View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8893_low_1 (Length: 860)

Name: NF8893_low_1
Description: NF8893
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8893_low_1
NF8893_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (228-835)||(18092340-18092947)
chr5 (232-695)||(31468534-31468997)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (228-846)||(37152003-37152621)
chr3 (228-846)||(39463807-39464425)
chr3 (228-810)||(21788836-21789418)
chr3 (228-842)||(15462510-15463127)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (372-846)||(42401262-42401736)
chr2 (228-376)||(42383339-42383487)
chr2 (313-702)||(16324177-16324566)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (232-737)||(2960906-2961410)
chr6 (740-839)||(2960510-2960609)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-164)||(30122520-30122669)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 228 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 18092947 - 18092340
Alignment:
Q  228 ctatgctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaa 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18092947 ctatgctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaa 18092848  T
Q  328 gctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgtcttgta 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18092847 gctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgtcttgta 18092748  T
Q  428 ttatgaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaaactaattcctctattcccattga 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18092747 ttatgaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgaggttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattga 18092648  T
Q  528 aaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctcca 627  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18092647 aaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagaaaccagcgaggtaggctcca 18092548  T
Q  628 ccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattcc 727  Q
    ||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18092547 ccattgtttggaaagatacatccgaaccccgcacggattggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattcc 18092448  T
Q  728 atttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcctcttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaagg 827  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  18092447 atttaaccatgcgatcgggagggatgatattgttcctcttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttaatacggtagctgatccgagttaaagg 18092348  T
Q  828 ccaagttt 835  Q
    ||||||||    
T  18092347 ccaagttt 18092340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 232 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 31468997 - 31468534
Alignment:
Q  232 gctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaagctc 331  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| |||| | | ||| || ||||| |  | ||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  31468997 gctctaggaaacagagttcctattgcatccatctgaagcaaaacaagaagttcttgaggggcggaggcatgtactaaacactcttcattcgatgaagctc 31468898  T
Q  332 ctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgtcttgtattat 431  Q
    | || || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||  |||||| ||| || ||||| ||||||||||     
T  31468897 ccaattttgccaagtaatccgcacattgatttccttcacggagacaatgatgaactgagtaattttgtgcagataggaggtccttgatatcttgtattaa 31468798  T
Q  432 gaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaaactaattcctctattcccattgaaacc 531  Q
    ||| |||||  ||||  || ||||| || ||||||||||||| |||||||| ||||| || |  |||||||||  ||| || ||||||||||||| | |     
T  31468797 gacagcgtaagcatggtagtttgaagctgttcctgtaatgagattgatggatagaagcgagtttgagtagcaagataactcttctattcccattgcagct 31468698  T
Q  532 gccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccat 631  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||| || || ||||| ||||| || |||  |||||  ||||| || ||| | |    
T  31468697 gccatgagtaagccttgatgaagggcagtgagttcagctaacaaaacgtccgttgattccgggatgaaaccggagtaaccagataggtaagcaccaacgt 31468598  T
Q  632 tgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgttccgaggcagcttccgtccacatt 695  Q
    |||||||||  ||||||||||| || || |||||||| |||||||| || || |||||||||||    
T  31468597 tgtttcgaaatatacctccgaacccagcccggattggggttccgagacaactgccgtccacatt 31468534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 228 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 37152621 - 37152003
Alignment:
Q  228 ctatgctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaa 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||    
T  37152621 ctatgctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaattaaatccaagagctcttgaggtggtgtggcgtgaaataagcacttttaattagatgaa 37152522  T
Q  328 gctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgtcttgta 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  37152521 gctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagaggtcttttatgtcttgta 37152422  T
Q  428 ttatgaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaaactaattcctctattcccattga 527  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  37152421 ttaagaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgaggttgatggagagaagggagtccgagtagcaagctaattcctctattcccattgt 37152322  T
Q  528 aaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctcca 627  Q
    | | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  37152321 agcagccatgagcaagccttgatgaagggcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagaagccagcgagttaggctcca 37152222  T
Q  628 ccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattcc 727  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  37152221 acattgtttcgaatgatacctccgaaccccgcacggattggtgttccgagacaactcccgtccacattaagaatgttacaaatattgttattttgattcc 37152122  T
Q  728 atttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcctcttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaagg 827  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  37152121 attttaccatgcgatcgggagggatgatattgctcctcttgaaacatgtctggatgatgttgacagaatcgttgatgcggtagctgatccgagttaaagg 37152022  T
Q  828 ccaagtttcattgctgatg 846  Q
    |||||||||||||||||||    
T  37152021 ccaagtttcattgctgatg 37152003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 228 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 39464425 - 39463807
Alignment:
Q  228 ctatgctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaa 327  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||| | |||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  39464425 ctatgctctaggaaatagagttcctatagcatcaaggcgaattaaatccataagctctttaggtggggtggcatgaaataagcactcttcatttgatgaa 39464326  T
Q  328 gctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgtcttgta 427  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39464325 gctcccaacttagccaagtaatccgcgcattggtttccttcacggagacaatgatgaacggaaaaattatgcacagataagagatcttttatgtcttgta 39464226  T
Q  428 ttatgaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaaactaattcctctattcccattga 527  Q
    ||| ||| |||||||||||| || |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | |  ||||||||||||||||     
T  39464225 ttaagacagcgtacacatgatagtttgaaactctttttgtaatgagattgatggagagaagggagtccgagtagcaagccagctcctctattcccattgc 39464126  T
Q  528 aaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctcca 627  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||    
T  39464125 agcagccatgagtaagccttgatgaagggcattgagttcagctaacagaatgtctgtcgattccggaatgaagccagagaagccagagaggtaggcacca 39464026  T
Q  628 ccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattcc 727  Q
     ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||  ||||| ||| |||||||||||||    
T  39464025 acattgtttcaaatgatacctccgaacccagcacggattggtgttccgagacaactcccgtccacattaaggatgtgacaatgattgttattttgattcc 39463926  T
Q  728 atttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcctcttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaagg 827  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  39463925 attttaccatgcgatcgggagggatgacattgctcctcttgaaacttgactcgatgacgttgacagaatcgttgatacggtagctgatcctagttaaagg 39463826  T
Q  828 ccaagtttcattgctgatg 846  Q
    |||||||||||||||||||    
T  39463825 ccaagtttcattgctgatg 39463807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 228 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 21789418 - 21788836
Alignment:
Q  228 ctatgctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaa 327  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||| || ||||||||| ||||||| ||||||    
T  21789418 ctatgctctaggaaatagagttcctatagcatcaaagcgaattaaatccagaagctcatgagggggggtggcatgaaataagcacacttcatttgatgaa 21789319  T
Q  328 gctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgtcttgta 427  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21789318 gctcccaacttggccaagtaatccgcgcattggtttccttcacggagacaatgatgaacggaaaaattatgcacagataagagatcttttatgtcttgta 21789219  T
Q  428 ttatgaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaaactaattcctctattcccattga 527  Q
    ||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||| | || ||||||||||||||||     
T  21789218 ttaagacagcgtacacatgatagtttgaaactcttcctgtaataagattgatggagagaagcgagtccgagtagcaagccaactcctctattcccattgc 21789119  T
Q  528 aaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctcca 627  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||    
T  21789118 agcagccatgagtaagccttgatgaagggcagtgagttcagctaacagaatgtctgtcgattccggaatgaagccagagaagccagagaggtaggcacca 21789019  T
Q  628 ccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattcc 727  Q
     ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || |||  ||||| ||| |||||||||||||    
T  21789018 acattgtttcgaatgatacctccgaacccagcacggattggagttccgagacaactcccgtccacattaaggatgtgacaatgattgttattttgattcc 21788919  T
Q  728 atttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcctcttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtag 810  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||| |||| ||||| |||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  21788918 attttaccatacgatcgggagggatgacattgctcctcatgaaacttgactcgatgacgttgacagaatcgttgatacggtag 21788836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 228 - 842
Target Start/End: Original strand, 15462510 - 15463127
Alignment:
Q  228 ctatgctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaa 327  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||||| || | ||| || | ||||||||||||||| ||||||    
T  15462510 ctatgctctaggaaatagagttcctatagcatcaaaacgaattaaatcaagaagctcatgagggggggaggcatgaactaagcactcttcatttgatgaa 15462609  T
Q  328 gctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgt--cttg 425  Q
    | ||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  | |  ||||    
T  15462610 gatcccaacttggtcaagtagtccgcgcattgatttccttcacggagacaatgatgaacggaaaaattatgcgcagataagagatcttttttctatcttg 15462709  T
Q  426 tattatgaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaaactaattcctctattcccatt 525  Q
    ||||| ||| |||||  ||||| || ||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||| || |||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  15462710 tattaagacagcgtaggcatgatagtttgaagctcttcctgtaataagattgaaggagagaagcgagtccgagtagcaagccaactcctctattcccatt 15462809  T
Q  526 gaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccgg-aatgaagccagagagaccagcgaggtaggct 624  Q
    | |   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | ||||||||||| || || |||||||||||||| || || |||||||||     
T  15462810 gcagaagccatgagtaagccttgatgaagggcagtgagttcagctaactgaatgtctgtcgattctggaaatgaagccagagaaacaagagaggtaggca 15462909  T
Q  625 ccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgat 724  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||  |||||||||| || |||  ||| | ||  ||||||||||    
T  15462910 ccaacattgtttcgaatgatacctccgaacccagcacggattggagttccgagacaactctcgtccacattaaggatgtgacattgatggttattttgat 15463009  T
Q  725 tccatttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcctcttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaa 824  Q
    ||||| | ||||| | ||| |||||||||| |||  ||  | |||||| |  |||  ||| |||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||    
T  15463010 tccatattaccatacaatcgggagggatgacattactctgcatgaaactttactcggtgacgttgacagaatcattaatacggtagctgatcctagttaa 15463109  T
Q  825 aggccaagtttcattgct 842  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15463110 aggccaagtttcattgct 15463127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 372 - 846
Target Start/End: Original strand, 42401262 - 42401736
Alignment:
Q  372 gagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgtcttgtattatgaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatg 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42401262 gagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgtcttgtattatgaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatg 42401361  T
Q  472 agtttgatggagagaagggaatccgagtagcaaactaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagcta 571  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42401362 aggttgatggagagaagggaatccgagtagcaagctaattcctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagcta 42401461  T
Q  572 gcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgt 671  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  42401462 gcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagaaaccagcgaggtaggctccaccattgtttcgaaagatacctccgaaccccgcatggattggtgt 42401561  T
Q  672 tccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatctggagggatgatattgttcctcttgaaa 771  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42401562 tccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccatttaaccatgcgatcgggagggatgatattgttcctcttgaaa 42401661  T
Q  772 catgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaaggccaagtttcattgctgatg 846  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42401662 catgtctcaatgatgttgacagaatcgttaatacggtagctgatccgagttaaaggccaagtttcattgctgatg 42401736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 228 - 376
Target Start/End: Original strand, 42383339 - 42383487
Alignment:
Q  228 ctatgctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaa 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42383339 ctatgctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaa 42383438  T
Q  328 gctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagac 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42383439 gctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagac 42383487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 313 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 16324566 - 16324177
Alignment:
Q  313 tcttcattagatgaagctcctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagat 412  Q
    |||||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| || || || |||| ||||||||  ||||| ||||||||  | |||| ||| |    
T  16324566 tcttcattcgatgacgctcccaatttcgccaagtagtccgcgcattgattcccttcccggaaacaatgatagactgagaaattatgtgcggataggaggt 16324467  T
Q  413 ctttgatgtcttgtattatgaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaaactaattc 512  Q
    | || ||||||||||||| ||| |||||   |||  |  |||||  | ||| ||| ||||| || ||||  ||||| || |||||||||||| |||| ||    
T  16324466 cctttatgtcttgtattaagacagcgtaagtatggtattttgaagttgttcttgtgatgagattaatggtaagaagcgagtccgagtagcaagctaactc 16324367  T
Q  513 ctctattcccattgaaaccgccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagacca 612  Q
     ||||||||||||  | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  || || || |||  ||||    
T  16324366 ttctattcccatttcagctgccatgattaagccttgatgaagagcagtgagttcagctaacaggatgtctgtcgattccgagataaaaccggagtaacca 16324267  T
Q  613 gcgaggtaggctccaccattgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatg 702  Q
    |  |||||  | ||| | ||||||||||  |||||||||||||| || || ||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  16324266 gataggtaaccaccaacgttgtttcgaaaaatacctccgaatccagctcgaattggagttccgagacaactgccgtctacattgagaatg 16324177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 232 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 2961410 - 2960906
Alignment:
Q  232 gctctaggaaacagagttcctatggcatcaaagcgaatcaaatccaaaagctcatgaggtggtgtggcgtggaataagcactcttcattagatgaagctc 331  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  || ||| | | |||||||||||| || | ||| || | ||||||||||||||| |||||| |||    
T  2961410 gctctaggaaatagagttcctatagcatcaaaacagattaaaacaagaagctcatgaggggg-gaggcatgaattaagcactcttcattcgatgaatctc 2961312  T
Q  332 ctaacttggccaaatagtccgcgcattggtttccctcacggagacaatgatgaactgaaaaattatgcacagataagagatctttgatgtcttgtattat 431  Q
    | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || || ||||||||||     
T  2961311 ccaacttggccaagtagtccgcacattggtttccttcacagagacaatgatgaacggaaaagttatgcgcagataagagatcctttatatcttgtattaa 2961212  T
Q  432 gaccgcgtacacatgaaagcttgaaactcttcctgtaatgagtttgatggagagaagggaatccgagtagcaaactaattcctctattcccattgaaacc 531  Q
    ||| || ||  ||||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||| | || |||||||||||||||| | |     
T  2961211 gacagcataggcatgatagcttgaagctcttcctgtaataagattgatggagagaagcgagtccgagtagcaagccaactcctctattcccattgcagca 2961112  T
Q  532 gccatgagtaagccttgatgaagagcagtgagttcagctagcaggatgtctgtcgaatccggaatgaagccagagagaccagcgaggtaggctccaccat 631  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||  | || ||||||||| ||| |||    
T  2961111 gccatgagtaagccttgatgaagggcagtgagttcagctcacagaatgtctgtcgattctagaatgaaaccagagaacctagagaggtaggcaccaacat 2961012  T
Q  632 tgtttcgaatgatacctccgaatcccgcacggattggtgttccgaggcagcttccgtccacattgagaatgctacaattattattattttgattccattt 731  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || || ||||||||||| || |||  ||||| ||  |||||||||||||||||    
T  2961011 tgtttcgaatgatacctccgaacccagcacatattggagttccgagacaactcccgtccacattaaggatgtgacaatgatggttattttgattccattt 2960912  T
Q  732 aaccat 737  Q
     |||||    
T  2960911 taccat 2960906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 740 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 2960609 - 2960510
Alignment:
Q  740 gatctggagggatgatattgttcctcttgaaacatgtctcaatgatgttgacagaatcgttgatacagtagctgatccgagttaaaggccaagtttcatt 839  Q
    |||| |||||||||| |||  || || |||||| || ||||||||  |||||| |||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2960609 gatcgggagggatgacattactcttcatgaaacttgactcaatgacattgacataatcattaatacggtagctgatcctagttaaaggccaagtttcatt 2960510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 138; Significance: 1e-71; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 30122669 - 30122520
Alignment:
Q  15 acatcattgggagtagacatgaacttcataatctttatcttatttcatcatcatgttgtctcttatagtattttatgtattttctatgttaatattagca 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30122669 acataattgggagtagacatgaacttcataatctttatcttatttcatcatcatgttgtctcttatagtattttatgtattttttatgttaatattagca 30122570  T
Q  115 atttgtttccttccattgtcattgtccccaccatccataataatgtattg 164  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30122569 atttgtttccttccattgtcattgtccccaccctccataataatgtattg 30122520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University