccttcctgttcgcctctg 20085879  T
217 tggtcaatgtgtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 316  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||     
20085878 tggtcaatgtgtaaaaaatgcaactgaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttgcttcactactct 20085779  T
317 gataaaataatcttctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcaccaaacattc 384  Q
    |||  ||   ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
20085778 gatcgaaagttcttctctaacgtcgaaacaagtcctatgtatagcgatataaatatcaccaaagattc 20085711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 17 - 378
Target Start/End: Original strand, 24385297 - 24385658
Alignment:
17 tctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| ||  | |||||||||||||||||||||||| |||    
24385297 tctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaaccacaatataatcacaaacgataacttcaaattacttctctcttatctgt 24385396  T
117 cctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctg 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
24385397 cctccaacgccacaaatggcaaaaaattctatactgtaaaagtggaagaaatggtgtacggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgtctctg 24385496  T
217 tggtcaatgtgtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 316  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||     
24385497 tggtcaatgtgtaaaaaatgcaactgaccaaatatactcaaagtgtcgttcatctccaaagggtatagtttggtacagccactgcttgcttcactattct 24385596  T
317 gataaaataatcttctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcaccaa 378  Q
    |||   |   ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
24385597 gatcggaagttcttctctaacgtcgaaacaagtcctatgtatagcgatataaatatcaccaa 24385658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 27 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 20237981 - 20237632
Alignment:
27 cacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaacgc 126  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
20237981 cacaagatccagtttatctttccgataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaacaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcttccaacgc 20237882  T
127 cacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctgtggtcaatgt 226  Q
    ||||||||||  || || ||||| || |||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
20237881 cacaaatggcacaacattccatattgctaaagtggaagaaaaggtgtacggcctcttcttgtgtcgaggtgaccttcctaatcgcctctgtggtcaatgt 20237782  T
227 gtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattcagataaaataa 326  Q
    || ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||   | |     
20237781 gtaaaaaatgctgcggaacaaatatactcaaagtgtctttcttgcccaaagggtataatttggtacagccactgcttgcttcgctattctgatcggaaat 20237682  T
327 tcttctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcacc 376  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20237681 tcttctctaacatcgaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcacc 20237632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 27 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 22131965 - 22131616
Alignment:
27 cacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaacgc 126  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
22131965 cacaagatccagtttatctttccgataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaacaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcttccaacgc 22131866  T
127 cacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctgtggtcaatgt 226  Q
    ||||||||||  || || ||||| || |||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
22131865 cacaaatggcacaacattccatattgctaaagtggaagaaaaggtgtacggcctcttcttgtgtcgaggtgaccttcctaatcgcctctgtggtcaatgt 22131766  T
227 gtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattcagataaaataa 326  Q
    || ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||   | |     
22131765 gtaaaaaatgctgcggaacaaatatactcaaagtgtctttcttgcccaaagggtataatttggtacagccactgcttgcttcgctattctgatcggaaat 22131666  T
327 tcttctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcacc 376  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22131665 tcttctctaacatcgaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcacc 22131616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 39 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 20205376 - 20205099
Alignment:
39 tttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaacgccacaaatggcga 138  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| |  ||| |    
20205376 tttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattacttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaa 20205277  T
139 aaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctgtggtcaatgtgtgaaaaaagca 238  Q
    |||||  ||||   ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||   | | ||||||| |||||| || ||||| |||    
20205276 aaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatcttccttctagactctgtgttcaatgcgtcaaaaacgca 20205177  T
239 acggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 316  Q
    |||||  || |||||||||||||||  |  || ||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
20205176 acggaagaactatactcaaagtgtcaatactccccacagggtataatttggtacagccattgcttacttcgctattca 20205099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 39 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 22099399 - 22099122
Alignment:
39 tttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaacgccacaaatggcga 138  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| |  ||| |    
22099399 tttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattacttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaa 22099300  T
139 aaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctgtggtcaatgtgtgaaaaaagca 238  Q
    |||||  ||||   ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||   | | ||||||| |||||| || ||||| |||    
22099299 aaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatcttccttctagactctgtgttcaatgcgtcaaaaacgca 22099200  T
239 acggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 316  Q
    |||||  || |||||||||||||||  |  || ||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||    
22099199 acggaagaactatactcaaagtgtcaatactccccacagggtataatttggtacagccattgcttacttcgctattca 22099122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 24 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 21971952 - 21971661
Alignment:
24 tttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaa 123  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||||||  || ||    
21971952 tttcagaagatccattttatctttcctataattgctcaagaaattacaatacaatcactgacaaaaacatcaaactacttctgtcttatttgttgtcgaa 21971853  T
124 cgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctgtggtcaa 223  Q
    |||||| |  ||| ||||||   ||    ||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||| |||||   |||||| |||| ||||    
21971852 cgccaccatcggcaaaaaattttattggcttaaagtggaagaaattgcgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatcttccgcctcgcctttgtgttcaa 21971753  T
224 tgtgtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattc 315  Q
    || || ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |  ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||    
21971752 tgcgtcaaaaatgcaacggaacaactatactcaaagtgtcattccttcccagagggtataatttggtacagccattgcctgcttcgctattc 21971661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 344 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 18997273 - 18997241
Alignment:
344 acaagtcctatgtatagagatataaatatcacc 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
18997273 acaagtcctatgtatagagatataaatatcacc 18997241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 17 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 16027 - 15670
Alignment:
17 tctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||    
16027 tctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaacaacagtacaatcactaacaataacttcaaattacttctctcttatctgt 15928  T
117 cctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctg 216  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| | ||| |  || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
15927 cctccaacgccacaa-tggcagaaatttccaaaaagtaaaagtggaagaaatggtgtacggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcacctctg 15829  T
217 tggtcaatgtgtgaaaaaagcaacggaccaaatatactcaaagtgtctttcatctccaaagggtataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 316  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15828 cggtcaatgtgttaaaaatgcaacggatcaaatatactcaaagtgtctttgatgtcctaagggcataatttggtacagccactgcttggttcgctattca 15729  T
317 gataaaataatcttctctaacatggaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcac 375  Q
    ||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15728 gatcaaaaaatcctctctaacattgaaacaagtcctatgtatagagatataaatatcac 15670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University