View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8895_low_2 (Length: 492)

Name: NF8895_low_2
Description: NF8895
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8895_low_2
NF8895_low_2
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (19-473)||(38305743-38306197)
chr8 (19-472)||(38299824-38300277)
chr8 (25-473)||(38320575-38321023)
chr8 (15-465)||(38313058-38313511)
chr8 (23-473)||(38316475-38316928)
chr8 (49-465)||(38325346-38325765)
chr8 (28-465)||(38308485-38308917)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (23-470)||(38850420-38850870)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 473
Target Start/End: Original strand, 38305743 - 38306197
Alignment:
Q  19 actgctgagacttatatctgtttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacccactgtag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305743 actgctgagacttatatctgtttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacccactgtag 38305842  T
Q  119 ccgagatgtgtgagaaaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaagaacaacatttt 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38305843 ccgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaaggacaacatttt 38305942  T
Q  219 gcaagaacagttgcaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgatt 318  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305943 gcaagaacagttgaaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgatt 38306042  T
Q  319 gttgaagaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaagg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306043 gttgaagaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaagg 38306142  T
Q  419 agtgcattgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcatatggacat 473  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306143 agtgcgttgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcatatggacat 38306197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 19 - 472
Target Start/End: Original strand, 38299824 - 38300277
Alignment:
Q  19 actgctgagacttatatctgtttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacccactgtag 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||     
T  38299824 actgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtat 38299923  T
Q  119 ccgagatgtgtgagaaaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaagaacaacatttt 218  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| || |||||    
T  38299924 ctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaatttt 38300023  T
Q  219 gcaagaacagttgcaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgatt 318  Q
    ||||||| | || |||  ||| |||| |||| | ||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  38300024 gcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgacggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcattttaaaactgatt 38300123  T
Q  319 gttgaagaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaagg 418  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | || | ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  38300124 gttgaagaggggttgaaactagttagggatgtcctgtgtaaaattagagatagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtggaagggaaaaatttaagg 38300223  T
Q  419 agtgcattgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcatatggaca 472  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||| ||||||    
T  38300224 agtgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgcatctggaca 38300277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 25 - 473
Target Start/End: Original strand, 38320575 - 38321023
Alignment:
Q  25 gagacttatatctgtttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacccactgtagccgaga 124  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||   ||||||| ||| ||||    
T  38320575 gagacttatatttgtttgaccgctcattttgctgacgcgaattggaaattaaagagtaaggttctcaccttctgtactgttgatcccactggagctgaga 38320674  T
Q  125 tgtgtgagaaaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaagaacaacattttgcaaga 224  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| || |||| | ||||  |||||||||||||    
T  38320675 tgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagatcttctctctcactttagatgattcatctgagaatgacattttgcaaga 38320774  T
Q  225 acagttgcaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgattgttgaa 324  Q
    ||  ||| || |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||    
T  38320775 actattgaaaactcaacttggtttgcaaaatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttatgcacgtgttttaaaattgattgttgaa 38320874  T
Q  325 gaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaaggagtgca 424  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||  ||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  38320875 gaggggttgaaactagttagtgatgctgtgtcgaaaattagacagagcatcttgttttttagggattcaaagagtcgaaggcaaaaatttaaggagtgcg 38320974  T
Q  425 ttgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcatatggacat 473  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  38320975 ttgaaaaggttggtggtgttgatagttcagttcgcttgcatctggacat 38321023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 15 - 465
Target Start/End: Original strand, 38313058 - 38313511
Alignment:
Q  15 taatactgctgagacttatatctgtttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttaccc--- 111  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||       
T  38313058 taatactactgagacttatatttgtttgactgctcatttcgttgatgcgaattggaagttaaatagtaaagttctcaacttctgtcttgttt-accctcc 38313156  T
Q  112 -actgtagccgagatgtgtgagaaaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaagaac 210  Q
     |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| | ||||     
T  38313157 tactggagctgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactttagatgattcatctgagaat 38313256  T
Q  211 aacattttgcaagaacagttgcaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaa 310  Q
     |||||||||||||||| ||  ||  ||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||| ||||||||||    
T  38313257 gacattttgcaagaacaattaaaaaatcaactttgtttgcaaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgtgcattgttttgcccgcgttttaa 38313356  T
Q  311 aactgattgttgaagaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaa 410  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||||    |||  || | ||| || ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||| |||||      
T  38313357 acctgattgttgatgaagggttaaaactagttgagagtgttgtctgtaagatcagagagagcattttgtttgtaaggcattccaagagtagatggaaatt 38313456  T
Q  411 atttaaggagtgcattgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcat 465  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  38313457 ttttaaggagtgcgttgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttgcat 38313511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 23 - 473
Target Start/End: Original strand, 38316475 - 38316928
Alignment:
Q  23 ctgagacttatatctgtttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacccac----tgtag 118  Q
    ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  || |||||| |||| |    || ||    
T  38316475 ctgagacttatatttgtttgacagctcattttgttgacgcgaattggaagttgaatagtaaggttctcaactttcgtcttgttt-accctcctattgcag 38316573  T
Q  119 ccgagatgtgtgagaaaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaagaacaacatttt 218  Q
    | ||||| |  |||| |||| |||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||| ||  || |    
T  38316574 cggagatttcggagagaatgattgaattgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactttagatgattcatttgagaataatgttat 38316673  T
Q  219 gcaagaacagttgcaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgatt 318  Q
    || |||||| ||| ||  ||| ||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  38316674 gctagaacaattgaaaaatcaactttgtttgcgaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcatgcgttttaaaactgatt 38316773  T
Q  319 gttgaagaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaagg 418  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  38316774 gctgaagaggggttaaaactagttagtggtgccgtgtatggaattcgagacagcatcatgtttgtgaggaattcaaaaaatagaaggacaaaatttaagg 38316873  T
Q  419 agtgcattgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcatatggacat 473  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || ||||| |||||||    
T  38316874 agtgcattgaaaaggttggtggtgttgatagttctgtttgcctgcatctggacat 38316928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 49 - 465
Target Start/End: Original strand, 38325346 - 38325765
Alignment:
Q  49 cattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacc---cactgtagccgagatgtgtgagaaaatggttgagt 145  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||| |  ||   |||||  |  ||||||||||| | |||| |||| |    
T  38325346 cattttgttgacgcgaattggaaggtaaatagtaaggttctcaatttctgtagtgtctaccctgacactggtggtgagatgtgtgaaagaatgattgaat 38325445  T
Q  146 ttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaagaacaacattttgcaagaacagttgcaatctcatcttgg 245  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| || ||| |  |||| ||  || | |||||||| ||| |||||||||||||    
T  38325446 tgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttttctcttactttagatgattcagtcgagaataatgttctacaagaacaattgaaatctcatcttgg 38325545  T
Q  246 tttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttaaaactagttagt 345  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  38325546 tttgcaaaatgggttgttgtgtgatggagagttctttcacgggcactgttttgcacgtgttttaaatctgattgttgaagacgggttgaaactagttagt 38325645  T
Q  346 ggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaaggagtgcattgaaaaggttggtggtattg 445  Q
    | || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |    
T  38325646 gatgccgtgtcaaaaattagagagagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggagaaatttaaggaatgcattgaaaaggttggtggtgtcg 38325745  T
Q  446 acagttcagttcgcttgcat 465  Q
    | ||||| ||||||||||||    
T  38325746 atagttccgttcgcttgcat 38325765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 28 - 465
Target Start/End: Original strand, 38308485 - 38308917
Alignment:
Q  28 acttatatctgtttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttaccc---actgtagccgaga 124  Q
    |||||||| |||||  | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||||| ||    |||| |||| | |    
T  38308485 acttatatttgtttatccgctcattttgttggcgcggattggaagttaaatagtaagcttttcaatttctgtcttgttttccctcctactggagcctata 38308584  T
Q  125 tgtgtgagaaaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaagaacaacattttgcaaga 224  Q
    ||||||||| ||||||||| |        ||||||||| |||||||||||||||| ||  | | |||||| || |||||| |||| ||  || ||||| |    
T  38308585 tgtgtgagagaatggttgaat--------gattggggagtagagaaaaagattttttcatttactttagatgattcatttgagaataatgttctgcaaca 38308676  T
Q  225 acagttgcaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgattgttgaa 324  Q
    ||| ||| |  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||    
T  38308677 acaattgaagactcaacttggtttggaaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcacatgttttaaaactgattgttgaa 38308776  T
Q  325 gaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaaggagtgca 424  Q
    |||||||  |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||   |||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  38308777 gaggggtgtaaactagttagtggtgccgtgtataagattagaaagagcatcatgtttgtgaggcgatcaaagagtcacagggaaaaatttaaggagtgca 38308876  T
Q  425 ttgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcat 465  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||    
T  38308877 ttgaaaaggttggtggtgttgatagttctgttcgtttgcat 38308917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 23 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 38850870 - 38850420
Alignment:
Q  23 ctgagacttatatctgtttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttaccc---actgtagc 119  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||  ||    |||   |     
T  38850870 ctgagacttatatttgtttgactgctcattttgttgacgcgaattggaagttaaatagtaaggttatcaatttccgtcttgtttatcctcctactagtgg 38850771  T
Q  120 cgagatgtgtgagaaaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaagaacaacattttg 219  Q
     ||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || || |||| | ||||  | ||||||    
T  38850770 ggagatttgtgagagaatggttgagttgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactattgatgattcatctgagaatgagattttg 38850671  T
Q  220 caagaacagttgcaatctcatcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgattg 319  Q
    |||||||| ||| || |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||| ||||||||||||||| | ||| |    
T  38850670 caagaacaattgaaaactcaacttgttttgcaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcatgtgaattgttttgcacgcgttttaaatcagatag 38850571  T
Q  320 ttgaagaggggttaaaactagttagtggtgacgtgtctaaaattagagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaagga 419  Q
    ||||||| | |||||||||||||||  |||  |||  ||| || |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  38850570 ttgaagaagcgttaaaactagttagctgtggtgtgcataagatcagagagagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtaggagggaaaaatttaagga 38850471  T
Q  420 gtgcattgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgcatatgga 470  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||| ||| ||||    
T  38850470 gtgctttgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcacttacatttgga 38850420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University