View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8890_low_4 (Length: 844)

Name: NF8890_low_4
Description: NF8890
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8890_low_4
NF8890_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-826)||(32528213-32529028)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 826
Target Start/End: Original strand, 32528213 - 32529028
Alignment:
Q  9 agaagcagagatcagaggcaagaaatacaaccacaaactaaagatttcaaactgaacctacctagatggggnnnnnnnnnnccaaaaccactgacgtaac 108  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||    
T  32528213 agaaccagaaatcagaggcaagaaatacagccacaaactaaagatttcaaactgaacctacctagatggggtttttctt--ccaaaaccactgacgtaac 32528310  T
Q  109 cgccagagttctgaaataacaatggacaaacattcatcttctcgagtcaacattcatcatcgcgagaaaacctaaaagtagtgatggccttgcacatccc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32528311 cgccagagttctgaaataacaatggacaaacattcatcttctcgagtcaacattcatcatcgcgagaaaacctaaaagtagtgatggccttgcacatccc 32528410  T
Q  209 tatttgtatagttgttggaactagtatatagtatatactcgtgtttttctctaatgaaagtctttcattggatgaagtttctattgggtaaaagattccc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32528411 tatttgtatagttgttggaactagtatatagtatatactcgtgtttttctctaatgaaagtcttgaataggatgaagtttctattgggtaaaagattccc 32528510  T
Q  309 tattgaaaatgcatgctctaattcacgtcatcatttcattcatgcatactcatttttccaataaataacagcttagttgaattacttgaagtaattcatt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32528511 tattgaaaatgcatgctctaattcacgtcatcatttcatttatgcatactcatttttccaataaataacagcttagttgaattacttgaagtaattcatt 32528610  T
Q  409 ccacgattctgtttggtgcacccactgtagtacgctctaacgagcaagaacaatgaatagcattgttgaattaagttttcaatttacatgacttatattt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32528611 ccacgattctgtttggtgcacccactgtagtacgctctaacgagcaagaacaatgaatagcattgttgaattaagttttcaatttacatgacttatattt 32528710  T
Q  509 aaactgcatatatactgaaattcactcatcatcaaaatcacgcaagctcgacattctcctatatactcattttataaatgctgcctttatgcaacaacaa 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32528711 aaactgcatatatactgaaattcactcatcatcaaaatcacgcaagctcgacattctcctatatactcattttataaatgctgcctttatgcaacaacaa 32528810  T
Q  609 aacaacatttaaataaaacattattggattcttccatgcggatcatgttgtgcatgtttttggtcgagctagcttgcgattaactcgctgc----taatt 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||    
T  32528811 aacaacatttaaataaaacattattggattcttccatgcggatcatgttgtgcatgtttttggtcgagctagcttgcgattaactcgctgctaattaatt 32528910  T
Q  705 cattcactttgtccattgaaaatacatagtaataacgtaacttaattagggtgcaagatctgtatgctgcttgacatttaaacattatttattcacacaa 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32528911 cattcactttgtccattgaaaatacatagtaataacgtaac----ttagggtgcaagatctgtatgctgcttgacatttaaacattatttattcacacaa 32529006  T
Q  805 tatttatgtctatctatatgat 826  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  32529007 tatttatgtctatctatatgat 32529028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University