View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF8890_low_52 (Length: 339)
Name: NF8890_low_52
Description: NF8890
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8890_low_52 |
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| [»] scaffold0572 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold0127 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0572 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:
Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Original strand, 6371 - 6679
Alignment:
| Q |
13 |
agatgtcacattaaccgaccaaaacaaatgcatattctaagctgacgaatataaatataaacaaagaacccataatttccatttgttcatttaaactaac |
112 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |
|
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| T |
6371 |
agatgtcacattaaccggccaaaacaaatgcatattctaagctgacgaatataaatataaacaaagaacccagaatttccatttgttaatttaaactaac |
6470 |
T |
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| Q |
113 |
taagaaaattgataaaagaacaaacaggaccctgttaaagcaacaactaacataagggcacaataaaacacaacttataatatatacaattcttatagaa |
212 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6471 |
taagaaaattgataaaagaacaaacaggaccctgttaaagcaacaactaacataagggcgcaataaaacaccacttataatatatacaattcttatagaa |
6570 |
T |
|
| Q |
213 |
atgtaaagttcatacaagtccaatttatccattttgattttctcccatagattgtcatattcaacagcatctagtgcagaaccagattttgtgctatcat |
312 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6571 |
atgtaaagttcatacaagtccaatttatccattgtgattttctcccatagattgtcatattcaacagcatctagtgcagaaccagattttgtgctatcat |
6670 |
T |
|
| Q |
313 |
tattttctg |
321 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
6671 |
tattttctg |
6679 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0127 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:
Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 31221 - 30913
Alignment:
| Q |
13 |
agatgtcacattaaccgaccaaaacaaatgcatattctaagctgacgaatataaatataaacaaagaacccataatttccatttgttcatttaaactaac |
112 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
31221 |
agatgtcacattaaccggccaaaacaaatgcatattctaagctgacgaatataaatataaacaaagaacccagaatttccatttgttaatttaaactaac |
31122 |
T |
|
| Q |
113 |
taagaaaattgataaaagaacaaacaggaccctgttaaagcaacaactaacataagggcacaataaaacacaacttataatatatacaattcttatagaa |
212 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31121 |
taagaaaattgataaaagaacaaacaggaccctgttaaagcaacaactaacataagggcgcaataaaacaccacttataatatatacaattcttatagaa |
31022 |
T |
|
| Q |
213 |
atgtaaagttcatacaagtccaatttatccattttgattttctcccatagattgtcatattcaacagcatctagtgcagaaccagattttgtgctatcat |
312 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31021 |
atgtaaagttcatacaagtccaatttatccattgtgattttctcccatagattgtcatattcaacagcatctagtgcagaaccagattttgtgctatcat |
30922 |
T |
|
| Q |
313 |
tattttctg |
321 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
30921 |
tattttctg |
30913 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Original strand, 20970521 - 20970829
Alignment:
| Q |
13 |
agatgtcacattaaccgaccaaaacaaatgcatattctaagctgacgaatataaatataaacaaagaacccataatttccatttgttcatttaaactaac |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
20970521 |
agatgtcacattaaccggccaaaacaaatgcatattctaagctgacgaatataaatataaacaaagaacccagaatttccatttgttaatttaaactaac |
20970620 |
T |
|
| Q |
113 |
taagaaaattgataaaagaacaaacaggaccctgttaaagcaacaactaacataagggcacaataaaacacaacttataatatatacaattcttatagaa |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20970621 |
aaagaaaattgataaaagaacaaacaggaccctgttaaagcaacaactaacataagggcacaataaaacaccacttataatatatacaattcttatagaa |
20970720 |
T |
|
| Q |
213 |
atgtaaagttcatacaagtccaatttatccattttgattttctcccatagattgtcatattcaacagcatctagtgcagaaccagattttgtgctatcat |
312 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20970721 |
atgtaaagttcatacaagtccaatttatccattgtgattttctcccatagattgtcatattcaacagcatctagtgcagaaccagattttgtgctatcat |
20970820 |
T |
|
| Q |
313 |
tattttctg |
321 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
20970821 |
tattttctg |
20970829 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 192 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 15683909 - 15683874
Alignment:
| Q |
192 |
atatatacaattcttatagaaatgtaaagttcatac |
227 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15683909 |
atatatacaattcttatagaaatgtaaagttcatac |
15683874 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 285; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Original strand, 41403114 - 41403422
Alignment:
| Q |
13 |
agatgtcacattaaccgaccaaaacaaatgcatattctaagctgacgaatataaatataaacaaagaacccataatttccatttgttcatttaaactaac |
112 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
41403114 |
agatgtcacattaaccggccaaaacaaatgcatattctaagctgacgaatataaatataaacaaagaacccagaatttccatttgttaatttaaactaac |
41403213 |
T |
|
| Q |
113 |
taagaaaattgataaaagaacaaacaggaccctgttaaagcaacaactaacataagggcacaataaaacacaacttataatatatacaattcttatagaa |
212 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41403214 |
taagaaaattgataaaagaacaaacaggaccctgttaaagcaacaactaacataagggcgcaataaaacaccacttataatatatacaattcttatagaa |
41403313 |
T |
|
| Q |
213 |
atgtaaagttcatacaagtccaatttatccattttgattttctcccatagattgtcatattcaacagcatctagtgcagaaccagattttgtgctatcat |
312 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41403314 |
atgtaaagttcatacaagtccaatttatccattgtgattttctcccatagattgtcatattcaacagcatctagtgcagaaccagattttgtgctatcat |
41403413 |
T |
|
| Q |
313 |
tattttctg |
321 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
41403414 |
tattttctg |
41403422 |
T |
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