View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8891_low_16 (Length: 411)

Name: NF8891_low_16
Description: NF8891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8891_low_16
NF8891_low_16
[»] scaffold0162 (2 HSPs)
scaffold0162 (1-397)||(9296-9693)
scaffold0162 (2-95)||(17788-17884)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (1-397)||(12376-12773)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (1-397)||(2030396-2030803)
chr5 (1-397)||(25003443-25003839)
chr5 (3-397)||(23985582-23985992)
chr5 (154-397)||(34938170-34938413)
chr5 (2-259)||(7527684-7527955)
chr5 (2-234)||(17908244-17908489)
chr5 (54-218)||(34937981-34938146)
chr5 (295-397)||(29191386-29191487)
chr5 (2-258)||(32949674-32949926)
chr5 (126-208)||(14343351-14343430)
chr5 (295-387)||(23112279-23112371)
chr5 (2-300)||(23235809-23236106)
chr5 (154-208)||(16836869-16836924)
chr5 (154-208)||(11764913-11764968)
chr5 (165-208)||(18225565-18225608)
chr5 (154-208)||(14343258-14343312)
chr5 (154-300)||(16836681-16836828)
chr5 (160-204)||(19872557-19872601)
chr5 (321-361)||(7527982-7528021)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (1-397)||(167435-167830)
[»] scaffold0686 (2 HSPs)
scaffold0686 (1-397)||(7233-7627)
scaffold0686 (1-144)||(4-147)
[»] chr3 (33 HSPs)
chr3 (1-305)||(51962520-51962823)
chr3 (1-397)||(18738352-18738764)
chr3 (154-397)||(54039786-54040029)
chr3 (4-260)||(12903201-12903471)
chr3 (54-218)||(54040053-54040218)
chr3 (54-218)||(54049340-54049505)
chr3 (154-303)||(54049166-54049316)
chr3 (2-260)||(11987510-11987763)
chr3 (326-397)||(51962406-51962477)
chr3 (2-120)||(9304221-9304342)
chr3 (295-397)||(18892814-18892915)
chr3 (2-260)||(11480423-11480677)
chr3 (295-387)||(23174534-23174625)
chr3 (161-230)||(9304100-9304169)
chr3 (121-260)||(17936911-17937051)
chr3 (295-386)||(18889587-18889677)
chr3 (2-95)||(14283873-14283969)
chr3 (2-260)||(38166614-38166867)
chr3 (154-230)||(31413690-31413767)
chr3 (322-397)||(17937078-17937153)
chr3 (154-208)||(31413802-31413856)
chr3 (2-95)||(23887688-23887784)
chr3 (165-260)||(14284019-14284115)
chr3 (2-90)||(17936810-17936901)
chr3 (307-361)||(9303674-9303729)
chr3 (154-208)||(11637130-11637184)
chr3 (346-397)||(9303923-9303974)
chr3 (154-208)||(8603316-8603370)
chr3 (160-204)||(10903073-10903117)
chr3 (155-211)||(11516929-11516984)
chr3 (322-397)||(11987409-11987483)
chr3 (324-367)||(14284144-14284187)
chr3 (2-46)||(11636980-11637024)
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (1-397)||(27739579-27739974)
chr6 (2-397)||(14151045-14151439)
chr6 (154-397)||(35010516-35010759)
chr6 (54-218)||(19627860-19628025)
chr6 (2-234)||(16301460-16301701)
chr6 (74-222)||(35010779-35010928)
chr6 (295-397)||(14627252-14627353)
chr6 (307-397)||(1554886-1554977)
chr6 (2-234)||(29664782-29665009)
chr6 (154-260)||(19628049-19628156)
chr6 (2-234)||(32277989-32278215)
chr6 (295-387)||(221983-222074)
chr6 (336-397)||(16301241-16301302)
chr6 (154-208)||(940649-940703)
chr6 (154-208)||(17084665-17084719)
chr6 (154-208)||(17084843-17084897)
chr6 (154-300)||(19671194-19671341)
chr6 (155-208)||(22594984-22595037)
chr6 (156-208)||(19671107-19671159)
chr6 (154-208)||(22594895-22594949)
chr6 (154-230)||(31468921-31468998)
chr6 (154-208)||(31469033-31469087)
chr6 (154-230)||(940537-940614)
chr6 (154-205)||(17084757-17084808)
chr6 (5-46)||(26523749-26523790)
chr6 (2-46)||(19670955-19670999)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (2-397)||(47482141-47482550)
chr7 (154-397)||(7285668-7285912)
chr7 (154-367)||(14252568-14252785)
chr7 (54-218)||(14252809-14252974)
chr7 (1-218)||(7285936-7286161)
chr7 (2-242)||(48623739-48623992)
chr7 (1-105)||(25122794-25122898)
chr7 (307-397)||(15761398-15761489)
chr7 (2-260)||(3048295-3048548)
chr7 (2-260)||(13319863-13320117)
chr7 (154-208)||(39293233-39293287)
chr7 (154-208)||(44306674-44306728)
chr7 (154-208)||(44306763-44306817)
chr7 (154-300)||(9641668-9641816)
chr7 (154-208)||(14276482-14276537)
chr7 (154-208)||(28389061-28389115)
chr7 (154-208)||(39293144-39293198)
chr7 (154-199)||(12246617-12246662)
chr7 (154-230)||(18081088-18081165)
chr7 (322-397)||(13320144-13320218)
chr7 (154-208)||(3136113-3136167)
chr7 (154-300)||(14276300-14276447)
chr7 (2-68)||(9641518-9641586)
chr7 (154-208)||(44306585-44306639)
[»] scaffold0833 (1 HSPs)
scaffold0833 (2-397)||(1719-2130)
[»] chr2 (22 HSPs)
chr2 (1-260)||(28032441-28032703)
chr2 (1-316)||(32464452-32464773)
chr2 (2-260)||(17203112-17203384)
chr2 (154-367)||(42179632-42179853)
chr2 (4-218)||(22254870-22255099)
chr2 (54-218)||(42179877-42180040)
chr2 (69-218)||(7513522-7513672)
chr2 (154-260)||(7513391-7513498)
chr2 (307-397)||(32464816-32464907)
chr2 (154-259)||(22255123-22255230)
chr2 (161-234)||(25266602-25266675)
chr2 (4-230)||(23779298-23779519)
chr2 (154-208)||(16294238-16294292)
chr2 (155-208)||(22331293-22331346)
chr2 (154-208)||(22331470-22331524)
chr2 (154-208)||(22331381-22331435)
chr2 (160-204)||(25593791-25593835)
chr2 (325-379)||(25266491-25266545)
chr2 (2-47)||(25254868-25254913)
chr2 (154-208)||(16294149-16294203)
chr2 (166-218)||(28773364-28773413)
chr2 (2-68)||(16294374-16294442)
[»] scaffold0158 (2 HSPs)
scaffold0158 (154-397)||(23587-23830)
scaffold0158 (54-218)||(23398-23563)
[»] chr8 (32 HSPs)
chr8 (1-218)||(41508567-41508785)
chr8 (2-218)||(18617531-18617749)
chr8 (54-218)||(18610790-18610955)
chr8 (154-301)||(41508395-41508543)
chr8 (307-397)||(41508261-41508352)
chr8 (2-260)||(21495652-21495905)
chr8 (154-260)||(18610979-18611086)
chr8 (154-260)||(18617773-18617880)
chr8 (307-397)||(18618189-18618280)
chr8 (128-260)||(16040978-16041111)
chr8 (128-260)||(16042654-16042787)
chr8 (165-260)||(22885186-22885282)
chr8 (154-208)||(17500644-17500698)
chr8 (154-208)||(20177435-20177489)
chr8 (154-208)||(20177524-20177578)
chr8 (154-208)||(20222162-20222216)
chr8 (154-208)||(20222251-20222305)
chr8 (154-300)||(20708414-20708561)
chr8 (154-208)||(16000782-16000837)
chr8 (154-208)||(18262908-18262962)
chr8 (154-207)||(45468760-45468813)
chr8 (2-71)||(22885027-22885098)
chr8 (322-361)||(16040854-16040893)
chr8 (322-361)||(16042530-16042569)
chr8 (300-370)||(17151222-17151293)
chr8 (2-46)||(20708264-20708308)
chr8 (154-208)||(17500733-17500787)
chr8 (154-208)||(20177346-20177400)
chr8 (154-208)||(20222073-20222127)
chr8 (154-230)||(45468649-45468726)
chr8 (2-46)||(16000632-16000676)
chr8 (2-46)||(45476044-45476088)
[»] scaffold0001 (3 HSPs)
scaffold0001 (5-260)||(165794-166063)
scaffold0001 (322-368)||(165617-165663)
scaffold0001 (323-368)||(165722-165767)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (54-260)||(20252728-20252935)
chr1 (295-387)||(32650474-32650565)
chr1 (154-208)||(18164797-18164851)
chr1 (300-370)||(20253288-20253359)
chr1 (160-211)||(20192827-20192878)
chr1 (321-397)||(20253050-20253125)
chr1 (160-204)||(25093479-25093523)
chr1 (154-230)||(18164886-18164963)
chr1 (159-203)||(18623365-18623407)
[»] scaffold0138 (5 HSPs)
scaffold0138 (182-380)||(28072-28272)
scaffold0138 (182-380)||(40068-40268)
scaffold0138 (54-218)||(27851-28016)
scaffold0138 (54-218)||(39847-40012)
scaffold0138 (54-188)||(26836-26970)
[»] scaffold0335 (2 HSPs)
scaffold0335 (2-222)||(9516-9739)
scaffold0335 (154-208)||(9442-9496)
[»] chr4 (41 HSPs)
chr4 (1-218)||(55378242-55378467)
chr4 (54-218)||(19699079-19699244)
chr4 (54-218)||(19709664-19709829)
chr4 (154-316)||(55378056-55378218)
chr4 (129-263)||(22737260-22737393)
chr4 (277-380)||(8043928-8044032)
chr4 (2-88)||(22737065-22737152)
chr4 (132-260)||(23271500-23271628)
chr4 (154-260)||(19698948-19699055)
chr4 (154-260)||(19709533-19709640)
chr4 (307-397)||(55377936-55378027)
chr4 (2-234)||(32461904-32462130)
chr4 (2-218)||(9793891-9794102)
chr4 (121-234)||(14502967-14503080)
chr4 (2-95)||(23271677-23271773)
chr4 (2-221)||(8043584-8043803)
chr4 (154-208)||(14570036-14570090)
chr4 (295-387)||(14910960-14911051)
chr4 (321-397)||(23271399-23271474)
chr4 (154-208)||(7966094-7966148)
chr4 (154-208)||(40902210-40902264)
chr4 (154-208)||(41918276-41918330)
chr4 (155-208)||(13448534-13448587)
chr4 (154-300)||(13595429-13595577)
chr4 (300-370)||(19019432-19019503)
chr4 (154-204)||(12336020-12336070)
chr4 (154-208)||(41918187-41918241)
chr4 (159-204)||(12346693-12346738)
chr4 (321-397)||(19019193-19019268)
chr4 (300-370)||(8373473-8373544)
chr4 (154-208)||(19623520-19623573)
chr4 (154-300)||(40902028-40902175)
chr4 (51-206)||(7848885-7849036)
chr4 (322-367)||(14502868-14502913)
chr4 (322-361)||(9794186-9794225)
chr4 (154-208)||(19082441-19082496)
chr4 (154-300)||(13448352-13448499)
chr4 (10-95)||(14503085-14503174)
chr4 (2-68)||(13595659-13595727)
chr4 (2-45)||(13448695-13448738)
chr4 (307-361)||(22737482-22737537)
[»] scaffold0615 (1 HSPs)
scaffold0615 (4-256)||(7421-7687)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (2-227)||(42325-42563)
[»] scaffold0892 (1 HSPs)
scaffold0892 (57-241)||(2426-2610)
[»] scaffold0066 (3 HSPs)
scaffold0066 (2-260)||(52827-53080)
scaffold0066 (2-260)||(44631-44884)
scaffold0066 (307-397)||(53330-53421)
[»] scaffold0244 (4 HSPs)
scaffold0244 (277-380)||(24205-24309)
scaffold0244 (161-230)||(24434-24503)
scaffold0244 (295-380)||(17786-17872)
scaffold0244 (322-358)||(24294-24330)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (2-260)||(57872-58126)
[»] scaffold0342 (2 HSPs)
scaffold0342 (2-234)||(2042-2267)
scaffold0342 (322-397)||(1915-1988)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (1-300)||(98386-98684)
[»] scaffold1486 (2 HSPs)
scaffold1486 (122-234)||(1616-1728)
scaffold1486 (2-71)||(1502-1573)
[»] scaffold0125 (3 HSPs)
scaffold0125 (277-380)||(34241-34345)
scaffold0125 (2-120)||(30040-30161)
scaffold0125 (322-358)||(34220-34256)
[»] scaffold0012 (4 HSPs)
scaffold0012 (129-260)||(35177-35309)
scaffold0012 (295-387)||(223303-223394)
scaffold0012 (344-394)||(35078-35128)
scaffold0012 (14-83)||(35336-35408)
[»] scaffold0207 (2 HSPs)
scaffold0207 (2-234)||(16514-16728)
scaffold0207 (322-367)||(16782-16827)
[»] scaffold0118 (2 HSPs)
scaffold0118 (126-259)||(35591-35725)
scaffold0118 (49-95)||(35748-35795)
[»] scaffold0032 (2 HSPs)
scaffold0032 (2-218)||(14832-15043)
scaffold0032 (322-361)||(14709-14748)
[»] scaffold1427 (1 HSPs)
scaffold1427 (295-387)||(1382-1473)
[»] scaffold0561 (1 HSPs)
scaffold0561 (2-300)||(4166-4464)
[»] scaffold0191 (1 HSPs)
scaffold0191 (54-230)||(140-326)
[»] scaffold0165 (5 HSPs)
scaffold0165 (154-208)||(20743-20797)
scaffold0165 (154-208)||(28727-28781)
scaffold0165 (154-300)||(28816-28963)
scaffold0165 (154-230)||(20832-20909)
scaffold0165 (2-46)||(28577-28621)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (154-208)||(247286-247340)
[»] scaffold0409 (2 HSPs)
scaffold0409 (154-208)||(2632-2686)
scaffold0409 (154-208)||(10887-10941)
[»] scaffold0148 (1 HSPs)
scaffold0148 (154-208)||(36519-36573)
[»] scaffold0124 (1 HSPs)
scaffold0124 (312-385)||(36527-36601)
[»] scaffold0173 (2 HSPs)
scaffold0173 (165-260)||(4182-4278)
scaffold0173 (1-83)||(4009-4094)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (10-208)||(104429-104624)
[»] scaffold1068 (1 HSPs)
scaffold1068 (154-208)||(1870-1924)
[»] scaffold0700 (1 HSPs)
scaffold0700 (154-208)||(1210-1264)
[»] scaffold1666 (2 HSPs)
scaffold1666 (121-230)||(945-1054)
scaffold1666 (2-68)||(1100-1168)
[»] scaffold0133 (2 HSPs)
scaffold0133 (160-208)||(3203-3251)
scaffold0133 (154-230)||(3091-3168)
[»] scaffold0503 (1 HSPs)
scaffold0503 (154-208)||(10231-10285)
[»] scaffold0361 (1 HSPs)
scaffold0361 (320-361)||(2618-2659)
[»] scaffold0029 (2 HSPs)
scaffold0029 (2-83)||(67194-67278)
scaffold0029 (121-198)||(67085-67162)
[»] scaffold0329 (1 HSPs)
scaffold0329 (165-205)||(1809-1849)
[»] scaffold0090 (2 HSPs)
scaffold0090 (154-208)||(36283-36338)
scaffold0090 (154-208)||(36190-36244)
[»] scaffold0258 (1 HSPs)
scaffold0258 (5-46)||(8740-8781)


Alignment Details
Target: scaffold0162 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0162
Description:

Target: scaffold0162; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 9693 - 9296
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  9693 attcacaactaggactcatgccataacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccctgat 9594  T
Q  101 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9593 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctccatctatcatgtatgcatgaacatacgactcaacaacaatgcatatgt 9494  T
Q  201 tcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9493 tcacacaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcataaatggagtcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 9394  T
Q  301 aacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  9393 aacatcatatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcaccttcacataatttcacattaatttcatgat 9296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 95
Target Start/End: Original strand, 17788 - 17884
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgccc 95  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  17788 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgccc 17884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 12376 - 12773
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   || |||| ||||    
T  12376 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttagaaagtcgcccatgat 12475  T
Q  101 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 200  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12476 gccgaaaaaacatcataatctcaccatttagatatataaaaataaacatctacatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 12575  T
Q  201 tcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12576 tcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 12675  T
Q  301 aacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12676 aacatcatatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcacctgcacataatttcacatcaattacatgat 12773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 2030396 - 2030803
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  2030396 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccatgtatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccctgat 2030495  T
Q  101 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2030496 gccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatttgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 2030595  T
Q  201 tcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2030596 tcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactaaccaacaattcac 2030695  T
Q  301 aacatc----------atatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaat 389  Q
    || |||          |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2030696 aatatcatatatatatatatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaat 2030795  T
Q  390 tacatgat 397  Q
    ||||||||    
T  2030796 tacatgat 2030803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 25003443 - 25003839
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttga 99  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  || |||  |||    
T  25003443 attcacaactaagactcattccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgtggtaccggtctcaccaatatttaggttgtcgcctgtga 25003542  T
Q  100 tgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatg 199  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25003543 tgccaacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatatgtctccatcattcgtgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatg 25003642  T
Q  200 ttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattca 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25003643 ttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcatatatgcattcacaccaatttatcatttctcgacatatatgcactcaccaacaattca 25003742  T
Q  300 caacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    ||||| ||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  25003743 caacaacata--tatattcacccaccatatcataacaaacaatgtatatggattcaccaatatcatcaccttcacgtaatttcatatcaaatacatgat 25003839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 3 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 23985992 - 23985582
Alignment:
Q  3 tcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||    
T  23985992 tcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgtcgtccatgatg 23985893  T
Q  102 ccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaa 188  Q
    || || ||||| |||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985892 ccaattgaacaccataatcatcaccaatatcatcaccatttggatatataaaaatatccgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaa 23985793  T
Q  189 caatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaac-tc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||    
T  23985792 caatgcatatgttcacacaacaactcaccaaattctcaccattattatttgcataaatgcactcacaccaattcatcatttctctacacatatgcacatc 23985693  T
Q  288 accaacaattcacaacatcatatttatattcac-caccatatcataataaacaatgtat--atggattcaccaatattatcaccttcacataatttcaca 384  Q
    ||||||||||||||||| ||||  | ||||||| ||||||||  | ||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  23985692 accaacaattcacaacaacata--tgtattcactcaccatattgttataaacaatatatgcatggattcaccaatatcatcaccttcacataacttcata 23985595  T
Q  385 tcaattacatgat 397  Q
    |||| ||||||||    
T  23985594 tcaaatacatgat 23985582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 154 - 397
Target Start/End: Original strand, 34938170 - 34938413
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34938170 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 34938269  T
Q  253 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggat 351  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34938270 acaccaattcgtcatttctcgacatatatgcactcaccaacaattcacaacaacata--tatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggat 34938367  T
Q  352 tcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34938368 tcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaaatacatgat 34938413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 259
Target Start/End: Original strand, 7527684 - 7527955
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7527684 ttcacaacaaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggtaccgatctcaccaatatttaggccgtcgcccatgat 7527783  T
Q  101 gccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaaca 187  Q
    ||||| ||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7527784 gccgacagaacatcataatcatcaccaatatcatcaccatttggatatataaaaatatccgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaata 7527883  T
Q  188 acaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaa 259  Q
    | ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||    
T  7527884 ataatgcatatatccacacaacaactcaccaaattctcaccaatattatttgcatttatgcaatcacaccaa 7527955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 17908244 - 17908489
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  17908244 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggtaccgatctcaccaatatttaggccgtcgcccatgat 17908343  T
Q  101 gccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaaca 187  Q
    ||||| ||||||||||||||             ||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17908344 gccgacagaacatcataatcatcaccaatatcatcaccatttggatatat-aaaatatccgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaaca 17908442  T
Q  188 acaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatatt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  17908443 acaatgcatatgttcacacaacaactcacaaaattctcaccaatatt 17908489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Original strand, 34937981 - 34938146
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  34937981 atgcatgcggtaccagtctcaccaatatttaggtcgtcgcccatgatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctcc 34938080  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34938081 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaactcacca 34938146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 29191487 - 29191386
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattaca 393  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29191487 attcacaacaacatat--atattcacccaccatatcataataaacaatatatatggattcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaaataca 29191390  T
Q  394 tgat 397  Q
    ||||    
T  29191389 tgat 29191386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 258
Target Start/End: Original strand, 32949674 - 32949926
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||| |     
T  32949674 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccatcgcccatc 32949773  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtc-atgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcat 196  Q
    ||          || || |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||   | ||    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  32949774 at----------caccaaaatcatcaccaattgaatatataaaaatatccgtcatcaccaaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcat 32949863  T
Q  197 atgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacacca 258  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||    
T  32949864 atgtccacacaacaactcaccatatcttcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacacca 32949926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 126 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 14343430 - 14343351
Alignment:
Q  126 atttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||   ||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14343430 atttggatatataaaa---tccgtcaccatcagtcatgaatgcatgaacatatgactcaacaacaatgtatatgttcacacaa 14343351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 295 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 23112371 - 23112279
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaa-tattatcaccttcacataatttcacatca 387  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  23112371 attcacaacaacatat--atattcacccaccatatcataataaacaatgtagatgtattcaccaattatcatcacctttacataatttcacatca 23112279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 2 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 23236106 - 23235809
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgccct-tg 98  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||| || | ||||||||| | |  ||| ||||||||||||||| | | |||||  | ||||||||  |||  ||    
T  23236106 ttcacaattagaactcatgccacaacatggtaagttcctagacataacacctaaatgcatgcggtaccgttgtcaccaacgtctaggccgtcaccccatg 23236007  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcata 197  Q
    ||||| | |||||| ||||||| |  || ||||||||| ||     ||||||   |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  23236006 atgccaacagaacaccataatcacctcaattggatataaaa-----tccgtcaccatcagtcatgaatgcatgaacagatgactcaataacaaatgcata 23235912  T
Q  198 tgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaa 295  Q
    ||||||||| ||||| |||||| | ||||| ||| | |  | ||||| | ||||||| || ||||||| |||| || |||||||||  ||||||||||||    
T  23235911 tgttcacacaaacaattcaccacaatctcatcaacact--tagcatatacgcattcaccaacaattcaccattacttgacatatatacactcaccaacaa 23235814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 16836924 - 16836869
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16836924 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcaacaactaatgcatatgttcacacaa 16836869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 11764968 - 11764913
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactc-aacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11764968 atcagtcatgaatgcatgaacatatgtctctaacaacaatgcatatgttcacacaa 11764913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 18225608 - 18225565
Alignment:
Q  165 atgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18225608 atgcatgaacatatggctcaacaacaatgcatatgttcacacaa 18225565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 14343312 - 14343258
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||    
T  14343312 atcagtcatgtatgcataaacatatgtctcaaatacaatgcatatgttcgcacaa 14343258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 16836828 - 16836681
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcatt 251  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||  | ||||||||  |  |||| ||||| |||||||    
T  16836828 atcagtcatgtatgtatacacatatgtcacaacaacaatgtatatgttcacacaaccaattcaccgcaatctcacca--aacacttagcatatatgcatt 16836731  T
Q  252 ca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    || ||  |||||| | || || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  16836730 caccaataattcaccgttacttgacatatatgcactcaccaacaattcac 16836681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 204
Target Start/End: Original strand, 19872557 - 19872601
Alignment:
Q  160 catgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcac 204  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  19872557 catgtatgcatgaaaatatgactctacaataatgcatatgttcac 19872601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 321 - 361
Target Start/End: Original strand, 7527982 - 7528021
Alignment:
Q  321 caccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatat 361  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  7527982 caccatatcataataa-caatgtatatggactcaccaatat 7528021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 167830 - 167435
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||  ||||||||    
T  167830 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttagttcgtctcccttgat 167731  T
Q  101 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  167730 gccgacagaacatcataatctcaccatttagatatttaaaaatatccatcttcatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 167631  T
Q  201 tcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  167630 tcacacaacaactcaccattttctcaccaatattgtttgcataaatgcattcatatcaattcatcatttctcgacatatatgaactc-ccaacaattcat 167532  T
Q  301 aacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    ||||| || | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  167531 aacat-atgtatatattcacccaccttatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 167435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0686 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 2)
Name: scaffold0686
Description:

Target: scaffold0686; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 7627 - 7233
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  7627 attcacaactaggactcatgccattacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggtcgtcgcccttgat 7528  T
Q  101 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7527 gccgacagaacatcataatctcaccatttagatatttaaaaatacccatctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 7428  T
Q  201 tcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||     
T  7427 tcacacaacaactcaccatattctcaccaatattgtttgcataaatgcattcacatcaattcatcatttctcgacatacatgaactc-ccaacaattcat 7329  T
Q  301 aacatcatatttatattcaccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    ||||| || | ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7328 aacat-atgtatatattcacccacttatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 7233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0686; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 147 - 4
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  147 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccatgtatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggtcgtcgcccttgat 48  T
Q  101 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaata 144  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  47 gccgacagaacatcataatctcaccatttagatatttaaaaata 4  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 33)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 51962823 - 51962520
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  51962823 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttagcccgtcgcccttgat 51962724  T
Q  101 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51962723 gccgacagaacatcataatctcaccatttagatatataaaaatatccatctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 51962624  T
Q  201 tcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  51962623 tcacacaacaactcgccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactc-ccaacaattcat 51962525  T
Q  301 aacat 305  Q
    |||||    
T  51962524 aacat 51962520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 18738352 - 18738764
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaa-catgatatgatcctagacac-accctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgccctt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||| |||| |    
T  18738352 attcacaactaggactcatgccacaatcatgttatgatcctagacacgacactatatgcatgcggtactgatcatcaccaatatttaggccgtcgcccat 18738451  T
Q  98 gatgccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactca 184  Q
    |||||||| ||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18738452 gatgccgacagaacatcataatcatcaccaatatcatcaccatttggatatataaaaatatccgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactca 18738551  T
Q  185 acaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaa 284  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18738552 ataacaatgcatatgttcatacaacaactcaccatatcatcaccactattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgca 18738651  T
Q  285 ctcaccaacaattcacaacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcac 383  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  18738652 ctcaccaacaactcacaacatcatatatatattcacccaccatattataat-aacaaagtatatggattcaccaatatcatcacctccacataatttcac 18738750  T
Q  384 atcaattacatgat 397  Q
    ||||||||||||||    
T  18738751 atcaattacatgat 18738764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 154 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 54040029 - 54039786
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54040029 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 54039930  T
Q  253 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattcac-caccatatcataataaacaatgtatatggat 351  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54039929 acaccaattcgtcatttctcgacatatatgcactcaccaacaattcacaacgacata--tatattcacacaccctatcataataaacaatgtatatggat 54039832  T
Q  352 tcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  54039831 tcaccaatatcatcaccttcatatagtttcacatcaaatacatgat 54039786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 12903471 - 12903201
Alignment:
Q  4 cacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatg 101  Q
    |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||| |||||    
T  12903471 cacaactaggtctcatgccacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccgatctcaccaatatttaggccatcgcccatgatg 12903372  T
Q  102 ccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaa 188  Q
    |||| ||||||||||||||             |||||| |||||||||||||| |||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12903371 ccgacagaacatcataatcatcaccaaagtcatcaccacttggatatataaaa-tatctgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaa 12903273  T
Q  189 caatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  12903272 caatgcatatgttcacacaacaactcaccaaattctcaccaatattatttgcattcatgcaatcacaccaat 12903201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 54040218 - 54040053
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       
T  54040218 atgcatgtggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccatgatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatctgtctcc 54040119  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54040118 atcagtcatgtatgtatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaactcacca 54040053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 54049505 - 54049340
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       
T  54049505 atgcatgtggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccatgatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatctgtctcc 54049406  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  54049405 atcagtcatgtatgtatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaactcacca 54049340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 154 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 54049316 - 54049166
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54049316 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 54049217  T
Q  253 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaac 303  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54049216 acaccaattcgtcatttctcgacatatatgcactcaccaacaattcacaac 54049166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 11987763 - 11987510
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    |||||||||||||||||   |||  ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |     
T  11987763 ttcacaactaggactcaattcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 11987664  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcata 197  Q
    ||          || || |||| |||||| |||||||||||||||||| ||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  11987663 at----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaaaatattcgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcata 11987574  T
Q  198 tgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  |||||| || ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  11987573 tgtccacacaacaactcaccatatcatcaccattatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 11987510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 326 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 51962477 - 51962406
Alignment:
Q  326 tatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51962477 tatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 51962406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 9304342 - 9304221
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||    
T  9304342 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccgttcatcaccaatatttaggccgtcgcccatg 9304243  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc 120  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  9304242 atgccgacagaacatcataatc 9304221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 295 - 397
Target Start/End: Original strand, 18892814 - 18892915
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattaca 393  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |    
T  18892814 attcacaacaacatat--atattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcacctttacataattacacatcaaatata 18892911  T
Q  394 tgat 397  Q
    ||||    
T  18892912 tgat 18892915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 11480677 - 11480423
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatattt-aggccgttgccctt 97  Q
    ||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||| |    
T  11480677 ttcacaactaggactcatgtcaccttatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatattttaggccgtcgcccat 11480578  T
Q  98 gatgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcat 196  Q
     ||          || || |||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||   | ||   ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  11480577 cat----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaacatatctgtcatcaccaaatatgcatgcatgaacatatgactcaataataatgcat 11480488  T
Q  197 atgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  11480487 atgtccacacaacaactcaccaaatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 11480423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 295 - 387
Target Start/End: Original strand, 23174534 - 23174625
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatca 387  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  23174534 attcacaacaacatat--atattcacccaccatatcataataaacaaagtatatggattcaccaatatcatcacctttacataatttcacatca 23174625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 9304169 - 9304100
Alignment:
Q  161 atgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  9304169 atgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgtccacacaacaactcaccatatcatcaccaa 9304100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 121 - 260
Target Start/End: Original strand, 17936911 - 17937051
Alignment:
Q  121 tcaccatttggatatataaaaatatccgtccat-atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccat 219  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17936911 tcaccaattggatatataaacatatccg-ccatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccat 17937009  T
Q  220 attctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  17937010 atcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 17937051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 295 - 386
Target Start/End: Original strand, 18889587 - 18889677
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatc 386  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  18889587 attcacaacaacatat--atattcacccaccgtatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcacctttacataatttcacatc 18889677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 95
Target Start/End: Original strand, 14283873 - 14283969
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgccc 95  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  14283873 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgccc 14283969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Original strand, 38166614 - 38166867
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||| |     
T  38166614 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacagcacctatatgcatgcggcaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 38166713  T
Q  99 atgccgatagaacatcataa-tctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcata 197  Q
    ||          ||||| || | |||||| |||||| |||||| |||||||||     ||   ||||||| |||||||||| |||||| || ||| ||||    
T  38166714 at----------catcaaaattatcaccaattggatgtataaacatatccgtcatcgccaaatatgtatgtatgaacatataactcaataataatacata 38166803  T
Q  198 tgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  38166804 tgtccacacaacaactcaccaaatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 38166867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 31413767 - 31413690
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||    
T  31413767 atcagtcatgtatgcataaacatatgtctcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcaccaa 31413690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 322 - 397
Target Start/End: Original strand, 17937078 - 17937153
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||   | ||||||||||||||| ||||||||    
T  17937078 accatatcataataaacaatgtatatggactcaccaatatcatcaccaatatataatttcacatcaaatacatgat 17937153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 31413856 - 31413802
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31413856 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 31413802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 2 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 23887784 - 23887688
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgccc 95  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||   |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  23887784 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcatagacacaacacctatatgtatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgccc 23887688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 165 - 260
Target Start/End: Original strand, 14284019 - 14284115
Alignment:
Q  165 atgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||| ||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  14284019 atgcatgaacatatgactcaataataatgcatatgtcgacacaagaactcaccatatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 14284115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 90
Target Start/End: Original strand, 17936810 - 17936901
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgt 90  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||    
T  17936810 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggttccgttcatcaccaatatttaggccgt 17936901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 307 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 9303729 - 9303674
Alignment:
Q  307 atatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatat 361  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9303729 atatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatat 9303674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 11637130 - 11637184
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  11637130 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatccatatgttcacacaa 11637184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 9303974 - 9303923
Alignment:
Q  346 atggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  9303974 atggattcaccaatatcatcaccttctcataatttcatatcaattacatgat 9303923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 8603316 - 8603370
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  8603316 atcagtcatgaatgcataaacatatgtctcaacaataatgcatatgttcacacaa 8603370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 204
Target Start/End: Original strand, 10903073 - 10903117
Alignment:
Q  160 catgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  10903073 catgtatgcatgaacatatgactcgacaataatgcatatgttcac 10903117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 11516984 - 11516929
Alignment:
Q  155 tcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaa 211  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  11516984 tcagttatgtatgcatgaacatatgactcggc-acaatgcatatgttcacacaacaa 11516929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 11987483 - 11987409
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| | ||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  11987483 accatattataataaacaatgtatatgaactcaccaatatcatctcattcacataa-ttcatatcaaatacatgat 11987409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 324 - 367
Target Start/End: Original strand, 14284144 - 14284187
Alignment:
Q  324 catatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcac 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  14284144 catatcataataaacaatgtatatggactcaccaatatcatcac 14284187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 46
Target Start/End: Original strand, 11636980 - 11637024
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac 46  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  11636980 ttcacaattaggactcatgccacaatatgatatgcccctagacac 11637024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 27739579 - 27739974
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaa-catgatatgatcctagacac-accctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgccctt 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| || ||||| | ||||||||||||||||| |||| |    
T  27739579 attcacaactaggactcatgccacaatcatgatatgatcctagacacgacactataggcatgcgatatcggtcatcaccaatatttaggccgtcgcccat 27739678  T
Q  98 gatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaa--atatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgca 195  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27739679 gatgccaacagaacatcataatctcaccatttagatatataaaaaaatatccgtctccaccagtcatgtatgcatgaacatatgactcaataacaatgca 27739778  T
Q  196 tatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaa 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     ||||||    
T  27739779 tatgttcacacaacaactcaccatatcctcaccaatattacttgcatatatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgca-----caacaa 27739873  T
Q  296 ttcacaacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacat 394  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27739874 ttcacaacatcata--tatattcacccaccatattataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaaatacat 27739971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 2 - 397
Target Start/End: Original strand, 14151045 - 14151439
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttga 99  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||    
T  14151045 ttcacaactagcactcatgccacaacatgatatgatcctagacacgacacctatatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggtcgtcgcccatga 14151144  T
Q  100 tgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatg 199  Q
    |||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||| |||    ||||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14151145 tgccgacaaaacatcaaaatcccaccatttggatataaaaa----tccgtctccactagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatg 14151240  T
Q  200 ttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatca-tttctcgacatatatgaactcaccaacaatt 297  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| || |||||||||||    
T  14151241 ttcacacaaacaactcaccatattctcaccaaaattacttgtgtatatgcattcacaccaattcattattttctcgacatgtatgcacccaccaacaatt 14151340  T
Q  298 cacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatga 396  Q
    | ||||| ||||  |||||||||| | |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  14151341 ctcaacaacata--tatattcaccaatcatatcatcataaacaatgtatgtagattcaccaatatcatcatcttcacataattccacatcaaatacatga 14151438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 154 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 35010759 - 35010516
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35010759 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 35010660  T
Q  253 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattcac-caccatatcataataaacaatgtatatggat 351  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35010659 acaccaattcatcatttctcgacatatatgtactcaccaacaattcacaaca--agatatatattcactcaccatatcataataaacaatgtatatggat 35010562  T
Q  352 tcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35010561 tcaccaatatcattaccttcacataatttcacatcaaatacatgat 35010516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Original strand, 19627860 - 19628025
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  19627860 atgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccatgatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctcc 19627959  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  19627960 atcagtcatatatgcatgaacatatgacttaacaacaatacatatgttcacacaaacaactcacca 19628025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 16301701 - 16301460
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-accctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16301701 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggta-ctatctcaccaatatttaggccgtcgcccatgat 16301603  T
Q  101 gccgatagaacatcataat------------ctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaa 188  Q
    ||||| |||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  16301602 gccgacagaacatcataatatcaccaatatcatcaccatttggatatataaaaatatccgtctccatcagtcatatatgcatgaatatatgactcaacaa 16301503  T
Q  189 caatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatatt 234  Q
    |   ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||    
T  16301502 c---gcatatgttcacataacaactcaccaaattctcacaaatatt 16301460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 74 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 35010928 - 35010779
Alignment:
Q  74 accaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaa 173  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||    
T  35010928 accaatatttaggccgtcgcccatgatgtcgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatctgtctccatcagtcatgtatgcatgaa 35010829  T
Q  174 catatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatatt 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35010828 catatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaactcaccatatt 35010779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 14627353 - 14627252
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattaca 393  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14627353 attcacaacaacatat--atattcacccaccatatcataataaacaatatatatggattcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaaataca 14627256  T
Q  394 tgat 397  Q
    ||||    
T  14627255 tgat 14627252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 307 - 397
Target Start/End: Original strand, 1554886 - 1554977
Alignment:
Q  307 atatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1554886 atatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaaaatcatcaccttcacataatttcacatcacttacatgat 1554977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 29664782 - 29665009
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |     
T  29664782 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacgacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 29664881  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcacc-atttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcat 196  Q
    ||          || || |||| ||||| || |||||| |||||||||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  29664882 at----------caccaaaatcatcaccaatatggatacataaaaatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcat 29664971  T
Q  197 atgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatatt 234  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  29664972 atgtccacacaacaactctccatatcatcaccaatatt 29665009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 154 - 260
Target Start/End: Original strand, 19628049 - 19628156
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  19628049 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcatttatgcaatc 19628148  T
Q  253 acaccaat 260  Q
    ||||||||    
T  19628149 acaccaat 19628156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 32278215 - 32277989
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||  ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |     
T  32278215 ttcacaactaggactcatgtcacctcaaaatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 32278116  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatat 198  Q
    ||  | |    | |||||     ||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  32278115 atcacca----atatcat-----caccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatat 32278025  T
Q  199 gttcacacaacaactcaccatattctcaccaatatt 234  Q
    || |||||||| |||||||| ||  |||||||||||    
T  32278024 gtccacacaaccactcaccaaatcatcaccaatatt 32277989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 295 - 387
Target Start/End: Original strand, 221983 - 222074
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatca 387  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  221983 attcacaacaacatat--atattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaacatcatcacctttacataatttcacatca 222074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 336 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 16301302 - 16301241
Alignment:
Q  336 aacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16301302 aacaatgtatatagactcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 16301241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 940703 - 940649
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  940703 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 940649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 17084719 - 17084665
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17084719 atcagtcatgtatgcataaacatatgtctcaacaacaatgcatatgttcacacaa 17084665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 17084897 - 17084843
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17084897 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 17084843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Original strand, 19671194 - 19671341
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcatt 251  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||  |  |||| ||||| |||||||    
T  19671194 atcagtcatgtatgtataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcacca--aacacttagcatatatgcatt 19671291  T
Q  252 ca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    || || |||||||||||  |  | |||||||| |||||||||||||||||    
T  19671292 caccaacaattcatcatcacatgtcatatatgcactcaccaacaattcac 19671341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 22595037 - 22594984
Alignment:
Q  155 tcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  22595037 tcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgtttacacaa 22594984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 156 - 208
Target Start/End: Original strand, 19671107 - 19671159
Alignment:
Q  156 cagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19671107 cagtcatgaatgcatgaacatataactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 19671159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 22594949 - 22594895
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  22594949 atcagtcatgtatgcataaacatttgtctcaacaacattgcatatgttcacacaa 22594895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 31468998 - 31468921
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||    
T  31468998 atcagtcatgtatgtataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcaccaa 31468921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 31469087 - 31469033
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  31469087 atcaatcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgtctatgttcacacaa 31469033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 940614 - 940537
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||    
T  940614 atcagtcatgtatgtataaacatatatctcatcaacaatacatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcaccaa 940537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 17084808 - 17084757
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcaca 205  Q
    |||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  17084808 atcattcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcaca 17084757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 46
Target Start/End: Complemental strand, 26523790 - 26523749
Alignment:
Q  5 acaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac 46  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  26523790 acaactaggactcatgccacaacatactatgttcctagacac 26523749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 46
Target Start/End: Original strand, 19670955 - 19670999
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac 46  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  19670955 ttcacaattaggactcatgccacaatatgatatgtccctagacac 19670999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 2 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 47482550 - 47482141
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||  || |||| ||||    
T  47482550 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatacatgcggtaccgatctcaccaatatttaggttgtcgcccatgat 47482451  T
Q  101 gccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaaca 187  Q
    ||||||||||||||||||||             |||| |||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47482450 gccgatagaacatcataatcatcaccaaaatcatcacaatttggatatataaaa-tatccgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaata 47482352  T
Q  188 acaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactc 287  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||   ||||||| |||| |||||| ||||    
T  47482351 ataatgcatatgtccacacaacaactcaccaaattctcaccaatattatttgcatttatgcaatcacaccaataattcatttcgcgacttatatgcactc 47482252  T
Q  288 accaacaattcacaacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatc 386  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  47482251 accaacaattcacaacaacatatatatattcacccaccatatcataataaacaatatatatggattcaccaatatcatcacattcatataatttcacatc 47482152  T
Q  387 aattacatgat 397  Q
    || ||||||||    
T  47482151 aaatacatgat 47482141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 154 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 7285912 - 7285668
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattca 253  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| || |   || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7285912 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaaaaattcacacaatctcaccaatattacttgcataaatgcatcca 7285813  T
Q  254 caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggatt 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  7285812 caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatgaatc 7285713  T
Q  353 caccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  7285712 caccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaaacacatgat 7285668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 154 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 14252785 - 14252568
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    |||||| ||||||  || |||||||  ||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14252785 atcagttatgtataaataaacatatatctcaacaacgatacatatgttcatacaaacaactcaccatattctcatcaatattacttgcataaatgcattc 14252686  T
Q  253 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatc--atatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatgg 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14252685 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatgg 14252586  T
Q  350 attcaccaatattatcac 367  Q
    ||||| |||||| |||||    
T  14252585 attcatcaatatcatcac 14252568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 14252974 - 14252809
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  14252974 atgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggtcgtcgcccatgatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctcc 14252875  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14252874 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaactcacca 14252809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 7286161 - 7285936
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaa-catgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||| ||||| |    
T  7286161 attcacaactaggactcatgccacaatcatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggtatcggtcacaccaatatt-aggccgtcgccct-g 7286064  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatctcaccat--------ttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaaca 190  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||        ||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  7286063 atgccgatagaacatcataatcacaccatcacaccatttggatatataaaaatatctgtcgccatcagtcatgtatgcatgaacatatgaatcaacaata 7285964  T
Q  191 atgcatatgttcacacaacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7285963 atgcatatgttcacacaacaactcacca 7285936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 48623992 - 48623739
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca-ccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||  ||| || |||| ||||||||| |||| ||||    
T  48623992 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacatatctctatatgcatgcggtaccattctcactaataattaggccgtcgcccatgat 48623893  T
Q  101 gccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaaca 187  Q
    ||||||||||||||||||||             ||||||||| ||||| | ||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48623892 gccgatagaacatcataatcatcaccaaaatcatcaccatttagatatgt-aaaatatccatctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaata 48623794  T
Q  188 acaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcat 242  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  48623793 ataatgcatatgtccacacaacaactcaccaaattctcaccaatattatttgcat 48623739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Original strand, 25122794 - 25122898
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  25122794 attcacaactacgactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccttgat 25122893  T
Q  101 gccga 105  Q
    |||||    
T  25122894 gccga 25122898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 307 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 15761489 - 15761398
Alignment:
Q  307 atatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15761489 atatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaaaatcatcaccttcacataatttcacatcacttacatgat 15761398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Original strand, 3048295 - 3048548
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||| |||| |     
T  3048295 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtacatgtcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 3048394  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcata 197  Q
    ||          || || |||| ||| || ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  3048395 at----------caccaaaatcatcatcaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgtatgaacatatgactcaataataatgcata 3048484  T
Q  198 tgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  3048485 tgtccacacaacaactcaccaaatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 3048548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Original strand, 13319863 - 13320117
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatat--gcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| | |||||  ||||| ||||||| || | |||||||||||||| ||  ||| |     
T  13319863 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacatatatatgcatgtggtaccgatcatcaccaatatttaggctgtcacccatc 13319962  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtc-atgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcat 196  Q
    ||          || || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||   | ||    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  13319963 at----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaaaatatccgtcatcaccaaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcat 13320052  T
Q  197 atgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  13320053 atgtccacacaacaactcaccatatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 13320117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 39293287 - 39293233
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39293287 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 39293233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 44306728 - 44306674
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44306728 atcagtcatgtatgcataaacatatgtctcaacaacaatgcatatgttcacacaa 44306674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 44306817 - 44306763
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44306817 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 44306763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Original strand, 9641668 - 9641816
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcat 250  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| | ||||||||  |  ||||  |||| ||||||    
T  9641668 atcagtcatgaatgcttgaacatatgactcaacaacaaatgcatatgtttacacaaacaattcaccacaatctcacca--aacacttaacatatatgcat 9641765  T
Q  251 tcac-accaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    |||| | ||||||| | || || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  9641766 tcacaaacaattcaccgttacttgacatatatgcactcaccaacaattcac 9641816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 14276537 - 14276482
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14276537 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcaacaacaaatgcatatgttcacacaa 14276482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 28389061 - 28389115
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  28389061 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatccatatgttcacacaa 28389115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 39293198 - 39293144
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39293198 atcagtcgtgtatgcataaacatatgtctcaacaacaatgcatatgttcacacaa 39293144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 199
Target Start/End: Original strand, 12246617 - 12246662
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatg 199  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12246617 atcattcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatg 12246662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 18081165 - 18081088
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||||| | |||||||||    
T  18081165 atcagtcatgaatccatgaacatatgactcaacaacaaatgcatatgttcacacaaacattcaccacaatctcaccaa 18081088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 397
Target Start/End: Original strand, 13320144 - 13320218
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  13320144 accatatcatagtaaacaatgtatatggactcaccaatatcatctcattcacataa-ttcatatcaaatacatgat 13320218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 3136113 - 3136167
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3136113 atcagtcatgattgtatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttgacacaa 3136167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 14276447 - 14276300
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttca-cacaacaactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcatt 251  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |  ||||| |||||| | ||||||||  |  |||| ||||| |||||||    
T  14276447 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatccaaacaattcaccacaatctcacca--aacacttagcatatatgcatt 14276350  T
Q  252 ca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    || || ||||||| |  | || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  14276349 caccaacaattcaccgctacttgacatatatgaattcaccaacaattcac 14276300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 68
Target Start/End: Original strand, 9641518 - 9641586
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccg 68  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  9641518 ttcacaattaggactcatgccacaacatggtatgtccctagacacgacacctaaatgcatgcggtaccg 9641586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 44306639 - 44306585
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  44306639 atcagtcatgtatgcacaaacttatgtctcagcaacaacgcatatgttcacacaa 44306585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0833 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: scaffold0833
Description:

Target: scaffold0833; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 2 - 397
Target Start/End: Original strand, 1719 - 2130
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  | |||| ||||    
T  1719 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacataactctatatgcatgcggtaccgatctcaccaatatttaggctttcgcccatgat 1818  T
Q  101 gccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaaca 187  Q
    ||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1819 gccgatagaacatcataatcatcaccaatatcatcaccatttggatatataaaa-tattcgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaata 1917  T
Q  188 acaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactc 287  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||   |||||||||||| |||||| |||     
T  1918 ataatgcatatgttcacacaacaactcaccaaattctcaccaatattatttgcatttatgcaatcacaccaataattcatttctcgacttatatgcactg 2017  T
Q  288 accaacaattcacaacatc--atatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcaca 384  Q
    ||||||||||||||||| |  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||     
T  2018 accaacaattcacaacaacatatatatatattcacccaccatatcataataaacaatatatatggattcaccaatatcatcaccttcatataatttcacg 2117  T
Q  385 tcaattacatgat 397  Q
    |||| ||| ||||    
T  2118 tcaaatacgtgat 2130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 22)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 28032703 - 28032441
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||    
T  28032703 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggtaccgatctcaccaatatttaggccgtcgcccatga 28032604  T
Q  100 tgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatat 198  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28032603 tgccgacaaaacatcataatcatcaccatttggatatataaaaatatccgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatat 28032504  T
Q  199 gttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  28032503 gttcacacaacaactcaccatatcatcaccaatatttatttgcatttatgcattcacaccaat 28032441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Original strand, 32464452 - 32464773
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttga 99  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||  ||||||||| |||  || ||||| ||    
T  32464452 attcacaactaggactcatgtcacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgtggtaccagtcacaccaatatt-aggttgtcgccct-ga 32464549  T
Q  100 tgccgatagaacatcataatctcaccat--------ttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaa 191  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||        |||||||||||||| |||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32464550 tgccgacagaacatcataatcacaccatcacaccatttggatatataaaa-tatctgtcaccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaa 32464648  T
Q  192 tgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcacca 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||     
T  32464649 tgcatatgttcacacaacaactcaccaaattcacaccaatattacttgcataaatgcatgcacaccaattcgtcatttctcgacatatatgatcttaccg 32464748  T
Q  292 acaattcacaacatcatatttatat 316  Q
    |||||||||||||||| || |||||    
T  32464749 acaattcacaacatcacatatatat 32464773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Original strand, 17203112 - 17203384
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||| |||| ||||    
T  17203112 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctaaacacaactctatatgcatgcggtaccgatctcaccaatattcaggtcgtcgcccatgat 17203211  T
Q  101 gccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaaca 187  Q
    ||||| ||||||||||||||             ||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17203212 gccgacagaacatcataatcatcaccaatatcatcaccatttagatatataaaaatatccgtctccatcactcatgtatgcatgaacatatgactcaaca 17203311  T
Q  188 acaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  17203312 acaatgcatatgttcacacaacaattcaccaaattctcaccaatattatttgcatttatgcaatcacaccaat 17203384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 154 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 42179853 - 42179632
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42179853 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatccaaacaactcaccatattctcactaatattacttgcataaatgcattc 42179754  T
Q  253 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatc------atatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtat 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42179753 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatatatatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtat 42179654  T
Q  346 atggattcaccaatattatcac 367  Q
    ||||||||| || ||| |||||    
T  42179653 atggattcatcattatcatcac 42179632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Original strand, 22254870 - 22255099
Alignment:
Q  4 cacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgc 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  22254870 cacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggtaccgatctcaccaatatttaggccgtcgcccatgatgc 22254969  T
Q  103 cgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac 189  Q
    ||| ||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||  |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22254970 cgacagaacatcataatcatcactaatatcatcaccatttggatatataaaaatatttgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac 22255069  T
Q  190 aatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  22255070 aattcatatgttcacacaaacaactcacca 22255099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 42180040 - 42179877
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||       
T  42180040 atgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggtcgtcacccatgatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatata--aaaatatctgtctcc 42179943  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42179942 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaactcacca 42179877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 69 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 7513672 - 7513522
Alignment:
Q  69 gtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgc 168  Q
    |||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||    
T  7513672 gtctcaccaatatttaggctgtcgcccatgatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatttgtctccatcagtcatgtatgc 7513573  T
Q  169 atgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  7513572 atgaacatatgactcaacaacaatacatatgttcacacaaacaactcacca 7513522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 154 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 7513498 - 7513391
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  7513498 atcagtcatgtatgcataaacatatttctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaatttaccatattctcaccaatattacttgcatttatgcaatc 7513399  T
Q  253 acaccaat 260  Q
    ||||||||    
T  7513398 acaccaat 7513391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 307 - 397
Target Start/End: Original strand, 32464816 - 32464907
Alignment:
Q  307 atatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32464816 atatatatattcatccaccatatcataataaacaacatatatggattcaccaatatcatcaatttcacataatttcacatcaattacatgat 32464907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 154 - 259
Target Start/End: Original strand, 22255123 - 22255230
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaa-tattacttgcataaatgcatt 251  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |    
T  22255123 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaattattacttgcatttatgcaat 22255222  T
Q  252 cacaccaa 259  Q
    ||||||||    
T  22255223 cacaccaa 22255230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 161 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 25266675 - 25266602
Alignment:
Q  161 atgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatatt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  25266675 atgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccatatcatcaccaatatt 25266602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 23779519 - 23779298
Alignment:
Q  4 cacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaata-tttaggccgttgcccttga 99  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || | ||||||| |||||||||| |||| | |    
T  23779519 cacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacaactatatgcatgcggtaccgttcatcaccaatattttaggccgtcgcccatca 23779420  T
Q  100 tgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatat 198  Q
    |          || || |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  23779419 t----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaatattaatgcatat 23779330  T
Q  199 gttcacacaacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    || ||||||| |||||| |||||  |||||||    
T  23779329 gtccacacaaaaactcatcatatcatcaccaa 23779298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 16294292 - 16294238
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16294292 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 16294238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 155 - 208
Target Start/End: Original strand, 22331293 - 22331346
Alignment:
Q  155 tcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22331293 tcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 22331346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 22331470 - 22331524
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22331470 atcagtcatgtatgcataaacatatggctcaacaacaatgcatatgtttacacaa 22331524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 22331381 - 22331435
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22331381 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatgtatatgttcacacaa 22331435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 204
Target Start/End: Original strand, 25593791 - 25593835
Alignment:
Q  160 catgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  25593791 catgtatgcatgaacatatgactcgacaataatgcatatgttcac 25593835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 25266545 - 25266491
Alignment:
Q  325 atatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatt 379  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||    
T  25266545 atatcatagtaaacaatgtatatggactcaccaatatcatctcattcacataatt 25266491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 25254913 - 25254868
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca 47  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||    
T  25254913 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacaca 25254868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 16294203 - 16294149
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  16294203 atcagtcatgtatgtataaacatatatctcaacaataatacatatgttcacacaa 16294149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 218
Target Start/End: Original strand, 28773364 - 28773413
Alignment:
Q  166 tgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  28773364 tgcatgaacatatgac---acaacaatgcatatgttcatacaacaaatcacca 28773413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 16294442 - 16294374
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccg 68  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| || | || |||||||||||||||    
T  16294442 ttcacaattaggactcatgccacaatatgatatgcccctagacacgacacataaatgcatgcggtaccg 16294374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 2)
Name: scaffold0158
Description:

Target: scaffold0158; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 154 - 397
Target Start/End: Original strand, 23587 - 23830
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23587 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 23686  T
Q  253 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggat 351  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23687 acaccaattcgtcatttctcgacatatatgcactcaccaataattcacaacaacata--tatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggat 23784  T
Q  352 tcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23785 tcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 23830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Original strand, 23398 - 23563
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||       
T  23398 atgcatgcggtaccggtctcacaaatatttaggccgtcgcccatgatgccgacagaacatcataatctcaatatttggatatataaaaatatccgtctcc 23497  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23498 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaactcacca 23563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 32)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 41508785 - 41508567
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  41508785 attcacaactaggactcatgccaaaacatgatatgatcctagacacaccctatatgcatgcgttgccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccatgat 41508686  T
Q  101 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41508685 gccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatctgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 41508586  T
Q  201 tcacac-aacaactcacca 218  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  41508585 tcacacaaacaactcacca 41508567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 218
Target Start/End: Original strand, 18617531 - 18617749
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  18617531 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctaaatgcatgcggtaccgatctcaccaatatttaggtcgtcgcccatgat 18617630  T
Q  101 gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgt 200  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  18617631 gccggcagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatattcgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatatatatgt 18617730  T
Q  201 tcacac-aacaactcacca 218  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  18617731 tcacacaaacaactcacca 18617749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Original strand, 18610790 - 18610955
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  18610790 atgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccatgatgccgacataacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctcc 18610889  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  18610890 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatacatatgttcacacaaacaactcacca 18610955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 154 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 41508543 - 41508395
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41508543 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacctgcataaatgcattc 41508444  T
Q  253 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41508443 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcaca 41508395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 307 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 41508352 - 41508261
Alignment:
Q  307 atatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41508352 atatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaattgcatgat 41508261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 21495905 - 21495652
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||| |     
T  21495905 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtactggtcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 21495806  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcata 197  Q
    ||          || || |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  21495805 at----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcata 21495716  T
Q  198 tgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    |||  |||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  21495715 tgtctacacaacaactcaccaaatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 21495652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 154 - 260
Target Start/End: Original strand, 18610979 - 18611086
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  18610979 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcatttatgcaatc 18611078  T
Q  253 acaccaat 260  Q
    ||||||||    
T  18611079 acaccaat 18611086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 154 - 260
Target Start/End: Original strand, 18617773 - 18617880
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  18617773 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcatttatgcaatc 18617872  T
Q  253 acaccaat 260  Q
    ||||||||    
T  18617873 acaccaat 18617880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 307 - 397
Target Start/End: Original strand, 18618189 - 18618280
Alignment:
Q  307 atatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  18618189 atatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcacaaaaatcatcaccttcacataatttgacatcacttacatgat 18618280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 128 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 16041111 - 16040978
Alignment:
Q  128 ttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcac 227  Q
    ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  16041111 ttggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccatatcatcac 16041012  T
Q  228 caata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  16041011 caatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 16040978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 128 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 16042787 - 16042654
Alignment:
Q  128 ttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcac 227  Q
    ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  16042787 ttggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccatatcatcac 16042688  T
Q  228 caata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  16042687 caatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 16042654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 165 - 260
Target Start/End: Original strand, 22885186 - 22885282
Alignment:
Q  165 atgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  22885186 atgcatgaacatatgactcaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccaaatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 22885282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 17500644 - 17500698
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17500644 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 17500698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20177489 - 20177435
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20177489 atcagtcatgtatgcataaacatatgtctcaacaacaatgcatatgttcacacaa 20177435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20177578 - 20177524
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20177578 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 20177524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20222216 - 20222162
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20222216 atcagtcatgtatgcataaacatatgtctcaacaacaatgcatatgttcacacaa 20222162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20222305 - 20222251
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20222305 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 20222251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Original strand, 20708414 - 20708561
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcatt 251  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||| | |  | ||||| | |||||    
T  20708414 atcagtcatgaatgcatgaacacatgactcaacaacaaatgcatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcaccaacact--tagcatataggcatt 20708511  T
Q  252 ca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    || || ||||||| |||| || | |||||||| ||||| |||||||||||    
T  20708512 caccaacaattcaccattacttgccatatatgcactcagcaacaattcac 20708561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 16000782 - 16000837
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16000782 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcaacaacaaatgcatatgttcacacaa 16000837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 18262962 - 18262908
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  18262962 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatacatatgttcacacaa 18262908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 45468813 - 45468760
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacaca 207  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  45468813 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgtttacaca 45468760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 71
Target Start/End: Original strand, 22885027 - 22885098
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc 71  Q
    ||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  22885027 ttcacaactaggactcatgtcaccttatgatatgatcctagacacaacatctatatgcatgtggtaccggtc 22885098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 16040893 - 16040854
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatat 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16040893 accatatcataataaacaatgtatatggactcaccaatat 16040854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 16042569 - 16042530
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatat 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16042569 accatatcataataaacaatgtatatggactcaccaatat 16042530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 300 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 17151293 - 17151222
Alignment:
Q  300 caacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcacctt 370  Q
    |||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  17151293 caacataatatatatattcaaccacaatatcataataaggaatgtatatggattcaccaaaatcatcacctt 17151222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 46
Target Start/End: Original strand, 20708264 - 20708308
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac 46  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20708264 ttcacaattagaactcatgccacaacatgatatgttcctagacac 20708308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 17500733 - 17500787
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  17500733 atcagtcatgtatgtataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaa 17500787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20177400 - 20177346
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  20177400 atcagtcatgtatgcacaaacttatgtctcagcaacaacgcatatgttcacacaa 20177346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 20222127 - 20222073
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  20222127 atcagtcatgtatgcacaaacttatgtctcagcaacaacgcatatgttcacacaa 20222073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 45468726 - 45468649
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    |||||||||||||| || |||||||   ||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||    
T  45468726 atcagtcatgtatgtataaacatatatttcagcaacaatacatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcaccaa 45468649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 46
Target Start/End: Original strand, 16000632 - 16000676
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac 46  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||    
T  16000632 ttcacaattaggactcatgccacaacgtggtatgttcctagacac 16000676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 46
Target Start/End: Complemental strand, 45476088 - 45476044
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac 46  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  45476088 ttcacaattaggactcatgccacaatatgatatgcccctagacac 45476044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 143; Significance: 5e-75; HSPs: 3)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 5 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 166063 - 165794
Alignment:
Q  5 acaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca-ccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgcc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  166063 acaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaaccctatatgcatgcggtaccgatctcacca-tatttaggccgtagcccatgatgcc 165965  T
Q  104 gatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaaca 190  Q
    || ||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  165964 gacagaacatcataatcatcaccaatatcatcaccatttggatatataaaaatatttgtctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaaca 165865  T
Q  191 atgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  165864 atgcatatgttcacacaacaactcaccaaattctcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 165794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 322 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 165663 - 165617
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcacc 368  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  165663 accatatcataataaacaatgtatttggactcaccaatatcatcacc 165617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 323 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 165767 - 165722
Alignment:
Q  323 ccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcacc 368  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  165767 ccatatcacaataaacaatgtatatggactcatcaatatcatcacc 165722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 136; Significance: 8e-71; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 54 - 260
Target Start/End: Original strand, 20252728 - 20252935
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  20252728 atgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcacccatgatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctcc 20252827  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  20252828 atcagtcatgtatgcatgaacatatatcttaacaacaatacatatgttcatacaaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcatttatgcaatc 20252927  T
Q  253 acaccaat 260  Q
    ||||||||    
T  20252928 acaccaat 20252935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 295 - 387
Target Start/End: Original strand, 32650474 - 32650565
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatca 387  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  32650474 attcacaacaacatat--atattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcacccttacataatttcacatca 32650565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 18164797 - 18164851
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18164797 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 18164851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 300 - 370
Target Start/End: Original strand, 20253288 - 20253359
Alignment:
Q  300 caacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcacctt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  20253288 caacatcatatatatattcacccaccatatcataataaggaatgtatatggattcaccaaaatcatcacctt 20253359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 211
Target Start/End: Original strand, 20192827 - 20192878
Alignment:
Q  160 catgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaa 211  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  20192827 catgtatgcatgaacatatgactcgacaataatgcatatgttcacccaacaa 20192878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 321 - 397
Target Start/End: Original strand, 20253050 - 20253125
Alignment:
Q  321 caccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||| |||||||||||| |  | |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  20253050 caccatgtcataataaaca-tacacatggattcaccaatgtcatcaccttctcataatttcatatcaattacatgat 20253125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 160 - 204
Target Start/End: Original strand, 25093479 - 25093523
Alignment:
Q  160 catgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  25093479 catgtatgcatgaacatatgactcgacaataatgcatatgttcac 25093523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Original strand, 18164886 - 18164963
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    |||| ||||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||    
T  18164886 atcaatcatgtatgtataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcaccaa 18164963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 159 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 18623407 - 18623365
Alignment:
Q  159 tcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttca 203  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  18623407 tcatgaatgcatgaacatatgactca--aacaatgcatatgttca 18623365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0138 (Bit Score: 133; Significance: 5e-69; HSPs: 5)
Name: scaffold0138
Description:

Target: scaffold0138; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 182 - 380
Target Start/End: Original strand, 28072 - 28272
Alignment:
Q  182 tcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatata 280  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28072 tcaacaacaatacatatgttcatgcaaacaattaaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcgtcatttctcgacatata 28171  T
Q  281 tgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatt 379  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||    
T  28172 tgcactcaccaacaattcacaacaacatatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcatctccacatcatt 28271  T
Q  380 t 380  Q
    |    
T  28272 t 28272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0138; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 182 - 380
Target Start/End: Original strand, 40068 - 40268
Alignment:
Q  182 tcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcatcatttctcgacatata 280  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40068 tcaacaacaatacatatgttcatgcaaacaattaaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacaccaattcgtcatttctcgacatata 40167  T
Q  281 tgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatt 379  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||    
T  40168 tgcactcaccaacaattcacaacaacatatatatattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcatctccacatcatt 40267  T
Q  380 t 380  Q
    |    
T  40268 t 40268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0138; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Original strand, 27851 - 28016
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  27851 atgcatgcggtaccggtctcatcaatatttaggccgtcgcccataatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctcc 27950  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27951 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaactcacca 28016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0138; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Original strand, 39847 - 40012
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  39847 atgcatgcggtaccggtctcatcaatatttaggccgtcgcccataatgccgacagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctcc 39946  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39947 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaaacaactcacca 40012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0138; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 54 - 188
Target Start/End: Original strand, 26836 - 26970
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  26836 atgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccatgatgccgacagaacatcataatcacaccatttggatatataaaaatatccgtcctc 26935  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaa 188  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26936 atcagtcatgtatgcacgaacatatgactcaacaa 26970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0335 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 2)
Name: scaffold0335
Description:

Target: scaffold0335; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 9739 - 9516
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||| || |||| ||||    
T  9739 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggttccgatctcaccaataattaggctgtcgcccatgat 9640  T
Q  101 gccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatg 199  Q
    || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  9639 gctgacagaacatcataatcatcaccatttggatatataaaaatatacatctccatcagtcatgtatgcatgaacgtatgactcaacgacaatgcatatg 9540  T
Q  200 ttcacac-aacaactcaccatatt 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||||    
T  9539 ttcacacaaacaactcaccatatt 9516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0335; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 9496 - 9442
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  9496 atcagtcatctatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaa 9442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 41)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 55378467 - 55378242
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaa-catgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||| |    
T  55378467 attcacaactaggactcatgccacaatcatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggtaccggtcacaccaatatt-aggccgtcgccct-g 55378370  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatctcaccat--------ttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaaca 190  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||        |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  55378369 atgccgacagaacatcataatcacaccatcgcaccatttggatatataaaaatatccgtcaccatcagtcatgtatgcatgaacgtatgactcaacaaca 55378270  T
Q  191 atgcatatgttcacacaacaactcacca 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
T  55378269 atgcatatgttcacacaataactcacca 55378242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19699244 - 19699079
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  19699244 atgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccatgatgccgacataacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctcc 19699145  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  19699144 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatacatatgttcacacaaacaactcacca 19699079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19709829 - 19709664
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccat 153  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  19709829 atgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggccgtcgcccatgatgccgacataacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtctcc 19709730  T
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcacca 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  19709729 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatacatatgttcacacaaacaactcacca 19709664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 154 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 55378218 - 55378056
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||  ||||||||| |||| ||| |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  55378218 atcagtcatgtatgcataaacatatacctcaacaataataaatatgttcatacaaacaattcac-acaatctcaccaatattacttgcataaatgcatcc 55378120  T
Q  253 acaccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatat 316  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  55378119 acaccaatttatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatatatat 55378056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 129 - 263
Target Start/End: Original strand, 22737260 - 22737393
Alignment:
Q  129 tggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcacc 228  Q
    ||||||||||||| |||||| |   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  22737260 tggatatataaaa-tatccgccaccatcaggcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcccacaacaactcaccatattcacacc 22737358  T
Q  229 aatattacttgcataaatgcattcacaccaattca 263  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22737359 aatattacttgcataattgcattcacaccaattca 22737393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 277 - 380
Target Start/End: Original strand, 8043928 - 8044032
Alignment:
Q  277 tatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacat 375  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||    
T  8043928 tatatggactcaccaacaattcacaacatcatatatatattcacccaccacatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcatctccacat 8044027  T
Q  376 aattt 380  Q
     ||||    
T  8044028 cattt 8044032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 88
Target Start/End: Original strand, 22737065 - 22737152
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagaca-caccctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggcc 88  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22737065 ttcacaactaggactcatgccacatcatgatatgatcctagacaccactctatatgcatgcggtaccggtctcaccaatatttaggcc 22737152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 132 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 23271628 - 23271500
Alignment:
Q  132 atatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaat 231  Q
    |||||||||||||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  23271628 atatataaaaatatccgtcatcaccaaaaatgtatgcatgaacatatgactcaataacaatgcatatgtccacacaacaactcaccatatcatcaccaat 23271529  T
Q  232 attacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    |||| ||||||  ||||| | ||||||||    
T  23271528 attatttgcatttatgcaattacaccaat 23271500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 154 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 19699055 - 19698948
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  19699055 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcatttatgcaatc 19698956  T
Q  253 acaccaat 260  Q
    ||||||||    
T  19698955 acaccaat 19698948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 154 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 19709640 - 19709533
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa-caactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattc 252  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||    
T  19709640 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccatattctcaccaatattacttgcatttatgcaatc 19709541  T
Q  253 acaccaat 260  Q
    ||||||||    
T  19709540 acaccaat 19709533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 307 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 55378027 - 55377936
Alignment:
Q  307 atatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  55378027 atatatatattcacccaccatatcataataaataatgtatatggatccaccaatatcatcaccttcacataatttcacatcaaatacatgat 55377936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 32462130 - 32461904
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||| |  |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |     
T  32462130 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctggacacaacacctatatgcatgcagtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 32462031  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcata 197  Q
    ||          || || |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  32462030 at----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatggacatatgactcaataataatgcata 32461941  T
Q  198 tgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatatt 234  Q
    ||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||    
T  32461940 tgtccacacaacaactcatcatatcatcaccaatatt 32461904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 218
Target Start/End: Original strand, 9793891 - 9794102
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatattt-aggccgttgccctt 97  Q
    ||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||| |    
T  9793891 ttcacaactaggactcatgtcaccttatgatatgatcctagacacaacacctacatgcatgcggtaccggtcatcaccaatattttaggccgtcgcccat 9793990  T
Q  98 gatgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcat 196  Q
     ||          || || |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  9793991 cat----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcat 9794080  T
Q  197 atgttcacacaacaactcacca 218  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  9794081 atgtccacacaacaactcacca 9794102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 121 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 14503080 - 14502967
Alignment:
Q  121 tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccata 220  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  14503080 tcaccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccaaa 14502981  T
Q  221 ttctcaccaatatt 234  Q
    |  |||||||||||    
T  14502980 tcatcaccaatatt 14502967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 23271773 - 23271677
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgccc 95  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  23271773 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgccc 23271677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 221
Target Start/End: Original strand, 8043584 - 8043803
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||| |     
T  8043584 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacataacacctatatgcatgcggtaccgttcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 8043683  T
Q  99 at-gccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcata 197  Q
    ||  || || | | || |||| |     | ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||    
T  8043684 atcaccaattggatat-ataaac---ataattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaatattaatgcata 8043779  T
Q  198 tgttcacacaacaactcaccatat 221  Q
    ||| ||||||||||||||||||||    
T  8043780 tgtccacacaacaactcaccatat 8043803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 14570036 - 14570090
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14570036 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgtccacacaa 14570090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 295 - 387
Target Start/End: Original strand, 14910960 - 14911051
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatca 387  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  14910960 attcacaacaacatat--atattcacccaccaaatcataataaacaatgtatatcgatacaccaatatcatcacctttacataatttcacatca 14911051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 321 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 23271474 - 23271399
Alignment:
Q  321 caccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  23271474 caccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatca-ccccttcacataatctcatatcaaatacatgat 23271399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 7966148 - 7966094
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7966148 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 7966094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 40902264 - 40902210
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40902264 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 40902210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 41918330 - 41918276
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41918330 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 41918276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 155 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 13448587 - 13448534
Alignment:
Q  155 tcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13448587 tcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 13448534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 13595577 - 13595429
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcat 250  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| | ||||||||  |  ||||  |||| ||||||    
T  13595577 atcagtcatgaatgcttgaacatatgactcaacaacaaatgcatatgtttacacaaacaattcaccacaatctcacca--aacacttaacatatatgcat 13595480  T
Q  251 tcac-accaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    |||| | ||||||| | || || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  13595479 tcacaaacaattcaccgttacttgacatatatgcactcaccaacaattcac 13595429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 300 - 370
Target Start/End: Original strand, 19019432 - 19019503
Alignment:
Q  300 caacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcacctt 370  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  19019432 caacatcatatatatattcacccaccatatcataataaggaatgtatatggattcaccaaaatcatcacctt 19019503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 12336070 - 12336020
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcac 204  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12336070 atcagtcatgaatgcatgaacatatgaatcaacaacaatgcatatgttcac 12336020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 41918241 - 41918187
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41918241 atcagtcatgtatgcataaacatatatctcaacaacaatgcatatgttcacacaa 41918187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 159 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 12346738 - 12346693
Alignment:
Q  159 tcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcac 204  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12346738 tcatgaatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcac 12346693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 397
Target Start/End: Original strand, 19019193 - 19019268
Alignment:
Q  321 caccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||||| |||||||||||| |  | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  19019193 caccatgtcataataaaca-tacacatggattcaccaatatcatcaccttctcataatttcatatcaattacatgat 19019268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 300 - 370
Target Start/End: Original strand, 8373473 - 8373544
Alignment:
Q  300 caacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcacctt 370  Q
    |||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  8373473 caacataatatatatattcacccaccatatcataataaggaatgtatatggattcaccaaaatcatcacctt 8373544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19623573 - 19623520
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  19623573 atcagtcatgtatgcatcaacatatgactcgac-acaatgcatatgttcacacaa 19623520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 40902175 - 40902028
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcatt 251  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||  |  |||| ||||| |||||||    
T  40902175 atcagtcatgtatgtataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcatacaaacaattcaccacaatctcacca--aacacttagcatatatgcatt 40902078  T
Q  252 ca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    || || |||||||   || || |||||||||| |||||||||||||||||    
T  40902077 caccaacaattcacagttacttgacatatatgcactcaccaacaattcac 40902028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 206
Target Start/End: Original strand, 7848885 - 7849036
Alignment:
Q  51 tatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtc 150  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||  || ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||  ||  |  ||    
T  7848885 tatatgcatgtggtaccagtctcaccaataattaggttgtcgcctttgatgccgacagaacatcatagtctcacc-gttggatatataaccatccctctc 7848983  T
Q  151 catatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac 206  Q
       | || ||||  |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  7848984 ---accaatcatacatgcatgagcatatgactctacaacaatgtatatgttcacac 7849036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 14502913 - 14502868
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcac 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  14502913 accatatcataataaacaatgtatatggactcaccaatatcatcac 14502868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 361
Target Start/End: Original strand, 9794186 - 9794225
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatat 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9794186 accatatcataataaacaatgtatatggactcaccaatat 9794225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19082496 - 19082441
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactc-aacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  19082496 atcagttatgtatgcatgaacatatgcctcaaacaacaaagcatatgttcacacaa 19082441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 13448499 - 13448352
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcatt 251  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||| ||||||| |||||||| |||| ||||| |||||| | ||||||||  |  |||| ||||| |||||||    
T  13448499 atcagtcatgtatgtataaacatatatctcatcaacaatacatatgtttacacaaacaattcaccacaatctcacca--aacacttagcatatatgcatt 13448402  T
Q  252 ca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    || || ||||||| |||| |  | |||||||| |||||||||||||||||    
T  13448401 caccaacaattcaccattacatgtcatatatgcactcaccaacaattcac 13448352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 14503174 - 14503085
Alignment:
Q  10 taggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaat-atttaggccgttgccc 95  Q
    ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||| ||||    
T  14503174 taggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccgatcatcaccaataatttaggccgtcgccc 14503085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 13595727 - 13595659
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccg 68  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| || |||| |||||||||||||||    
T  13595727 ttcacaattaggactcatgccacaacatggtatgtccctagacacgacacctaaatgcatgcggtaccg 13595659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 2 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 13448738 - 13448695
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagaca 45  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||    
T  13448738 ttcacaactaggactcatgccacaatatgatatgtccctagaca 13448695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 307 - 361
Target Start/End: Original strand, 22737482 - 22737537
Alignment:
Q  307 atatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatat 361  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  22737482 atatatatattcacccaccatatcataataaacaacgtatatggtttcatcaatat 22737537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0615 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0615
Description:

Target: scaffold0615; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 7687 - 7421
Alignment:
Q  4 cacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatg 101  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| |||||    
T  7687 cacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctatacacaacacctatatgcatgcggtaccgatctcaccaatatttaggccgccgcccatgatg 7588  T
Q  102 ccgatagaacatcataatc-------------tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaa 188  Q
    |||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7587 ccgatagaacatcataatcatcaccaaaatcatcaccatttggatatataaaa-tatccatctcgatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaataa 7489  T
Q  189 caatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgcataaatgcattcacac 256  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||  ||||| ||||||    
T  7488 taatgcatatgtccacacaacaactcaccaaattctcaccaatatcatttgcatttatgcaatcacac 7421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Original strand, 42325 - 42563
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc-ctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  42325 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacaactctatatgcatgcggtaccaatctgaccaataattaggccgtcgcccatgat 42424  T
Q  101 gccgatagaacatcataat-------------ctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaaca 187  Q
    |||||||||||||||||||              ||||||||| ||||| | ||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42425 gccgatagaacatcataattatcaccaaaatcatcaccatttagatatgt-aaaatatccatctccatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaata 42523  T
Q  188 acaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcac 227  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  42524 ataatgcatatgtccacacaacaactcaccaaattctcac 42563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0892 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0892
Description:

Target: scaffold0892; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 57 - 241
Target Start/End: Original strand, 2426 - 2610
Alignment:
Q  57 catgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatat 155  Q
    |||||||||||  ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||| ||   ||    
T  2426 catgcggtaccaatctcaccaataattaggccgtcgcccatgatgccgatagaacatcataatcatcaccatttagatatgtaaaa-tatccatctccat 2524  T
Q  156 cagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatattacttgca 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  2525 cagtcatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccaaattctcaccaatattatttgca 2610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 3)
Name: scaffold0066
Description:

Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Original strand, 52827 - 53080
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |     
T  52827 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacgacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 52926  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcata 197  Q
    ||          || || |||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  52927 at----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaacatatctgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcata 53016  T
Q  198 tgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  53017 tgtccacacaacaactcaccaaatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 53080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Original strand, 44631 - 44884
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |     
T  44631 ttcacaactagaactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacgacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgcccatc 44730  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcata 197  Q
    ||          || || |||| |||||| ||||||||||||| ||| | |||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  44731 at----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaacataactgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcata 44820  T
Q  198 tgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  44821 tgtccacacaacaactcaccatatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 44884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 307 - 397
Target Start/End: Original strand, 53330 - 53421
Alignment:
Q  307 atatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  53330 atatatatattcacccaccatatcataataaagaatgtatatggattaatcaaaatcatcaccttctcataatttcacatcacttacatgat 53421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0244 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 4)
Name: scaffold0244
Description:

Target: scaffold0244; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 277 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 24309 - 24205
Alignment:
Q  277 tatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacat 375  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||    
T  24309 tatatggactcaccaacaattcacaacatcatatatatattcacccaccacatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcatctccacat 24210  T
Q  376 aattt 380  Q
     ||||    
T  24209 cattt 24205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0244; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 161 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 24503 - 24434
Alignment:
Q  161 atgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  24503 atgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccatatcatcaccaa 24434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0244; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 295 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 17872 - 17786
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataattt 380  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||||| |||| || ||||| ||||    
T  17872 attcacaacatcatatatatattcacccaccacatcgtaataaacaatgtatatggatttatcaatatcatcatctccacatcattt 17786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0244; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 24330 - 24294
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaa 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24330 accatatcataataaacaatgtatatggactcaccaa 24294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 58126 - 57872
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatattt-aggccgttgccctt 97  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||| |    
T  58126 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacgacacctacatgcatgcggtaccggtcatcaccaatattttaggccgtcgcccat 58027  T
Q  98 gatgccgatagaacatcataatct-caccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcat 196  Q
     ||          || || ||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  58026 cat----------cacca-aatcagcaccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcattaacatatgactcaacaacaatgcat 57938  T
Q  197 atgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata--ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  57937 atgttcacacaacaactcaccatatcatcaccaatattttatttgcatttatgcaatcacaccaat 57872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0342 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0342
Description:

Target: scaffold0342; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 2267 - 2042
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||| |     
T  2267 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttagaccgtcgcccatc 2168  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcata 197  Q
    ||          || || |||| |||| | ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  2167 at----------cacca-aatcatcacaaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcata 2079  T
Q  198 tgttcacacaacaactcaccatattctcaccaatatt 234  Q
    ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2078 tgtccacacaacaactcaccatatcatcaccaatatt 2042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0342; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 1988 - 1915
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacatgat 397  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  1988 accatatcataataa-caatgtatatggactcaccaatatcatctcattcacataa-ttcatatcaaatacatgat 1915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 98684 - 98386
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||| || |||| ||||||| |||||||   | |||||  | ||||||||  ||| ||    
T  98684 attcacaattaggagtcatgccacaacatggtatgttcttagacacgacacctaaatgcatgtggtaccgacatcaccaacgtctaggccgtcacccatg 98585  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcata 197  Q
    ||||| | |||||||||||||| |  || ||||||||| ||     ||| ||   |||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  98584 atgccaacagaacatcataatcacctcaattggatataaaa-----tccatcaccatcagtcatgaatgcgtgaacatatgactcaacaacaaatgcata 98490  T
Q  198 tgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcattca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaaca 294  Q
    ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||  |  ||||  |||| ||||||||| || ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||    
T  98489 tgttcacacaaacaattcaccacattctcacca--aacacttaacatatatgcattcaccaacaattcaccattacttgacatatatgaactcaccaaca 98392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1486 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold1486
Description:

Target: scaffold1486; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 122 - 234
Target Start/End: Original strand, 1616 - 1728
Alignment:
Q  122 caccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatat 221  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1616 caccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcattaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatat 1715  T
Q  222 tctcaccaatatt 234  Q
      |||||||||||    
T  1716 catcaccaatatt 1728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1486; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 71
Target Start/End: Original strand, 1502 - 1573
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccggtc 71  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  1502 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcatagacacgacacctaaatgcatgcggtaccggtc 1573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0125 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 3)
Name: scaffold0125
Description:

Target: scaffold0125; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 277 - 380
Target Start/End: Original strand, 34241 - 34345
Alignment:
Q  277 tatatgaactcaccaacaattcacaacatcatatttatattca-ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacat 375  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||    
T  34241 tatatggactcaccaacaattcacaacatcatatatatattcacccaccacatcataataaccaatgtatatggattcaccaatatcatcatctccacat 34340  T
Q  376 aattt 380  Q
     ||||    
T  34341 cattt 34345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0125; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 120
Target Start/End: Original strand, 30040 - 30161
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||| ||    
T  30040 ttcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccgttcatcaccaatatttaggccgtcgcccatg 30139  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatc 120  Q
    ||||||| | ||||||||||||    
T  30140 atgccgacaaaacatcataatc 30161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0125; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 322 - 358
Target Start/End: Original strand, 34220 - 34256
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaa 358  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  34220 accatatcataataaagaatgtatatggactcaccaa 34256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 4)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 129 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 35309 - 35177
Alignment:
Q  129 tggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcacc 228  Q
    |||||||||||| |||||||||   | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  35309 tggatatataaacatatccgtcatcaccaattatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcactatatcatcacc 35210  T
Q  229 aat-attacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||| |||| ||||||  ||||| || |||||||    
T  35209 aataattatttgcatttatgcaatcgcaccaat 35177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 295 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 223394 - 223303
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatca 387  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  223394 attcacaacaacatat--atattcacccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatatcatcacctttacataatttcacatca 223303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 344 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 35128 - 35078
Alignment:
Q  344 atatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatcaattacat 394  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  35128 atatggattcaccaatatcatcaccttctcataatttcctatcaattacat 35078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 14 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 35408 - 35336
Alignment:
Q  14 actcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatattt 83  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  35408 actcatgtcacctcatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatattt 35336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0207 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 2)
Name: scaffold0207
Description:

Target: scaffold0207; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 2 - 234
Target Start/End: Original strand, 16514 - 16728
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttg 98  Q
    |||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||       
T  16514 ttcacaactaggactcgtgtcacctcatgatatgatcctagacacaacatctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgccc--- 16610  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatat 198  Q
                 |||||     ||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  16611 -------------atcat-----caccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatat 16692  T
Q  199 gttcacacaacaactcaccatattctcaccaatatt 234  Q
    || ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  16693 gtccacacaacaactcaccatatcatcaccaatatt 16728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0207; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 367
Target Start/End: Original strand, 16782 - 16827
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcac 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  16782 accatatcataataaacaatgtatatggactcaccaatatcatcac 16827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 126 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 35725 - 35591
Alignment:
Q  126 atttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctc 225  Q
    ||||||||||||||| |||||||||   | ||   |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  35725 atttggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgacttaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccatatcatc 35626  T
Q  226 accaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaa 259  Q
    ||||||| ||| ||||||  ||||| |||||||||    
T  35625 accaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaa 35591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 49 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 35795 - 35748
Alignment:
Q  49 cctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgccc 95  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  35795 cctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatatttaggccgtcgccc 35748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 2)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 15043 - 14832
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacacacc--ctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatattt-aggccgttgccctt 97  Q
    ||||||| ||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||| |    
T  15043 ttcacaattaggactcatgtcaccttatgatatgatcctagacacaacacctacatgcatgcggtaccggtcatcaccaatattttaggccgtcgcccat 14944  T
Q  98 gatgccgatagaacatcataatc-tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcat 196  Q
     ||          || || |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  14943 cat----------caccaaaatcatcaccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcat 14854  T
Q  197 atgttcacacaacaactcacca 218  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  14853 atgtccacacaacaactcacca 14832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 14748 - 14709
Alignment:
Q  322 accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatat 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14748 accatatcataataaacaatgtatatggactcaccaatat 14709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1427 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold1427
Description:

Target: scaffold1427; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 295 - 387
Target Start/End: Original strand, 1382 - 1473
Alignment:
Q  295 attcacaacatcatatttatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacatca 387  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  1382 attcacaacaacatat--atattcacccaccatatcataataaacaatgtatatcgatacaccaatatcatcacccttacataatttcacatca 1473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0561 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0561
Description:

Target: scaffold0561; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 4464 - 4166
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-ac-cctatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgccct-tg 98  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| || |||| ||||||||||||||| | | |||||  | ||||||||  |||  ||    
T  4464 ttcacaattaggactcatgccacaacatggtatgtccctagacaccacacctaaatgcatgcggtaccgttgtcaccaacgtctaggccgtcaccccatg 4365  T
Q  99 atgccgatagaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcata 197  Q
    ||| | | |||||||||||||| |  || ||||||||| ||     | || |   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4364 atgtcaacagaacatcataatcacctcaattggatataaaa-----ttcgccaccatcagtcatgaatgcatgaacatatgactcaacaacaaatgcata 4270  T
Q  198 tgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcattca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaaca 294  Q
    |||| |||| ||||| |||||| | ||||||||  |  |||| ||||| ||||||||| || ||||||| | || || |||||||||| |||||| ||||    
T  4269 tgtttacactaacaattcaccacaatctcacca--aacacttagcatatatgcattcaccaacaattcaccgttacttgacatatatgcactcacaaaca 4172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0191 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0191
Description:

Target: scaffold0191; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 54 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 326 - 140
Alignment:
Q  54 atgcatgcggtaccggtc-tgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgatagaacatcataatc------------tcaccatttggatatataaa 140  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||            |||||| |||||||||||||    
T  326 atgcatgcggtaccgttcatcaccaatatttaggtcgtcgcccatgatgccgatagaacatcataatcatcaccaaattatcaccaattggatatataaa 227  T
Q  141 aatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
     |||||||||   | ||   ||||||||   |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  226 catatccgtcatcaccaaatatgtatgc---aacatatgactcaataataatgcatatgtccacacaacaactcaccatatcatcaccaa 140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0165 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 5)
Name: scaffold0165
Description:

Target: scaffold0165; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 20743 - 20797
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20743 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 20797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0165; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 28727 - 28781
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28727 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 28781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0165; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 300
Target Start/End: Original strand, 28816 - 28963
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaatattactt-gcataaatgcatt 251  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||  |  |||| ||||| |||||||    
T  28816 atcagtcatgtatgtataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcacca--aacacttagcatatatgcatt 28913  T
Q  252 ca-caccaattcatcatttctcgacatatatgaactcaccaacaattcac 300  Q
    || || ||||||| |||  |  | |||||||| |||||||||||||||||    
T  28914 caccaacaattcaccatcacatgtcatatatgcactcaccaacaattcac 28963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0165; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Original strand, 20832 - 20909
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||    
T  20832 atcagtcatgtatgaataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcaccaa 20909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0165; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 46
Target Start/End: Original strand, 28577 - 28621
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac 46  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  28577 ttcacaattaggactcatgccacaatatgatatggccctagacac 28621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 247340 - 247286
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  247340 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgtccacacaa 247286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0409 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: scaffold0409
Description:

Target: scaffold0409; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 2686 - 2632
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2686 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 2632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0409; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 10941 - 10887
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10941 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 10887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0148 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0148
Description:

Target: scaffold0148; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 36519 - 36573
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36519 atcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaacaatgcatatgttcacacaa 36573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 312 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 36601 - 36527
Alignment:
Q  312 tatattcacc-accatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatattatcaccttcacataatttcacat 385  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  36601 tatattcacccaccaaatcataataaacaatgtatatcgatacaccaatatcatcacctttacataatttcacat 36527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0173 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: scaffold0173
Description:

Target: scaffold0173; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 165 - 260
Target Start/End: Original strand, 4182 - 4278
Alignment:
Q  165 atgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccatattctcaccaata-ttacttgcataaatgcattcacaccaat 260  Q
    ||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||    
T  4182 atgcatgaacatatgactcgataataatgcatatgtccacacaacaactcaccaaatcatcaccaatatttatttgcatttatgcaatcacaccaat 4278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0173; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 83
Target Start/End: Original strand, 4009 - 4094
Alignment:
Q  1 attcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatattt 83  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||   ||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  4009 attcacaactaggactcatgtcacctcatgatatgatcatagacacaacacctatatacatgcggtatcggtcatcaccaatattt 4094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 44; Significance: 6e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 10 - 208
Target Start/End: Original strand, 104429 - 104624
Alignment:
Q  10 taggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac-accc-tatatgcatgcggtaccggtctgaccaatatttaggccgttgcccttgatgccgata 107  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| || | || |||||||||||||||   | |||||  | |||| |||  ||| ||||||| | |    
T  104429 taggactcatgccacaatatgatatgtccctagacacgacacataaatgcatgcggtaccgtcgtcaccaacgtctaggtcgtcacccatgatgccaaca 104528  T
Q  108 gaacatcataatctcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacaca 207  Q
    ||||| ||||||| |  || |||||||||   ||||||  |||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  104529 gaacaccataatcacttcaattggatata---aaatat--gtcaccatcagtcatgaatgcatgaacatatgactcgacaagaatgcatatgttcacaca 104623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1068 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold1068
Description:

Target: scaffold1068; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 1870 - 1924
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  1870 atcagtcatgaatgcatgaacatatgacttgacaacaatgcatatgttcacacaa 1924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0700 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0700
Description:

Target: scaffold0700; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 1210 - 1264
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  1210 atcagtcatgaatgcatgaacatatgagtcgacaacaatgcatatgttcacacaa 1264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1666 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold1666
Description:

Target: scaffold1666; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1054 - 945
Alignment:
Q  121 tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaacaactcaccata 220  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  1054 tcaccaattggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaagatatgaatcaataataatgcatatgtccacacaaaaactcaccata 955  T
Q  221 ttctcaccaa 230  Q
    |  |||||||    
T  954 tcatcaccaa 945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1666; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 1168 - 1100
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccg 68  Q
    ||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  1168 ttcacaactagaactcatgtcacctcatgatatgatcatagacacaacacctatatgcatgcggtaccg 1100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 2)
Name: scaffold0133
Description:

Target: scaffold0133; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 160 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 3251 - 3203
Alignment:
Q  160 catgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3251 catgaatgcatgaacatatgactctacaacaatgcatatgttcacacaa 3203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 3168 - 3091
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacac-aacaactcaccatattctcaccaa 230  Q
    |||||||||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||    
T  3168 atcagtcatgtatgtataaacatatatctcaacaacaatacatatgttcacacaaacaattcaccacaatctcaccaa 3091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0503 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0503
Description:

Target: scaffold0503; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Original strand, 10231 - 10285
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  10231 atcagtcatgaatgcatggacatatgactcgacaacaatgcatatgttcatacaa 10285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0361 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0361
Description:

Target: scaffold0361; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 361
Target Start/End: Original strand, 2618 - 2659
Alignment:
Q  320 ccaccatatcataataaacaatgtatatggattcaccaatat 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2618 ccaccatatcataataaacaatgtatatggactcaccaatat 2659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 67278 - 67194
Alignment:
Q  2 ttcacaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacaca--ccctatatgcatgcggtaccggtc-tgaccaatattt 83  Q
    ||||||||| ||||||||| |||   ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  67278 ttcacaactgggactcatgtcaccttatgatatgatcctagacacaacacctatatgcatgcggtaccggtcatcaccaatattt 67194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 121 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 67162 - 67085
Alignment:
Q  121 tcaccatttggatatataaaaatatccgtccatatcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatat 198  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||   | ||   ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  67162 tcaccagttggatatataaacatatccgtcatcaccaaatatgtatgcatgaacatatgactcaataataatgcatat 67085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0329 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0329
Description:

Target: scaffold0329; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 205
Target Start/End: Original strand, 1809 - 1849
Alignment:
Q  165 atgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcaca 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1809 atgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatattcaca 1849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 2)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 36338 - 36283
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaac-aatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  36338 atcagtcatgaatgcatgaacatatgattcaataacaaatgcatatgttcacacaa 36283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 36244 - 36190
Alignment:
Q  154 atcagtcatgtatgcatgaacatatgactcaacaacaatgcatatgttcacacaa 208  Q
    |||||||||| ||| || |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  36244 atcagtcatgaatgtataaacaaatgtctcaacaacattgcatatgttcacacaa 36190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0258 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0258
Description:

Target: scaffold0258; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 46
Target Start/End: Original strand, 8740 - 8781
Alignment:
Q  5 acaactaggactcatgccacaacatgatatgatcctagacac 46  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  8740 acaactaggactcatgccacaacatgttatgttcctagacac 8781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University