View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8891_low_2 (Length: 708)

Name: NF8891_low_2
Description: NF8891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8891_low_2
NF8891_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-695)||(52135337-52136020)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 695
Target Start/End: Original strand, 52135337 - 52136020
Alignment:
Q  20 actttctcatttcctgaaatgaaatataatgaagaataaggaaaaatacaaagattatggacagctaaaatttcagcannnnnnnnaaaaacataacaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||    
T  52135337 actttctcatttcctgaaatgaaatataatgaagaataaggaaaaatacaaagattatggacagctaaaatttcagcatttttttaaaaaacataacaaa 52135436  T
Q  120 ctcatgcacaaatagaataagctctgacaaccttcataggttgcagcataccaaaatattaattctgacattgatttccaaattataaataaaatcttat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52135437 ctcatgcacaaatagaataagctctgacaaccttcataggttgcagcataccaaaatattaattctgacattgatttccaaattataaataaaatcttat 52135536  T
Q  220 ctaacccattttgctgcagataagcaataacataagatgatttctttgatcaaaacaagacaaaaacgaggccgtgcaaatacaaatcattgatgtggtc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52135537 ctaacccattttgctgcagataagcaataacataagatgatttctttgatcaaaacaagacaaaaacgaggccgtgcaaatacaaatcattgatgtggtc 52135636  T
Q  320 tgt--------taatgcagactttgagtgaatgaaacatcaaattgatccttaaaattgtaactggtgnnnnnnncggagggggatttaaaggggcctaa 411  Q
     ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  52135637 agtaacagagttaatgcagactttgagtgaatgaaacatcaaattgatccttaaaattgtaactggtgtttttttcggagggggatttaaaggggcctaa 52135736  T
Q  412 atgcccaaaaaagcgagattacacaaaaatcagatgaggagtagagactctcatacaatcagcatctaccaaaaaccaatctcagctggagtagagactt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52135737 atgcccaaaaaagcgagattacacaaaaatcagatgaggagtagagactctcatacaatcagcatctaccaaaaaccaatctcagctggagtagagactt 52135836  T
Q  512 tgcatgagtgttcttggtacacttcataacggcatccgaattcacttgcagctctaaattggaaacattatgtgctttagacatggtcaaaccttcttaa 611  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52135837 cgcatgagtgttcttggtacacttcataacggcatccgaatccacttgcagctctaaattggaaacattatgtgctttagacatggtcaaaccttcttaa 52135936  T
Q  612 actccccattattccactatgaatgcattggaagatcccagagatttagaaaagccgtaaatccactttccactattgtctctg 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52135937 actccccattattccactatgaatgcattggaagatcccagagatttagaaaagccgcaaatccactttccactattgtctctg 52136020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University